조세심판원 심판청구 양도소득세

대토농지 소재지에 실제 거주하면서 대토농지를 자경하였는지 여부

사건번호 조심-2010-전-0529 선고일 2010.11.22

처분청이 현지 확인한 2009년 6월에는 대토농지에 잡풀이 우거져 있고 2009년 11월에는 보리가 파종되어 있는 점, 농지원부상에 대토농지의 주요 재배작물은 기타이고, 청구인이 임차한 농지의 주요작물은 잡곡으로 되어 있는 점 등으로 보아 청구인이 제시한 증빙서류만으로는 대토농지를 취득한 후 1년 이내에 종전농지를 양도하고 대토농지 소재지에서 실제 거주하면서 대토농지를 경작한 것으로 보여지지 아니함

주 문

심판청구를 기각합니다.

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 ○○○지구 택지개발사업에 따라 2005년~2006년 ○○○ 등 6필지 농지 7,284㎡ 중 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 2005.9.20. 같은 리 ○○○ 전 1,686㎡, 같은 리 ○○○ 답 1,557㎡ 합계 3,243㎡를 한국토지개발공사에 양도하고, 2006.1.17. 같은 리 ○○○ 전 2,919㎡, 같은 리 ○○○ 답 225㎡, 같은 리 ○○○ 전 559㎡, 같은 리 ○○○ 전 338㎡, 합계 4,041㎡(2005.9.20. 양도한 농지를 포함하여 이하 “종전농지”라 한다)를 양도하여 2005.11.30. 보상금 2,097,454천원을 지급받았으며, 종전농지의 수용을 예상하여 대신 경작할 목적으로 2005.4.19. ○○○ 등 12필지 농지 10,331㎡(이하 “대토농지”라 한다) 취득하였다.
  • 나. 처분청은 2009.6.23. 대토농지 현지 확인을 실시한 결과, 청구인이 대토농지를 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 2009.8.17. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 63,040,370원, 2006년 귀속 양도소득세 125,412,660원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.11.12. 이의신청을 거쳐 2010.2.4. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 (1) 소득세법 시행령 제153조 제5항 의 경작 간주 규정을 적용할 수 있는지에 대하여 청구인은 자신의 의사에 반하여 법률의 규정에 따라 종전농지를 양도한 것이므로 구 소득세법 시행령제153조 제5항을 적용받아 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 간주되어야 하며, 법령상 간주 규정이 있는 경우에는 이와는 다른 사실을 입증한다고 하여도 아무런 소용이 없는 것이고, 비과세 요건 중 면적 기준이나 가액 기준 중 하나만 충족되면 비과세되는 것이다.

