쟁점자산거래와 경제적 실질이 동일하다고 판단되는 지분거래방식의 가액인 쟁점주식거래가액이 존재함에도 청구법인과 특수관계법인은 ‘지분인수 후 사업양수’라는 우회거래방식을 통하여 쟁점자산을 부당하게 저가로 평가하여 사업양도ㆍ양수거래를 함에 따라 조세부담을 감소시키는 결과를 초래한 것과 다름이 없으므로 쟁점자산의 거래에 대하여 부당행위계산부인규정을 적용하여 차액 상당을 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 정당함
쟁점자산거래와 경제적 실질이 동일하다고 판단되는 지분거래방식의 가액인 쟁점주식거래가액이 존재함에도 청구법인과 특수관계법인은 ‘지분인수 후 사업양수’라는 우회거래방식을 통하여 쟁점자산을 부당하게 저가로 평가하여 사업양도ㆍ양수거래를 함에 따라 조세부담을 감소시키는 결과를 초래한 것과 다름이 없으므로 쟁점자산의 거래에 대하여 부당행위계산부인규정을 적용하여 차액 상당을 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 정당함
심판청구를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점자산거래의 시가에 관한 주장은 아래와 같다. (가) 쟁점자산거래(영업양도․양수거래)가 부당행위계산부인대상에 해당되는지 여부에 관한 국세청 예규는 다음과 같다.
1. 서면인터넷방문상담2팀-1749(2005.11.2.) 【질의내용】 甲(OOO)이 乙(청구법인)의 100% 주주였던 A(OOO)로부터 乙의 발행주식 전부를 OOO원(이 건 OOO원)에 양수한 상태에서, 乙이 그 주식매매의 결과로 자신의 100% 출자자가 된 甲에게 OOO사업을 장부상 순자산가액인 OOO원(이 건 OOO원)에 양도한 행위가 법인세법 시행령제88조 제1항 제3호에서 규정한 부당행위계산부인에 해당되는지 여부. 【회신내용】 법인세법제52조에 의한 부당행위계산부인규정의 적용을 위한 시가는 적용대상 거래와 유사한 상황에서 거래된 가액이어야 하므로, 귀 질의의 경우와 같이 내국법인이 당초(1999.12.)에 매각한 플랜트설비로부터의 에너지 구입 및 기타 계약조건 이행과 관련한 계약내용의 위반으로 당초에 매각한 질의관련 설비를 매입하여야 하는 상황에서 관련 법인을 매입하는 것으로 하여 매입가액의 결정을 약정에 의하여 당초거래가액을 기준으로 하여야 함에 따라 그 가액에 이자상당액 및 보상금을 더한 운영법인 주식의 매입가액은 관련설비의 매입 당시(2004.9.) 시가에 해당하지 아니한다. 위 예규는 “부당행위계산부인규정의 적용을 위한 시가는 적용대상 거래가액과 유사한 상황에서 매매된 가액이어야 하므로 당초 거래가액(OOO원)에 이자상당액 및 보상금을 더하여 매입한 운영법인(청구법인)의 주식매입가액(OOO원)은 (OOO이) 매입할 당시 관련 설비(쟁점자산)의 시가에 해당하지 아니한다”는 내용으로, 주식매입대가OOO원을 청구법인이 보유한 순자산의 시가로 볼 수 없다고 판단한 이유는, 계약의 위반에 따른 재매입 옵션의 행사는 물론 손해배상청구가 있었다는 사실과 OOO이 이를 둘러싼 국제상사중재위원회 중재의 일괄타결을 위하여 매매대금OOO원을 지급하고 청구법인이 발행한 지분을 취득한 사실을 감안한 때문이다.
2. 서면인터넷방문상담 2팀-1079(2005.7.12.) 【질의내용】 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)상 乙(청구법인)의 발행주식 평가액 OOO원과 甲(OOO)이 그와 특수관계 없는 외국법인 A(OOO 등)에게 지급한 乙의 총발행주식대가 OOO원(이 건 OOO원) 중 정상가액 초과분 OOO원이 법인세법 시행령제35조 제2호에서 규정하는 비지정기부금에 해당되어 손금부인되는지 여부. 【회신내용】 귀 질의의 경우와 같이 내국법인이 당초 매각한 플랜트설비로부터의 에너지 구입 및 기타 계약조건의 이행과 관련한 내용의 위반으로 당초 매각한 질의관련 설비를 재매입하여야 하는 상황에서의 가액을 약정에 의하여 당초 거래가액을 기준으로 하여야 하는 경우상증법에 의하여 평가한 가액을 시가로 인정할 여지는 없다. 위 예규의 “상증법에 의하여 평가한 주식의 가액을 시가로 볼 수 없다”함은 사전에 약정된 가액을 기준으로 주식을 매입하여야 하는 특수한 상황 하에서는 같은 법상의 주식평가방법이 적용될 여지가 없고, 주식매입가액(OOO원)이 같은 법에 의한 주식평가 가액, 더 나아가 평가요소 중의 OOO인 OOO사업의 순자산가치와 상관 없는 금액이라는 점을 의미하므로 그 사업이 청구법인이 영위한 사업의 전부라 하더라도, 그것에 제공된 순자산의 시가는 OOO이 지급한 주식양수대금 OOO원과는 별도로 평가되어야 하는 것이다. 위 1)의 예규는 주식매입대금 OOO원이 청구법인 순자산의 시가 내지 기업가치와는 무관함을 적시한 것이고, 둘째 예규도 그 점을 함의하고 있는 바, 청구법인이 OOO에게OOO원에 순자산을 양도한 것이 부당행위계산부인인가를 판단함에 있어 처분청이 주식매입대금 OOO원을 청구법인이 보유한 순자산의 시가 산정기준으로 삼아 역산한 OOO원을 시가로 본 것은 잘못된 전제에서 출발한 것이며, 이는 비상장주식을 순자산가치와 순손익가치를 2:3의 비율로 가중평균하여 평가하도록 규정한상증법 시행령제54조 제1항에 반하는 것이다. 처분청의 잘못된 전제는, 목적물이 쟁점주식거래는 법인의 지분이고 쟁점자산거래는 법인의 순자산이므로 차이가 있을 수밖에 없다는 점을 간과한 것이며,상증법이 주식과 발행법인이 보유한 자산의 평가방법을 각각 규정한 것도 매매대상에 따라 시가의 평가를 달리 하기 위한 것인데도, 처분청은 주식매매가액 그대로를 자산의 시가로 보는 중대한 오류를 범하고 있다. (나) 청구법인이 보유한 순자산(쟁점자산 등)의법인세법상 시가에 대한 주장은 다음과 같다. 앞에서 본 예규에서 쟁점주식거래의 목적물인 지분의 거래가액 OOO원은 청구법인이 보유한 순자산의 시가를 구성할 수가 없다고 적시한 이상, 쟁점자산의 시가는 그 가액과는 상관 없이 법인세법 시행령제89조 제2항에 따라 결정되어야 한다. 법인세법 시행령제89조 제2항은 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계 없는 불특정 다수인과 계속 거래한 가격이 있으면 이를 시가로 하되, 그것이 없으면 ①부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액과 ②상증법제38조 내지 제39조의2 및 제61조 내지 제64조를 준용하여 평가한 가액을 순차적으로 적용하여 산정한 가액을 시가로 하도록 규정하고 있다. OOO과 청구법인이 2004.12.22. 쟁점자산의 양도․양수와 관련하여 당해 거래와 유사한 상황에서 OOO이 특수관계자 외의 불특정 다수인과 계속 거래한 가격은 존재하지 아니하고, 감정평가법인이 감정한 가액 역시 없으므로 쟁점자산 등의 시가는상증법에 따라 평가된 가액에 의할 수밖에 없는데, 아래 <표1>에 나타난 바와 같이 청구법인이 OOO사업에 공한 토지와 건물의 가액인 장부가액은상증법에 의한 시가(개별공시지가와 국세청장 고시가액)와 쟁점자산의 장부가액 및 거래가액 OOO원은 거의 일치하며(같은 법에 따라 청구법인의 영업권을 평가하면 그 가액은 “0”원임), 청구법인 지분 전부의 시가를 같은 법에 의하여 평가하면 OOO원)에 불과하고 여기에 경영권을 감안하여 130%로 할증평가를 하더라도 OOO원 정도이다. 법인세법상 부당행위계산부인여부를 판단함에 있어 시가가 불분명한 쟁점자산거래의 경우상증법상 평가액과 거의 일치하는 OOO원을 시가로 볼 수밖에 없고, OOO과 청구법인은 그 가액인 OOO원을 매매대가로 수수하였으므로 이 건은 부당행위계산부인대상이 아니며, 한편 처분청은 OOO은행이 미래현금흐름할인법에 따라 작성한 ‘경제성 검토자료’의 수치에 터잡아 시가를 산정한 것으로 보이나, 이는 세법상 인정되는 평가방법이 아닐 뿐만 아니라 감정평가법인이 아닌 OOO은행이 산정한 평가액은 그것만으로는 시가를 구성할 수 없으므로 이를 기초로 과세소득을 계산한 것은 위법하다.
