신축관련 농지보전부담금 등 토지 관련 비용이 매입세액 불공제 대상인지 여부

○○○세무서장은 2009.11.19. 청구인에게 한 2009년 제2기 부가가치세 16,162,320원의 환급거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 ○○○에서 건설업을 영위하는 ○○○주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 대표이사로, 쟁점법인은 2009년 5월 청구인 개인이 소유하고 있는 ○○○ 외 4필지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 임차하여 쟁점토지상에 창고를 신축하려고 하다가, 2009.9.1. 청구인에게 건축·농지전용 및 개발행위에 대한 권리 일체를 양도(이하 “쟁점거래”라 한다)하고 공급가액 180,327,876원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 1매를 교부한 뒤 공급가액 전부를 매출세액으로 하여 2009년 제2기 부가가치세를 신고·납부하였다.
• 나. 쟁점법인은 2009.11.16. ○○○세무서장에게 쟁점거래 중 면세분에 해당하는 금액(15,844,110원)을 환급하여 달라는 경정청구를 하였으나, ○○○세무서장은 쟁점거래가 권리의 양도로서 쟁점세금계산서의 공급가액 전액이 과세대상에 해당한다는 사유로 2010.1.5. 경정청구를 거부한 반면, 처분청은 청구인이 2009년 제2기 부가가치세 예정신고시 쟁점거래와 관련하여 고정자산 매입을 이유로 쟁점세금계산서 전액을 조기환급신청한 것에 대해, 쟁점법인이 지출한 농지보전부담금 등을 면세에 해당하는 토지관련 매입으로 보아 16,162,320원을 매입세액 불공제하고 일부세액에 대해서만 청구인에게 환급하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.5. 이의신청을 거쳐 2010.5.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점법인은 건설회사로 형틀 및 자재를 보관할 창고가 필요하여 쟁점법인의 대표이사인 청구인의 개인 농지를 임차하여 창고 건설에 필요한 자금을 지출하던 중 회사의 자금사정이 어려워 청구인 개인이 창고건설 자금을 부담할 수밖에 없다고 판단하여 쟁점법인이 지출한 금액, 즉 건설중인 자산가액 전액을 받기로 하고 양도·양수계약서 및 합의서를 작성하여 쟁점거래를 하고 부가가가치세를 신고·납부하였는바, 반포세무서장은 쟁점거래 전부를 과세대상으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 반면, 처분청은 쟁점거래에 대하여 과세 및 면세가 혼재된 거래로 보아 일부만 환급하고 16,162,320원을 토지관련 매입세액으로 보아 매입세액을 불공제한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 와 같은 법 시행령 제60조 제6항 제1호 및 제3호에 비추어 쟁점토지의 형질변경에 따른 농지보전부담금 등은 청구인 소유의 쟁점토지에 대한 가치를 현실적으로 증가시키는 자본적 지출에 포함되므로 청구인의 주장은 이유 없는 것으로 판단된다.

• 가. 쟁 점 건축물 건축·농지전용 및 개발행위에 대한 권리 일체를 양도하면서 신축관련 비용에 포함된 농지보전부담금 등 토지 관련 비용이 부가가치세 매입세액 불공제 대상인지 여부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

② 제1항에서 재화라 함은 재산적 가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 말한다.

○ 부가가치세법 제6조【재화의 공급】

① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 제12조【면세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

○ 부가가치세법 제17조【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

○ 부가가치세법 시행령 제1조 【재화의 범위】

① 부가가치세법(이하 “법”이라 한다) 제1조 제2항에 규정하는 유체물에는 상품ㆍ제품ㆍ원료ㆍ기계ㆍ건물과 기타 모든 유형적 물건을 포함한다.

② 법 제1조 제2항에 규정하는 무체물에는 동력ㆍ열 기타 관리할 수 있는 자연력 및 권리 등으로서 재산적 가치가 있는 유체물 이외의 모든 것을 포함한다.

○ 부가가치세법 시행령 제60조【매입세액의 범위】

⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액”이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점법인은 쟁점법인의 대표이사인 청구인으로부터 농지를 임차하여 농지보전부담금을 부담하고 건축허가를 받는 등 쟁점토지상에 창고건물을 신축(원장상 ‘건설중인자산’ 계정으로 회계처리)하려다가 2009.9.1. 청구인 개인과 쟁점법인이 2009년 6월에 허가받은 쟁점토지상의 건축, 농지전용, 개발행위에 대한 권리일체(농지보전부담금, 대체산림자원조성비 등 일체 포함)를 청구인이 양수하는 쟁점거래에 관한 양도·양수계약서 및 쟁점법인은 건축주를 청구인으로 변경하는데 동의하며 필요한 행정적인 조치에 협조하여야 한다는 합의서를 작성하고, 청구인에게 쟁점세금계산서를 교부하였으며, 쟁점세금계산서 전액에 대하여 부가가치세를 신고·납부하였다.

(2) 쟁점토지를 사업장 소재지로 하여 부동산(임대)업으로 사업자등록한 청구인은 처분청에 쟁점세금계산서에 대한 매입세액 환급신청을 하였으나, 처분청은 쟁점거래 대상물 공급가액 180,327,876원 중 농지보전부담금 등 161,623,206원을 토지관련 공급가액으로 보아 나머지 공급가액 18,704,670원에 대한 매입세액 1,870,467원을 매출세액에서 공제하였다.

(3) 한편, 쟁점법인은 당초 매출세액으로 신고납부한 쟁점세금계산서의 면세 해당 금액을 환급하여 달라는 경정청구를 ○○○세무서장에게 하였으나, ○○○세무서장은 쟁점거래가 일종의 미완성 건축물에 대한 개발 및 사용권리에 대한 양도로서 부가가치세 과세대상에 해당한다고 판단하여 경정청구를 거부하였고, 우리 원은 쟁점거래 금액 전부는 집합되어 권리가 형성된 상태에서 단일체로 거래된 것으로 보이므로 쟁점거래 대상물을 권리의 양도·양수로 보아 쟁점법인의 경정청구를 거부한 ○○○세무서장의 처분이 잘못이 없다고 결정(○○○ 2010.9.7.)하였다.

(4) 살피건대, 쟁점법인과 청구인은 쟁점법인이 임차한 토지상에 건물을 신축하려다가 미착공한 상태에서 ‘임차토지상의 건축, 농지전용, 개발행위에 대한 권리일체’를 양도 및 양수하기로 하는 계약을 체결하였고, 쟁점법인은 쟁점거래의 계정과목을 ‘건설중인자산’으로 계정처리하였으나 임차토지상에 건물의 착공신고도 하지 않은 상태에서 양도한 것으로 보아 건설중인 건축물이 없는 상태이었으므로, 쟁점거래를 ‘건설중인자산’의 양도로 보기는 어려운 것으로 보이고, 쟁점법인이 지출한 농지보전부담금 및 설계비·건축허가비 등 쟁점거래 금액 전부는 집합되어 권리가 형성된 상태에서 단일체로 거래된 것으로 보이는 점을 감안하여 보면, 쟁점거래 대상물은 권리의 양도·양수로 봄이 보다 합리적인 것으로 판단되므로(○○○ 2010.9.7., 같은 뜻), 처분청이 쟁점법인이 지출한 임차토지에 대한 농지보전부담금 등을 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 와 같은 법 시행령 제60조 제6항 제1호 및 제3호의 규정에 따라 토지관련 매입으로 보아 16,162,320원을 매입세액 불공제하여 환급을 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.