증액보상금을 받은 경우 최초 수용보상금을 수령한 날을 잔금청산일로 보는 것이 타당함

◎◎세무서장이 2009.12.9. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 371,977,120원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인의 아버지 ◇◇◇(이하 “피상속인”이라 한다)은 AA도 AA시 AA면 AA리 90-6 전 5,268㎡, 같은 리 128-1 전 362㎡, 같은 리 129-10 전 250㎡, 같은리 129-7 창고용지 355㎡, 합계 6,235㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 □□□공사에 양도(수용)하고 수용확인서상 잔금청산일인 2005.12.12.을 양도시기로 하여 양도소득세를 신고하면서 농지대토로 인한 전액 비과세 신청을 하였다.
• 나. ▲▲지방국세청은 2008.4.15. 피상속인의 사망에 따른 상속세 조사를 실시하여 GG토지수용위원회가 2006.2.22. 쟁점토지 수용보상금을 34,136,850원 증액 결정한 바 있고 이 잔금이 청산되기 전인 2006.1.17. 소유권이전등기 접수되었다 하여 쟁점토지의 양도시기를 2006.1.17.로 보아 2006.1.1.부터 개정 시행된 조세특례제한법규정에 따라 농지대토 감면한도 1억원을 적용하여 2009.12.9. 상속인인 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 371,977,120원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.2.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

□□□공사(현 ☆☆☆주택공사)는 민원 회신(SS사업본부-187, 2009.10.12)을 통하여 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제45조 제1항에서 사업시행자는 수용의 개시일에 토지나 물건의 소유권을 취득하며 그 토지나 토지에 있는 물건에 관한 권리는 수용개시일까지 사업시행자에게 인도하여야 하고, 쟁점토지는 수용개시일인 2005.12.14.부터 사업시행자인 □□□공사가 원시 취득하여 사용·수익 등 모든 권한을 가지며, 다수인의 수용토지에 대한 소유권을 이전함에 따라 시간이 많이 소요되어 수용개시일인 2005.12.14. 소유권이전 등기를 하지 못하고 2006.1.17. 소유권이전하였다고 하였다. 현행 국세청 예규(서면4팀-2091, 2007.7.9.)는 재결보상금에 불복하는 납세자는 당초 재결보상금 수령일(공탁일)을 양도시기로 할 수 없다고 하고 있어 소유권이전등기 업무 처리에 따라 양도시기가 달라져 양도소득세 부담이 달라지는 문제가 발생함에 따라 기획재정부는 이러한 불합리를 개선하기 위하여 일반부동산 매매와 달리 수용토지의 경우 잔금청산일, 소유권이전등기 접수일, 수용개시일 중 빠른 날을 양도시기로 보도록 법령개정(기획재정부 공보 제2010-14호, 2010.1.13.)을 추진하고 있다. 피상속인이 쟁점토지의 보상금에 대한 이의제기를 하여 증액된 손실보상금은 34,136,850원으로 이는 전체 수령 보상금의 1.96%에 해당하는 미미한 금액으로 이를 통상적인 매매잔금으로 볼 수는 없는 것이며, 토지수용의 경우 재결보상금을 일시에 지급 또는 공탁하고 있으므로 재결보상금 수령일 또는 공탁일이 진정한 의미의 매매대금 청산일에 해당하는 것이라 할 것이고, 재결보상금을 수용개시일 전에 지급하여야만 토지 수용의 법적 효력이 발생하며, 토지 수용개시일이 소유권이전일임을 규정한 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제45조 및 토지대금이 사회통념상 거의 전부 이행된 점을 취득시기로 보도록 한 대법원 판례(대법원 92누8934, 1993.4.27.)에 비추어 양도시기는 재결보상금 수령일로 하여야 할 것이다. 쟁점토지는 수용개시일(2005.12.14.)에 사업시행자인 □□□공사가 소유권이전등기를 했으면 아무 문제가 없는데도 업무를 늦게 처리하여 발생한 것으로 아무런 책임도 없는 청구인에게 세금을 부과하는 것은 너무 억울하며, 재결보상금에 이의를 제기하여 받은 보상금은 34,136,850원인데 이로 인항 세금의 증가는 371,977,120원으로 재결보상금에 이의없이 수령한 다른 납세자와의 조세형평성을 읽은 과세로 부당하고, 수용토지의 양도시기와 관련한 유사한 사건으로 ※※※ 외 15인이 억울함을 제기한 국민고충처리위원회에서 납세자의 의견을 들어 주어 처분청이 직원 시정한 바 있으므로 쟁점토지의 양도시기는 재결보상금 수령일 또는 수용개시일로 보아야 한다. 나. 처분청 의견 소득세법제98조는 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하고, 대금을 청산하기 전에 소유권 이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있으며, 관련 예규에 의해서도 수용보상금에 불복하여 이의신청 또는 행정소송으로 변동된 토지보상금을 수령한 경우에는 변동보상금 확정일과 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날을 양도시기로 보도록 되어 있으므로 쟁점토지의 양도시기를 변동보상금 확정일인 2006.2.22.과 소유권이전등기 접수일인 2006.1.17. 중 빠른 날로 보아 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 토지 수용의 경우 양도시기를 수용보상금 공탁일이 아닌 증액보상금 청산일과 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날로 하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되기전의 것) 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다) 를 과세하지 아니한다.

4. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일

○ 조세특례제한법 제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】(2005.12.31, 법률 제7839호로 개정된 것)

① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(대토)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

○ 조세특례제한법 제133조【양도소득세 감면의 종합한도】(2005.12.31, 법률 제7839호로 개정된 것)

① 개인이 제33조, 제34조, 제41조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조 또는 이 법 부칙 제29조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

② 제1항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액 중 제69조와 제70조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액이 그 외 감면받을 양도소득을 제외하고 5개 과세기간의 합계액이 1억원(이하 이 항에서 "농지감면한도액"이라 한다)을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다. 이 경우 농지감면한도액은 당해 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액의 합계액으로 계산한다.

○ 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제45조 【권리의 취득ㆍ소멸 및 제한】

① 사업시행자는 수용의 개시일에 토지나 물건의 소유권을 취득하며, 그 토지나 물건에 관한 다른 권리는 이와 동시에 소멸한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 중앙토지수용위원회의 재결서 및 이의재결서 등에 따르면 □□□공사의 쟁점토지에 대한 수용관련 현황은 아래와 같다.

• 사업명: ◆◆◆◆지구 택지개발사업

• 사업시행자: □□□공사

• 소유자: 피상속인

• 중앙토지수용위원회 재결일: 2005.10.26.

• 재결보상금 중 일부(307백만원) 수령: 2005.11.28.

• 이의신청일: 2005.11.29.

• 재결보상금(1,399백만원) 수령(공탁)일: 2005.12.12.

• 수용개시일: 2005.12.14.

• 소유권이전등기 접수일: 2006.1.17.

• 증액보상금(34,136천원) 재결일: 2006.2.22.

• 증액보상금 지급일: 2006.6.26. (2)□□□공사의 토지보상 자료에 의하면 피상속인에 대한 쟁점토지 보상금 지급내역은 아래 <표>와 같다. 일시 보상금(원) 내용 비고 2005.11.28. 307,038,800 쟁점토지 4필지 중 90-6을 제외한 3필지 토지수용 재결보상금 지급 2005.12.12. 1,399,831,600 90-6에 대한 수용 재결보상금 공탁 2006.6.26. 34,136,850 증액 재결보상금 지급 합계 1,741,007,250

(3) 피상속인은 쟁점토지를 □□□공사에 양도(수용)하고 수용확인서상 잔금청산일인 2005.12.12.을 양도시기로 하여 농지대토로 인한 비과세 신청을 하였으나, 처분청은 쟁점토지의 양도시기를 소유권이전등기일인 2006.1.17.로 보아 2006.1.1.부터 개정 시행된 조세특례제한법제133조 제1항에 따라 농지대토 감면한도 1억원을 적용하여 2009.12.9. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 371,977,120원을 고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다.