(2) 처분청 의견에 대한 주장은 아래와 같다. (가) 기업인수․합병에 있어서의 피인수기업의 평가에 대하여 처분청은기업인수․합병 등에 관한 회계준칙(이하 “준칙”이라 한다)의 기업결합에 해당되면, 합병, 주식매수, 영업양수도 중 어떤 방식에 의한 것인가에 불구하고, 기업가치는 유형자산은 물론 무형적 가치도 함께 고려하여 평가되어야 하고, 이 경우 당사자들이 수수할 대가는 채용된 결합방식에 상관 없이 항상 같다는 의견이나,준칙은 주식매수, 합병, 영업양수도를 기업결합이라는 동일한 바구니 속에 집어넣고 같은 회계원칙을 적용하도록 요구하는 반면,법인세법은 세가지의 유형 각각에 대하여 법인세 과세를 달리 하도록 규정하여 동준칙의 규정을 배척하고 있는 입장이다. 주식매매 또는 영업양수도와 합병이 똑같이 기업결합이라 하여도 합병에 관한 세무회계를 주식매수 또는 영업양수도에 적용한다든지, 영업양수도에 관한 세무회계를 주식매수에 준용한다면, 합병, 주식매수, 영업양수도에 관한 법인세 과세가 뒤틀리게 되므로 세가지 유형을 기업결합으로 묶은 후 동일하게 회계처리를 하도록 규정한준칙을 원용하여 그 중 어떠한 방식을 통하더라도, 피인수기업이 보유한 유형자산은 물론 무형자산도 함께 고려하여야 하므로 그 가치는 같게 된다는 처분청 의견은 부당하다. (나) 법적 실질과 경제적 실질에 대하여 처분청이준칙이 제시하는 기업결합회계를 적용한 것은 그 경제적 효과가 피인수기업의 순자산과 영업의 지배․통합으로 나타난다는 점에 착안한 것이나,준칙은 법적 형식에 불구하고 경제적 효과가 같으니 같은 회계원칙을 적용하여 이용자에게 동일한 기준에 따라 작성된 재무정보를 제공하는 것에 그 취지가 있어 이 건에 적용할 수는 없다. 법인이 행한 거래의 경제적 효과가 같다고 하여 당사자가 취한 법적 형식을 무시하는 행태는국세기본법제14조의 실질과세원칙에 의하여 배척되고 있으며, 거래를 인식하는 방법으로 법적 실질설과 경제적 실질설이 있으나, 계약이 통정허위표시에 의한 무효의 가장행위에 해당되지 아니하는 한(즉 계약의 해석과 사실인정을 거쳐 당사자들에게 수행할 의사가 진정으로 있었다고 확인되어 사법상 유효한 이상), 그 내용에 따라 과세표준 등이 정하여져야 한다는 법적 실질설(대법원 2004두2332, 2005.1.27. 외 다수 같은 뜻임)이 적용되어야 하며, 단지 경제적 효과가 같다고 하여 과세할 목적으로 사법상 유효한 거래를 부인하고 다른 것으로 의제하는 경우 헌법상 조세법률주의가 형해화될 수 있다. 2007.12.31.국세기본법제14조에 제3항이 신설되어, 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위나 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 행한 것으로 본다고 규정되어 있으나, 우회거래 또는 다단계거래에 한하여 그리고 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 경우에만 ‘경제적’ 실질과세원칙을 적용하겠다는 것이 입법취지이다. 쟁점자산거래(영업양수도거래)가 본항의 우회거래나 다단계거래에 해당되지 아니함은 물론이며, 신설조항이 2008.1.1. 이후 성립하는 납세의무분부터 적용된다는 점에서 2004사업연도에 한 이 건 거래에 적용될 여지는 없고, 쟁점자산거래의 경제적 효과가 주식매매의 그것과 같으니준칙에 따라 부당성 여부도 주식매매가액(OOO원)을 기초로 판단하여야 한다는 처분청 의견은 경제적 효과가 같더라도 거래의 법적 형식이 다르면 달리 취급하여야 한다는 ‘법적’ 실질과세원칙을 규정한국세기본법제14조 제2항에 반하는 것이다. (다) 처분청의 부당행위계산부인 판단기준 선정의 오류에 대하여 처분청은 OOO이 쟁점자산을 직접 양수하면 됨에도 청구법인의 구 주주로부터 지분을 매수하여 100% 주주가 된 후에 그렇게 한 것은 공격적 조세회피를 위한 우회거래이고 부당행위라는 의견이나, 이는 OOO의 문제일 뿐이고, 납세의무자이자 부당행위계산부인 판단대상이 되는 청구법인의 책임이 아니며, 청구법인이 OOO의 자회사가 되기 전까지 OOO은 쟁점자산의 직접 매수에 대하여는 관심이 없었고 구 주주로부터 지분을 매수하는 것에만 집중하였으므로 청구법인이 중재를 신청하며 쟁점자산의 재매입요구 및 손해배상청구를 제기하였다 하더라도 승소하지 아니하는 한, 청구법인 입장에서는 아무리 쟁점자산을 OOO에게 직접 매각하고 싶어도 그러할 수 없었다. 부당행위계산의 부인은 납세의무자인 법인을 중심으로 특수관계 있는 자와의 거래에서 자산을 시가보다 저가로 양도하였는가 아니면 고가로 매입하였는가를 따진 후 그 차액에 대하여 법인세를 과세하는 제도인 만큼, 부당행위계산부인여부는 법인이 처한 상황을 기준으로 판단되어야 함에도, 처분청이 OOO을 중심에 놓고 청구법인으로부터 직접 쟁점자산을 양수받지 아니하고 OOO로부터 지분 전부를 매수하여 100% 주주가 된 후에 양수받은 것을 청구법인의 부당행위계산부인으로 보는 것은 주체와 객체가 전도된 것이라 불합리하다. (라) 쟁점주식거래와 쟁점자산거래에 대한 동일한 시가의 적용 여부에 대하여 처분청은 OOO이 구 주주로부터 청구법인 발행지분을 매수한 쟁점주식거래와 그로 인해 100% 주주가 된 OOO이 청구법인으로부터 쟁점자산을 양수한 쟁점자산거래의 경제적 실질이 동일하므로, 뒤따르는 쟁점자산거래가액의 시가(부당성) 여부는 앞서는 쟁점주식거래가액인OOO원을 기준으로 판단되어야 한다고 하면서, 두 거래의 시점이 한 달 밖에 차이가 나지 아니하고, 그 사이 청구법인의 기업가치가 떨어질 만한 사유가 없었다는 점을 제시하나, OOO이 2004.9.8. 청구법인의 지분을 매입하고 청구법인이 2004.9.23. 중재를 취하함에 따라 OOO의 재매입요구 및 최소 OOO원의 손해배상청구가 대상인 상사분쟁이 해결되어 그에 대한 청구권리가 소멸되었고, ESA도 해지되어 청구법인이 스팀 및 전력을 20년간 독점적으로 공급할 수 있는 권리도 없어진 후인 2004.10.4. 