겸용주택이 재개발된 아파트을 양도하는 경우 종전주택 비율에 따라 장기보유특별공제를 적용하여야 함.

1. ○○○세무서장이 2010.8.10. 청구인에게 한 2010년 귀속 양도소득세 659,458,600원의 경정청구에 대한 거부처분은, 재개발아파트인 서울특별시 ○○○의 관리처분계획인가일(2005.3.24.) 이후에 발생한 양도차익 중에서 동 아파트를 신축하기 전에 존재한 종전겸용주택 중 주택부분과 그에 딸린 토지의 평가액이 종전겸용주택과 그에 딸린 토지의 평가액에서 차지하는 비율에 상당하는 부분에 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 청구인이 신고한 과세표준과 세액을 경정한다.

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 2010.3.8. 재개발아파트인 서울특별시 ○○○(전용면적은 243.85㎡, 이하 “쟁점주택”라 한다)을 5,650백만원에 양도하였는데, 동 주택은 청구인이 1985.1.1. 전에 취득한 겸용주택(상가 368.89㎡, 주택 85.79㎡, 공용면적 51.74㎡ 합계 506.42㎡, 이하 “종전겸용주택”이라 한다)이 2005.3.24. 재개발사업에 기인한 관리처분계획이 인가됨에 따라 2,042백만원으로 평가되어 518백만원의 청산금을 수령하고, 이후 쟁점주택이 신축되어 2009.5.15. 사용승인을 받았으며, 쟁점주택은 양도당시 1세대 1주택(고가주택)이다.
• 나. 청구인은 쟁점주택에 대한 양도소득세의 신고당시 장기보유특별공제액을 산정함에 있어 관리처분계획인가일 전의 양도차익 중 주택부분에 대하여소득세법제95조 제2항 표2(이하 “쟁점표2”라 한다)에 따라 80%(10년이상 보유)를, 상가부분에 대하여는 같은 항 표1(이하 “쟁점표1”이라 한다)에 따라 30%(10년이상 보유)를 적용하여 계산하였으며, 관리처분계획인가일 후의 양도차익에 대하여는 쟁점표2에 따라 종전 상가 및 주택부분 모두에게 32%(4년이상 5년미만 보유)를 적용하여 계산하였다.
• 다. 이후에 청구인은 2010.5.19. 신고한 장기보유특별공제액에 오류가 있다고 판단하여 관리처분계획인가일 전후의 전체 양도차익에 쟁점표2에 규정된 80%를 적용하여야 한다는 취지로 2010년 귀속 양도소득세 659,458,620원에 대한 경정청구를 제기하며 동시에 국세청장에게 이에 대한 서면질의를 하였고, 국세청장은 2010.7.9. 이를 거부하는 취지의 회신(부동산거래관리과-893, 이하 “쟁점회신내용”이라 한다)을 하였고, 따라서 처분청은 2010.8.10. 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2010.11.5. 심판청구를 제기하였다. * 쟁점회신내용(부동산거래관리과-893, 2010.7.9.) 주택보다 주택외부분이 큰 겸용주택을 소유한 거주자가도시 및 주거환경정비법에 따른 정비조합에 겸용주택과 그에 딸린 토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 청산금을 지급받고 분양받은 신축주택 및 그에 딸린 토지를 양도하는 경우로서 당해주택이 1세대 1주택에 해당하는 경우,

① 관리처분계획인가일 이전에 발생한 양도차익 중 주택외부분과 그에 딸린 토지의 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액은 쟁점표1을 적용하고, 이 경우 보유기간은 기존건물의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지로 하고,

② 관리처분계획인가일 후 발생한 양도차익에서 주택외부분과 그에 딸린 토지의 평가액이 기존건물과 그에 딸린 토지의 평가액에서 차지하는 비율에 상당하는 양도차익에서 공제하는 장기보유특별공제액은 쟁점표2를 적용하고, 이 경우 보유기간은 관리처분계획인가일부터 신축주택의 양도일까지로 하며,

③ 관리처분계획인가일 전의 양도차익 중에 기존주택과 그에 딸린 토지의 양도차익 및 관리처분계획인가일 후 양도차익에서 기존주택과 그에 딸린 토지의 평가액이 기존건물과 그에 딸린 토지의 평가액에서 차지하는 비율에 상당하는 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액은 쟁점표2를 적용하며, 이 경우 보유기간은 기존건물 취득일부터 신축주택 양도일까지로 하는 것임