(2) 청구인이 대토농지 소재지에 실제 거주하면서 자경하였는지에 대하여 처분청은 근거 없이 거주사실을 부인하고 있으나, 2005년~2008년 이장을 역임한 한창회의 사실확인서, 대토농지 소재지 ○○○ 업주 ○○○의 사실확인서, ○○○의 사실확인서 등를 통하여 청구인의 거주사실이 입증된다. 2009.6.26. ○○○이 발행한 농지원부를 보면, 청구인이 대토농지를 자경한 사실에 대하여 표시하여 주고 있으며, 청구인이 보리농사를 지으면서 대토농지 소재지 ○○○의 콤바인을 빌려 사용한 확인서와 2007.7.2. 대금 300,000원을 송금한 입·출금거래내역에 의하여 경작사실이 확인되고, 대토농지 위에 퇴비를 살포한 상태인 2007년 12월 촬영한 국립지리원의 항공사진, ○○○ 외 1필지의 파종 상태 사진, ○○○ 외 8필지의 파종전 액비살포상태 사진과 발아상태 사진, ○○○ 작은 저수지의 연 식재 상태사진, 농기계작업 사진, 수확한 보리재고 포대 사진, 파종예정 씨앗 상태의 보리종자 사진, 파종후 눈 덮인 밭 사진 등에 의하여 자경사실이 충분히 입증되며, 처분청은 청구인이 축산업을 영위하고 있어 농업에 종사하지 않았다고 보았으나, 축산업을 영위하면서 농업에 종사할 수 있는 등 두 업종을 동시에 영위할 수 있는 것이다. 또한, 처분청은 사실관계를 미흡하게 하거나 잘못함으로써 사실판단을 잘못하고 있는 바, 처분청의 조사서에 의하면, 대토농지로 취득한 토지위에 돈사 5곳, 방목장 1곳, 주택 2채 및 기타 초지를 조성하여 운영 중이라고 조사되어 있으나,○○○시장이 발행한 건축물대장총괄표제부에 의하면, 돈사 7동, 분뇨처리장 1동, 관리사 1동은 대토농지와는 관련 없는 ○○○필지에 소재하고 있고, 위 토지들은 청구인의 아들 또는 청구인의 소유이어서 착오를 일으킬 수 있었으며, 실제로 청구인이 대토로 취득한 농지위에는 건축물이나 구조물이 존재하지 아니므로 전혀 다른 토지를 조사하고 잘못된 조사내용을 근거로 과세한 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 대토농지의 대토요건 규정에 대하여 구 소득세법 시행령 제153조 제5항 의 규정은 경작 간주 규정이 아니라 대토농지가 협의매수 등으로 수용되는 경우에는 대토농지 소재지에서 3년 이상 경작하지 못한 경우에도 3년 이상 경작한 것으로 보겠다는 규정으로서 협의매수 등으로 보상받은 농지는 무조건 대토요건을 갖추면 비과세된다는 규정이 아니다.

(2) 대토농지의 실제 경작 여부에 대하여 대토농지 소재지에 실제 거주여부와 관련하여, 양돈을 위하여 실주소지와 사업장을 오고 간 것을 주소지였다고 보기는 어려우며, 사실확인서를 작성한○○○는 2003.4.30. 이후 중기사업을 개시한 사실이 없고, ○○○는 2004.12.31. 이후 음식점을 개업한 사실이 없으며, ○○○은 비육돈 출하시 청구인이 있었다고 확인하고 있고, 청구인 및 동거 가족의 주소 변동 사항을 보면, 청구인은 ○○○번지로 되어 있고, 가족들은 ○○○번지(○○○사업장 소재지)에 1998.9.1.부터 계속 거주한 것으로 되어 있으며, 청구인은 2000년~2007년까지 축산/양돈으로 연 수입금액이 1,253백만원~3,778백만원으로 나타나고 있어 소득원이 발생하는 장소 및 부양가족이 거주하는 장소가 생활근거지인 주소지인데 청구인이 주 소득원의 발생지 및 부양가족의 거주지 외 장소를 주민등록상 주소지로 둔 것은 정상적인 주소지로 볼 수 없다. 실지 경작여부와 관련하여, 대토농지의 농지원부와 실제 현지확인시 지목을 보면 농지원부는 객관성이 없는 것으로 판단되며, 동네주민 ○○○에 의하면 대토농지 ○○○번지는 주로 사료용 작물인 보리를 재배하였으나 이삭이 굵기 전에 전부 수확한 것으로 탐문되었고, 인근 주민 ○○○에 의하면, ○○○번지는 가을철에는 사료용 보리를 재배하였고, 여름철에는 사료용작물인 수단그라스를 재배한 것으로 탐문되었으며, 671-2, 671-4번지에 대한 직불금 수령 여부를 ○○○면사무소에 의뢰하여 2005년~2006년 논농업직불금을 전 소유자 ○○○이 수령한 것으로 확인되었는 바, 청구인이 경작상 필요에 의하여 대토농지를 2005년에 구입하였다면 그 당시부터 경작을 시작하는 것이 타당하다. 청구인은 대토농지가 아닌 토지를 대토농지로 잘못 판단하여 과세하였다고 주장하나, 복명서상 기재내용은 양돈장 내 전체에 대하여 기술한 것으로서 일부 돈사 부속토지 및 축사를 대토농지로 보아 기술한 것이 아니며, 현지 확인 시점에 양돈장 내 대토농지를 포함하여 경작에 활용한 농지는 없었으므로 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 구 소득세법 시행령 제153조 제5항 을 적용하여 대토요건을 충족한 것으로 볼 수 있는지 여부

② 청구인이 대토농지 소재지에 실제 거주하면서 대토농지를 자경하였는지 여부

  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제89조 【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득 (2) 소득세법 시행령(2005.12.31, 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제153조 【농지의 비과세】① 법 제89조 제2호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 농지(제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)를 교환 또는 분합하는 경우로서 교환 또는 분합하는 쌍방 토지가액의 차액이 가액이 큰 편의 4분의 1 이하인 경우를 말한다.