쟁점자산을 거래한 이상, 쟁점주식거래 당시의 경제적 실질과 쟁점자산거래 당시의 그것이 현저히 달라졌으므로 동일한 경제적 상황 및 실질을 전제로 지분인수대가를 사업양수도의 시가로 적용한 처분청의 계산은 합리성이 없다. OOO의 입장에서는 주식매수와 자산매수 중 어느 방안을 택하여도, 석유화학제품의 생산에 필수적인 열과 전기의 안정적 확보라는 경영목표가 달성될 수 있었고, 기업이 경영목적을 달성하기 위하여 동일한 효과를 가져오는 여러 가지 대안 중 하나를 선택하는 것은 전적으로 사적 자치의 영역에 속하며, 과세당국이 이 방식을 택하여야 함에도 저 방식으로 하였다고 추급할 수는 없고, 단지 납세의무자가 선택한 거래형식과 법형식에 부합되는 세법조항을 적용하여 과세하면 그것으로 충분하고, 선택가능한 모든 대안에 대하여 동일한 세무처리를 강제할 수도 없는 것이며,법인세법에도 그러한 조항이 없다. 쟁점주식거래와 관련하여 OOO이 지급한 지분인수대가OOO원은 상사분쟁의 조기타결과 스팀 및 전기의 안정적인 확보라는 난제의 해결 과정에서 합의된 금액일 뿐 쟁점자산의 진정한 가치를 반영하고 있지 아니하며, 자산(영업)이 아니라 지분을 인수한 사유는 설비재매입요구 및 손해배상청구와 관련한 상사중재에서의 승소·패소 여부와 패소시의 손해배상액을 가늠하기 어려웠고, 청구법인의 노동조합이 고용승계에 대한 우려로 인하여 수차례 자산양수방식을 반대하였기 때문이며, 자산양수도방식을 채택하였다면, 노동쟁의의 발생은 쉽게 예상될 수 있었으며 석유화학제품의 생산에 필수적인 증기와 전기의 안정적 확보라는 경영목표를 달성하기 어려웠을 것이고, 2004사업연도 말까지 제1공장 및 제2공장을 분할하도록 조치한 공정거래위원회의 요구사항을 이행하기 위하여 법적으로 채권자보호절차 등에 많은 시일이 소요되는 합병 대신 사업양수도 방식인 쟁점자산거래를 선택한 것이다. 기업결합에 관한준칙의 입장과는 달리,법인세법과 그것을 인용한상증법은 주식매매와 자산매매시 시가의 평가를 달리 규정하고 있으며, 목적물이 달라진 이상, 평가방법도 달라야 한다는 것이 세법의 입장이고, 목적물이 쟁점주식거래는 주식이고 쟁점자산거래는 쟁점자산으로 다른 이상, 선행․후행 거래 간의 시차가 한 달에 불과하거나 그 기간 중 청구법인이 보유한 자산의 구성에 변화가 없었던 점은 청구법인이 지급받은 쟁점자산의 대가(OOO원)가 시가에 해당되는지 여부에 어떠한 영향도 미치지 아니하다. (마) OOO은행이 작성한 서류인 ‘경제성 검토자료’의 의미와 오류에 대하여 처분청은 OOO은행이 작성한 ‘경제성 검토자료’의 수치에 터잡아 이 건 법인세 부과처분을 정당화하려 하나,법인세법의 관점에서 본다면 동 수치는 아무런 의미도 없고, 이는 같은 법 시행령 제89조 제2항에서부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액을 시가로 보도록 규정하고 있는데, OOO은행은 같은 법상 감정평가법인이 아니기 때문이며, 더구나 동 자료는 ESA에 근거한 청구법인의 Termination Notice에 응하여야 할 입장에 있었던 OOO이 청구법인의 재매입 요구가격(OOO원+α)을 기준으로 얼마를 지급하면 ESA에 따른 분쟁이 원만히 해결될 것인가를 분석할 목적으로 OOO은행에게 의뢰하여 받은 협상참고자료에 불과하다. 가사, 동 자료를 청구법인의 기업가치를 평가하기 위한 것이라고 하더라도, 이는 작성 당시의 벙커C유가격(OOO원/톤)을 기준으로 하여 추정대상기간 동안 변동되지 아니할 것을 전제로 하여 미래현금흐름할인법에 따른 것인데, 벙커C유가격은 2004년 이후 계속 급등하여 2008년에는 무려 OOO원/톤에 육박하고 있어 그 자료를 기업가치평가서라 하기에는 신빙성 측면에서 문제가 있다고 보이며, 처분청은 의미가 없는 협상자료를 결정적인 증거로 제시하고 있다.
(3) 처분청의 부실한 사실관계 파악에 대한 주장은 아래와 같다. (가) 청구법인이 수취한 쟁점자산 양도대가의 오인에 대하여 처분청은 1999.10.28. OOO이 특수관계 없는 청구법인에게 쟁점자산을 OOO원에 매각하였다가, 2004.12.22. 100% 자회사가 된 청구법인으로부터 이를 다시 OOO원에 저가로 취득한 것으로 보아 2004.12.22.의 거래가 부당행위계산인 것으로 판단하고 있으나, 아래 <표2>와 같이, 청구법인이 2004.12.22. OOO에게 쟁점자산을 매각하고 실제 받은 금액은 그 가액이 아니라 부채인수액 OOO원과 재고자산 등 증가액 OOO원의 차액(OOO원)을 더한 OOO원이며, 청구법인이 쟁점자산을 취득할 때부터 매각할 때까지 5년 동안 OOO원이 감가상각되었음을 감안하면, 청구법인은 사실상 1999년 중 OOO에게 지급한 유형자산 취득가액 그대로[OOO원(714+261)] 매각한 것이 되어 소득이 발생하지 아니하여 부당행위계산부인이 성립될 여지가 없다. (나) OOO의 청구법인에 대한 순이익 보장에 관한 오해에 대하여 처분청은 청구법인이 OOO과 맺은 ESA에 의하여 항상 순이익을 보장받는다고 오해하고, 이것을 전제로 하여 청구법인의 기업가치가 높은 것으로 판단하였으나, OOO이 청구법인과 체결한 ESA에 따라 청구법인의 손익구조를 보면, 증기매출가격은 고정비와 변동비 전액을 지급하는 변동요금체계에 따라 책정되기 때문에 연료비 상승에 따른 영향은 없으나, 청구법인이 OOO으로부터 받는 전기매출가격은 한전의 산업용전력 수전단가와 일치되도록 약정되어 있어, 청구법인의 전기생산원가가 한전의 수전단가를 초과하는 경우에도 OOO은 청구법인에게 그 차액을 보전하여야 할 의무가 없으므로 전기매출에 관한 한, 벙커C유 등 전기생산원가가 상승하면 곧바로 청구법인의 수익성은 악화될 수밖에 없는 구조이며, ESA 체결 당시에는 한전 수전단가(OOO원/kwh)가 생산원가(OOO원/kwh)보다 높은 수준이라 청구법인은 어느 정도의 수익을 확보할 수가 있었으나, 벙커C유의 단가가 톤당OOO원이 되면 전기매출이익은 물론 전기매출과 스팀매출을 포함한 전체이익이 아래 <표3>와 같이 ‘0’ 이하로 떨어진다.
