1999.6.30. 이전에 쟁점아파트에 대한 분양계약 체결하고, 계약금을 납부한 것으로 보아 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용할 수 없음

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.8.26. 구 대한주택공사(이하 “주택공사”라 한다)로부터 취득한 서울특별시 ○○○(이하 “쟁점아파트”라 한다)를 2009.6.30. 양도한 후, 2010.5.14. 양도소득세 확정신고시 장기보유특별공제 49,207,524원 및조세특례제한법제99조에서 규정하는 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면세액 17,413,786원을 각각 적용하였다.
• 나. 처분청은 청구인에 대하여 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 양도당시 청구인이 2주택을 보유하고 있었으며, 신축주택취득기간이 경과한 이후에 쟁점아파트에 대하여 매매계약을 체결하였다는 이유로 장기보유특별공제 및 세액감면의 적용을 배제하여 2010.10.25. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 37,293,210원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.12.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점아파트의 계약금으로 1999.6.15. 1,000,000원(예약금), 1999.6.16. 9,000,000원, 1999.6.24. 12,000,000원, 1999.7.2. 23,000,000원, 합계 45,000,000원을 주택공사에 지급하였으나, 분양계약서를 작성하는 과정에서 주택공사 직원이 계약일자는 원하는 대로 기재하여 주겠다 하여, 다른 최초분양자들의 계약금이 45,000,000원이었던 점을 고려하여 청구인의 경우도 동 금액을 납부한 후의 일자를 계약일로 하는 것이 좋을 것 같아 2000.7.5.로 기재한 것이며, 계약금 납부내역이 금융거래자료에 의하여 확인되므로 1999.6.16.을 최초 계약일로 보아 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점아파트의 분양계약서에 청구인이 1999.7.5. 계약금 45,000,000원에 분양계약을 체결한 것으로 명시되어 있으며,조세특례제한법제99조에서 “매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날”이라 함은 당해 신축주택의 계약금을 완납한 날을 말하는바, 신축주택취득기간이 경과한 이후인 1999.7.2. 쟁점아파트의 계약금을 완납하였다 하더라도 감면요건을 충족하지 못하므로 양도소득세 부과처분은 적법하다.

• 가. 쟁 점 청구인이 1999.6.30. 이전에 쟁점아파트에 대한 분양계양을 체결하고, 계약금을 납부한 것으로 보아 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 감면규정을 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(괄호 생략)을 취득하여 그 취득한 날부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하며, 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 신축주택이소득세법제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 자기가 건설한 주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)으로서 1998년 5월 22일부터 1999년 6월 30일까지의 기간(국민주택의 경우에는 1998년 5월 22일부터 1999년 12월 31일까지로 한다. 이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다)사이에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택

2. 주택건설사업자로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택(괄호 생략). 다만, 매매계약일 현재 다른 자가 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. (2) 조세특례제한법 시행령 제99조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제99조 제1항 본문에서 “당해 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액”이라 함은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말한다.

② 법 제99조 제1항 제2호 단서에서 “대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택”이라 함은 1998년 5월 21일 이전에 주택건설업자와 주택분양계약을 체결한 분양계약자가 당해 계약을 해제하고 분양계약자 또는 그 배우자(분양계약자 또는 그 배우자의 직계존비속 및 형제자매를 포함한다)가 당초 분양계약을 체결하였던 주택을 다시 분양받아 취득한 주택 또는 당해 주택건설업자로부터 당초 분양계약을 체결하였던 주택에 대체하여 다른 주택을 분양받아 취득한 주택을 말한다. 다만, 기획재정부령이 정하는 사유에 해당하는 주택을 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인에 대한 양도소득세 조사종결 보고서의 주요한 내용을 보면 다음과 같다. (가) 분양계약서에 청구인이 1999.7.5. 계약금 45,000,000원에 쟁점아파트를 분양받은 것으로 기재되어 있어 구체적인 사실관계를 확인하기 위하여 주택공사에 계약일자 및 계약금 납입내역을 조회한 결과, 청구인이 1999.7.5. 쟁점아파트에 대한 분양계약을 체결하고, 같은 날 계약금 45,000,000원을 납부한 사실이 확인된다. (나) 청구인은 신축주택취득기간(1998.5.22.∼1999.6.30.)이 경과한 이후에 쟁점아파트에 대한 분양계약을 체결하고, 계약금을 납부하였으므로 조세특례제한법 제99조 제1항 제2호 의 감면요건을 충족하지 못한 것으로 보아 쟁점아파트 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득인 67,539,145원에 대하여 세액감면을 배제한다. (다) 청구인이 쟁점아파트를 양도할 당시 1세대 2주택자이므로 양도소득세 신고당시 적용한 장기보유특별공제 49,207,524원을 부인한다.

