종합부동산세는 과세대상부동산에 대하여 재산세를 공제하여 산출하기 때문에 이중과세의 문제는 발생하지 아니함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 처분청은 청구법인 소유의 종합부동산세 과세대상 주택분, 종합합산과세대상토지분, 별도합산과세대상토지분에 대하여 종합부동산세 산출세액에서 2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령제4조의 2, 제5조의 3 제1항 및 제2항에서 규정하고 있는 산식에 의하여 계산된 재산세액 4,477,836원, 45,208,961원 및 75,733,740원을 각각 공제하여 2009.11.20. 청구법인에게 2009년 귀속 종합부동산세 292,485,370원 및 농어촌특별세 58,497,070원을 각각 결정․고지하였다.
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.16. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청이 2009년 귀속 종합부동산세를 산정함에 있어 공제할 재산세를 계산한 방식이 2009.2.4. (2009년 귀속분부터 적용)된 종합부동산세법 시행령제5조의3(토지분 종합부동산세의 재산세 공제)의 문언해석에 부합하지 않으므로 2008년까지 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 계산하였던 방법과 동일하게 계산하여 주택분 6,396,908원, 종합합산대상토지분 64,584,230원, 별도합산대상토지분 108,191,057원을 각각의 공제할 재산세액으로 하여 종합부동산세 53,751,650원 및 농어촌특별세 10,750,330원을 감액경정하여야 하며, 종합부동산세와 재산세는 모두 부동산 보유에 따른 보유세로서 그 성징을 같이하고 있으므로 동일한 과세대상 부동산에 대하여 재산세와 종합부동산세를 중첩적으로 부과하므로 이중과세로 부당하다.
• 나. 처분청 의견 동일한 재산세 대하여 종합부동산세와 재산세가 이중과세되는 문제를 조정하기 위하여 납세자가 납부할 종합부동산세 산출세액에서 종합부동산세 과세표준에 산입되는 공시가격에 과세된 재산세를 공제하여 주도록 하고 있는 바, 개정전의 종합부동산세 과세표준 및 세액계산은 공시가격 합계에서 과세기준금액을 공제하여 과세표준을 산정하고 여기에 연도별 적용비율(2008년 주택 경우 80%)을 곱한 금액에 종합부동산 세율을 적용하여 종합부동산 산출세액을 계산하는데도 불구하고 종합부동산세액에서 공제할 재산세액은 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써 과다하게 공제되는 측면이 있었다. 이러한 불합리한 점을 시정하기 위하여 종합부동산세 세액 계산시 종합부동산세 과세표준에 대한 재산세 상당액을 공제하도록 2009.2.4. 종합부동산세법 시행령제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2하의 규정을 개정함으로써 종합부동산세와 재산세의 이중과세를 방지하려는 제도의 취지에 부합되도록 하였으며, 공제한 재산세액을 개정된 시행령에 따라 계산되었다. 종합부동산세와 재산세 사이의 이중과세는 단수 또는 복수의 과세주체가 동일한 과세물건을 대상으로 같은 납세자에게 중복적으로 과세하는 것을 말하는 바, 종합부동산세의 경우 종합부동산세법제9조 및 제14조에서 종합부동산세의 과세액에서 지방세로 납부한 재산세 부분을 공제하고 있으므로 실질적으로 이중과세는 아니며, 또한 국세와 지방세의 조정 등에 관한 법률제4조는 “국가와 지방자치단체는 이 법에 규정한 것을 제외하고는 과세물건이 중복되는 여하한명복의 세법도 제정하지 못 한다”라고 규정하고 있고, 같은 법 제2조에서 종합부동산세를 추가함으로써 입법적인 관점에서 중복과세금지의 원칙을 해결하고 있으므로 종합부동산세가 이중과세에 해당하여 위법하다는 청구법인의 주장은 이유가 없다.