(1) 기업결합거래에 있어 목적물인 상품으로서의 기업가치는 어떤 형태의 결합유형을 선택하든지 간에 동일하여야 한다. 준칙에 의하면 기업결합을 ‘타회사 주식의 인수, 기업 간의 합병, 영업양수도 등 그 형태에 상관 없이 거래의 본질이 실질적 기업결합에 부합하는 경우를 말한다.’고 규정하면서 ‘어느 한 회사가 다른 회사(사업부를 포함한다)의 순자산 및 영업활동을 지배하거나 통합함으로써 별도의 독립된 둘 이상의 회사가 하나의 경제적 실체가 되는 것’이라고 정의하고 있다. 이와 같이 기업인수 및 합병 등 기업결합은 타회사 주식의 인수, 기업 간의 합병, 영업양수도 등 다양한 형태로 이루어지는데, 기업결합거래에 있어 목적물인 상품으로서의 기업가치는 어떤 형태의 결합유형을 선택하든지 간에 동일하여야 한다.
(2) 쟁점자산거래는 부당행위계산부인대상에 해당한다. (가) 쟁점주식거래가액 협의에 관한 OOO과 청구법인의 입장과 관련하여 당사자들이 체결한 ESA에 의하면, OOO의 계약위반시 청구법인은 쟁점자산의 재매입을 요구할 권리가 있고, 실제 OOO이 계약을 위반하였다 주장하며 2003.4.14. ESA의 위반을 귀책사유로 하여 2003.6.12. 해지를 통보하면서 계약시 약정한 공식을 적용하여 쟁점자산의 재매입가액을 OOO원으로 산정하고 OOO에게 이를 요구하는 Termination Notice(해제 통지)를 하고 국제상사중재위원회에 중재를 신청하였으며, OOO은 동 위원회에 손해배상금OOO원을 지급할 것을 요구하는 중재신청을 하였고, 청구법인의 주장이 그대로 받아들여졌다면 OOO에게 쟁점자산을 되돌려 주고 매각대금 OOO원과 손해배상금 OOO원을 합한OOO원을 받을 권리가 있으며, OOO은 당연히 이를 지급할 의무가 발생하였을 것이고, OOO이 2004.1.9. OOO은행에 청구법인의 인수에 관한 용역을 의뢰하였으며 OOO은행은 기업가치를 OOO원 내지 OOO원 수준으로 평가하였다. 쟁점주식거래일 현재 재평가한 청구법인의 순자산가액을 보면, OOO과 청구법인의 쟁점주식거래가액은 청구법인이 보유한 기준일 현재 순자산가액에 의하여 결정되는 것인데, OOO원은 쟁점자산가액 및 손해배상 상당액이고, OOO이 OOO은행에 요구하여 받은 청구법인의 기업가치는 쟁점자산에 대한 것이므로 그 가액만을 재평가하고 손해배상 상당액을 감안하여 쟁점주식거래일 현재 청구법인의 순자산가액을 계산하면 다음 <표4-1>, <표4-2>와 같다. (나) 청구법인이 쟁점주식거래가액을 OOO원으로 결정한 경위를 보면, 쟁점주식거래는 청구법인이 OOO에게 쟁점자산의 대가 및 손해배상금을 기대가액으로 요구하며 국제상사중재위원회에 중재신청을 하면서 청구법인 전체를 자산거래방식으로 양도하는 거래협상이 시작되었고, 최종거래는 OOO이 청구법인의 지분 100%를 인수하는 지분거래방식으로 종료되었다. 기업인수에 있어 지분거래방식과 자산거래방식으로 거래한 후 피인수법인을 청산하는 것이 어떤 차이가 있는지에 대하여 살펴보면, 피인수법인의 주주입장에서 보면 지분거래방식은 자산거래방식으로 거래한 후 피인수법인을 청산하고 청산법인으로부터 잔여자산가액을 분배받는 것과 경제적 실질에 있어 동일하나, 자산거래방식에 있어서는 자산양도로 인한 법인세의 납부 후 주주에게 잔여재산을 분배하게 되므로 피인수법인 주주가 지분거래방식과 같은 금액을 분배받기 위해서는 거래가액에 차이가 발생하게 되는 바, 지분거래방식의 경우는 지분양도와 동시에 피인수법인의 주주 자신이 대가를 취득하지만, 자산거래방식의 거래 후 피인수법인을 청산하는 경우 해당 주주는 청산법인으로부터 잔여자산가액을 분배받고 자신의 주식을 소각하는 대가를 받게 되는데, 자산양도방식으로 양도하고 청산하는 경우 피인수법인이 자산양도로 인한 차익에 대한 법인세를 일단 부담하고 잔여재산가액을 확정하여 주주에게 분배하여야 하기 때문이고, OOO이 쟁점주식거래에서 청구법인의 주주지분 100%를 인수함에 있어 장부상 순자산가액이OOO원에 불과함에도 동 주식 전체 가격을 OOO원으로 결정한 것은 청구법인의 기대가액과 OOO은행의 평가가치를 감안하고 인수방법이 자산양도방식에서 지분양도방식으로 변경됨에 따른 요인 등을 고려하여 OOO과 청구법인의 주주가 협상한 결과라 할 것이다. (다) 쟁점자산거래경위를 보면, OOO은 2004.6.8. 정기이사회(제3차)를 개최하여 청구법인의 지분인수 후 사업분할 전에 OOO에 합병하는 것으로 의결한 다음, 2004.9.8. 청구법인의 지분 100%를 OOO원에 인수한 후 지분법적용 투자주식으로 계상하였고(쟁점주식거래), OOO은 2004.10.4. 정기이사회(제4차)를 개최하여 청구법인을 OOO원에 영업양수도방식으로 통합하기로 의결하고, OOO과 청구법인은 2004.10.8. 계약을 체결한 것으로 나타난다. (라) 쟁점자산거래의 부당행위계산부인에 대한 요건을 보면, 거래일 현재 OOO은 청구법인 주식 100%를 소유한 지배주주이므로 당사자들인 OOO과 청구법인은 법인세법 시행령제87조에서 규정한 특수관계자에 해당하고, 쟁점주식거래 및 쟁점자산거래에 의하면, OOO이 가액을 OOO원으로 책정하여 지분거래방식으로 OOO로부터 청구법인 지분 100%를 인수한 직후 자산거래방식으로 동 법인으로부터 장부가액인 OOO원으로 쟁점자산을 인수하여 청산한 결과 OOO은 OOO원의 투자자산처분손실을 계상한 반면, 청구법인은 자산양도로 인한 처분손익은 그러하지 아니하였는 바, 이러한 일련의 거래는 다음과 같은 사유로 부당하다.
1. OOO의 목적은 청구법인을 인수하여 통합하는 데에 있으므로 쟁점주식거래 당시 OOO이 합의한 가격에 자산거래방식으로 할 수 있었음에도, OOO로부터 지분거래방식으로 청구인 지분 100%를 인수한 직후 자회사인 청구법인을 자산거래방식으로 통합한 것은 전형적인 우회거래 또는 다단계거래라서 정상적인 것으로 볼 수 없다.
2. OOO과 청구법인이 특수관계자가 아니라 법인의 주식을 당사자와 무관한 제3자가 인수하였다면 지분거래방식으로 OOO원에 인수한 기업을 불과 1개월 후에 자산거래방식으로 OOO에 양도하여 OOO의 손실을 초래한다는 것은 상상할 수 없는 일이므로 쟁점주식거래에 이은 쟁점자산거래는 통상적인 경제인의 행위가 아니다.
3. 위 1)과 같이 우회거래 등의 결과를 ‘OOO과 청구법인의 통합’인 정상행위를 선택한 경우와 비교하면 동일한 경제적 목적을 달성하였다.
4. OOO이 청구법인으로부터 지분거래방식이 아니라 적정한 가액을 책정한 자산거래방식으로 거래하였다면, 청구법인에게는 자산양도차익이 발생하므로 각 사업연도에 대한 법인세 납세의무가 있었을 것이고 OOO에게는 지분법에 따른 투자주식 감액손실이 나타나지 아니하게 되는 반면, OOO은OOO와 지분거래방식으로 하여 완전 자회사로 만든 직후 자산거래방식으로 하면서 지분거래가액의 절반에도 미치지 못하는 청구법인의 장부가액으로 하여 OOO은 동 감액손실을 과대계상하였고 청구법인은 청산소득금액을 과소신고하여 부당하게 조세를 탈루하였다.