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점주택이 1세대 1주택에 해당하는 고가주택이라는 사실에는 처분청 또한 이의가 없는바, 재개발된 아파트의 보유기간은 재개발을 전․후한 보유기간 및 공사기간을 통산하는 것이며, 쟁점주택은 양도당시 100% 주택이므로 관리처분계획인가일 전․후의 모든 양도차익에 쟁점표2를 적용하여 장기보유특별공제액을 산정하여야 한다. (가)쟁점회신내용은 쟁점주택의 양도차익을 관리처분계획인가일 전후로 구분하여 그에 따라 장기보유특별공제율을 적용할 보유기간을 각각 달리한다고 답변하고 있는데, 이는 국세청의 예규(서면4팀-179, 2006.2.2. 참조)에도시 및 주거환경정비법에 따라 재건축한 주택을 양도하는 경우, 1세대 1주택의 판정 및 장기보유특별공제율을 적용하는 보유기간의 계산은 멸실된 구주택의 보유기간과 재건축기간 및 재건축한 신주택의 보유기간을 합산하는 것이며, 거주기간은 멸실된 구주택에서 실제 거주한 기간과 신주택에서 거주한 기간을 합산하는 산정하는 것이라고 해석한 입장과 정면으로 배치되는 것이며, 또한, 1세대가 주택의 면적이 주택외의 면적보다 큰 겸용주택 1채를 10년 이상 보유하다가 양도하는 경우, 쟁점표2의 보유기간에 따른 장기보유특별공제율 80%를 적용하는 것이고(재산세과-1573, 2009.7.29. 참조), 양도일 현재 1세대 1주택으로서 당초 상가면적이 주택면적보다 큰 겸용주택에서 일부 용도변경으로 인하여 주택면적이 상가면적보다 큰 겸용주택이 되는 경우, 건물 전체를 주택으로 보아 장기보유특별공제율을 적용하는 것이며, 건물의 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제율은 건물의 보유기간에 따른 쟁점표1과 주택의 보유기간에 따른 쟁점표2의 공제율 중 큰 것을 적용하여 계산하고, 토지의 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액은 토지의 보유기간에 따른 쟁점표1과 주택의 보유기간에 따른 쟁점표2의 공제율 중 큰 것을 적용하여 계산하는 것(재산-264, 2009.9.21.)이라는 해석 등을 종합하여 볼 때, 쟁점주택의 경우 관리처분계획인가일 전후의 전체 양도차익에 쟁점표2의 공제율을 적용하는 것이 타당하다. (나) 현행 세법은 양도당시 현황을 중요시하고 있는바, 국세청 예규(서면4팀-373, 2008.2.13.)에 의하면, 본 건의 경우와는 정반대로 겸용주택(주택>상가)을 재개발조합에 제공하고 주택이 아닌 상가를 분양받아 양도한 경우, 사업계획승인일 현재 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하더라도 종전의 멸실된 주택부분에 대해서는 쟁점표2의 적용을 배제하고 있는데, 그 이유는 양도당시 현황이 상가이기 때문이다. 그러므로, 멸실된 부동산이 주택이든 상가이든 양도당시에는 고려대상이 아닌 것이며, 쟁점주택이 양도 당시 100% 주택이라는 사실은 명백한 것이므로 관리처분계획인가일 이전의 양도차익도 주택의 양도차익으로 보아 장기보유특별공제율을 적용하여야 한다.

(2) 만약에, 위 (1)의 주장이 받아들여지지 아니한다 하더라도, 쟁점주택 양도차익 중 최소한 관리처분계획인가일 이후의 양도차익(쟁점회신내용 중 ②)은 주택만의 양도차익이므로 이와 관련하여 장기보유특별공제율을 적용할 보유기간은 종전겸용주택 취득일(1985.1.1.)부터 쟁점주택의 양도일(2010.3.8.)까지의 기간을 통산하는 것이 타당함에도, 이를 관리처분계획인가일(2005.3.24.)부터 쟁점주택의 양도일(2010.3.8.)까지로 제한하여 해석한 쟁점회신내용은 잘못된 것이다.