• 가. 쟁 점 2009년 귀속 종합부동산세 산출세액에서 공제하는 재산세액계산은 2009.2.4. 개정전 종합부동산세법 시행령제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항 규정에 의하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관련법령을 본다.

○ 종합부동산세법 제8조【과세표준】(2008.12.26. 법률 제9273호로 개정되기 전의 것)

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

○ 종합부동산세법 제8조【과세표준】(2008.12.26. 법률 제9273호로 개정된 것)

① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액[과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 3억원을 공제한 금액]에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

○ 종합부동산세법 제8조【세율 및 세액】(2008.12.26. 법률 제9273호로 개정되기 전의 것)

① 주택에 대한 종합부동산세는 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액(이하 "주택분 종합부동산세액"이라 한다)으로 한다. <과세표준> <세 율> 3억원 이하 1천분의 10 3억원 초과 14억원 이하 1천분의 15 14억원 초과 94억원 이하 1천분의 20 94억원 초과 1천분의 30

② 주택분 종합부동산세액을 계산함에 있어 2006년부터 2008년까지의 기간에 납세의무가 성립하는 주택분 종합부동산세에 대하여는 제1항의 규정에 의한 세율별 과세표준에 다음 각 호의 연도별 적용비율과 제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 각각 당해연도의 세액으로 한다.

1. 2006년: 100분의 70

2. 2007년: 100분의 80

3. 2008년: 100분의 90

③ 주택분 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제188조 제3항 의 규정에 의하여 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2의 규정에 의하여 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다. <신설 2005.12.31 부칙>

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 종합부동산세법 제8조【세율 및 세액】(2008.12.26. 법률 제9273호로 개정된 것)

① (생 략)

② (삭제, 2008.12.26)

③ 주택분 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택의 주택분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제188조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다. (2008.12.26 개정)

④ 주택분 종합부동산세액의 계산에 있어서 주택분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 종합부동산세법 제13조【과세표준】(2008.12.26. 법률 제9273호로 개정되기 전의 것)

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 당해 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액에서 3억원을 공제한 금액으로 한다. ② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 당해 과세대상토지의 공시가격을 합한 금액에서 40억원을 공제한 금액으로 한다.

○ 종합부동산세법 제13조【과세표준】(2008.12.26. 법률 제9273호로 개정된 것)

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범 위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

② 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 해당 과세대상토지의 공시가격을 합산한 금액에서 80억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다.

○ 종합부동산세법 제14조【세율 및 세액】(2008.12.26. 법률 제9273호로 개정되기 전의 것)

① 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 종합합산세액"이라 한다)으로 한다. <과세표준> <세 율> 17억원 이하 1천분의 10 17억원 초과 97억원 이하 1천분의 20 97억원 초과 1천분의 40

② 제1항의 규정에 의한 세액을 계산함에 있어서 2006년부터 2008년까지의 기간에 납세의무가 성립하는 종합합산과세대상 토지분 종합부동산세에 대하여는 제1항의 규정에 의한 세율별 과세표준에 다음 각 호의 연도별 적용비율과 제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 각각 당해연도의 세액으로 한다.

1. 2006년: 100분의 70

2. 2007년: 100분의 80

3. 2008년: 100분의 90

③ 토지분 종합합산 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제188조 제3항 의 규정에 의하여 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2의 규정에 의하여 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

④ 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "토지분 별도합산세액"이라 한다)으로 한다. <과세표준> <세 율> 160억원 이하 1천분의 6 160억원 초과 960억원 이하 1천분의 10 960억원 초과 1천분의 16

⑤ 제4항의 규정에 의한 세액을 계산함에 있어서 2006년부터 2014년까지의 기간에 납세의무가 성립하는 별도합산과세대상 토지분 종합부동산세에 대하여는 같은 항의 규정에 의한 세율별 과세표준에 다음 각 호의 연도별 적용비율과 같은 항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 각각 당해연도의 세액으로 한다.

