장부기록 과정에서 매출원가 이중계상 또는 오기 등이 있는 경우 결산조정 등을 통해 재무제표에 반영하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 경우에는 적법한 신고로 보아야 함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 ○○○으로, 2006사업연도에 ○○○에 공급한 타이어에 대해 제품하자보증청구가 발생하여 무상추가공급을 하였으며, 동 무상추가공급에 대하여 매출이 발생한 것으로 보아 매출액 및 이에 대응한 매출원가 363,910,080원(이하 “쟁점매출원가”라 한다)을 계상하였다가, 추후 하자보수와 관련한 무상추가공급이라 하여 매출액을 감액(취소)한 후 2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였다.
• 나. ○○○국세청장은 청구법인에 대한 법인세 통합조사 과정에서 청구법인이 쟁점매출원가를 하나의 거래에 중복계상하였다 하여 처분청에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 쟁점매출원가 상당액을 손금불산입하여 2010.6.11. 청구법인에게 2006사업연도 법인세 116,137,570원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.9.7. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점매출원가는 타이어 개발에 필요한 기술 관련 라이센스를 보유한 ○○○ 회사가 부담하였고, ○○○의 이전가격정책에 따라 청구법인 및 MAS는 법인세 차감전 순이익률을 2%로 맞추어 이전가격소득조정을 하고 있으며, 이에 따라 청구법인은 매년 법인세 신고시 법인세 차감전 순이익률을 2%로 맞추기 위해 매출원가에서 이전가격 소득조정을 하였고, 2006년에는 이전가격 조정전 매출원가 599,111,610원을 감액조정하였는바, 쟁점매출원가는 ○○○의 이전가격정책에 의하여 궁극적으로 사업연도말에 취소되므로 별도의 취소회계처리를 하지 아니한 것일 뿐이며, 처분청의 주장과 같이 쟁점매출원가가 이전가격 조정전 매출원가에서 회계처리에 의해 먼저 차감된다 하더라도 법인세 과세표준에 미치는 영향은 동일하고, 처분청은 세무조사시 결산반영 전의 매출원가 원장만을 가지고 쟁점매출원가가 이중계상된 것으로 보았으나 법인결산시 매출원가원장에서 쟁점매출원가를 포함한 599,111,610원을 일괄차감후 법인세신고를 하여 이중계상되지 않았으므로 처분청의 과세처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 쟁점매출원가에 대하여 청구법인이 아닌 제조회사가 부담할 비용임을 인정하고 있는바, 중복계상된 쟁점매출원가는 사업과 관련하여 발생했으나 청구법인이 부담할 비용이 아니므로 법인세법제19조에 규정된 일반적으로 용인되는 통상적인 손금 또는 수익과 직접 관련된 손금이 아니며, 이전가격 조정은 정상적인 회계장부 작성 후에 이루어지는 것으로 회계장부에 이중으로 계상된 매출원가도 이전가격 조정으로 자동조정되는 것으로 볼 경우 법인세법 제112조 장부의 비치기장 및 법인세법 시행령제115조 복식부기에 의한 기장에 대한 규정이 의미없게 되어 추계신고와 같은 결과가 되고, 청구법인은 법인세 신고시 거래가격조정신고서를 첨부하여 신고하지 아니하였으며, MAS가 청구법인의 이전가격 소득금액 조정시 각국의 관계사와 거래에서 매출총이익이 (-)인 거래와 (+)인 거래를 정산하여 ○○○ 기준 법인세 차감전 기준으로 2%의 이익률을 맞춘 것에 대하여 정상가격 사전승인제도(APA) 등으로 국세청과 사전합의된 바도 없고, 2006년 사업연도 총거래건수 2,107건 중 매출액 중 매입액이 높은 거래가 705건에 달하여 매입가격이 적정한지 의문이 있으며, 처분청은 쟁점매출원가에 대하여 이전가격으로 보아 과세한 것이 아닌 점 등으로 보아 법인세법제19조에 규정된 손금의 요건을 충족하지 못한 쟁점매출원가에 대하여 과세한 처분은 정당하고, 심판청구시 청구법인이 제출한 서류는 당초 세무조사시 제출되지 않은 서류로서 신뢰하기 어렵다.

