연구 및 인력개발비 세액공제

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1987년 개업하여 전자부품을 제조․판매하는 회사로 기업부설연구소를 설립하여 ○○산업기술진흥협회에 설립신고를 한 후 2002사업연도부터 조세특례제한법 제10조 에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 적용하여 법인세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인의 감면요건 적정여부를 검토한 결과 청구법인의 연구전담 부서 설립이 2002.10.26. 취소되었다가 2006.9.12. 재등록된 2002.10.26~2006.9.10. 사이에 발생한 연구직원 인건비 및 재료비는 조세특례제한법 시행령 별표 6 및 조세특례제한법 시행규칙 제7조 에 의한 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 세액공제를 부인하고 2010.1.4. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 38,266,470원, 2005사업연도 법인세 18,761,090원, 2006사업연도 법인세 10,298,150원을 경정․고지 하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2000.7.20. 기업부설연구소 신고서를 제출하였으나 직원의 무지로 협회비를 납부하지 아니하여 2002.10.26. 신고가 취소되었는데 청구법인으로서는 취소사실을 모르고 계속 연구업무를 수행하여 2002년부터 현재까지 세액공제를 받아오다가 우연히 기업부설연구소 신고가 취소된 것을 알고 2006.9.10. 재등록을 하였는 바, 연구소가 취소된 이후에도 실질적으로 연구소가 존재하면서 운영실적이 있었는데도 단순히 절차상의 하자를 이유로 세금을 추징함은 ⌜조세특례제한법⌟ 및 ⌜기술개발촉진법⌟ 의 입법취지를 고려하지 아니하고 실질과세원칙을 무시한 잘못된 처분이다.
• 나. 처분청 의견 ⌜조세특례제한법⌟에 의한 세액감면은 사전 감면요건의 충족 및 사후 의무이행을 전제로 이루어지는 바 ⌜ 조세특례제한법 시행규칙⌟ 제7조의 감면요건을 충족하지 못하였고, 처분청에서 ○○산업기술진흥협회에 청구법인의 전담부서 취소사유를 조회한 바에 의하면 연구활동 중단에 따라 자진취소된 것으로 확인되며, 연구전담부서의 경우 매년 연구개발 활동조사를 협회에 제출하도록 되어 있어 취소된 사실을 바로 알 수 있었음에도 재등록 기간까지 4년의 기간이 지난 것으로 보아 단순히 직원의 협회비 미납으로 인하여 취소된 사실을 몰랐다는 청구법인의 주장은 무리가 있으므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인의 부설연구소 신고가 취소된 것을 모르다가 재등록하였으므로 취소일부터 재등록 전일까지의 연구 및 인력개발비에 대하여 ⌜조세특례제한법⌟의 세액공제를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관계법령 (1) 조세특례제한법 및 조세특례제한법시행령, 조세특례제한법시행규칙 제10조 【연구·인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구·인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용이 있는 경우에는 다음 각 호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.(각호 생략) 시행령제9조【연구·인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. 별표 6

• 가. 자체기술개발

① 전담부서에서 근무하는 직원으로서 재정경제부령이 정하는 자의 인건비

② 전담부서에서 연구용으로 사용하는 견본품․부품․원재료와 시약류 구입비(시범제작에 소요되는 외주가공비를 포함한다)

③ 전담부서에서 직접 사용하기 위한 연구․시험용 시설(괄호 생략)의 임차 또는 나목①에 규정된 기관의 연구․시험용 시설의 이용에 필요한 비용 시행규칙제6조【연구 및 인력개발준비금의 사용기준】① 영 제8조 제3항의 규정에 의한 영 별표 5의 1. 기술개발 및 도입기술의 소화개량비란 가목 본문 중 “재정경제부령이 정하는 기업의 연구개발전담부서”라 함은 ⌜ 기술개발촉진법 시행규칙⌟제7조의 규정에 의하여 인정받은 기업부설연구소와 동규칙 제8조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서를 말한다. 시행규칙제7조【연구 및 인력개발비의 범위】① 영 제9조 제2항의 규정에 의한 영 별표 6의 1. 기술개발란 가목 ①에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 제6조 제2항의 규정에 의한 연구요원 등을 말한다.