(3) 부당행위계산부인규정 적용을 위한 시가에 대한 의견은 아래와 같다. (가) 부당행위계산의 부인규정을 적용함에 있어 시가란 통상적인 사인 간의 거래에서 정상적으로 형성되는 가액으로, 독립된 제3자 간에 자유로이 거래되면서 형성된 가액이라 할 것인 바, 쟁점주식 거래가액의 산정에 있어 OOO과 청구법인의 주주인 OOO는 상반되는 이해관계를 가진 독립된 제3자에 해당하고 협상을 통하여 기업을 양도․양수하는 거래에서 가액의 결정을 위한 기업분석 및 가치평가가 핵심인데, 당시 청구법인의 기업가치를 어떻게 평가하였는지에 대하여 보면, 청구법인의 주주인 OOO는 자신이 보유하고 있는 쟁점자산 및 재매각옵션의 권리를 실행하는 경우 받을 수 있는 재매입가액과 상사중재를 신청한 손해배상금을 감안한 기대가액 OOO원을 청구법인의 기업가치로 평가하고 OOO과 협상을 통하여 거래 방법 및 가액을 결정하려 한 것이고, OOO은 청구법인을 인수하기 위하여 OOO은행에 용역을 의뢰하여 청구법인의 기업가치를OOO원 내지 OOO원으로 통보받고 협상을 통하여 거래 방법 및 가액을 결정한 것이므로 쟁점주식거래가액은 이해관계가 서로 다른 쌍방이 각각 평 가한 기업가치를 토대로 협상을 통하여 합의 하에 거래 방법 및 금액을 결정한 것이라 제3자 간에 정상적으로 형성된 가액이라 할 수 있다. (나) 기업결합은 합병, 타기업 주식의 인수, 영업양수도 등 다양한 형태인데, OOO은 청구법인과 1차로 지분거래방식인 주식인수방법으로 하였고, 2차로 자산거래방식인 사업양수도 방법으로 완료하였으므로 기업결합거래에 있어 목적물인 상품으로서의 기업가치는 어떠한 형태의 유형을 선택하든지 간에 동일하여야 한다. OOO이 지분거래를 한 시점과 자산거래를 한 시점이 한 달 밖에 차이가 나지 아니하고 그 동안 청구법인의 기업가치가 현저히 떨어질 사유도 없었으며, 지분거래와 자산거래 간에 자산구성 및 사업내용 등의 실질적 거래내용에 차이가 없음이 확인되는 바, 이는 쟁점주식거래 및 쟁점자산거래가 기업결합거래에 있어 단일 상품으로서의 동일 기업을 주식의 인수 및 영업양수도 등 거래형태만 달리 한 것이므로 경제적 실질에 있어 동일하다 할 것인 바, 쟁점주식거래가액을 쟁점자산거래에 적용할 수 있다. 시가라 함은 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가치를 의미하므로, 시장성이 적은 자산의 경우 교환가치를 적정하게 반영하였다고 인정되는 거래의 실례가 있거나 또는 있다 하더라도 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법에 의한 것이라 교환가치를 적절하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 등의 특별한 사정이 없는 한, 감정평가법인의 감정가액,상증법 시행령을 준용하여 평가한 가액에 의하고, 아니면 객관적이고 합리적인 방법으로 산정한 가액에 따라야 할 것(대법원 93누22333, 1994.12.22. 참조)이므로, 기업가치를 단위상품으로 하는 기업결합거래에 있어 같은 영 등을 준용하여 시가를 평가할 수 없으며 지분거래방식인 주식인수형태의 정상적인 주식거래가액이 존재하고 거의 같은 시기에 경제적 실질이 동일한 자산거래방식의 영업양수도 거래가액이 있는 이 건은 전자를 감안하여 결정하는 것이 객관적이고 합리적이므로 쟁점주식거래가액OOO원에 양도 당시 순자산 증가액OOO원을 합한OOO원이 쟁점자산의 적정한 시가이다.
(4) 청구주장에 대한 처분청 의견은 아래와 같다. (가) 청구법인은준칙은 주식매수 및 합병, 영업양수도를 기업결합으로 하여 동일한 회계원칙을 적용하도록 요구하고 있으나,법인세법은 세가지 유형의 각각에 대한 법인세 과세를 달리 하도록 규정하여 동준칙의 입장을 배척하고 있으므로 처분청이 주식매매를 영업양수도에 적용하는 것은 부당하다고 주장하나,법인세법상 각각의 체계 내에서 과세하되 특정시기에 영업양수도거래가 있는 경우 같은 시기에 한 주식매매를 감안하여 전자의 가액을 정하고 이를 기준으로 법인소득금액을 산정하여야 하는 것이므로 청구주장은 처분청의 과세취지를 오해한 것이다. (나) 청구법인은국세기본법제14조 실질과세원칙에서 ‘실질’은 법적 실질이므로 경제적 실질을 적용할 수 없다고 주장하나, 동 원칙을 적용함에 있어서 논의되는 ‘법적 실질’이나 ‘경제적 실질’은 강학적 용어이므로 관련 판례에 대한 논의만 가능한 것이며, 법적 실질이라 하여 납세자가 행한 거래가 가장행위 등에 해당되지 아니하는 한 무조건 그 형식 그대로 세법을 적용하라는 의미는 아니므로 청구법인이 직접 산정한 역사적 원가인 쟁점주식거래가액을 감안하여 처분청이 쟁점자산거래의 시가를 산정한 것은 법적 실질 측면에서 부당하다고 볼 수 없고, 법적 실질을 부인하고 경제적 실질에 따라 실질과세원칙을 적용한 판례(대법원 2008두8499, 2012.1.19. 참조)도 있다. (다) 청구법인은 부당행위계산이 있었는가의 여부는 납세의무자가 처한 상황을 기준으로 판단하여야 함에도 처분청은 거래상대방인 OOO이 청구법인으로부터 직접 자산을 양수받지 아니하고 OOO로부터 지분 전부를 매수하여 100% 주주가 된 후에 양수받은 것을 부당행위계산으로 보는 것은 주체와 객체가 전도된 것이라는 주장이나, ESA의 재매입관련 규정, OOO은행에게 의뢰한 기업가치평가, 지분거래 직전까지의 협상진행 등이 모두 자산거래를 상정하여 이루어졌으므로 청구법인이 지분매수에만 관심이 있었다는 청구주장은 잘못된 것이며, 처분청은 청구법인이 부당하게 낮은 가격으로 OOO에게 자산을 양도한 것에 대하여법인세법을 적용하여 소득금액을 다시 계산한 것이므로 청구주장은 이유 없다. (라) 청구법인은법인세법과 그것이 인용한상증법은 주식매매와 자산양수도의 경우 시가의 평가를 달리 하도록 규정하고 있으므로, 목적물이 달라진 이상 평가방법도 달라져야 한다고 주장하나, 쟁점주식거래와 쟁점자산거래가 기업 자체를 목적물로 하는 실질적으로 동일한 것이며, 처분청은 쟁점자산거래가액을 산정함에 있어 필수적으로 수반되는 법인세 등을 감안하여 OOO원으로 보아 과세하고자 하였으나, 과세전적부심사에서 거래가액을 OOO원으로 보아야 한다고 결정하여 그에 따른 것이지 논리적인 근거도 없이 쟁점주식거래가액을 쟁점자산거래의 시가로 삼은 것은 아니다. (마) 청구법인은 법인세법 시행령제89조 제2항에서 감정평가법인이 감정한 가액을 시가로 보도록 규정하고 있으므로 그렇지 아니한 OOO은행이 작성한 ‘경제성 검토자료’의 수치는 의미가 없다고 주장하나, OOO은 청구법인의 인수와 관련하여 OOO와 협상을 하기 위하여 OOO은행에 용역료를 주고 기업가치평가를 의뢰하여 그 결과를 받았으며, 그 이후에 용역료를 추가로 지급한 사실을 인정하면서도 그 자료가 신빙성 없다고 주장하는 것은 이해할 수 없다. (바) 청구법인은 국세청 유권해석(서면상담2팀-1749, 2005.11.2. ; 서면상담2팀-1079, 2005.7.12.)에서도 부당행위계산부인규정의 적용을 위한 시가는 유사한 상황에서 거래된 가액이어야 하고, 청구법인 순자산의 시가는 OOO이 지급한 지분양수대금과는 별도로 평가되어야 하며, 그 시가는 법인세법 시행령제89조 제2항에 따라 결정될 수밖에 없고, 감정평가법인이 아닌 OOO은행의 평가액은 시가로 볼 수 없다는 주장이나, 위 예규는 쟁점주식거래와 쟁점자산거래는 처분청의 논리와 같이 유사한 상황에서의 거래로 볼 수 있고, 특수관계가 없는 자와의 거래에서 정상적인 실지거래가액이 존재하는 한 보충적 평가방법에 의한 평가액은 시가가 아니라는 취지로 회신한 것이므로 청구법인이 기업전체에 대한 매매사례가액이 있는데도 이를 외면하고 장부가액에 의존하여 평가한 가액으로 거래한 것은 부당하며, 처분청은 시가의 정당성을 입증하기 위한 참고자료로 OOO은행의 평가액을 언급한 것이지 그 가액을 시가로 본 것은 아니다. (사) 청구법인은 쟁점자산을 매각하고 실제 받은 금액은 OOO원이 아니라 부채인수액 OOO원과 재고자산 등 증가액 OOO원의 차액 OOO원을 더한 OOO원으로 보아야 하며, 5년 동안의 감가상각비OOO원을 감안하면 사실상 1999년에 OOO에게 지급한 취득가액 그대로(OOO원) 매각한 것이라 주장하나, OOO이 법인의 순자산을OOO원에 평가하여 인수한 것을 전제로 주장하면서 거래가액을OOO원으로 보아야 한다는 의미를 납득할 수 없다. (아) 청구법인은 처분청이 ESA에 따라 청구법인이 항상 순이익을 보장받는다고 오해하고, 이를 전제로 하여 기업가치가 높은 것으로 판단하였다고 주장하나, 처분청은 ESA의 주요 내용에 의하여 청구법인이 스팀매출에서 매년 일정한 이익을 시현할 수 있게 된다는 사실관계를 적시한 적은 있으나, 항상 순이익을 보장받는다는 의견을 제시한 사실은 없으며, 처분청이 쟁점자산거래의 시가를 OOO원으로 산정한 것은 OOO과 청구법인 및 동 주주 간에 실제 발생한 지분거래가액을 기준으로 쟁점자산거래의 시가를 산정한 것이므로 이익보장에 관한 사항이 반영된 것은 아니다.
② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 2 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.<신설 2007.12.31> (2) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수 관계에 있는 자(이하 특수 관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다.
② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수 관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격 (요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다. (3) 법인세법 시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대 상각한 경우
3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물 출자한 경우 4.～ 7. 생략
8. 다음 각목의 1에 해당하는 자본거래로 인하여 주주 등인 법인이 특수 관계자인 다른 주주 등에게 이익을 분여한 경우
9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우 제89조【시가의 범위 등】① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수 관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수 관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다.
② 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다.
1. 부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식 등을 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조 내지 제39조의 2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 및 동법시행령 제57조 제1항ㆍ제2항의 규정을 준용함에 있어서 직전 6월(증여세가 부과되는 주식 등의 경우에는 3월로 한다) 은 이를 각각 직전 6월 로 본다. (4) 상속세 및 증여세법 제60조 【평가의 원칙 등】① 이 법에 의하여 상속세 또는 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속 개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가에 의한다. 이 경우 제63조 제1항 제1호 가목 및 나목에 규정된 평가방법에 의하여 평가한 가액(제63조 제2항의 규정에 해당하는 경우를 제외한다)은 이를 시가로 본다.
② 제1항의 규정에 의한 시가는 불특정다수인사이에 자유로이 거래가 이루어지는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것을 포함한다.
③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 시가를 산정하기 어려운 경우에는 당해 재산의 종류ㆍ규모ㆍ거래상황 등을 감안하여 제61조 내지 제65조에 규정된 방법에 의하여 평가한 가액에 의한다.
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제13조의 규정에 의하여 상속재 산의 가액에 가산하는 증여재산의 가액은 증여일 현재의 시가에 의한다. (5) 상속세 및 증여세법 시행령 제64조 【평가의 원칙 등】① 법 제60조제2항에서 수용·공매가격 및 감정가격등 대통령령이 정하는 바에 의하여 시가로 인정되는 것 이라 함은 평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다. 이하 이 항에서 평가기간 이라 한다)이내의 기간 중 매매·감정·수용·경매 또는 공매가 있는 경우에 다음 각 호의 1의 규정에 의하여 확인되는 가액을 말한다.
1. 당해 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 그 거래가액이 제26조 제4항에 규정된 특수 관계에 있는 자와의 거래 등 그 가액이 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우를 제외한다.
(1) 법인세 경정결의서, 조사복명서, 이의신청결정서, 답변서, 청구법인 및 처분청의 증빙자료, 국세통합전산망 조회자료 등에 의하여 과세근거 등의 내용을 보면 아래와 같은 사실관계가 나타난다. (가) 청구법인은 OOOOO 법인인 OOO가 각각 99.4%와 0.6% 비율로 출자하여 1999.11.1. 설립되었으며, 주식발행초과금을 포함하면 투자한 자본금액은 OOO원이다. (나) OOO은 1988.9.1. 설립(주식회사 OOO에서 2005.1.3. 변경됨)되어 OOO를 원료로 에틸렌 등 기초석유화학제품을 제조하는 법인으로, 국가외환위기 당시에 구조조정의 일환으로 공장단지 내에 있고 스팀을 제공하는 유틸리티시설(쟁점자산)을 매각하기로 결정하며, 1999.10.28. 청구법인(OOO 유한회사에서 2004.9.9. OOO 유한회사로 변경됨)에게 OOO관련 모든 자산설비 등(쟁점자산)을 OOO원(토지 등 고정자산 OOO원, 저장품 및 원재료 OOO원)에 매각하는 내용의 ‘Asset Purchase Agreement’를 체결하였고(인도일 1999.12.28.), OOO의 토지 등 고정자산의 장부가액은 OOO원으로 쟁점자산의 양도로 OOO원의 양도차익이 발생하였으며, 청구법인은 위 계약에 의한 가액 OOO원을 장부가액으로 하여 토지 등 고정자산을 계상하였다. (다) OOO은 1999.12.17. 청구법인으로부터 20년간 스팀 및 전력의 전량을 독점적으로 구매하는 것을 주요 내용으로 하는 ESA(‘Energy Sales Agreement’)를 체결하였으며, 주요 내용은 ① 청구법인은 OOO의 제1공장에 20년간 스팀과 전기를 독점적으로 공급한다. ② OOO이 공급받은 스팀의 대가를 사용량에 따라 발생하는 연료비, 용수비 등을 변동요금으로 지급하고, 기본요금으로 청구법인의 고정비용에 일정이익을 포함하여 지급함에 따라 청구법인은 스팀매출과 관련하여 매년 일정 이익을 시현한다(생산원가 상승시에는 보전되지 아니함). ③ 제2.1(d)(ⅱ)조 및 제3.1(d)조와 (f)조에 의하면 OOO은 자사가 사용하기 위하여 청구법인 시설에서 증기를 자체 생산하여서는 아니되며 청구법인 외에 어떠한 제3자와도 전기구매계약을 체결하는 것을 금지한다. ④ 제11.2조에 의하면 OOO이 ESA를 위반하는 경우 청구법인은 OOO에 대하여 약정한 공식을 적용하여 산정된 금액으로 OOO(쟁점자산)의 재매입을 요구할 권리(Facility Transfer Option)를 보유한다는 것이다. (라) 청구법인은 2003.1.7. OOO이 다음과 같이 스팀의 부당한 생산 및 사용, 전기 공급 등으로 ESA를 위반하였음을 통지하였다. (마) OOO은기업구조조정촉진법상 부실기업으로 분류됨에 따라 2001.10.31. 채권금융기관협의회와 기업경영정상화약정을 체결하였고, 그에 따라 기존 주주의 주식(OOO원)은 완전소각하며 공적 자금을 투입하고(OOO원) 채권의 일부를 출자전환(OOO원)한 후 제3자에게 매각할 것을 추진하고 있었으며, 채권금융기관은 2003.1.30. 주식회사 OOO이라 한다) 및 OOO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)와 매각 및 인수에 관하여 합의하고 ‘주식매매 및 신주인수계약’을 체결하여,OOO은 2003.6.27. 구주 인수 및 증자를 통하여 각각 OOO의 지분 50%를 소유하였다. 공정거래위원회는 채권금융기관이 OOO의 주식을 OOO화학에게 매도하는 거래를 조건부로 승인하였는바, 그 조건 및공정거래법상 지주회사에 대한 행위제한 등과 관련한 OOO의 입장을 보면 다음과 같다.