(4) 청구인은 □□□공사가 쟁점토지의 수용 재결보상금을 2005.12.12. 공탁하였고 2005.12.14. 수용개시됨에 따라 사실상 쟁점토지의 소유권이 □□□공사에 이전되어 쟁점토지의 양도시기를 수용재결보상금 공탁일 또는 수용개시일로 보아야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가)소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항은 자산의 양도시기를 당해 자산의 대금을 청산한 날로 하면서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우와 대금을 청산하기 전에 소유권이전 등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 규정하고 있다. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률제45조 제1항은 사업시행자는 수용의 개시일에 토지나 물건의 소유권을 취득하며 그 토지나 토지에 있는 물건에 관한 권리는 이와 동시에 소멸한다고 규정하고 있고, 같은 법 제43조는 토지소유자 및 관계인 그 밖의 토지소유자나 관계인이 포함되지 않은 자로서 수용 또는 사용할 토지나 그 토지에 있는 물건에 관하여 권리를 가진 자는 수용 또는 사용의 개시일까지 당해 토지나 물건을 사업시행자에게 인도하거나 이전하여야 한다고 규정하고 있다. (나) 2006.1.2. □□□공사의 토지수용확인서를 보면 □□□공사는 2004.1.5. ◆◆◆◆신도시 택지개발사업에 대하여 DDD로부터 사업인가를 받고 쟁점토지에 대한 보상금 중 일부 금액(307백만원)을 2005.11.28. 청구인에게 지급하고 나머지 보상금 1,399백만원을 2005.12.12. 공탁한 것으로 나타난다. (다) ☆☆☆주택공사가 2009.10.12. 청구인에게 한 쟁점토지 이전등기 관련 민원회신 내용을 보면 쟁점토지는 수용개시일인 2005.12.14.부터 사업시행자인 ☆☆☆주택공사가 원시 취득하여 사용·수익 등 모든 권한을 가지며, 다수인의 수용토지에 대한 소유권을 이전함에 따라 시간이 많이 소요되어 수용개시일인 2005.12.14.부터 사업시행자인 ☆☆☆에 대한 소유권이전 등기를 하지 못하고 2006.1.17. 소유권이전하였다고 회신한 것으로 나타난다. (라) 소득세법 시행령제162조 제1항 제7호는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기 접수일 중 빠른 날을 취득 또는 양도시기로 하여 2010.2.18. 개정 시행된 것으로 나타난다.

(5) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하면, 소득세법제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항은 자산의 대금을 청산한 날로 하면서 대금을 청산한 날로 하면서 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우와 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 규정하고 있는 바, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 수용된 쟁점토지에 대하여 토지수용위원회의 수용 재결보상금에 이의를 제기함에 따라 증액보상금을 수령하였으나 당초 토지수용위원회의 수용재결에 따라 보상금을 사실상 대부분 수령(공탁)한 경우에는 소유권이전등기일 보다도 수용보상금 수령일을 잔금청산일로 보아 양도시기를 적용하는 것이 사회통념상 타당할 뿐 아니라 실질과세원칙에도 부합한다 할 것으로서 쟁점토지에 대하여 □□□공사가 총 보상금 1,741,007천원의 98.04%에 해당하는 1,706,869천원을 2005.12.12.까지 지급하거나 공탁한 점, 청구인이 수용재결보상금에 이의를 제기하여 받은 매매잔금에 해당하는 증액 재결보상금 34,136천원은 그 액수가 총 매매대금의 1.96%에 불과한 점 등에 비추어 볼 때, □□□공사가 수용보상금의 98.04%를 공탁한 2005.12.12.에 쟁점토지의 양도대가가 사회통념상 거의 전부 지급되었다고 볼 만한 정도의 대금지급이 이행되었다 할 것이므로 쟁점토지에 대한 최초 수용 재결보상금 공탁일인 2005.12.12.을 실질적인 잔금청산일로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도시기를 소유권이전등기 접수일로 하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.