1. 2006년: 100분의 55

2. 2007년: 100분의 60

3. 2008년: 100분의 65

4. 2009년: 100분의 70

5. 2010년: 100분의 75

6. 2011년: 100분의 80

7. 2012년: 100분의 85

8. 2013년: 100분의 90

9. 2014년: 100분의 95

⑥ 토지분 별도합산 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제188조 제3항 의 규정에 의하여 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2의 규정에 의하여 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다.

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 종합부동산세법 제14조 【세율 및 세액】(2008.12.26. 법률 제9273호로 개정된 것)

① (생 략)

② (삭제, 2008.12.26)

③ 종합합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제188조 제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다.

④ (생 략)

⑤ (삭제, 2008.12.26)

⑥ 별도합산과세대상인 토지의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액(지방세법 제188조제3항 에 따라 가감조정된 세율이 적용된 경우에는 그 세율이 적용된 세액, 같은 법 제195조의2에 따라 세부담 상한을 적용받은 경우에는 그 상한을 적용받은 세액을 말한다)은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다. (2008.12.26. 개정)

⑦ 토지분 종합부동산세액의 계산에 있어서 토지분 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005.12.31 신설) 부 칙 (2008.12.26. 법률 제9273호) 제1조【시행일】 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제3조【과세표준 적용비율에 관한 적용특례】

① 이 법의 공포일이 속하는 연도에 납세의무가 성립하는 주택분 종합부동산세의 세액은 종전의 제8조에 따른 과세표준에 100분의 80의 적용비율과 종전의 제9조제1항에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

② 이 법의 공포일이 속하는 연도에 납세의무가 성립하는 종합합산과세대상 토지분 종합부동산세의 세액은 종전의 제13조제1항에 따른 과세표준에 100분의 80의 적용비율과 종전의 제14조제1항에 따른 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

○ 종합부동산세법 시행령 제2조의4【공정시장가액비율】(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 것)

① 법 제8조 제1항 본문 및 제13조제1항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다.

② 법 제13조 제2항에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 100분의 80을 말한다. 다만, 2009년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 70으로 하고, 2010년에 납세의무가 성립하는 분에 대하여는 100분의 75로 한다.

○ 종합부동산세법 시행령 제4조의2【주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산】(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것) 법 제9조 제4항의 규정에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액 x 주택분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 주택을 합산하여 주택분재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

○ 종합부동산세법 시행령 제4조의2【주택분 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산】(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 것) 법 제9조 제4항에 따라 주택분 종합부동산세액에서 공제되는 주택분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액 x 주택분 과세표준에 대하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 주택을 합산하여 주택분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

○ 종합부동산세법 시행령 제5조의3【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 것)

① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 x 종합합산과세대상인 토지분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 x 별도합산과세대상인 토지분 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대산인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

○ 종합부동산세법 시행령 제5조의3【토지분 종합부동산세의 재산세 공제】(2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 것)

① 법 제14조 제7항에 따라 토지분 종합합산세액에서 공제되는 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다.(2009.2.4. 개정) 종합합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 x 종합합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 종합합산과세대상인 토지를 합산하여 종합합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액

② 법 제14조제7항에 따라 토지분 별도합산세액에서 공제되는 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액은 다음 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 별도합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 x 별도합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 별도합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 별도합산과세대상인 토지를 합산하여 별도합산과세대산인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 부 칙 (2009.2.4. 대통령령 제21293호) 제1조【시행일】 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.

○ 지방세법 제5조 【재산세 과세표준에 대한 적용특례】부칙(2005.12.31. 법률7843호로 개정된 것) 제187조 제1항의 개정규정에 불구하고 2006년부터 2017년까지의 과세표준은 시가표준액에 다음 각호에서 정하는 적용비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지와 건축물에 대한 적용비율은 2006년에는 100분의 55로 적용하고, 2007년부터는 매년 100분의 5씩 인상하여 2015년부터는 100분의 100으로 한다.