• 가. 쟁점 청구법인의 무상공급분 매출액에 대응하는 쟁점매출원가가 중복계상된 것으로 보아 손금불산입하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국제조세조정에 관한 법률 제2조 【정의】

① 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다.

7. “과세당국”이라 함은납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장을 말한다. 제2조의2【국제거래에 관한 실질과세】

① 국제거래에서 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속에 관하여 사실상 귀속되는 자가 명의자와 다른 경우에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 조세조약을 적용한다.

② 국제거래에서 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 조세조약을 적용한다. 제3조【다른 법률과의 관계】

① 이 법은 국세 및 지방세에 관하여 정하고 있는 다른 법률에 우선하여 적용한다. 제4조【정상가격에 의한 과세조정】

① 과세당국은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다. 제5조【정상가격의 산출방법】

① 정상가격은 다음 각호의 방법중 가장 합리적인 방법에 의하여 계산한 가격으로 한다. 다만, 제4호의 방법은 제1호 내지 제3호의 방법으로 정상가격을 산출할 수 없는 경우에 한한다.

4. 대통령령으로 정하는 기타 합리적이라고 인정되는 방법 제6조【정상가격 산출방법의 사전승인 등】

① 거주자는 일정 기간의 과세연도에 대하여 정상가격 산출방법을 적용하려는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 정상가격 산출방법을 적용하려는 일정 기간의 과세연도 중 최초의 과세연도 종료일까지 국세청장에게 승인 신청을 할 수 있다. (2) 법인세법 제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비(損費)의 금액으로 한다.

② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제112조 【 장부의 비치·기장 】납세의무있는 법인은 장부를 비치하고 복식부기에 의하여 이를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증빙서류를 비치·보존하여야 한다. 다만, 비영리내국법인은 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 수익사업을 영위하는 경우에 한한다. (3) 법인세법 시행령 제155조 【복식부기에 의한 기장】 법인세법 제112조 에 규정하는 복식부기에 의한 기장은 법인의 재산과 자본의 변동을 빠짐없이 이중기록하여 계산하는 정규의 부기형식에 의하여 기장하는 것으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 제출된 심리자료에 의하면, 국내에서 제조되는 ○○○ 등의 수출용 신차에 대한 타이어 판매를 목적으로 설립된 청구법인은 2004.12.14. 설립등기를 하고 2005.7.1.부터 영업활동을 개시하였으며, MAS로부터 ○○○를 전량 수입하여 국내의 ○○○에 수출용신차 공급용으로 전량 매출하고 있는바, 각사업연도 MAS의 장부에 계상된 매출액 및 매출원가를 외화로 환산하고 년말에 이전가격 소득금액 조정후 해당 사업연도의 법인세를 신고하는 것으로 나타난다.

