연말정산 과정에서 근로소득을 과소 신고한 경우 5년의 부과제척기간이 적용됨

○○세무서장이 2010.8.16. 청구인에게 한 종합소득세 2003년 귀속분 1,998,690원과 2004년 귀속분 3,971,730원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2003년과 2004년 당시에 ○○코리아㈜에서 근무하여 갑종근로소득 ․ 을종근로소득(을종근로소득은 ‘○○을근납세조합’을 통하여 원천징수를 하였다)이 발생하자, 각 과세연도의 근로소득을 연말정산하여 종합소득세 2003년 귀속분 10,001,700원과 2004년 귀속분 9,867,650원을 신고 ․ 납부하였다.
• 나. ○○지방국세청이 외국계기업 임직원의 주식매수선택권(스톡옵션)의 행사에 따른 소득의 이행실태를 점검한 결과, 청구인이 2003년~2007년 소득을 과소신고한 사실을 확인하고 과세자료를 통보하자, 처분청은 2010.8.16. 청구인에게 종합소득세 2003년 귀속분 1,998,690원과 2004년 귀속분 3,971,730원을 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.10.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

○○지방국세청장이 2007년 ○○코리아㈜에 대한 세무조사를 실시하여 조사대상기간 중 청구인이 미국에 있는 모회사를 통하여 주식매수선택권을 행사한 사실을 적출하자, 처분청은 청구인이 동 선택권의 행사에 따른 소득을 신고누락하였다 하여 이 건 과세처분을 하였으나, 청구인은 2003년과 2004년의 근로소득에 대하여 연말정산하여 신고 ․ 납부를 하였음에도, 2007년 세무조사를 집행한 후 3년이 지난 2010.8.11.에야 비로소 과세한 이 건 처분은 청구인에게 적용되는 5년의 부과제척기간이 만료된 뒤에 한 것이므로 위법 ․ 부당하다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 연말정산을 통하여 갑종근로소득과 을종근로소득에 대한 근로소득세를 신고 ․ 납부하였으므로 무신고한 것으로 보아 7년의 부과제척기간을 적용하는 것은 부당하다 주장하나, 이 건은 납세조합을 통하여 과세신고한 소득에 대하여 경정한 것이며, 당시 청구인이 누락한 소득에 대하여 인지하고 과세표준확정신고를 이행하여야 할 의무가 있음에도 이를 이행하지 아니하였으므로 무신고에 대한 7년의 부과제척기간을 적용하여 종합소득세를 과세한 처분은 적법 ․ 정당하다.

• 가. 쟁 점 주식매수선택권을 행사한 근로소득자(갑종 ․ 을종)가 연말정산을 이행한 후 세무조사에 의하여 을종근로소득 중 일부를 누락한 사실이 확인되는 경우 부과제척기간이 5년인지 아니면 7년인지 여부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법(2006.12.30 법률 제8139호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 【국세부과의 제척기간】

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국제조세조정에 관한 법률 제25조 에서 정하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급 ․ 공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

4. 상속세 ․ 증여세는 제1호 내지 제3호의 규정에 불구하고 이를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 경우에는 이를 부과할 수 있는 날부터 15년간으로 한다.

• 가. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 상속세 ․ 증여세를 포탈하거나 환급 ․ 공제받는 경우
• 나. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출하지 아니한 경우
• 다. 상속세 및 증여세법 제67조 및 제68조의 규정에 의하여 신고서를 제출한 자가 대통령령이 정하는 허위신고 또는 누락신고를 한 경우(그 허위신고 또는 누락신고를 한 부분에 한한다)

○ 소득세법(2006.12.30 법률 제8144호로 개정되기 전의 것) 제20조 【근로소득】

① 근로소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

• 가. 근로의 제공으로 인하여 받는 봉급 ․ 급료 ․ 보수 ․ 세비 ․ 임금 ․ 상여 ․ 수당과 이와 유사한 성질의 급여

• 나. 국외에 있는 외국인 또는 외국법인(국내지점 또는 국내영업소를 제외한다)으로부터 받는 급여. 다만, 제120조 제1항 및 제2항에 규정하는 외국인의 국내사업장과 법인세법 제94조 제1항 및 제2항에 규정하는 외국법인의 국내사업장의 국내원천소득금액을 계산함에 있어서 필요경비 또는 손금으로 계상되는 것을 제외한다.

○ 소득세법 제73조 【과세표준확정신고의 예외】

① 다음 각호의 1에 해당하는 거주자는 제70조 및 제71조의 규정에 불구하고 당해 소득에 대하여 과세표준확정신고를 하지 아니할 수 있다.

② 일용근로자 외의 자로서 2인 이상으로부터 받는 근로소득 ․ 연금소득 ․ 퇴직소득 또는 제1항 제5호의 규정에 의한 소득이 있는 자(갑종근로소득과 을종근로소득을 동시에 받는 경우를 포함한다)에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제137조 ․ 제138조 또는 제144조의 2의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부한 자에 대하여는 그러하지 아니하다.

○ 소득세법 제137조 【근로소득세액의 연말정산】

① 주된 근무지의 원천징수의무자가 당해연도의 다음 연도 1월분의 근로소득 또는 퇴직자의 퇴직하는 달의 근로소득을 지급하는 때에는 이를 받는 자의 당해연도의 근로소득금액 또는 퇴직하는 달까지의 당해연도의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조의 규정에 의하여 신고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 제134조 제4항 각호의 세액공제를 한 후 당해연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한다.

