쟁점설비는 1차 발전 후 배출되는 폐열, 폐가스를 이용하기 위한 설비라기보다는 2차 발전을 위한 설비로 보이므로 개정되기 전 조세특례제한법 제25조 및 같은 법 시행규칙 [별표 3]에서 규정한 에너지절약시설 투자세액 공제대상에 해당하지 아니함 청구법인에게는 미납행위에 대한 귀책사유가 없다 할 것이므로 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못임
쟁점설비는 1차 발전 후 배출되는 폐열, 폐가스를 이용하기 위한 설비라기보다는 2차 발전을 위한 설비로 보이므로 개정되기 전 조세특례제한법 제25조 및 같은 법 시행규칙 [별표 3]에서 규정한 에너지절약시설 투자세액 공제대상에 해당하지 아니함 청구법인에게는 미납행위에 대한 귀책사유가 없다 할 것이므로 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못임
○○○세무서장이 2009.3.11. 청구법인에게 한 2004사업연도 법인세 3,053,633,550원, 2005사업연도 법인세 1,907,298,840원, 2006사업연도 법인세 2,631,133,170원, 2007사업연도 법인세 2,335,831,510원의 부과처분과 2010.4.19. 청구법인에게 한 2008사업연도 법인세 3,330,832,150원의 경정 거부처분은 납부불성실가산세를 가산하지 아니하는 것으로 하여 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.
. 가. 청구법인은 1996.10.9. 전기발전법 제5조 및 민자발전사업기본계획에 따라 발전사업에 대한 정부의 허가를 취득하여 전력자원의 개발 및 판매 등을 목적으로 설립된 법인으로서, ○○○ 일대에 LNG복합화력발전 설비 2기(○○○발전소 1호기 및 2호기)를 건설하여 2001.4.1. ○○○발전소 1호기를, 2008.3.1. ○○○발전소 2호기를 각각 준공한 후 상업운전을 하였다. 청구법인은 LNG복합화력발전 설비 중 증기터빈, 배열회수보일러, 복수 및 급수설비(이하 “쟁점설비”라 한다)가 조세특례제한법 제25조 의 2와 같은 법 시행규칙 별표 8의3[(구)별표 8의5]의 에너지절약시설에 해당하여 2003.1.13. 국세청으로부터 투자세액공제 대상임을 확인하는 회신을 받고, 2003.3.14. ○○○발전소 1호기 쟁점설비에 대한 투자금액 62,121,706천원에 대한 세액공제를 인정하여 달라는 경정청구를 하였고, 2003.3.31. 2002사업연도 법인세 신고시 3,300,437천원의 투자세액 공제를 신고하였으나, 최저한세 규정으로 인하여 563,196천원만 세액공제를 받았고, 2003년 사업연도는 결손으로 세액공제를 받지 못하였으며, 2004사업연도에 1,984,038천원, 2005사업연도에 753,203천원을 각각 세액공제를 받았다.
○○○발전소 2호기와 관련하여, 청구법인은 2005년 11월 착공하여 아래 <표>와 같이 쟁점설비에 투자하고 각각 세액공제하여 법인세를 신고.납부하였으며, 최저한세 적용으로 2006～2007사업연도에 공제받지 못한 금액 2,472,045천원과 2008사업연도 공제받을 금액 858,786천원, 합계 3,330,832천원을 공제받기 위하여 2010.2.19. 경정청구를 하였다.
○○○
- 나. 처분청은 지식경제부의 해석에 의거 쟁점설비가 조세특례제한법 제25조의2 및 같은 법 시행규칙 별표 8의3[(구)별표 8의5]의 에너지절약시설에 해당하지 아니한 것으로 보아 아래 <표>와 같이 2010.3.11. 청구법인에게 법인세 합계 9,126,957천원을 경정 ․ 고지하였으며, 2008사업연도 법인세 경정청구에 대하여 2010.4.19. 이를 거부하였다.