1. 국가 또는 지방자치단체가 시행하는 사업으로 인하여 교환 또는 분합하는 농지

2. 국가 또는 지방자치단체가 소유하는 토지와 교환 또는 분합하는 농지

3. 경작상 필요에 의하여 교환하는 농지. 다만, 교환에 의하여 새로이 취득하는 농지를 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작하는 경우에 한한다.

4. 농어촌정비법농지법농업기반공사 및 농지관리기금법 또는 농업협동조합법에 의하여 교환 또는 분합하는 농지

② 법 제89조 제4호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지(제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일부터 1년내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우

2. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상인 경우

③ 제1항 제3호 단서 및 제2항 제1호에서 "농지소재지" 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)을 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

⑤ 제1항 제3호 및 제2항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지의 취득후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.

(3) 조세특례제한법(2005.12.31, 법률 제7839호로 개정된 것) 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 양도하거나 취득하는 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 등에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령이 정하는 토지의 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2005.12.31, 대통령령 제19256호로 개정된 것) 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

② 법 제70조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 "대통령령이 정하는 경우" 라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  • 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
  • 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  • 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
  • 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

④ 제3항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 한국토지개발공사에 양도한 종전농지와 경작상 필요에 의하여 취득한 대토농지 현황은 아래 <표>와 같이 나타난다.

○○○

(2) 청구인은 대토농지를 취득하고 1년7개월이 지난 후에 대토농지 소재지로 주민등록을 이전하였으며, 주민등록표상 주소지 현황은 아래 <표>와 같이 나타난다.

○○○

(3) 처분청은 청구인이 대토농지 소재지에 거주하면서 자경하지 아니한 것으로 보아 2009.8.17. 종전농지의 양도에 대하여 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 63,040,370원, 2006년 귀속 양도소득세 125,412,660원을 고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다.

