한 필지의 토지가 취득원인과 취득시기가 다른 경우 양도차익 산정

○○○세무서장이 2010.8.27. 청구인에게 한 2009년 귀속 양도소득세 △8,674,430원의 경정·고지처분은 ○○○ 임야 6,076㎡ 중 증여취득한 1,519㎡에 대하여 장기보유특별공제 및 조세특례제한법제77조 제1항 제1호 규정에 따른 감면세액을 적용하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 1974.12.17. 상속에 의해 ○○○ 임야 6,076㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 중 3/4지분 4,557㎡(이하 “상속토지”라 한다)를, 1988.10.28. 증여에 의해 쟁점토지의 나머지 1/4지분 1,519㎡(이하 “증여토지”라 한다)를 각 취득한 후 2009.6.22. ○○○의 공공용지 협의취득을 원인으로 647백만원에 양도하였다.
• 나. 청구인은 2009.11.12. ○○○ 토지 188㎡ 및 건물 718.56㎡(이하 “쟁점외부동산”이라 함)를 양도한 후 2009년 귀속 양도소득세 예정신고시 양도소득세 128,330,990원을 신고·납부하였다.
• 다. 청구인은 2010.4.2. 2009년 귀속 양도소득세 확정신고시 쟁점토지 중 상속토지의 취득가액은 환산취득가액 624백만원으로 하여 양도차손 △143백만원, 증여토지의 취득가액은 시가 40백만원으로 하여 양도차익 112백만원으로 산정하고, 증여토지에 대하여는 장기보유특별공제 34백만원을 적용하여 쟁점토지에 대한 양도소득금액을 △64백만원으로 계산한 후, 쟁점외부동산과 합산하여 양도소득세 △11,903,090원으로 신고하였다.
• 라. 처분청은 상속·증여토지의 양도차·손익을 합산한 경우 양도차손이 발생하였으므로, 증여토지에 대하여 장기보유특별공제 및 조세특례제한법 제77조 제1항 에 따른 감면세액 적용대상이 아니라고 보아 2009년 귀속 양도소득세를 △8,674,430원으로 경정·결정하여 2010.8.27. 청구인에게 고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2010.9.29. 이의신청을 거쳐 2010.11.11. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지와 같이 단일필지로서 취득원인에 따른 취득시기가 달라 상속토지는 양도차손, 증여토지는 양도차익이 발생한 경우, 장기보유특별공제 계산에 있어 양도차익과 양도차손을 통산한 후의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 적용하는 것이 아니라, 각 상속·증여토지별로 산정하여 양도차익이 발생한 증여토지에 대한 장기보유특별공제를 적용한 후, 양도차손과 통산하는 것이 타당하므로, 처분청에서 증여토지에 대한 장기보유특별공제액 34백만원과 감면세액 3,582,700원의 적용을 배제한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법제95조에서 장기보유특별공제액 계산은 제94조 제1항 제1호에 따른 자산으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 보유기간별 공제율을 곱하여 계산된 금액으로 규정하고 있는바, 쟁점토지는 같은 법 제94조 제1항 제1호에 해당하는 단일필지의 토지 자산으로서 동 자산의 양도로 인하여 양도차손 30,909천원이 발생되어 장기보유특별공제 적용을 배제하는 것이 정당하므로 단일필지인 쟁점토지의 일부인 상속토지와 증여토지의 통산 전 증여토지의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 하여야 한다는 청구주장은 위소득세법제95조의 양도소득금액 계산 규정에 부합하지 아니하며, 나아가 같은 법 제102조 및 같은 법 시행령 제167조의2(양도차손의 통산 등) 규정에도 부합하지 아니하고, 쟁점토지의 양도차손에 대하여는 감면소득금액이 계산되지 아니하므로 처분청의 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 하나의 필지를 상속 및 증여로 취득시기를 달리하여 지분취득한 경우, 각 지분별로 양도소득금액 산정 및 감면세액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

○ 소득세법(2009.12.31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제94조 【양도소득의 범위】

① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지(측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률에 따라 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. (이하 생략)

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. (단서 생략)

⑤ 양도소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 제102조 【양도소득금액의 구분계산 등】

① 양도소득금액은 다음 각 호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금은 이를 다른 호의 소득금액과 통산하지 아니한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 소득

2. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 소득

② 제1항의 규정에 의하여 양도소득금액을 계산함에 있어서 양도차손이 발생한 자산이 있는 경우에는 제1항 각 호별로 당해 자산외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손(讓渡差損)을 공제한다. 이 경우 공제방법은 양도소득금액의 세율 등을 감안하여 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 시행령 제167조의2 【양도차손의 통산 등】

① 법 제102조 제2항의 규정에 의한 양도차손은 다음 각 호의 자산의 양도소득금액에서 순차로 공제한다.