2. 주택에 대한 적용비율은 2006년과 2007년에는 100분의 50로 적용하고, 2008년부터는 매년 100분의 5씩 인상하여 2017년부터는 100분의 100으로 한다.

○ 지방세법 제187조 【과세표준】(2009.2.6. 법률 제9422호로 개정된 것)

① 토지·건축물·주택에 대한 재산세의 과세표준은 제111조 제2항에 따른 시가표준액에 부동산 시장의 동향과 지방재정 여건 등을 고려하여 다음 각 호의 어느 하나에서 정한 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 50부터 100분의 90까지

2. 주택: 시가표준액의 100분의 40부터 100분의 80까지 부 칙 (2009.2.6. 법률 제9422호) 제1조【시행일】 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 제2조【재산세 과세표준에 대한 적용 특례】 제187조의 개정규정에도 불구하고 주택에 대한 2008년도분 재산세의 과세표준은 제111조 제2항에 따른 시가표준액에 100분의 50을 곱하여 산정한 가액으로 한다.

○ 지방세법 시행령 제138조 【공정시장가액비율】(2009.5.21. 대통령령 제21498호로 개정된 것) 법 제187조제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 공정시장가액비율"이란 다음 각 호의 비율을 말한다.

1. 토지 및 건축물: 시가표준액의 100분의 70

2. 주택: 시가표준액의 100분의 60 부 칙 (2009.5.21. 대통령령 제21498호) 제1조【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제84조의3 제4항 제5호 각 목외의 부분 전단의 개정규정은 2009년 8월 7일부터 시행하고, 제229조의 2의 개정규정은 2010년 1월 1일부터 시행한다. 제2조【적용례】

① 제138조 및 제142조 제1호 라목의 개정규정은 2009년도 재산세 과세분부터 적용한다.

○ 국세와 지방세의 조정 등에 관한 법률 제2조 【국세】 국가는 소득세․법인세․상속세․증여세․종합부동산세․재평가세․부가가치세․개별소비세․주세․인지세․증권거래세․관세․임시수입부가세․교육세․교통․에너지․환경세 및 농어촌특별세를 과세한다.

○ 국세와 지방세의 조정 등에 관한 법률 제4조 【중복과세의 금지】 국가와 지방자치단체는 이 법에 규정한 것을 제외하고는 과세물건이 중복되는 여하한 명목의 세법도 제정하지 못한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 청구법인 소유의 종합부동산세 과세대상 주택분, 종합합산과세대상토지분, 별도합산과세대상토지분에 대하여 종합부동산세 산출세액에서 2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에서 규정하고 있는 산식에 의하여 계산된 재산세액 4,477,836원(주택분의 경우 구체적 계산방법은 다음과 같음), 45,208,961원(종합합산과세대상토지분) 및 75,733,740원(별도합산과세대상토지분)을 각각 공제하여 2008.11.26. 청구인에게 이 건 경정․고지한 사실이 심리자료에 나타난다.

① 재산세로 부과된 세액의 합계액: 5,937,173원

② 과세표준금액에 대한 재산세 표준세액: 10,671,656원 [{공시가격 - 6억원(1세대1주택 9억원)} x 종합부동산세 공정시장가액비율(80%) x 재산세 공정시장가액비율(60%) x 재산세 표준세율 [(6,158,154,275원 - 600,000,000원) x 80%] x 60% x 0.4%

③ 전체 재산세 표준세액: 14,149,570원 (공시가격 x 재산세 공정시장가액비율(60%) x 재산세세율 (6,158,154,275원 x 60% x 0.4% - 누진공제 630,000원 = 14,149,570원