(4) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 자신의 의사에 반하여 법률의 규정에 따라 종전농지를 양도한 것이므로 구 소득세법 시행령제153조 제5항을 적용받아 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 간주되어야 한다고 주장한다. (나) 소득세법(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제89조 제4호는 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하고 있고, 소득세법 시행령(2005.12.31, 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제153조 제2항 제1호 후단에서 대토농지라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 새로운 농지의 취득일부터 1년내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로 규정하고 있으며, 같은 조 제5항은 제2항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지의 취득후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다고 규정하고 있다. (다) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하면, 청구인은 종전농지가 수용되었으므로 3년 거주하면서 자경한 것으로 간주하여야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령(2005.12.31, 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제153조 제5항은 제2항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지의 취득 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 위 법령은 대토농지 취득 후 3년 이내에 수용되어 대토농지에서 3년 이상 자경 요건을 충족하지 못하는 경우에 적용되는 규정으로 보이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(5) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 증빙서류로 이웃주민의 사실확인서, 대토농지 경작현황 사진 등을 제시하면서 대토농지 소재지에 거주하면서 청구인이 대토농지를 자경하였고 주장한다. (나) 사실확인서를 보면, 2005년~2008년 대토농지 소재지 이장을 역임한 ○○○는 이장으로 재직하면서 공적 및 사적인 업무로 ○○○번지 방문시 대부분 청구인을 직접 만나 서류를 전달하고 협의하였다고 확인하고 있고, ○○○ 업주 ○○○는 ○○○에서 음식배달을 갔을 때 자주 만났으며 여러 상황을 볼 때 청구인이 ○○○에서 거주하는 것으로 생각된다고 확인하고 있으며, ○○○는 대토농지 주소지인 ○○○번지에 위치한 농장과 ○○○ 등지에서 장비를 사용하여 장기적으로 개간업무를 도왔으며 그 기간 동안 위 사람이 항상 새벽에 먼저 현장에 나와 작업지시 및 공동작업을 하였다고 확인하고 있고, ○○○은 ○○○번지 주변에 있는 양돈장(○○○ 농장)에서 월 300두 정도의 비육돈을 출하하며, 출하시에 청구인이 함께 하였음을 확인하고 있다. (다) 콤바인을 빌려 사용한 확인서 및 입출금거래내역을 보면, 대토농지 소재지에 거주하는 ○○○은 본인 소유의 콤바인으로 청구인이 ○○○ 지역에 재배한 보리 수확을 도와주었음을 확인하고 있고, 청구인의 ○○○계좌(○○○)에서 2007.7.2. 300,000원을 ○○○에게 송금한 것으로 나타난다. (라) 2009.6.26. ○○○면장이 발행한 농지원부를 보면, 1992.4.13. 최초 작성되었으며, 청구인이 대토농지 12필지 외에 ○○○ 등에 19필지를 소유하고 있고, 대토농지의 주 재배작물은 기타로 되어 있으며, ○○○ 답 11,455㎡ 등 전, 답, 잡종지 18필지를 임차하여 잡곡을 재배하는 것으로 나타난다. (마) 청구인이 제시한 사진 등에는 대토농지 위에 퇴비를 살포한 상태인 2007.12. 촬영한 국립지리원의 항공사진, ○○○ 외 1필지의 파종 상태, ○○○ 외 필지의 파종전 액비살포상태와 발아상태, ○○○ 작은 저수지의 연 식재 상태, 농기계작업, 수확한 보리 재고 포대, 파종예정 씨앗 상태의 보리종자, 파종 후 눈 덮인 밭 등으로 나타난다. (바) ○○○시장이 발행한 건축물대장에 의하면, 돈사 7동, 분뇨처리장 1동, 관리사 1동은 대토농지 외의 농지인 ○○○, 5필지에 소재한 것으로 나타나며, 대토농지 12필지 외에 2005.4.13. 청구인 및 청구인의 아들 명의로 목장용지 등을 아래 <표>와 같이 취득한 것으로 나타난다.

○○○지구 택지개발사업에 따라 2005년~2006년 ○○○ 등 6필지 농지 7,284㎡ 중 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 2005.9.20. 같은 리 ○○○ 전 1,686㎡, 같은 리 ○○○ 답 1,557㎡ 합계 3,243㎡를 한국토지개발공사에 양도하고, 2006.1.17. 같은 리 ○○○ 전 2,919㎡, 같은 리 ○○○ 답 225㎡, 같은 리 ○○○ 전 559㎡, 같은 리 ○○○ 전 338㎡, 합계 4,041㎡(2005.9.20. 양도한 농지를 포함하여 이하 “종전농지”라 한다)를 양도하여 2005.11.30. 보상금 2,097,454천원을 지급받았으며, 종전농지의 수용을 예상하여 대신 경작할 목적으로 2005.4.19. ○○○ 등 12필지 농지 10,331㎡(이하 “대토농지”라 한다) 취득하였다.

  • 나. 처분청은 2009.6.23. 대토농지 현지 확인을 실시한 결과, 청구인이 대토농지를 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 2009.8.17. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 63,040,370원, 2006년 귀속 양도소득세 125,412,660원을 경정·고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2009.11.12. 이의신청을 거쳐 2010.2.4. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 (1) 소득세법 시행령 제153조 제5항 의 경작 간주 규정을 적용할 수 있는지에 대하여 청구인은 자신의 의사에 반하여 법률의 규정에 따라 종전농지를 양도한 것이므로 구 소득세법 시행령제153조 제5항을 적용받아 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 간주되어야 하며, 법령상 간주 규정이 있는 경우에는 이와는 다른 사실을 입증한다고 하여도 아무런 소용이 없는 것이고, 비과세 요건 중 면적 기준이나 가액 기준 중 하나만 충족되면 비과세되는 것이다.