(2) 처분청의 조사보고서, 청구법인의 이전가격조정 관련 서류 등에 의하면, 청구법인은 매출원가 산정시 매출액에서 각종 비용을 차감하고 OOO그룹의 목표수익률인 법인세차감전 이익률 2%○○○에 맞추어 소득조정을 하고 있으며, 2006년 중 청구법인이 국내의 ○○○에 공급한 타이어에 대한 제품하자 보증청구가 발생하여 무상추가공급이 이루어졌고, MAS는 동 거래에 대하여도 매출액(매출채권) 및 매출원가(재고감소)로 회계처리하였다가, 그 후 동 거래는 실제 매출액이 아닌 하자보수 관련 보증으로 인한 무상추가공급분으로서 ○○○ 회사의 귀책으로 라이선스 보유회사가 관련 비용을 모두 부담해야 한다하여 매출액 및 매출채권을 감액(취소)하는 회계처리는 하였으나, 쟁점매출원가는 결산과정에서 이전가격 소득조정이 된다 하여 감액하는 회계처리를 하지 아니한 것으로 조사되었으며, 청구법인이 2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 거래가격 조정관련 신고서류는 제출하지 아니한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 각사업연도 결산과정에서 이전가격 소득조정으로 인해 매년 법인세 신고과세표준 및 세액의 증감변화가 거의 없고, 쟁점매출원가의 경우 결산조정으로 장부마감시 매출원가에서 차감하였으므로 이중계상이 아니라고 주장하면서 그 입증자료로 결산분개전표, 매출원가 원장, 재무제표 등의 관련서류를 제출하였는바, 이에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인이 제출한 이전가격조정 관련 서류 등에 의해 2006사업연도 법인세 신고시 첨부된 손익계산서와 이전가격 조정전 손익계산서, 쟁점매출원가가 중복계상된 것으로 보아 감액한 경우의 손익계산서의 내용을 비교하면 손익계산서상 법인세차감전 순이익 1,202,095,018원은 매출액 60,305,880,447원의 1.99%로써 ○○○ 그룹의 이전가격정책 수익률인 법인세차감전 순이익률 2%와 비슷하고, 청구법인이 주장하는 이전가격 조정금액은 (a)599,111,610원으로서, 쟁점매출원가 (b)363,910,081원이 법인결산시 중복계상된 것으로 보아 이전가격 조정전 매출원가 57,911,357,145원에서 차감할 경우 이전가격 조정금액은 (c)235,201,529원으로 산정되므로 쟁점매출원가가 중복계상되었다 하더라도 이전가격 조정에 의해 중복계상 여부와 관계없이 청구법인의 2006사업연도 신고소득금액에는 변동이 없는 것으로 보인다. (나) 이 건 과세시 처분청은 국제조세 조정에 관한 법률 소정의 정상가격을 기준으로 과세한 것이 아니라 법인세법의 규정에 따라 쟁점매출원가가 매출원가계정에 이중계상된 것으로 보아 손금을 부인한 것으로 보여지는바, 이 건 심리시 청구법인이 제출한 관련장부 및 결산분개전표 등에 의하면 2003.12.31. 144,161,118원(239,773 싱가폴달러) 및 454,950,492원○○○으로 법인세 신고시 제출된 손익계산서상의 매출원가와 일치하나, 동 자료는 당초 세무조사 과정에서 제출되지 아니한 것이다. (다) 관련법령 및 사실관계를 종합하면, 청구법인은 각사업연도 법인세 신고시 이전가격 소득조정으로 인해 과세표준 및 세액의 증감변동이 없고, 쟁점매출원가는 결산조정으로 매출원가에서 차감되었으므로 이중계상된 것이 아니라는 주장이며, 처분청은 이전가격 조정은 정상적인 회계장부 작성 후에 이루어지는 것으로 이중으로 계상된 매출원가가 이전가격 조정으로 자동조정되는 것으로 보기 어렵고, 이 건 심리시 청구법인이 제출한 자료는 당초 세무조사 과정에서 제출되지 않아 신뢰하기 어렵다는 의견인바, 국제조세 조정에 관한 법률의 규정에 따른 이전가격 소득조정에 의해 결과적으로 법인의 각사업연도소득에 미치는 영향이 동일하다 하여 법인세법상 장부비치,기장 및 복식기장의무에 대한 규정과 관계없이 기장을 자의적으로 조정할 수는 없는 것이라 할 것이나, 장부기록 과정에서 매출원가 이중계상 또는 오기 등이 있는 경우 결산조정 등을 통해 재무제표에 반영하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 경우에는 적법한 신고로 보아야 할 것인바, 청구법인이 제출한 관련장부 및 결산분개전표 등은 당초 세무조사가 아닌 이 건 심판청구과정에서 제출된 것이지만 쟁점매출원가 상당액이 차감처리된 것으로 나타나고 있어 청구법인의 2006사업연도 법인세 결산과정에서 실제 반영된 것인지에 대한 확인조사가 필요한 점 등을 고려하여 볼 때, 매출원가계정에서 쟁점매출원가가 차감처리된 이후 2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액이 신고된 것인지를 처분청에서 청구법인이 제출한 관련장부 등을 근거로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정함이 타당한 것으로 판단된다.

이 건의 심판청구는 심리결과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.