• 나. 처분청 의견 청구인의 질의에 대한 국세청 예규(부동산거래관리과-893, 2010.7. 9.)에 의하여 청구인이 제기한 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 주택면적보다 상가면적이 큰 겸용주택을 소유한 청구인이도시 및 주거환경정비법에 의한 관리처분계획에 따라 청산금을 지급받고 분양받은 재개발아파트를 1세대 1주택인 상태에서 양도하는 경우, 종전겸용주택 전체를 주택으로 보아서 장기보유특별공제율(80%)을 적용하여야 한다는 주장의 당부

② 관리처분계획인가일 이후의 양도차익에서 공제할 장기보유특별공제액을 산정함에 있어 관리처분계획인가일 이전에 상가를 보유한 기간도 주택의 보유기간에 포함하여야 한다는 주장의 당부

• 나. 관련법령

○ 소득세법 제88조 【양도의 정의】

② 도시개발법 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다.

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 "양도가액"이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 해당 자산의 양도차익에 다음 표2에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 표1 표2 보유기간 공제율 보유기간 공제율 3년이상 4년미만 10% 3년이상 4년미만 24% 4년이상 5년미만 12% 4년이상 5년미만 32% 5년이상 6년미만 15% 5년이상 6년미만 40% 6년이상 7년미만 18% 6년이상 7년미만 48% 7년이상 8년미만 21% 7년이상 8년미만 56% 8년이상 9년미만 24% 8년이상 9년미만 64% 9년이상 10년미만 27% 9년이상 10년미만 72% 10년이상 30% 10년이상 80%

③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다.

○ 소득세법 시행령 제159조의2 【장기보유특별공제】 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 소유하고 있는 경우의 그 주택(제155조·제155조의2·제156조의2 및 그 밖의 규정에 의하여 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 말한다.

○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】

③ 법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택외의 부분으로 복합되어 있는 경우와 주택에 부수되는 토지에 주택외의 건물이 있는 경우에는 그 전부를 주택으로 본다. 다만, 주택의 면적이 주택외의 면적보다 적거나 같을 때에는 주택외의 부분은 주택으로 보지 아니한다.

○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】

② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가 후 양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분 양도차익"이라 한다) + {[관리처분계획인가 후 양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가 전 양도차익}(이하 이 조에서 "기존건물분 양도차익"이라 한다)

[양도가액 － (기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비] ＋ [(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 기존건물과 그 부수토지의 취득가액 － 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비]×(기존건물과 그 부수토지의 평가액 － 지급받은 청산금) / 기존건물과 그 부수토지의 평가액]

③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. 취득일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 기존건물과 제1항 및 제2항 제1호의 규정에 의한 기준시가 그 부수토지의 × ─────────────────────── 평가액 관리처분계획인가일 현재 기존건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 및 제2항 제1호의 규정에 의한 기준시가

④ 제1항 내지 제3항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이란 다음 각 호의 가액을 말한다. <개정 2007.2.28>

1. 도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획에 따라 정하여진 가격. 다만, 그 가격이 변경된 때에는 변경된 가격으로 한다.

2. 제1호에 따른 가격이 없는 경우에는 제176조의2 제3항 제1호, 제2호 및 제4호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액. 이 경우 제176조의2 제3항 제1호 및 제2호에서 "양도일 또는 취득일전후"는 "관리처분계획인가일 전후"로 본다.

⑤ 법 제95조에 따른 양도소득금액을 계산하기 위하여 제2항 제1호에 따른 양도차익에서 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액을 공제하는 경우 그 보유기간은 다음 각 호에 따른다.

1. 청산금납부분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 관리처분계획인가일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

2. 기존건물분 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하는 경우의 보유기간: 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 신축주택과 그 부수토지의 양도일까지의 기간

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주택이 1세대 1주택 비과세 요건을 충족한 고가주택이라는 사실에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없으며, 재개발아파트인 쟁점주택의 취득 및 양도와 관련한 사실관계는 다음과 같다.

