실제 취득가액에 대한 증빙이 허위이거나 미비로 볼 수 없으므로 기준시가 경정은 부당함

송파세무서장이 2010.7.1. 청구인에게 한 2008년 귀속 양도소득세 293,086,330원의 부과처분은 청구인이 2008.5.26. 양도한 서울특별시 대지 599㎡ 및 건물 1,038㎡의 취득가액을 2,700,000,000원으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 2003.6.10. 취득한 서울특별시 소재 대지 599㎡ 및 건물 1.038㎡(이하 "쟁점부동산"이라 함)을 2008.5.26 양도하고, 양도가액 44억 원에서 취득가액 27억 원과 기타 필요경비 240,028,146원을 공제하는 등 실지거래가액에 의하여 양도차익 을 산정하여 2008.7.31. 2008년 귀속 양도소득세 404,927,170원을 신고․납부하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 신고한 취득가액 27억 원이 불분명한 것으로 보아 취득가액을 기준시가로 환산한 2,279,459,000원으로 하여 2010.7.1. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 293.086.330원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.8.4. 이의신청을 거쳐 2010.9.28. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산을 2003.6.10. 27억 원에 매입하였으며, 매매계약서상의 지급예정일은 2003.5.15. 계약금 2억 원. 2003.7.30. 중도금 5억 원. 2003.8.30. 잔금 20억 원으로 되어 있으나, 실지 대금지급은 계약 당일 계약금 2억 원을 지급하였고 쟁점부동산의 임대보증금 3억4,000만원은 승계하기로 하여 매매대금에서 차감하였으며, 2003.6.10. 3억2,300만원, 2003.6.12. 부동산 담보로 차입한 금액 10억 원을 지급하였고, 잔액 8억 3,700만원은 매도인 김000가 2003.6.13. 쟁점부동산과 청구인의 어머니 금000 소유의 부동산에 각각 4억 원씩 전체 8억 원의 근저당을 설정한 후 2004년부터 2008년까지 수시로 7억4,900만원을 지급한 사실이 금융증빙에 의해 확인되므로 매매대금 27억 원 중 확인되지 아니한 금액은 87백만 원으로 매매대금의 3%에 불과하여 쟁점부동산의 취득가액은 27억 원이다. 취득대금을 장기에 걸쳐 지급한 이유는 당시 매도인(김000)이 자금이 급하게 필요한 사정이 있었으나, 쟁점부동산이 장기간 매매되지 아니하자 자신이 제시한 매매대금을 짝지 않는다는 전제하에 쟁점부동산을 담보로 청구인이 은행에서 대출받아 매매대금의 일부를 지급하고 나머지 대금은 매도인에게 청구인과 청구인의 어머니 부동산을 담보로 제공한 후 청구인의 자금이 마련되는 대로 지급하기로 매도인과 합의하였기 때문이다. 처분청은 취득시 매매대금에 관한 금융증빙 등을 청구인이 제시하였음에도 당해 증빙이 허위라는 객관적인 입증 없이 취득가액이 불분명한 경우로 보아 취득가액을 기준시가 환산가액으로 산정하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 제시하는 부동산매매계약서를 보면, 계약서상 계약금, 중도금, 잔금 지급일자는 각 2003.5.15., 2003.7.30., 2003.8.30.이고 부동산 명도는 2003.8.30.로 작성되어 있으나, 2003.6.10 미지급금액이 남아 있는 상태에서 청구인 명의로 소유권 이전되었고 임대보증금 승계 및 대금지급과 관련하여 어떠한 특약사항도 작성되어 있지 않으며, 매도인의 날인이 예전 매도인이 작성한 부동산임대계약서상에 날인된 도장과는 다르고, 중개인(부흥부동산) 서000은 중개협회에 등록되어 있지 않은 자이며, 사업자등록상 000부동산은 하000이 운영하는 것으로 나타나므로 당해 부동산매매계약서를 실제 계약서로 보기 어렵다. 쟁점부동산의 매매대금과 관련된 계좌거래내역 및 무통장입금증 등을 보면 매매계약서상의 지급일과 차이가 나고, 계약금, 임차보증금, 중도금을 제외한 8억3,700만원을 소유권 이전 후 장기간(4년 10개월) 에 걸쳐 지급하였으며, 지연이자 등을 지급한 사실 등이 나타나지 아니하므로 청구인이 주장하는 지급금액 전부를 쟁점부동산 매매대금으로 볼 수 없다. 청구인은 소유권 이전 후 잔금 약 8억 원에 대한 담보로 매도인이 쟁점부동산 및 청구인 어머니 소유의 서울특별시 은평구 소재 부동산에 각 4억 원씩 총 8억 원의 근저당을 설정하였다고 주장하나, 부동산 대금에 대한 근저당을 설정할 경우에 채무자는 양수인이 되는 것이 일반적인데, 청구인의 어머니 금000가 채무자로 설정 되어 있고 근저당 원인을 알 수 있는 객관적인 증빙자료도 제출하지 아니하여 쟁점부동산의 매매대금과 관련된 것이라 보기 어려우므로 취득가액을 기준시가 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점부동산의 취득당시의 실지거래가액을 인정할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 양도소득세 신고시 제출한 취득당시의 부동산매매계약서(2003.5.15. 계약)에는 청구인이 쟁점부동산을 김000로부터 총 매매대금 27억 원에 매수하는 것으로 되어 있고, 계약일에 2억 원(김000 가 영수한 것으로 날인), 2003.7.30. 중도금 5억 원, 2003.8.30. 잔금 20억 원을 지급하는 것으로 되어 있으며, 중개인은 000부동산의 서000으로 나타나고, 중개수수료 영수증은 서000이 청구인으로부터 2003.8.30. 중개수수료로 3,510만원을 영수한 것으로 되어 있다.