④ 공제할 재산세액: 4,477,836원 = ① 5,937,173원 x

② 10,671,656원

③ 14,149,570원

(2) 청구법인은 처분청이 2009년 귀속 종합부동산세를 산정함에 있어서 공제할 재산세를 계산한 방식이 2009.2.4. 개정된 종합부동산세법시행령제5조의3)토지분 종합부동산세의 재산세 공제)의 문언해석에 부합하지 않으므로 2008년까지 종합부동산세액에서 공제할 재산세액을 계산하였던 방법과 동일하게 계산하여 주택분 6,396908원, 종합합산과세대상토지분 64,584,230원, 별도합산과세대상토지분 108,191,057원을 각각의 공제할 재산세액으로 하여 종합부동산세 53,751,650원 및 농어촌특별세 10,750,330원을 감액경정하여야 하며, 종합부동산세와 재산세는 모두 부동산 보유에 따른 보유세로서 그 성질을 같이하고 있으므로 동일한 과세대상 부동산에 대하여 재산세와 종합부동산세를 이중과세하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

(3) 법률 제9273호로 2008.12.26. 개정(2009년부터 납세의무 성립분부터 적용)되기 전의종합부동산세법제8조 제1항, 제13조 제1항․제2항, 제9조 제2항, 제14조 제2항․제5항 규정에 의하면, 종합부동산세 산출세액은 과세표준에 연도별 적용율 및 세율을 곱하여 산출하는데도 불구하고, 2009.2.4. 개정전 가튼 법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에서 규정하고 있는 공제할 재산세액계산시는 과세기준초과금액에 대한 재산세 표준세액을 공제하도록 규정하고 과세기준금액 초과금액 중 일부가 종합부동산 과세표준에 포함되지 않았는데도 재산세 상당액은 공제되는 문제가 발생하여 이를 보완하기 위하여 유형별(주택분, 종합합산과세대상토지분, 분리과세대상토지분)로 재산세로 부과된 세액에 과세표준에 대한 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액이 전체 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액이 차지하는 비율을 곱한 금액을 공제할 재산세액으로 개정되었다.

(4) 살피건대, 청구법인은 2009.2.4. 대통령령 제21293호로 개정되기 전의 종합부동산세법 시행령제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에 의하여 계산되어야 한다며 구체적인 계산내역을 제시하지 않고 주택분 6,396,908원, 종합합산과세대상토지분 64,584,230원 별도합산과세대상토지분 108,191,057원을 공제해야 한다고 주장하고 있으나, 처분청도 대통령령 제21293호 부칙 제2조 규정에 의하여 2009년에 납세의무가 최초로 성립하는 분부터 적용하는 종합부동산세법 시행령제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항에서 규정하고 있는 산식에 따라 계산된 재산세액을 재산세 공제세액으로 한 것으로 나타나고, 청구법인이 실제로 납부한 재산세액은 주택분 5,937,173원, 종합합산대상토지분 58,009,719원인데도 불구하고 청구법인이 주장하는 공제하여야 할 재산세액은 주택분 6,396,908원, 종합합산대상토지분 64,584,230원으로 공제할 재산세액이 납부한 재산세액은 주택분 5,937,173원, 종합합산대상토지분 64,584,230원으로 공제할 재산세액이 납부한 재산세액보다 더 많은 모순이 발생하고 있으며, 종합부동산세법상 종합부동산세의 세액은 과세대상부동산에 대하여 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출하기 때문에, 결국 동일한 과세대상부동산이라고 할지라도 지방자치단체에서 재산세로 부과된 세액을 공제하여 산출하기 때문에 결국 동일한 과세대상부동산이라고 할지라도 지방자치단체에서 재산세로 과세되는 부분과 국가에서 종합부동산세로 과세되는 부분이 서로 나뉘어져 재산세를 납부한 부분에 대하여 다시 종합부동산세를 납부하는 것이 아니므로 종합부동산세와 재산세사이에 이중과세의 문제는 발생하지 아니한다 할 것이다(2008.11.13. 선고, 헌법재판소 2006헌바112, 2007헌바71 등 참조).

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.