매매대금의 청산일이 분명하지 않는 경우에는 그 소유권 이전등기 접수일을 취득시기로 보는 것이 타당함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○○ 전 410㎡(이하 “쟁점1토지”라 한다)와 같은 리 89-1 답 129㎡(이하 “쟁점2토지”라 하고, 쟁점1토지를 포함하여 “쟁점토지”라 한다)를부동산소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법(이하 “부동산등기특별조치법”이라 한다)에 의해 2008.3.14.과 2008.4.3. 각 소유권이전 등기를 경료하여 2008.12.31. 쟁점토지를 양도한 후, 양도소득세 예정신고시 쟁점토지의 취득시기를 1985.1.1.로 보아조세특례제한법제69조의 규정에 따른 8년 이상 자경농지에 해당한다고 하여 양도소득세 감면신청을 하였다.
• 나. 처분청은 쟁점토지의 대금청산일이 불분명하므로 쟁점토지의 취득시기를 소유권이전 등기접수일(2008.3.14.과 2008.4.3.)로 보아 양도소득세 감면을 부인하고 2009.12.10. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 27,239,520원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.10. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 부동산등기특별조치법에 따른 쟁점토지 소유권 이전등기시 보증서 등의 입증서류에 의해 1971년경 취득한 사실이 확인되므로 쟁점토지의 취득시기를 1971년경으로 보아 자경한 것으로 보아야 하며, 설령 쟁점토지의 대금청산일이 불분명하더라도 쟁점토지의 매도인이 사망한 시점 전에 매매가 이루어진 것으로 보아야 함에도 양도소득세 감면을 부인한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조에서 취득시기 및 양도시기는 대금청산일을 취득시기로 하고, 대금청산일이 확인되지 아니한 경우에는 등기접수일로 하도록 규정하고 있는바, 청구인이 주장하는 매도인 사망시점과 취득시기의 연관성 여부가 위 세법에서 정한 취득시기와 무관할 뿐만 아니라, 부동산등기특별조치법에 의하여 등기된 토지라 하더라도 대금청산일이 확인되지 아니한 이상, 쟁점토지의 취득시기를 등기접수일로 보아야 하므로 8년 이상 자경 감면요건에 해당하지 않는 것으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 부동산 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법에 의하여 2008년도에 소유권이전 등기가 된 토지의 취득시기를 언제로 볼 것인지 여부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

○ 조세특례제한법(2008.12.29. 법률 제9276호로 개정되기 전의 것) 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상(괄호 생략) 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

○ 조세특례제한법 시행령(2008.12.31. 대통령령 제21196호로 개정되기 전의 것) 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년 이상 다음 각 호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. 1.∼2. (생 략)

⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성(다년성)식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고(2009.2.24.)자료를 보면, 쟁점토지의 취득일을 1985.1.1., 양도일을 2008.12.31.로 하고, 8년 이상 자경한 농지라고 하여 처분청에 감면신청을 하였다.

(2) 처분청의 쟁점토지에 대한 8년 이상 자경농지 감면 검토조서를 보면, 청구인의 농지소재지 거주기간을 40년, 자경기간은 8개월로 보았으며, 검토자 의견에서 취득시기를 의제취득일(1985.1.1.)이 아닌 소유권이전 등기접수일(2008.3.14.과 2008.4.3.)로 보아 8년 자경 감면신청을 인정하지 아니하였다.

(3) 청구인의 쟁점토지 소유 확인서 발급신청 관련 자료를 보면, 공부상 쟁점1토지의 소유자는 ○○○, 쟁점2토지의 소유자는 ○○○로 되어 있고, 쟁점2토지에 대한 ○○○ 외 2인의 연대보증서(2007년 12월)에는 청구인이 1971.4.20.부터 ○○○로부터 매매하여 현재 사실상 소유하고 있음을 연대보증한다고 기재되어 있다.

(4) 쟁점토지에 대한 토지대장 및 토지등기부상 소유권이전 등재 현황을 보면, 쟁점1토지의 토지대장에는 1911.3.25. ○○○ 소유에서 2008.3.6. 부동산등기특별조치법 제7500호에 따라 청구인 소유로 명의변경된 것으로 되어 있고, 토지등기부등본에는 2008.3.14. 청구인에게 소유권보존등기가 되어 있으며, 쟁점2토지의 토지등기부에는 1947.6.2. ○○○ 소유에서 2008.4.3. 청구인에게 소유권이전등기(1971.4.20. 매매)된 것으로 되어 있다.

(5) 처분청이 제출한 자료를 보면, 쟁점1토지의 전 소유자 ○○○에 대하여는 인적사항이 조회 되지 않고, 쟁점2토지의 전 소유자 ○○○는 2001.4.13. 사망한 것으로 되어 있으며, 청구인은 쟁점토지에 대한 대금청산과 관련한 자료를 제출하지 아니하였다.

(6) 청구인의 농지원부를 보면, ○○○ 등 3필지에 대하여 자경한 것으로 등재되어 있으나, 쟁점토지는 등재되어 있지 않은 것으로 되어 있다.

(7) 청구인은 쟁점토지의 취득시기를 1971년경으로 보아야 하고 그러하지 않더라도 쟁점토지 전 소유자의 사망시점 이전을 취득시기로 하여 8년 이상 자경농지로 보아야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴보면, 부동산등기특별조치법에 의한 등기에 있어서 등기원인일을 기재하는 것은 등기부 정리를 용이하게 하기 위한 절차상의 목적일 뿐, 그 취득시기를 확정하는 것으로 볼 수는 없으므로, 부동산등기특별조치법에 의하여 소유권 이전등기를 한 경우라 할지라도 등기원인 이외에 다른 내용을 확인하여 그 매매대금의 청산일이 확인되면 대금을 청산한 날을 자산의 취득시기로 보는 것이 타당하다 할 것이지만, 매매대금의 청산일이 분명하지 않는 경우에는소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제1호의 규정에 의하여 그 소유권 이전등기 접수일을 취득시기로 보는 것이 타당할 것으로서(○○○, 같은 뜻), 청구인은 쟁점토지에 대한 대금청산과 관련한 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있어 취득시기와 관련한 구체적인 사실관계를 확인하기 어려우며,소득세법상 쟁점토지의 공부상 전 소유자가 사망한 경우 취득시기를 판단할 수 있는 규정이 달리 마련되어 있지 아니하여 청구인의 주장과 같이 취득시기를 판단하기는 어렵다고 하겠으므로, 처분청이 쟁점토지의 취득시기를 소유권이전등기 접수일로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.