(2) 처분청 조사공무원의 양도소득세 조사종결복명서(2010.3.30.)에 따르면 쟁점부동산의 양도가액은 거래상대방에게 확인한바, 청구인의 신고금액 44억 원과 같으므로 실지거래가액으로 인정하였고, 취득가액은 매도인 김000가 매매대금 27억 원 중 10억 원을 신종자본증권에 투자하였다고 하나 확인되지 아니하며, 임대보증금 3억4,000만원은 부동산매매계약서상 청구인이 승계하는 언급이 없고, 무통장입금증에 의해 2004.12.10.부터 2008.4.11.까지 총 7억4,960만원이 확인되나, 매매계약서상 대금지급일과는 약 1년이 지난 후 약 4년에 걸쳐 지급되는 등 신빙성이 없으며, 청구인의 종합소득세 과세표준신고서의 2003년 대차대조표상 쟁점부동산의 가액은 19억5,000만원으로 계상되어 있어 부동산매매계약서의 매매가액과 다르므로 쟁점부동산의 취득가액 27억 원을 인정하지 아니한 것으로 나타난다.

(3) 처분청의 조사과정에서 제출된 2010.3.16. 김000의 확인서에는 쟁점부동산의 임대보증금은 3억4,000만원이고, 총 매매대금 27억 원이며, 이중 10억 원을 국민은행 신종자본증권에 투자하였고, 2004.12.10.부터 2008.4.11.까지 청구인으로부터 입금 받은 금액은 7억4,960만원(무통장입금증 첨부)이며, 기타 현금이나 수표로 수령한 것은 자료를 찾기 어렵다고 확인하였고, 처분청이 청구인의 쟁점부동산 취득당시에 작성된 검인계약서를 은평구청장에게 요구하였으나, 문서보존기간 경과로 폐기한 것으로 회신(지적과 0000, 2010.3.12.) 한 사실이 나타난다.

(4) 청구인은 쟁점부동산을 27억 원에 취득하였는바, 계약당일 계약 금 2억 원을 지급하여 부동산매매계약서에 김000가 영수한 것으로 날인하였고, 임대보증금 3억4,000만원을 승계하였으며, 아래 <표1>과 같이 2003.6.10. 소유권을 이전하면서 쟁점부동산을 담보로 대출받아 13억2,300만원을 지급하였고, 2003.6.13. 김000가 청구인의 쟁점부동 산과 청구인의 어머니의 부동산에 각각 4억 원의 근저당권을 설정하였다가 8억3,700만원을 지급(7억4,960만원은 금융증빙이 있고 8,740만원은 없음)받은 후에 해지하였으며, 결국 실지 취득가액 27억 원 중 금융 증빙 등이 없는 금액은 8,740만원으로 전체 매매대금의 3.2%에 불과 하므로 실지취득가액을 인정하여야 한다고 주장한다.

(5) 쟁점 부동산의 등기부동본에는 김000가 쟁점 부동산을 소유하다가 2003.6.10. 청구인에게 소유권 이전등기 되었고, 청구인은 2003.6.12. 채무자를 청구인으로 하여 국민은행으로부터 14억 원을 대출받아 채권최고액 18억2,000만원의 근저당이 설정된 사실이 나타나며, 청구인의 국민은행 계좌0에서 쟁점부동산을 담보로 2003.6.12. 대출받은 1,399,590,000원(대출금 14억 원 중 수수료 제외된 것으로 추정)이 입금된 후 2003.6.12. 10억 원, 2003.6.13. 8,500만원, 2003.6.16. 700만원, 2003.6.17. 3억 원이 출금된 사실이 나타나고, 2003.6.16. 채무자를 청구인의 어머니 금000로 하여 4억 원의 근저당권을 다시 설정(설정계약 2003.6.13.)하였다가 2008.4.23. 해지한 것으로 나타난다.

(6) 한편, 금000가 소유한 서울특별시 은평구 근린생활시설에 2003.6.13. 채무자를 금000로 하여 4억 원의 근저당을 설정 (설정계약 6.13.)하였다가 2005.3.11 해지한 것으로 나타난다.