⑤ 일용근로자외의 자로서 갑종에 속하는 근로소득 및 제150조 제3항의 규정에 의하여 납세조합에 의하여 소득세가 징수된 을종에 속하는 근로소득이 있는 자에 대하여는 갑종에 속하는 근로소득의 주된 근무지의 원천징수의무자가 갑종에 속하는 근로소득과 을종에 속하는 근로소득을 합한 금액에 대하여 연말정산을 할 수 있다.

○ 소득세법 제149조 【납세조합의 조직】 다음 각호의 1에 해당하는 거주자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세조합을 조직할 수 있다.

1. 을종에 속하는 근로소득이 있는 자

○ 소득세법 제150조 【납세조합의 징수의무】

① 납세조합은 그 조합원의 을종에 속하는 근로소득 또는 사업소득에 대한 소득세를 매월 징수하여야 한다.

② 제149조 제2호의 규정에 의한 사업자가 조직한 납세조합이 그 조합원에 대한 매월분의 당해 소득세를 제1항의 규정에 의하여 징수하는 때에는 그 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한 것을 세액으로 하여 징수한다.

③ 을종에 속하는 근로소득이 있는 자가 조직한 납세조합이 그 조합원에 대한 매월분의 당해 소득세를 징수하는 때에는 그 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한 것을 세액으로 징수한다. 다만, 제70조의 규정에 의하여 종합소득과세표준확정신고를 하거나 제137조 및 제138조의 예에 의하여 연말정산을 하는 때에는 당해 납세조합에 의하여 원천징수된 근로소득에 대한 종합소득산출세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한 것을 세액으로 납부 또는 징수한다.

○ 소득세법 제152조 【납세조합의 징수방법】

① 제150조 제2항의 규정에 의한 납세조합은 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 각 조합원의 매월분 소득에 12를 곱한 금액에서 종합소득공제를 한 금액에 기본세율을 적용하여 계산한 세액의 12분의 1을 매월분의 소득세로 하여 이에서 세액공제와 납세조합공제를 한 금액을 징수한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있을 때에는 1월로 한다.

② 제150조 제3항의 규정에 의한 납세조합은 그 조합원의 매월분의 당해 소득에 대하여는 갑종에 속하는 근로소득에 대한 원천징수의 예에 의하되, 제134조의 규정에 의한 근로소득간이세액표에 의하여 계산한 소득세에서 납세조합공제를 한 금액을 징수한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 과세예고통지서, 2003년 귀속 및 2004년 귀속 종합소득세 경정결의서 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 인정된다. (가) 처분청은 청구인이 2003년~2007년 기간 중 주식매수선택권을 행사함에 따른 차익을 과소신고한 사실을 확인하고 과세하였는데,

1. 그 중 2003년 귀속분은 주식매수선택권의 행사에 기인하는 차익이 22,318,257원임에도 17,931,767원만 신고하여 차액인 4,386,490원에 대하여 1,998,690원을 증액경정을 하였으며, 2) 2004년 귀속분은 주식매수선택권의 행사로 인하여 발생하는 차익이 22,769,148원이지만 13,478,704원만 신고하여 차액인 9,290,444원에 대하여 3,971,730원을 증액경정을 하였고, (나) 기타 청구인은 2005년 귀속분으로 11,102,388원, 2006년 귀속분으로 39,090,812원, 2007년 귀속분으로 28,675,524원의 신고하지 아니한 주식매수선택권 행사에 따른 차액이 발생하였고 처분청은 이것 또한 과세하였으나, 청구인은 심판청구를 제기하지 아니하였다.

(2) 청구인에 대한 2003년 및 2004년 귀속 종합소득세 경정결의서 ․ 근로소득원천징수영수증과 심판청구서 내용 등을 종합하면, (가) 청구인은 위 과세연도에 근로소득만 있는 납세의무자로서 해당 과세연도의 근로소득에 대하여 연말정산을 하였으며, (나) 당시 청구인에게 갑종근로소득 뿐만 아니라 을종근로소득도 발생하였고, 이에 대하여 납세조합을 통하여 원천징수한 사실이 나타나며 그와 같은 사실관계에 관하여는 처분청도 이견이 없다.

(3) 살피건대, 청구인은 소득세법 제73조 에 의하여 각 과세연도에 과세표준확정신고를 할 필요 없이 연말정산을 통하여 해당 과세연도의 납세의무가 종결되는 근로소득자로서 동 연말정산을 하는 과정에서 근로소득을 과소신고한 것으로 나타나는 바, 이 건은 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 에 의한 ‘납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’로 인정할 수 없을 뿐만 아니라, 아울러 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 규정한 ‘사기 기타 부정한 행위’는 조세의 부과 ․ 징수를 불가능하게 하거나 또는 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하는 것이지, 다른 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상 신고를 하지 아니함에 그친 것은 이에 포함되지 아니하므로(대법원 2005.3.25. 선고 2005도370 등 다수 같은 뜻임) 이 건은 그 요건에 해당하지 아니한다.

(4) 따라서, 이 건은 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 의한 5년의 부과제척기간을 적용하여야 함에도 기간이 만료된 뒤 한 2003년 및 2004년 귀속 종합소득세 부과처분은 취소하여야 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.