1. OOO의 대주주가 2003.6.27. OOO에서OOO과, OOO으로 변경되었고, 공정거래위원회는 주식거래에 대한 사전 심의요청에 대한 회신(공정거래위원회 기결42350-456,2003.6.26.)을 하면서 주식인수일로부터 1년 6월 이내에 OOO의 제1공장과 제2공장을 분할하여 각자 경영하여야 한다는 취지를 통보하였다.
2. OOO은 청구법인을 자산양도방식으로 양수하거나 합병하는 등의 방법으로 동일체한 다음, 2004사업연도 말까지 석유화학 제조부분인 2개 법인과 해당 유틸리티를 관리하는 법인 등 3개 회사로 분할하여야 하므로 2004.12.22. 청구법인의 자산을 포괄적으로 인수하여 동일체한 후 법인을 청산하고 2005.1.5. 석유화학 제조부분은 OOO로 분할하며 유틸리티 관리는 존속법인인 OOO이 수행하게 되었다.
3. OOO의 주주 중OOO은 아래 <표5>와 같이 기업지배구조를 가지고 있는공정거래법상 지주회사의 자(‘子’)회사이며 OOO은 지주회사의 손(‘孫’)회사이고 손회사는 같은 법 제8조의2 제4항에 따라 국내계열회사의 주식을 소유하지 못하도록 되어 있다.
4. 위와 같은 사유로 OOO은 청구법인 지분을 인수하여 子회사로 지배할 수 없는 상황이었으므로 법인의 지분을 인수한 후 사업양수도방식으로 완전 동일체화한 것이다. (바) 청구법인은 2003.4.14. OOO의 ESA 위반을 확인하고 이를 귀책사유로 하여 ESA 11.2조에 의거 2003.6.12. 계약해지를 통보하면서 약정한 바에 의하여 아래 <표6>과 같이 OOO원을 재매입가액(Buy-Back Price)으로 산정하고 이를 요구하는 내용의 Termination Notice를 통지하였고, 또한 국제상사중재위원회에 계약위반에 대한 최소 OOO원의 손해배상과 Facility Transfer Option(플랜트설비 재매입옵션)의 실행을 청구하는 중재를 신청하였다. (사) OOO이 OOO은행에 2004.1.9. 가치평가 등 청구법인의 인수에 관한 용역을 의뢰하자, OOO은행은 ‘경제성 검토자료’에서 청구법인은 ESA에 의하여 모든 수익과 비용이 결정되기 때문에 자산가치평가를 위한 가장 적합한 방법은 현금흐름할인분석방법이라고 판단하였으며, 이에 따라 기업가치를 OOO원으로 평가하였고, 용역제공계약서상 OOO은행이 본 거래의 성사를 위하여 OOO에게 제공할 용역의 범위에는 “가격 등의 제반 거래조건에 대한 매도인 측과의 합의지원” 등이 포함되어 있으며, 청구법인 시설의 일부 또는 전부를 매수하는 거래의 성사시에는 성공보수금과 아래 <표7>과 같은 매각대가에 따르는 추가 인센티브를 지급하기로 약정하였다. (아) OOO은 2004.6.18. 정기이사회(제3차)를 개최하여 ‘OOO발전설비 매입계획’을 안건으로 상정하여 청구법인 지분을 인수한 후 사업분할 전에 합병하는 것으로 의결하였다. (자) OOO은 2004.9.8. 청구법인의 주주와 ‘Sale and Purchase Agreement’를 체결하여 OOO원에 청구법인의 지분 100%를 인수하는 쟁점주식거래를 한 후 지분법적용 투자주식으로 계상하고, 지분인수일 현재 OOO의 재무상황은 유동자산OOO원, 고정자산OOO원 합계 OOO원이고, 부채 OOO억원, 순자산 OOO원 합계 OOO원이며, OOO은 내부보고자료에서 설비플랜트를 재매입하는 것과 지분을 인수하는 것은 그 경제적 실질이 동일하며, 재매입하는 경우 중재로 인한 기회손실에 대한 위험부담이 상당하므로 지분인수를 통하여 관련된 문제를 동시에 해결하는 것이 대안이라는 내용을 보고하였다. (차) 청구법인은 2004.9.23. 국제상사중재위원회에 제기한 중재신청을 철회하였다. (카) OOO은 2004.10.4. 정기이사회(제4차)를 개최하여 “OOO 유한회사 통합(안)”을 안건으로 상정하여 청구법인을 OOO원 정도에 영업양수도방식으로 통합한다는 내용으로 의결하여 2004.10.8. 청구법인과 OOO은 영업양수도계약을 체결하였으며, 청구법인은 당일 임시사원총회를 개최하여 영업양수도 승인, 해산 결의, 청산인 선임 등을 안건으로 상정하여 의결하였다. (타) 청구법인은 2004.11.1. 법인등기부상 해산등기를 하였으며 OOO은 2004.12.22. 청산 중인 법인으로부터 아래 <표8>과 같이 사업의 전부(자산․부채)를 장부가액으로 하여 OOO원에 양수하였다. OOOOOOOOOO OOOO OOOOO OO (OO) 매입 부가가치세 31 선납 제세(원천 납부세액) 1 총양수도 자산가액 1,193 매출 부가가치세 32 예수금(갑근세, 퇴직소득세) 미지급이자(장기차입금) 1 금융기관 非동의 부채 558 총양수도 부채가액 112 순자산 522 계 1,225 계 1,225 (파) 청구법인은 2004.12.27. 잔여재산가액OOO원을 확정한 후 2004.12.29. 이를 OOO에게 분배하면서 해산에 의한 청산소득으로 OOO원을 신고하고, OOO은 지분법 투자주식 감액손실로OOO원을 계상하였다. (하) OOO은 2005.1.3. 인적분할방식으로 법인을 분할하여 주식회사 OOO 주식회사를 신설하였으며, 잔존하는 법인명을 현재와 같이 변경하였다. (거) 조사관서는 쟁점자산(=청구법인의 기업가치)의 시가를 쟁점주식거래일(2004.9.8.) 당시의 지분거래가액 OOO원에 양도 당시 순자산 증가액 OOO원을 합한 OOO원으로 평가하였는 바, 유기적인 기업의 순자산가액은 항상 변하는 것이며, 조사관서에서 부당행위계산부인하여 저가양도가액을 OOO원으로 계산한 것은 쟁점주식거래일(2004.9.8.) 현재 가액을 기준으로 순자산 증가액(OOO)을 감안하여 쟁점자산의 가액(OOO원)을 산정한 후 당시 청구법인의 장부상 순자산가액(OOO원)을 차감한 것이고, 쟁점자산 거래일(2004.12.22.) 현재 청구법인과 OOO 간에 책정된 가액은 청구법인의 무형가치(OOO원)가 감안되지 아니한 부당한 것이므로 이를 저가양도 상당액으로 보아 익금산입하여 법인세를 과세하였다. (너) 처분청이 위 (파)와 관련하여 OOO이 지분법 투자주식 감액손실 OOO원을 손금산입한 것에 대하여, 100% 자회사라는 특수관계를 이용하여 부당하게 낮은 가액으로 쟁점자산을 매입한 후 청산하여 잔여재산가액을 회수하는 변칙적인 방법을 이용하여 동 손실을 계상하였다고 보아 손금불산입하여 2009.5.18. OOO에게 2004사업연도분 법인세 OOO원을 경정․고지하자, OOO은 2009.12.29. 국세청에 심사청구를 제기(법인 2009-85, 2010.5.17.)하여 이를 심리한 결과, 법인이 특수관계에 있는 법인에게 자산을 저가로 양도하는 경우 그 법인에 대하여「법인세법제52조 등에 의하여 시가와 양도가액의 차액을 익금산입하고 기타사외유출로 소득처분하는 것인 바, 이는 시가와 양도가액의 차액만큼 낮은 가액으로 자산이 계상되고 그로 인하여 향후 감가상각비 또는 취득가액이 과소하게 계상됨에 따라 그 차액이 저가양수법인의 소득금액을 구성하기 때문이라 할 것이므로 거래 당시에는 과세문제가 저가양도법인에게만 발생하고 저가양수법인에 대하여는 감가상각시 또는 처분시에 일어나는 것이며, 또한 저가양도법인이 해산하면서 잔여재산을 주주에게 분배하는 경우 사외유출로 소득처분된 금액은법인세법제79조에서 규정하는 잔여재산가액에 포함되지 아니하므로 이를 주주에게 분배할 수는 없다 할 것이다」고 판단하였다.