○○○
- 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.5.18. 이건 심판청구를 제기하였다
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
- 가. 청구법인 주장
(1) 1998.12.1.～2000.12.31.까지 ○○○발전소 1호기 중 쟁점설비에 투자한 금액이 개정 전 규정이 적용되어 에너지절약시설로서 투자세액공제 대상인지에 대하여 2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 조세특례제한법제25조의2는 2001.1.1.부터 시행되었고, 부칙에 따라 시행 후 최초로 투자하는 분부터 적용되는 것이며, 개정 후 규정은 에너지 발생 및 공급시설과 에너지 이용시설로 분류되어 있어 쟁점설비와 같이 복합화력발전시설에서 폐열을 이용하여 유효한 에너지를 발생시키는 설비는 투자세액 공제 대상이 아니라고 볼 여지도 있으나, 개정 전 규정은 기업생산성 향상에 의한 경쟁력 제고와 국민경제의 안정 성장을 위한 기반확충을 목적으로 에너지절약형 설비로 규정하고 있어 투자세액 공제 대상으로 삼고 있는 바, 쟁점설비가 에너지 발생 및 공급시설인지 에너지 이용시설인지 여부를 구분하지 아니하고 버려지는 열을 이용하는 설비이면 에너지절약시설로서 투자세액공제 대상으로 규정하고 있어 개정 전 규정이 세액공제 대상을 넓게 규정하고 있으므로 2000년까지 투자분은 투자세액공제 대상이라 할 것이다.
(2) 가산세를 부과하는 것이 적법한 것인지 여부 과세관청이 납세자의 질의에 대하여 종전에는 세액공제 또는 세액감면의 대상이라는 점을 인정하는 회신을 하였다가 그 후 감사원으로부터 사실관계를 다시 판단하라는 통보를 받고 종전의 견해를 변경하여 뒤늦게 공제 또는 감면세액을 추징하는 것으로 경정하여 과세처분을 하는 경우에는 가산세를 부과할 수 없는 것이고(대법원 2003두13632, 2005.1.27. 등 참조), 심판례(조심 2008서2978, 2010.4.16.)에서도 과세관청이 세법의 해석에 있어서 확실한 견해를 가지지 못하고 오락가락한 경우에는 납세자의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 할 것이다. 국세청은 청구법인 직원의 질의에 대한 답변○○○에서 쟁점설비에 대한 투자금액이 에너지절약시설 투자세액공제 대상이라고 확인하였으며, 위 질의 회신에 따라 2003.3.14. ○○○발전소 1호기의 쟁점설비에 대한 투자분에 대하여 경정청구를 하여 3,300,437천원의 세액공제를 받은 사실로 보면, 과세관청도 2007.9.3. 지식경제부의 유권해석이 있기 전까지는 쟁점설비가 에너지절약시설 투자세액공제 대상에 해당한 것으로 해석한 것이므로 가산세 부과는 취소되어야 한다.
(3) 2001년 이후 ○○○발전소 2호기에 대한 쟁점설비 투자에 대하여 신의성실원칙 적용 여부 청구법인은 쟁점설비를 투자하기 전에 국세청의 예규(서이 46012-10083, 2003.1.13.)에서 쟁점설비가 세액공제가 적용 가능한 것으로 확인되었으며, 국세청의 기본적인 입장이 복합화력발전 설비 중 폐기 에너지회수설비에 대해서는 세액공제를 인정한 것이라고 판단하였고, 또한 달리 판단할 근거를 찾을 수 없었으며, 특히 예규에 세액공제 대상으로 포함시킨 증기터빈, 배열회수보일러를 구체적으로 명시하고 있음에도 지식경제부에 검토의견을 우선 인용하여 과세한 처분은 국세기본법 제15조 의 신의성실의 원칙에 반하는 부당한 처분이다.