• 청구인이 의제취득일(1985.1.1.)이전에 종전겸용주택(상가면적: 365.89㎡, 주택면적: 85.79㎡, 공용면적: 51.74㎡ 합계 503.42㎡)을 취득

• 2005.3.24. 재개발에 대한 관리처분계획인가

• 배정된 주택: 전용면적 243.85㎡, 대지 61.21㎡

• 부동산평가내역 종전겸용주택: 2,042백만원, 쟁점주택 분양가액: 2,524백만원, 청산금 수령액: 518백만원

• 2009.5.15. 재개발아파트에 대한 사용승인

• 2010.3.8. 쟁점주택을 5,650백만원에 양도

(2) 쟁점①에 대하여 본다. 청구인은 주택면적보다 상가면적이 큰 종전겸용주택을 소유하다가도시 및 주거환경정비법에 의한 관리처분계획에 따라 청산금을 지급받고 분양받은 재개발아파트를 1세대 1주택인 상태에서 양도하는 경우, 종전겸용주택 전체를 주택으로 보아 장기보유특별공제율(80%)을 적용하여야 한다고 주장하고 있다. 살피건대, ① 장기보유특별공제는 3년 이상 보유한 부동산의 경우 양도소득금액 계산당시 양도차익의 일정 부분을 공제하여 주는 제도로서 토지와 건물의 보유기간에 따라, 또한 주택 및 상가의 보유기간에 따라 각각 그에 해당하는 공제율을 적용하여야 하는 점, ② 소득세법 시행령제166조 제2항에서 재개발아파트의 양도차익을 산정함에 있어 관리처분계획인가일의 전후로 구분하여 계산하는 것으로 규정하고 있으며, 쟁점주택의 경우에 관리처분계획인가일 이후에는 100% 주택이나, 그 이전에는 상가면적이 주택면적보다 큰 겸용주택이므로, 관리처분계획인가일 이후의 양도차익은 주택의 양도차익으로, 이전의 양도차익은 주택 및 상가를 구분하여 계산하는 것이 타당한 점, ③ 청구인은 겸용주택을 보유하는 거주자가 재개발사업에 따라서 주택이 아니라 상가를 분양받아 양도한 경우, 장기보유특별공제액 계산당시 종전건물 주택부분에 대하여 쟁점표2를 적용하지 아니하는 것과 비교하여 쟁점주택은 양도당시에는 100% 주택이므로 관리처분계획인가일 이전의 양도차익도 전부 주택의 양도차익으로 보아야 한다고 주장하고 있으나, 쟁점표2는소득세법제95조 제2항 단서에서 양도당시 1세대 1주택에 해당하는 경우에만 적용하는 것으로 규정하고 있는 점 등을 감안할 때, 청구주장은 법리를 오해하고 있는 것으로 판단된다.

(3) 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 관리처분계획인가일 이후 양도차익(쟁점회신내용 중 ②)에서 공제할 장기보유특별공제액을 산정함에 있어 적용할 보유기간은 종전겸용주택의 취득일(1985.1.1.)부터 쟁점주택 양도일(2010.3.8.)까지의 기간을 통산하여야 한다고 주장하고 있다. 살피건대, 쟁점주택은도시 및 주거환경정비법에 따라 종전겸용주택이 환지방식에 의하여 재개발아파트로 전환된 것이므로 종전겸용주택(상가>주택)의 연속으로 보아야 하는 것이며, 관리처분계획인가일 이후의 양도차익 중 주택에서 아파트로 변경된 부분에 대한 장기보유특별공제율은 쟁점표2를 적용하되, 그 보유기간은 종전주택의 취득일(1985.1.1.)부터 쟁점주택의 양도일(2010.3.8.)까지로 보아야 할 것이나, 상가에서 아파트로 변경된 부분의 양도차익에 대한 장기보유특별공제율은 쟁점표2를 적용하되, 그 보유기간은 관리처분계획인가일(2005.3. 24.)부터 쟁점주택의 양도일(2010.3.8.)까지로 보아야 한다고 판단된다. 그런데, 청구인은 쟁점주택에 대한 양도소득세를 신고하며 관리처분계획인가일 이후의 양도차익에 대하여 쟁점표2에 따라서 종전주택 및 상가부분 모두에 32%(4년이상 5년미만 보유)를 적용하였으므로 당해 양도차익 중 주택에서 아파트로 변경된 부분에 대한 장기보유특별공제율은 쟁점표2의 80%(10년이상 보유)를 적용함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.