(2) 청구법인은 2012.5.17. 개최된 조세심판관회의에 출석하여, 청구법인은 사전에 국세청의 의견을 들어 쟁점주식거래와 쟁점자산거래를 하였고, 처분청은 2차례에 걸쳐 이 건을 조사하여 문제가 없는 것으로 종결하였다가 다시 조사하여 과세한 것이며, 이 건은 법인이 어려울 때 자금확보를 위하여 쟁점자산을 매각하였다가 주주의 변동으로 인하여 재무구조가 개선됨에 따라 재매입을 하였고, 이 과정에서 OOO가 입은 손해를 배상한 단순한 거래에 불과하며, 처분청의 의견처럼 부당하게 계획적․우회적으로 다단계의 거래를 한 것은 아니며, 청구법인이나 OOO은 이를 통하여 어떠한 이득도 취득하지 아니하였고, 거래방법은 납세자의 자율적인 선택사항(사적 자치)임에도 처분청은 지분거래를 하였으며 자산으로 매입하지 아니한 채 지분의 매입 후에는 합병하지 아니하고 영업양수도를 하였다는 의견을 제시하면서 사적자치의 원칙을 침해하였으며, 처분청은 시가를 평가함에 있어서 세액을 그로스-업하거나 세법에 규정하지 아니한 현재가치흐름할인법을 적용하려 하고, 경제적 실질에 의한 과세를 주장하는 등 조세법률주의를 위반하였으며, 국세청 유권해석에 의하면 쟁점주식거래가액은 쟁점자산거래가액의 시가가 아니고, 만일 청구법인이 쟁점주식거래가액으로 쟁점자산을 양도하였다면 양수인인 OOO이 고가매입한 것으로 보아 과세하였을 것이라는 등의 내용으로 의견진술을 하였다. 한편, 처분청도 같은 회의에 참석하여 쟁점자산거래가액을 법인의 자산 재매입 요구권, 손해배상권 등(보상금, 이자 상당액, 숙련된 노동력 등 유형·무형의 가치를 포함)을 반영한 적정한 것으로 하였어야 함에도 OOO의 자회사가 된 청구법인이 순자산가액만으로 거래한 것은 전형적인 우회거래 또는 다단계거래를 통해 조세를 회피하기 위한 부당한 행위이고, 쟁점주식거래와 쟁점자산거래의 실질은 OOO이 약정에 따른 손해배상 및 재매입 의무를 이행하기 위한 방법으로 청구법인을 매수한 단일거래로 보아야 하며, 이것은 최근 대법원 판례(2008두8499, 2012.1.19.)의 판시내용과 같은 입장이라 정당한 것이고, 이 건은 OOO이 제기한 심사청구(법인 2009-85, 2010.5.17.)와 관련이 있으므로 함께 고려하여야 하는 점 등을 감안하면, 쟁점자산의 시가로 본 OOO원은 위와 같이 적법하게 평가된 것이므로 이 건 처분도 마찬가지라는 취지의 의견진술을 하였다.
(3) 위의 내용을 종합하여 보면, (가) 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건 사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있고, 거래의 내용이나 그에 따른 재산과 소득의 귀속이 실질적인 면에서 동일하다면 납세의무의 부담 여부도 그 형식이나 외관과 무관하게 같아야 하며 그래야만 정의와 공평의 이념이 실현될 수 있고, 조세회피를 목적으로 비합리적이고 비정상적인 형식을 취하였음에도 외관이 그렇다는 이유만으로 납세의무를 면할 수 있는 반면 실질에 부합하는 정상적인 거래형식을 취하는 경우에는 부담할 수밖에 없다고 하는 것은 매우 부당하며, 실질과세의 원칙은 바로 그러한 불합리를 제거하는 수단이 되는 조세법의 기본원리이고,국세기본법상의 관련 규정은 실정법적으로 이를 확인하는 것이라고 할 수 있다. 실질과세원칙의 적용과 그 원인행위의 민사법적 구성을 반드시 연계하여 인식할 필요는 없으며, 당사자가 선택한 거래의 형식이나 주체 등 민사법적인 행위의 내용을 굳이 부정하여 재구성하지 아니하더라도 조세법적 관점에서 과세요건에의 해당 여부를 판단하기 위한 목적 범위 내에서 실질적인 내용과 귀속관계를 파악하는 것으로 족하다 하겠다(대법원 2008두8499, 2012.1.19. 참조). (나) OOO은 2004.9.8. 청구법인의 지분 100%를 인수하여 지배회사가 되어 중요 사안에 대한 의사결정권한을 행사할 수 있게 된 점, 청구법인과 OOO이 특수관계자가 아니라면 지분거래방식으로 OOO원에 인수한 기업을 1개월 후에 자산거래방식으로OOO원에 양도하기는 어려울 뿐만 아니라 그 기간 중에 기업의 가치가 현저히 떨어질 만한 사정이 나타나지 아니하는 점, 쟁점주식거래가액 OOO원은 청구법인과 OOO 간에 발생한 재매입 요구, 손해배상책임, 평가액 등을 반영한 적정한 가액으로 보이는 점, 이 건 거래과정에 비추어 사업을 포괄적으로 양도․양수하는 경우 주식거래방식에 의하든 자산거래방식을 통하든 실질내용은 같은 것으로 인정되는 점 등을 감안하면, 쟁점자산의 장부상 가액 OOO원보다는 쟁점주식거래가액 OOO원에 양도일까지의 순자산 증가액OOO원을 더한 OOO원을 시가로 하는 것이 타당하다고 판단된다. (다) 따라서, 쟁점자산거래와 경제적 실질이 동일하다고 판단되는 지분거래방식의 가액인 쟁점주식거래가액이 존재함에도 청구법인과 OOO은 ‘지분인수 후 사업양수’라는 우회거래방식을 통하여 쟁점자산을 부당하게 저가로 평가하여 사업양도․양수거래를 함에 따라 조세부담을 감소시키는 결과를 초래한 것과 다름이 없으므로 쟁점자산의 거래에 대하여 부당행위계산부인규정을 적용하여 차액 상당을 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.