- 나. 처분청 의견
(1) 1998.12.1.～2000.12.31.까지 ○○○발전소 1호기 중 쟁점설비에 투자한 금액이 개정 전 규정이 적용되어 에너지절약시설로서 투자세액공제 대상인지에 대하여 개정 전 조세특례제한법 제25조 의 규정에서 세액공제방법은 같은 법 제11조 연구 및 인력개발 설비투자세액공제 규정을 준용하도록 규정하고 있고, 그 내용을 보면 내국인이 각 호에 해당하는 자산에 투자하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 5에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다고 규정하고 있고, 2개 이상의 과세연도에 걸쳐 이루어지는 경우 당해 투자가 이루어지는 각 과세연도마다 당해 과세연도에 투자한 금액에 대하여 적용받을 수 있다고 규정하고 있어 납세자에게 선택을 부여하고 있는 바, 청구법인은 ○○○발전소 1호기 투자를 2001년 3월에 완료하여 투자완료기준에 의한 투자세액공제를 받았으며, 2000.12.29. 개정된 조세특례제한법 제25조의2 의 적용시기를 보면, 이 법 시행 후 투자하는 분부터 적용한다고 규정하고 있는 바, 투자하는 분의 해석이 명확하지 아니하여 적용시기를 청구법인이 선택한 투자완료기준에 의한 세액공제방법에 의하여 개정 후의 규정을 적용하는 것이 타당하다. 또한, ○○○(주)에 대한 에너지관리공단의 질의 회신(2000.12.12.)은 ○○○(주)가 에너지절약자금 융자지원대상이 된다는 것으로 세제감면을 언급한 내용은 아니며, 청구법인은 당사자가 아니어서 에너지관리공단으로부터 에너지절감효과가 10% 이상인 것으로 확인받은 사실이 없으므로 이를 적용할 수 없고, 청구법인이 주장하는 유사한 예규는 사실판단 사항이므로 청구법인에게 동일하게 적용할 수 없는 것이다.
(2) 가산세 적용 및 신의성실 원칙 적용 여부 청구법인이 쟁점설비가 세액공제대상이라고 해석하고 있는 질의 회신○○○내용을 보면, 청구법인은 앞 문단과 뒷 문단을 별개의 문장으로 해석하여 사실 판단할 사항은 뒷 문단에 대하여 한정한 것으로 해석하고 쟁점설비는 세액공제 대상임을 명확하게 확인한 것으로 해석하고 있으나 앞 문단은 쟁점설비가 에너지절약시설 투자세액공제 대상임을 명확히 해석한 것이 아니라 쟁점설비가 세액공제대상 자산에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항이므로 쟁점설비가 법률 요건에 맞는 대상자산이면 세액공제가 가능하다는 조세특례제한법 법률 규정을 그대로 원용하여 나열한 것에 불과한 원론적인 내용을 선언한 것으로 세액공제대상인지 여부는 실질내용에 따라 사실 판단할 사항이라고 회신한 내용이며, 이에 대한 최종 판단은 납세자 책임하에 판단하도록 하였음에도 청구법인에 유리한 측면으로만 해석하고 세액공제대상임을 확신하여 신고?납부한 것은 납세자에게 귀책사유가 없는 정당한 사유에 해당하지 않으므로 경정결정에 따른 가산세 부과 및 신의성실원칙에도 위반되지 아니한다.
1. 1998년～2000년에 투자한 ○○○발전소 1호기 중 쟁점설비에 투자한 금액이 2000.12.29. 개정되기 전의 조세특례제한법 제25조 및 같은 법 시행규칙 [별표 3]을 적용한 에너지절약시설로서 특정설비투자세액 공제 대상인지 여부
(2) 처분청이 쟁점설비를 에너지절약시설로 보아 세액공제 상당액을 환급하였다가 감사원의 감사결과에 따라 해당 세액을 추징하는 경우 납부불성실가산세 부과대상인지 여부
(3) 이 건 법인세 추징처분이 소급과세금지원칙과 신의성실원칙을 위반한 것으로 볼 것인지 여부
제25조의2(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 것) 【에너지절약시설투자에 대한 세액공제】① 내국인이 대통령령이 정하는 에너지절약시설에 2002년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법에 관하여는 제11조 제1항ㆍ제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.
② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제22조 (2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것) 【특정설비투자의 범위】① 법 제25조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 시설”이라 함은 각호의 1에 해당하는 시설을 말한다.
1. 에너지이용합리화법에 의한 에너지절약시설(대가를 분할상환한 후 소유권을 취득하는 조건으로 동법에 의한 에너지절약전문기업이 설치한 경우를 포함한다)로서 재정경제부령이 정하는 것과 수도법에 의한 중수도시설
② 법 제25조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 제출하여야 한다. 제22조의2(2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정된 것) 【에너지절약시설의 범위】① 법 제25조의2 제1항에서 “대통령령이 정하는 에너지절약시설”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 시설을 말한다.
1. 에너지이용합리화법에 의한 에너지절약형시설(대가를 분할상환한 후 소유권을 취득하는 조건으로 동법에 의한 에너지절약전문기업이 설치한 경우를 포함한다) 등으로서 재정경제부령이 정하는 시설
② 법 제25조의 2 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 투자완료일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 조세특례제한법 시행규칙 제13조 (2001.3.28. 재정경제부령 제184호로 개정되기 전의 것) 【특정설비의 범위】① 영 제22조 제1항 제1호에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 별표 3의 에너지절약시설을 말한다. 제13조의2(2001.3.28. 재정경제부령 제184호로 개정된 것) 【에너지절약시설의 범위】영 제22조의2 제1항 제1호에서 “재정경제부령이 정하는 시설”이라 함은 별표 8의3의 에너지절약시설을 말한다. [별표 8의3] (4) 국세기본법 제15조 【신의․성실】납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다. 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다. 제45조의2【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(괄호생략)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(괄호 생략)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. (5) 법인세법 제76조 【가산세】① 납세지관할세무서장은 제71조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세를 징수함에 있어서 당해 내국법인이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로 징수하여야 한다. (단서 생략)
2. 제60조의 규정에 의하여 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에는 다음 각목의 금액
3. 제63조 또는 제64조의 규정에 의하여 법인세(괄호 생략)를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달되게 납부한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액 <산식> 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율