(7) 이에 대하여 청구인은 쟁점부동산을 담보로 대출받아 매매대금을 상환하기 위하여 먼저 2003.6.10. 소유권이전등기를 하고 2003.6.12. 14억 원을 대출받아 김000에게 10억 원을 지급하였으며 2003.6.10. 타인에게 차용하여 김000에게 지급한 3억2,300만원을 상환하는데 사용하였는바, 쟁점부동산을 담보로 차용한 14억 원 중 13억2,300만 원을 김000에게 지급하였고 소유권 이전시 미지급한 8억3,700만원은 김000가 쟁점부동산과 청구인의 어머니 소유의 부동산에 근저당권을 설정하였다가 2004.12.10부터 2008.4.11.까지 청구인으로부터 수차례에 걸쳐 지급(금융증빙은 7억4,960만원만 확인됨)받고 해지하였다고 소명하고 있다.

(8) 또한, 청구인은 쟁점부동산을 매수할 당시 인계받은 임대보증 금이 3억4,000만원이라고 주장하면서, 아래 <표2>와 같이 임대차계약 서 9매를 제시하고 있으며, 청구인이 2003년 제1기 부가가치세 확정 신고시 첨부한 부동산임대공급가액명세서에 의하면 임대차계약서를 제시하지 못한 최000의 임대보증금이 3,000만원으로 기재되어 있다.

(9) 청구인이 2003년 귀속 종합소득세를 신고하면서 처분청에 제출한 대차대조표에 의하면 쟁점부동산의 가액이 19억5,000만원(토지 1,554,703,400원 + 건물 387,456,551원 + 감가상각비 7,840,049원)으로 계상되어 있음이 나타나고, 청구인은 쟁점부동산을 취득하면서 2003 년 말까지 매매대금으로 지급한 금액이 아래 <표3>과 같이 19억 4,623만원으로서 정상적인 회계처리상 27억 원을 쟁점부동산의 가액으로 하고 미지급대금을 부채로 계상하여야 하나, 회계처리 미숙으로 채무를 계상하지 아니하고 2003년에 납부된 금액만으로 장부가액으로 계상하였는바, 미지급금에 대하여 2003년 당시 매도자인 김000에게 근저당 8억 원을 설정해 주었다가 대금지급 후 해지되었으므로 쟁점부동산의 취득가액은 27억 원으로 봄이 타당하다고 주장한다.

(10) 처분청의 이의신청과정에서 제시된 김000의 확인서(주민등록증 사본 첨부, 0)에 의하면, 쟁점부동산을 청구인에게 매도할 당시 자금이 급한 상황으로, 인근의 부동산중개업자(정식으로 허가받은 자인지는 모르지만 당시 중개업소에서 오래 근무한 것으로 알고 있음) 서000의 소개로 청구인의 어머니 금000를 소개받았으며, 당시 금000의 아들인 청구인이 상가부동산을 매입할 것으로 고려하고 있으나, 매매대금을 단기간에 전액 지급할 여력은 되지 않는다고 하여 매매대금의 일부를 지급하고 나머지 마지급대금은 쟁점부동산과 금000 소유의 부동산을 담보로 제공하겠다고 하였는바, 청구인의 직업이 의사이기에 믿을 수 있다고 생각하였고 매매대금으로 제시한 가액을 깎지 않는다면 그러한 거래를 할 만하다고 생각되어 매매대금 27억 원에 거래가 성사된 것이라고 확인하고 있다.

(11) 쟁점부동산의 거래를 중개한 000부동산은 사업자등록상 명의자가 서000이 아닌 하000으로 되어 있어 우리 원 조사공무원이 하000에게 확인 한바, 하0000은 쟁점 부동산의 거래 당시인 2003년 경에 친구 서000과 부동산중개업을 함께 하였으며, 서000은 4-5년 전에 사망하였다고 진술하고 있다.

(12) 위의 사실관계 및 관련법령을 종합하여 보면, 비록 부동산매매계약서상의 대금지급시기와 달리 대금지급이 이루어졌으나, 청구인이 제시하는 금융증빙, 근저당권 설정 및 해지내역 퉁에서 취득대금 27억 원 중 8,740만원(3.2%)을 제외한 대부분이 지급된 것으로 나타나 는 점, 쟁점부동산의 매매대금이 아니라면 청구인이 매도인에게 거액을 지급할 이유가 나타나지 아니하는 점, 매도인도 쟁점부동산의 양도경위와 대금수수 내용에 대하여 청구인과 동일하게 확인하고 있는 점, 부가가치세의 신고내역 등에서 청구인이 쟁점부동산의 취득시 임대보증금을 승계한 것으로 보이는 점, 중개인 서000이 중개수수료 로 거래대금 27억 원의 1.3%인 3,510만원을 영수한 것으로 나타나는 점, 청구인이 제시한 금융증빙, 매매계약서, 영수증 등 증빙서류의 중요한 부분이 허위이거나 미비된 것으로 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때 쟁점부동산의 취득당시의 실지거래가액을 부동산매매계약서상 금액인 27억 원으로 봄이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산의 신고된 취득가액이 불분명한 것으로 보아 취득가액을 기준시가 환산가액으로 하여 양도소득세를 과세 한 처분은 잘못된 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.