(2) 청구인이 대토농지 소재지에 실제 거주하면서 자경하였는지에 대하여 처분청은 근거 없이 거주사실을 부인하고 있으나, 2005년~2008년 이장을 역임한 한창회의 사실확인서, 대토농지 소재지 ○○○ 업주 ○○○의 사실확인서, ○○○의 사실확인서 등를 통하여 청구인의 거주사실이 입증된다. 2009.6.26. ○○○이 발행한 농지원부를 보면, 청구인이 대토농지를 자경한 사실에 대하여 표시하여 주고 있으며, 청구인이 보리농사를 지으면서 대토농지 소재지 ○○○의 콤바인을 빌려 사용한 확인서와 2007.7.2. 대금 300,000원을 송금한 입·출금거래내역에 의하여 경작사실이 확인되고, 대토농지 위에 퇴비를 살포한 상태인 2007년 12월 촬영한 국립지리원의 항공사진, ○○○ 외 1필지의 파종 상태 사진, ○○○ 외 8필지의 파종전 액비살포상태 사진과 발아상태 사진, ○○○ 작은 저수지의 연 식재 상태사진, 농기계작업 사진, 수확한 보리재고 포대 사진, 파종예정 씨앗 상태의 보리종자 사진, 파종후 눈 덮인 밭 사진 등에 의하여 자경사실이 충분히 입증되며, 처분청은 청구인이 축산업을 영위하고 있어 농업에 종사하지 않았다고 보았으나, 축산업을 영위하면서 농업에 종사할 수 있는 등 두 업종을 동시에 영위할 수 있는 것이다. 또한, 처분청은 사실관계를 미흡하게 하거나 잘못함으로써 사실판단을 잘못하고 있는 바, 처분청의 조사서에 의하면, 대토농지로 취득한 토지위에 돈사 5곳, 방목장 1곳, 주택 2채 및 기타 초지를 조성하여 운영 중이라고 조사되어 있으나,○○○시장이 발행한 건축물대장총괄표제부에 의하면, 돈사 7동, 분뇨처리장 1동, 관리사 1동은 대토농지와는 관련 없는 ○○○필지에 소재하고 있고, 위 토지들은 청구인의 아들 또는 청구인의 소유이어서 착오를 일으킬 수 있었으며, 실제로 청구인이 대토로 취득한 농지위에는 건축물이나 구조물이 존재하지 아니므로 전혀 다른 토지를 조사하고 잘못된 조사내용을 근거로 과세한 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 대토농지의 대토요건 규정에 대하여 구 소득세법 시행령 제153조 제5항 의 규정은 경작 간주 규정이 아니라 대토농지가 협의매수 등으로 수용되는 경우에는 대토농지 소재지에서 3년 이상 경작하지 못한 경우에도 3년 이상 경작한 것으로 보겠다는 규정으로서 협의매수 등으로 보상받은 농지는 무조건 대토요건을 갖추면 비과세된다는 규정이 아니다.