(1) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 에너지절약시설 범위에 대하여 조세특례제한법 시행규칙 [별표]에서 규정한 개정 전·후 주요내용은 아래 <표>와 같이 나타난다. 제13조[별표3]<2001.3.28. 개정 전> 제13조의2[별표8의3]<개정 후> (나) 청구법인의 직원 이○○○이 국세청 전화세무상담센터에 질의한 내용에 대하여, 국세청은 전기생산의 산업활동을 영위하는 법인이 전기를 생산하는 발전활동 과정에서 발생되는 폐열을 이용하여 추가적인 전기를 생산함에 있어서 폐기에너지회수설비와 관련한 투자 중 연소폐열을 이용하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비는 조세특례제한법 제25조의2 의 규정에 의한 에너지절약시설투자 세액공제 대상인 것이나, 기존설비에 대한 보수, 기존설비에 대한 자본적 지출 등에 해당하는 경우에는 세액공제 대상에 해당되지 아니하는 것으로 귀 질의의 경우가 이에 해당되는지는 실질내용에 따라 사실 판단할 사항이라고 회신○○○한 것으로 나타난다. (다) ○○○세무서장이 2007.9.3. 쟁점설비와 같은 시설이 에너지절약시설에 해당하는지를 질의한 데 대하여, 산업자원부장관은 2007.9. 12. 쟁점설비가 조세특례제한법 시행규칙 [별표 8의3] 제1호 나목의 연소폐열, 공정폐열을 이용하는 규정에 해당된다고 주장하나, 나목은 산업 및 건물에만 해당되며, 발전설비가 나목의 산업시설에 해당된다는 주장도 있었으나 가목의 규정(에너지생산 및 공급)으로 산업시설로 보기는 곤란하고, 또한 폐열의 온도범위가 학술적으로 명확하지 않으나 GT(가스터빈)를 통과한 500℃의 배열을 연소폐열로 보는 것은 타당하지 아니하며, 500℃의 배열은 폐열이 아니라 반드시 활용되어야 하는 열원으로 판단하여야 한다고 회신○○○한 것으로 나타난다. (라) 감사원의 통보자료(2009.2)에 의하면, LNG복합화력발전 설비란 LNG를 연소시켜 가스터빈을 구동하여 전기를 생산하는 1차 공정과 가스터빈 구동시 발생하는 고온의 열을 이용하여 배열회수보일러를 통하여 발생시킨 증기로 증기터빈을 구동하여 전기를 추가 생산하는 2차 공정을 거치는 설비로서, 위 설비는 조세특례제한법 시행규칙제13조의2 [별표 8의3]에서 정한 "1. 에너지이용합리화시설"의 "가. 에너지 발생 및 공급시설"에 해당되지만 "가"에서 열거한 보일러, 요?로, 집단에너지시설의 범주에 포함되지 아니한 것으로 되어 있다. (마) 청구법인이 제시한 산업자원부(現 지식경제부)의 2002년 한국에너지기술연구원에 연구용역하여 2003.2.26. 발간한 연구보고서 산업폐열 현황분석 및 최적 열회수 이용기술 개발에 의하면, 1차적 목적으로 사용된 후 주위에 배출되는 열은 모두 폐열로 정의하고 있고, 연구목적에서 “산업폐열은 업종, 공정에 따라 폐열의 형태와 질, 양 등이 아주 다양하기 때문에 각각의 폐열원 조건에 따라 적합한 폐열회수 이용기술의 선택이 매우 중요하다”고 전제하면서, “열회수 이용기술은 열교환기로 직접 회수하여 이용하는 기술, 열펌프로 승온하여 이용하는 기술, 발전을 하여 동력으로 이용하는 기술 등이 있으며, 회수한 열은 산업용(공장내, 공장간)이나 지역 열공급용으로 이용할 수 있다”고 기술하고 있으며, '배가스의 온도별 폐열량 비율'에 따르면, 300℃ 이상의 배가스 비율이 대부분을 차지하여, 특히 500℃ 이상의 배가스 비율은 60% 수준에 육박한 것으로 나타나고 있고, 폐열발생 시설에서 폐열을 회수하여 자체적으로 이용한 후 남는 열을 '폐열' 아니라 '잉여폐열'이라고 기술하고 있는데, 이러한 잉여폐열을 활용하는 사례는 전무한 것으로 보고하고 있는 것으로 나타난다. (바) 위의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 보면, 청구법인은 개정되기 전 조세특례제한법 제25조 및 같은 법 시행규칙 [별표3]의 규정에 의하여 쟁점설비가 에너지절약시설에 해당한다고 주장하나, 쟁점설비는 위 법령 개정 전후에도 연소폐열ㆍ공정폐열 및 폐가스를 이용하는 설비를 근거로 하여 동일하게 적용되고 있는 점, 청구법인이 제시한 연구보고서는 정부의 공적인 의견으로 보기 어려운 점, 복합화력발전설비의 가스터빈에서 1차 발전 후 배출되는 약 500℃의 배열은 폐열이 아닌 2차 발전을 위해 활용되어야 하는 열원이고, 실제 복합화력은 이러한 시스템으로 설계되고 있어 쟁점설비는 에너지절약시설투자 세액공제대상이 아니라고 지식경제부에서 회신한 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점설비는 1차 발전 후 배출되는 폐열?폐가스를 이용하기 위한 설비라기보다는 2차 발전을 위한 설비로 보이므로 개정되기 전 조세특례제한법 제25조 및 같은 법 시행규칙 [별표 3]에서 규정한 에너지절약시설 투자세액 공제대상에 해당하지 아니한 것으로 판단된다.