1. 양도차손이 발생한 자산과 같은 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액

2. 양도차손이 발생한 자산과 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액. 이 경우 다른 세율을 적용받는 자산의 양도소득금액이 2 이상인 경우에는 각 세율별 양도소득금액의 합계액에서 당해 양도소득금액이 차지하는 비율로 안분하여 공제한다.

② 법 제90조의 감면소득금액을 계산함에 있어서 제1항의 양도소득금액에 감면소득금액이 포함되어 있는 경우에는 순양도소득금액(감면소득금액을 제외한 부분을 말한다)과 감면소득금액이 차지하는 비율로 안분하여 당해 양도차손을 공제한 것으로 보아 감면소득금액에서 당해 양도차손 해당분을 공제한 금액을 법 제90조의 규정에 의한 감면소득금액으로 본다.

○ 조세특례제한법 제77조 【공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 쟁점토지 취득 및 양도와 관련하여 토지등기부등본 및 토지수용확인서 등 관련 자료를 보면, 청구인은 1974.12.17. 쟁점토지 지분의 3/4을 상속토지로 취득하고, 1988.10.28. 쟁점토지 지분의 1/4을 증여토지로 취득한 후 2009.6.22. ○○○의 공공용지 협의취득을 원인으로 647,294천원에 양도한 사실이 나타난다.

(2) 청구인은 쟁점외부동산을 2009.11.12. 양도한 후 2009.12.11. 2009년도 양도소득세 예정신고시 128,331천원으로 신고·납부한 후 2010.4.2. 양도소득세 확정신고시 쟁점토지의 양도차익을 상속토지와 쟁점토지로 각 구분하여 양도차익(112,009천원)이 발생한 증여토지에 대하여는 장기보유특별공제(33,602천원)를 적용하여 양도소득금액(78,407천원)을 산정하고, 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호 에 따른 감면세액(3,582천원)을 적용한 후, 쟁점외부동산과 합산하여 처분청에 양도소득세 △11,903,090원으로 신고하였다.

(3) 처분청이 청구인의 양도소득세 신고에 대하여 쟁점토지 중 증여토지에 대한 장기보유특별공제 및 감면세액 적용을 부인하고 경정한 내역은 아래 표와 같다. <청구인의 쟁점토지 신고 및 처분청의 경정내역> (단위:천원) 구분 청구인 신고 처분청 경정 계 쟁점토지 쟁점토지 상속토지 증여토지 양도가액 647,294 485,471 161,823 647,294 취득가액 674,125 624,311 49,814 674,125 필요경비 4,078 4,078 0 4,078 양도차익 △30,910 △142,919 112,009 △30,910 장기보유특별공제 33,602 0 33,602 0 양도소득금액 △64,512 △142,919 78,407 △30,910 감면세액 3,582 3,582 0

(4) 위 사실관계와 관계법령을 종합하여 살피건대, 소득세법 제95조 제1항 에서 양도소득금액은 양도차익(양도가액 - 필요경비)에서 장기보유특별공제액을 공제하는 것으로 규정하면서, 같은 법 제102조에서 양도소득금액의 계산시 자산소득별로 구분하여 양도차손이 있는 경우에는 그 자산별로 당해 자산 외의 다른 자산에서 발생한 양도소득금액에서 그 양도차손을 공제하도록 규정하고 있는바, 자산별 양도소득금액 산정시 장기보유특별공제 제도를 마련하고 있는 취지가 당해 자산 보유기간 동안의 물가상승분을 공제하고, 장기간 보유하면서 생산활동에 사용하도록 유도하기 위한 것 등인 점, 증여토지는 보유기간이 20년 8개월의 장기보유토지에 해당하는 점, 쟁점토지는 상속·증여토지별로 취득원인, 취득시기와 보유기간, 취득가액의 산정방식이 서로 상이한 점, 하나의 필지가 양도시기를 달리하여 지분별로 각 양도될 경우 각 양도지분별로 양도차익 및 장기보유특별공제를 하여 양도소득금액을 산정하게 되는 점 등을 미루어 볼 때, 상속·증여토지별로 양도차익을 산정하고, 증여토지에 대하여 장기보유특별공제 및조세특례제한법제77조 제1항 제1호 규정에 따른 감면세액을 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.