(2) 처분청이 2010.8.17. 한국토지주택공사 서울지역본부장에게 쟁점아파트에 대한 계약금 납입내역 등을 공문으로 조회한 것에 대하여 동 지역본부장이 통보한 신림지구분양신청서 및 입주금납부확인원에 의하면, 청구인이 1999.7.5. 신청금액을 45,000,000원으로 기재하여 쟁점아파트에 대한 분양신청을 하였고, 아래와 같이 1999.7.5. 쟁점아파트 계약금 45,000,000원을 납부하고, 연체료 11,748,080원을 포함하여 총 241,934,080원을 쟁점아파트의 분양대금으로 불입하였음이 나타난다.

○○○

(3) 쟁점아파트의 등기권리증에 첨부된 분양계약서에 의하면, 계약일자는 1999.7.5.이고, 전용면적은 113.31㎡이며, 주택가격 및 입주금 납부방법은 아래와 같다.○○○

(4) 청구인이 쟁점아파트의 계약금으로 1999.6.15. 1,000,000원(예약금), 1999.6.16. 9,000,000원, 1999.6.24. 12,000,000원, 1999.7.2. 23,000,000원, 합계 45,000,000원을 주택공사에 지급하였다고 주장하면서 그에 대한 증빙자료로 제시하고 있는 유동성 거래내역조회(2010.8.10. ○○○은행 법조타운지점장 발행)에 의하면, 쟁점아파트의 계약금을 납부한 것이라 주장하는 4차례의 거래가 아래와 같이 모두 대체출금이 되었는데, 비고란의 거래상대방이 모두 달라서 실제로 쟁점아파트의 분양대금으로 주택공사에 출금된 것인지 여부가 불분명할 뿐만 아니라 주택공사의 입주금납부확인원의 입주금 납부내역과도 일치하지 아니한다.○○○

(5) 청구인은 당초 주택공사 직원이 계약금이 완납된 것을 확인한 이후에 계약일자를 기재하고 날인하는 방법으로 쟁점아파트의 분양계약서를 작성하는 과정에서 청구인이 계약금의 일부를 최초로 납부한 1999.6.16., 계약금을 완납한 1999.7.2. 및 분양계약서상의 납부기한인 1999.7.5. 중 하나를 선택할 수 있었는데, 청구인이 1999.7.5.을 계약일로 선택한 것일 뿐이며 실제로 계약금의 일부를 1999.6.16. 최초로 납부하였다고 주장하면서도 객관적인 증빙자료는 제시하지 못하고 있다.

(6) 한편, 청구인이 2010.8.10. 한국토지주택공사의 홈페이지에 쟁점아파트의 계약금을 최초로 입금한 날이 1999.6.16.인지를 확인하려고 인터넷민원을 제기하자, 동 공사는 2010.8.13. 10년 이상 경과된 문서는 폐기하여 정확한 확인이 불가능하다고 답변하였다.

(7) 살피건대, 청구인이 1999.7.5. 쟁점아파트에 대하여 분양계약을 체결하고, 같은 날에 계약금 45,000,000원을 납부하였음이 분양신청서, 입주금납부확인원, 분양계약서 등에 의하여 일관되게 확인되고 있어 청구인 주장을 받아들이기는 어려우므로 처분청이조세특례제한법제99조에서 규정하고 있는 신축주택 취득자에 대한 감면규정의 적용을 배제하고 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.