(2) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가)법인세법제76조 제1항 제3호에는 법인이 제63조(중간예납) 또는 제64조(납부)의 규정에 의하여 법인세를 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우 미납기간의 경과일수 및 금융기관의 연체이자율을 곱하여 납부불성실가산세를 징수한다고 규정하고 있다. (나) 청구법인은 국세청에 쟁점설비가 에너지절약시설에 해당하는지 여부에 대하여 질의하여 2003.1.13. 답변○○○을 받고 2003.3.14. ○○○발전소 1호기 쟁점설비에 대한 투자금액에 대하여 세액공제를 인정하여 달라는 경정청구를 하였으며, 2003.3.31. 2002사업연도 법인세 신고시 3,300,437천원의 투자세액 공제를 신청하였으나 최저한세 규정으로 인하여 563,196천원만 세액공제를 받았으며, 2003년 사업연도는 결손으로 세액공제를 받지 못하고, 2004사업연도에 1,984,038천원, 2005사업연도에 753,203천원을 각각 세액공제를 받았으며, ○○○발전소 2호기와 관련하여, 청구법인은 2005년 11월 착공하여 쟁점설비에 투자하고 각각 세액공제하여 법인세를 신고?납부하였고, 최저한세 적용으로 2006～2007사업연도에 공제받지 못한 금액 2,472,045천원과 2008사업연도 공제받을 금액 858,786천원, 합계 3,330,832천원을 공제받기 위하여 2010.2.19. 경정청구하였으나, 2009.3.16. 감사원 감사결과를 적법한 것으로 보아 에너지절약시설에 해당되지 아니함을 이유로 경정청구를 거부하고, 부과제척기간이 경과하지 아니한 ○○○발전소 1호기 및 2호기의 기환급액에 대하여 납부불성실가산세 2,692,969천원을 가산하여 법인세를 추징한 것으로 나타난다. (다) 세법에서 규정한 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법령에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재라 할 것이므로 납세자가 정당한 사유로 신고, 납세 등 의무를 이행하지 못한 경우에는 이를 과세할 수 없는 것으로 판단되고, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없는 것이다(대법원 2001두403, 2003.9.5. 외 다수 같은 뜻). (라) 살피건대, 청구법인이 법인세법 제64조 (납부)에 의거 법인세 신고납부의무를 이행한 후, 청구법인이 국세청에 질의하여 쟁점설비가 에너지절약시설에 해당함을 이유로 투자금액에 대한 법인세 경정청구하고, 이를 근거로 2002사업연도부터 법인세 환급이 계속되다가 감사원의 감사결과에 따라 환급세액을 추징하는 사정이라면, 청구법인에게는 미납행위에 대한 귀책사유가 없다 할 것이므로 처분청이 납부불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이라 할 것이다(조심 2009서2689, 2010.9.20. 참고).
(3) 쟁점③에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 처분청이 쟁점설비와 같은 발전설비를 세액공제 대상으로 답변한 국세청의 유권해석○○○이 있음에도 세법에 대한 해석권한이 없는 지식경제부의 질의 회신문을 우선 적용하여 법인세를 추징하는 것은 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙에 위배된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (나) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 그에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(국심 2006서586, 2006.11.15. 외 다수 같은 뜻). (다) 청구법인의 질의에 대한 국세청의 회신문은 발전회사가 LNG를 연소시켜 전력을 생산한 후 발생한 열에너지가 버려지는 것인지 여부가 다툼인 사안에 대하여 세법상 폐열에 대한 명확한 개념정의가 없음은 물론, 폐열의 온도범위에 대한 규정이 없음을 이유로 열에너지를 버려지는 에너지로 판단하고 나서 동 버려지는 에너지를 사용하여 2차 전기를 생산한다면 에너지절약시설투자에 대한 세액공제 대상에 해당되나 이에 해당하는지는 실질내용에 따라 사실 판단할 사항이라고 회신한 것이므로 특정 납세자에게 한 예규가 일반 납세자의 신뢰대상인 공적인 견해표명이라고 보기 어렵다. 따라서, 위 예규를 근거로 이 건 법인세 추징처분이 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙을 위반한 위법한 처분이라는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.