(2) 대토농지의 실제 경작 여부에 대하여 대토농지 소재지에 실제 거주여부와 관련하여, 양돈을 위하여 실주소지와 사업장을 오고 간 것을 주소지였다고 보기는 어려우며, 사실확인서를 작성한○○○는 2003.4.30. 이후 중기사업을 개시한 사실이 없고, ○○○는 2004.12.31. 이후 음식점을 개업한 사실이 없으며, ○○○은 비육돈 출하시 청구인이 있었다고 확인하고 있고, 청구인 및 동거 가족의 주소 변동 사항을 보면, 청구인은 ○○○번지로 되어 있고, 가족들은 ○○○번지(○○○사업장 소재지)에 1998.9.1.부터 계속 거주한 것으로 되어 있으며, 청구인은 2000년~2007년까지 축산/양돈으로 연 수입금액이 1,253백만원~3,778백만원으로 나타나고 있어 소득원이 발생하는 장소 및 부양가족이 거주하는 장소가 생활근거지인 주소지인데 청구인이 주 소득원의 발생지 및 부양가족의 거주지 외 장소를 주민등록상 주소지로 둔 것은 정상적인 주소지로 볼 수 없다. 실지 경작여부와 관련하여, 대토농지의 농지원부와 실제 현지확인시 지목을 보면 농지원부는 객관성이 없는 것으로 판단되며, 동네주민 ○○○에 의하면 대토농지 ○○○번지는 주로 사료용 작물인 보리를 재배하였으나 이삭이 굵기 전에 전부 수확한 것으로 탐문되었고, 인근 주민 ○○○에 의하면, ○○○번지는 가을철에는 사료용 보리를 재배하였고, 여름철에는 사료용작물인 수단그라스를 재배한 것으로 탐문되었으며, 671-2, 671-4번지에 대한 직불금 수령 여부를 ○○○면사무소에 의뢰하여 2005년~2006년 논농업직불금을 전 소유자 ○○○이 수령한 것으로 확인되었는 바, 청구인이 경작상 필요에 의하여 대토농지를 2005년에 구입하였다면 그 당시부터 경작을 시작하는 것이 타당하다. 청구인은 대토농지가 아닌 토지를 대토농지로 잘못 판단하여 과세하였다고 주장하나, 복명서상 기재내용은 양돈장 내 전체에 대하여 기술한 것으로서 일부 돈사 부속토지 및 축사를 대토농지로 보아 기술한 것이 아니며, 현지 확인 시점에 양돈장 내 대토농지를 포함하여 경작에 활용한 농지는 없었으므로 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 구 소득세법 시행령 제153조 제5항 을 적용하여 대토요건을 충족한 것으로 볼 수 있는지 여부

② 청구인이 대토농지 소재지에 실제 거주하면서 대토농지를 자경하였는지 여부

  • 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제89조 【비과세양도소득】다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

4. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득 (2) 소득세법 시행령(2005.12.31, 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제153조 【농지의 비과세】① 법 제89조 제2호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 농지(제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)를 교환 또는 분합하는 경우로서 교환 또는 분합하는 쌍방 토지가액의 차액이 가액이 큰 편의 4분의 1 이하인 경우를 말한다.

1. 국가 또는 지방자치단체가 시행하는 사업으로 인하여 교환 또는 분합하는 농지

2. 국가 또는 지방자치단체가 소유하는 토지와 교환 또는 분합하는 농지

3. 경작상 필요에 의하여 교환하는 농지. 다만, 교환에 의하여 새로이 취득하는 농지를 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작하는 경우에 한한다.

4. 농어촌정비법농지법농업기반공사 및 농지관리기금법 또는 농업협동조합법에 의하여 교환 또는 분합하는 농지

② 법 제89조 제4호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지(제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일부터 1년내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우

2. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적 이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상인 경우

③ 제1항 제3호 단서 및 제2항 제1호에서 "농지소재지" 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)을 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

⑤ 제1항 제3호 및 제2항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지의 취득후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.

(3) 조세특례제한법(2005.12.31, 법률 제7839호로 개정된 것) 제70조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면과 소액부징수를 포함한다)이 되는 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 양도하거나 취득하는 토지가 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역 등에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 토지로서 대통령령이 정하는 토지의 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

③ 제1항의 규정에 의하여 감면을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (4) 조세특례제한법 시행령(2005.12.31, 대통령령 제19256호로 개정된 것) 제67조 【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】① 법 제70조 제1항에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 3년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구 안의 지역

② 법 제70조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성 식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.

③ 법 제70조 제1항에서 "대통령령이 정하는 경우" 라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  • 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
  • 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

2. 3년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

  • 가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 2분의 1 이상일 것
  • 나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 3분의 1 이상일 것

④ 제3항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지를 취득한 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 한국토지개발공사에 양도한 종전농지와 경작상 필요에 의하여 취득한 대토농지 현황은 아래 <표>와 같이 나타난다.

○○○

(2) 청구인은 대토농지를 취득하고 1년7개월이 지난 후에 대토농지 소재지로 주민등록을 이전하였으며, 주민등록표상 주소지 현황은 아래 <표>와 같이 나타난다.