(2) 기술개발촉진법시행규칙 제7조【기업부설연구소의 신고 등】② 영 제15조 제1항에 따라 기업부설연구소로 인정을 받으려는 자는 별지 제7호 서식에 따른 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 제8조【기업의 연구개발전담부서의 신고 등】① 영 제15조 제2항에 따라 기업의 연구개발전담부서를 신고하려는 자는 별지 제8호 2 서식의 연구개발전담부서 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출(정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 기업부설연구소 설립신고를 하였으나 직원의 무지로 협회비를 납부하지 아니하여 2002.10.26. 연구소 설립신고가 취소된 사실을 모르다가 2006.9.10. 재등록하였으므로 2002.10.26.~2006.9.10. 기간 동안에 대하여도 ⌜조세특례제한법⌟ 제10조에 의한 ‘연구 및 인력개발비에 대한 세액공제’를 적용하여야 한다고 주장하며, 청구법인의 2004~2006사업연도 연구과제 및 연구개발 활동 내용 요약서, 법인세 과세표준 및 세액조정계산서, 2006.9.10. 기업부설연구소를 재등록하였다는 기업부설연구소 신고서 사본 등을 제시하고 있다.

(2) 처분청은 2002.10.26.~2006.9.10. 기간 동안의 연구 및 인력개발비에 대하여 세액공제를 적용할 수 없다며 아래와 같은 자료를 제시하고 있다. (가) ○○지방국세청장은 2010.4.2. 청구법인의 연구전담부서 취소사유에 대하여 ○○산업기술진흥협회에 조회한 결과, ○○산업기술진흥협회는 청구법인의 연구전담부서를 1999.6.24. 신규로 인정하였다가 2002.10.26. 취소를 하였고, 취소사유는 ‘연구활동 중단으로 자진 취소하였다’라는 내용으로 회신한 것으로 나타난다. (나) ○○산업기술진흥협회가 안내하는 인터넷상의 알림내용에 의하면, 연구소 및 전담부서를 보유한 기업체는 ‘일반현황, 연구개발인력, 연구개발비, 지역별 구분, 기타 연구개발활동 실적, 연구개발과제 수행 현황’을 매년 제출하도록 하면서 미 제출시 연구개발활동이 없거나 연구개발수행능력이 없는 것으로 보고 인정이 취소될 수 있다고 안내하고 있음이 확인된다.

(3) 살피건대, 청구법인은 부설연구소 설립신고의 취지를 알지 못하다가 재등록을 하였다는 주장을 하고 있으나, 감면요건 규정 가운데에 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부하반다고 할 것(대법원 1998.3.27. 선고97누20090 판결, 2004.5.27. 선고 2002두6781 판결 등 참조)인 바, 처분청의 조회공문에 의하면 청구법인이 연구활동 중단으로 연구전담부서를 자진 취소한 것으로 나타나고, ○○산업기술진흥협회는 연구소 및 전담부서를 보유한 기업체에게 매년 연구실적을 제출하도록 하면서 미제출시 취소할 수 있다라는 안내를 하고 있어 청구법인의 연구전담부서가 2002.10.26. 자진 취소되었음에도 2006년에서야 취소사실을 알고 2006.9.10.자로 기업부설연구소를 재등록하였다는 청구주장을 인정하기 어려운 점 등에 비추어 보면, 청구법인의 연구전담부서가 취소된 2002.10.26.~2006.9.10. 기간 동안에 대하여 ⌜조세특례제한법⌟ 제10조에 의한 ‘연구 및 인력개발비에 대한 세액공제’를 적용하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.