○○○

(3) 처분청은 청구인이 대토농지 소재지에 거주하면서 자경하지 아니한 것으로 보아 2009.8.17. 종전농지의 양도에 대하여 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 63,040,370원, 2006년 귀속 양도소득세 125,412,660원을 고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다.

(4) 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 자신의 의사에 반하여 법률의 규정에 따라 종전농지를 양도한 것이므로 구 소득세법 시행령제153조 제5항을 적용받아 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 간주되어야 한다고 주장한다. (나) 소득세법(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제89조 제4호는 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니한다고 규정하고 있고, 소득세법 시행령(2005.12.31, 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제153조 제2항 제1호 후단에서 대토농지라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 새로운 농지의 취득일부터 1년내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우로 규정하고 있으며, 같은 조 제5항은 제2항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지의 취득후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다고 규정하고 있다. (다) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하면, 청구인은 종전농지가 수용되었으므로 3년 거주하면서 자경한 것으로 간주하여야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령(2005.12.31, 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것) 제153조 제5항은 제2항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 새로운 농지의 취득 후 3년 이내에 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우에는 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 위 법령은 대토농지 취득 후 3년 이내에 수용되어 대토농지에서 3년 이상 자경 요건을 충족하지 못하는 경우에 적용되는 규정으로 보이므로 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(5) 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 증빙서류로 이웃주민의 사실확인서, 대토농지 경작현황 사진 등을 제시하면서 대토농지 소재지에 거주하면서 청구인이 대토농지를 자경하였고 주장한다. (나) 사실확인서를 보면, 2005년~2008년 대토농지 소재지 이장을 역임한 ○○○는 이장으로 재직하면서 공적 및 사적인 업무로 ○○○번지 방문시 대부분 청구인을 직접 만나 서류를 전달하고 협의하였다고 확인하고 있고, ○○○ 업주 ○○○는 ○○○에서 음식배달을 갔을 때 자주 만났으며 여러 상황을 볼 때 청구인이 ○○○에서 거주하는 것으로 생각된다고 확인하고 있으며, ○○○는 대토농지 주소지인 ○○○번지에 위치한 농장과 ○○○ 등지에서 장비를 사용하여 장기적으로 개간업무를 도왔으며 그 기간 동안 위 사람이 항상 새벽에 먼저 현장에 나와 작업지시 및 공동작업을 하였다고 확인하고 있고, ○○○은 ○○○번지 주변에 있는 양돈장(○○○ 농장)에서 월 300두 정도의 비육돈을 출하하며, 출하시에 청구인이 함께 하였음을 확인하고 있다. (다) 콤바인을 빌려 사용한 확인서 및 입출금거래내역을 보면, 대토농지 소재지에 거주하는 ○○○은 본인 소유의 콤바인으로 청구인이 ○○○ 지역에 재배한 보리 수확을 도와주었음을 확인하고 있고, 청구인의 ○○○계좌(○○○)에서 2007.7.2. 300,000원을 ○○○에게 송금한 것으로 나타난다. (라) 2009.6.26. ○○○면장이 발행한 농지원부를 보면, 1992.4.13. 최초 작성되었으며, 청구인이 대토농지 12필지 외에 ○○○ 등에 19필지를 소유하고 있고, 대토농지의 주 재배작물은 기타로 되어 있으며, ○○○ 답 11,455㎡ 등 전, 답, 잡종지 18필지를 임차하여 잡곡을 재배하는 것으로 나타난다. (마) 청구인이 제시한 사진 등에는 대토농지 위에 퇴비를 살포한 상태인 2007.12. 촬영한 국립지리원의 항공사진, ○○○ 외 1필지의 파종 상태, ○○○ 외 필지의 파종전 액비살포상태와 발아상태, ○○○ 작은 저수지의 연 식재 상태, 농기계작업, 수확한 보리 재고 포대, 파종예정 씨앗 상태의 보리종자, 파종 후 눈 덮인 밭 등으로 나타난다. (바) ○○○시장이 발행한 건축물대장에 의하면, 돈사 7동, 분뇨처리장 1동, 관리사 1동은 대토농지 외의 농지인 ○○○, 5필지에 소재한 것으로 나타나며, 대토농지 12필지 외에 2005.4.13. 청구인 및 청구인의 아들 명의로 목장용지 등을 아래 <표>와 같이 취득한 것으로 나타난다. (사) 처분청이 ○○○면사무소에 요청한 쌀소득 등 보전직접지불금 현황을 보면, 대토농지 중 ○○○(2,952㎡), ○○○(1,762㎡)에 대한 2005년부터 2008년까지 쌀소득 등 보전직접지불금을 청구인이 수령하지 아니하였으며, 2005년~2006년은 전 소유자 ○○○이 신청하여 수령하였고, 2007년, 2008년은 미수령한 것으로 나타난다. (아) 처분청이 현지 확인시 조사한 대토농지의 지목 현황 및 농지원부상 지목 현황은 아래 <표>와 같이 나타나며, 현지확인(2009.6.)시 촬영한 사진과 2009년 11월 촬영한 사진에는 대토농지 중○○○ 합병농지인 ○○○으로 구분되어 있고, 2009년 6월에는 잡풀이 무성하였으나 2009년 11월에는 보리 등을 파종한 것으로 나타난다. (자) 국세청 자료에 의하면, 청구인의 연도별 수입금액은 아래 <표>와 같이 나타난다. (차) 위 사실관계 및 관련법령 등을 종합하면, 소득세법 제89조 및 같은 법 시행령 제153조, 조세특례제한법 제70조 및 같은 법 시행령 제67조 소정의 농지대토에 대한 양도소득세 비과세·감면 규정은 경작상 필요에 의하여 대토하는 농지로서 새로운 농지 취득일로부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 종전농지의 양도에 대한 양도소득세를 비과세한다고 규정하고 있는 바, 이는 농지의 자유로운 대체의 허용ㆍ보장을 통한 농민의 보호 내지 농업의 발전ㆍ장려에 있는 것이어서 농지를 취득하였다가 양도한 것이 자경농가로서 소유하던 농지를 경작상 필요에 의하여 대토하기 위한 경우로 제한하여야 하는 것이므로 결국 위 규정의 해석상 새로운 농지소재지에서의 3년 이상 거주와 자경은 특별한 사정이 없는 한 그 기간을 같이 하여야 하는 것으로 보아야 할 것이다(○○○, 2010.4.2. 같은 뜻). 청구인은 이웃주민의 사실확인서, 사진 등을 제시하면서 대토농지에서 실제 거주하면서 자경하였다고 주장하나, 청구인은 2005.4.19. 대토농지를 취득한 후 1년 이내에 종전농지를 양도하였으나 대토농지 중 ○○○에 대한 2005년 및 2006년 쌀소득 등 보전직접지불금을 청구인이 아닌 전 소유자가 수령한 점, 청구인은 대토농지 취득 후 1년 이내에 종전농지를 양도하고 대토농지 소재지에 거주하면서 자경하여야 하나 주민등록표상 주소지를 대토농지를 취득하고 1년 7개월 후인 2006.11.28. 대토농지 소재지로 이전한 점, 청구인은 ○○○)에 1만두, ○○○에 2천두 이상을 양돈하면서 2005년~2007년까지 연간 20억원 이상의 매출을 올리고 있는 점, 처분청이 현지 확인한 2009년 6월에는 대토농지에 잡풀이 우거져 있고 2009년 11월에는 보리가 파종되어 있는 점, 농지원부상에 대토농지의 주요 재배작물은 기타이고, 청구인이 임차한 농지의 주요작물은 잡곡으로 되어 있는 점 등으로 보아 청구인이 제시한 증빙서류만으로는 대토농지를 취득한 후 1년 이내에 종전농지를 양도하고 대토농지 소재지에서 실제 거주하면서 대토농지를 경작한 것으로 보여지지 아니한다. 따라서, 처분청이 청구인의 대토농지에 대하여 재촌·자경한 것으로 보지 아니하고, 종전농지에 대하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)