복식기장의무자가 일부사업장에 대하여 사업용 계좌의 개설·신고의무를 이행하지 않은 경우 타사업장에 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 과세한 처분의 당부(취소)

[참조결정] 조심2010중3168

[주 문] OOO세무서장이 2010.7.9. 청구인에게 한 2008년 귀속 종합소득세 28,952,020원의 부과처분은 이를 취소한다.

[이 유]

1. 처분개요

• 가. 청구인은 OOO동 467-9에서 OOO(이하 “쟁점①사업장”이라 한다)이라는 상호로 제조업과, 같은 동 380-1(이하 “쟁점②사업장”이라 한다)에서 부동산임대업 및 OOO동 369-35(이하 “쟁점③사업장”이라 한다)에서 부동산임대업을 영위하는 복식부기의무자로서, 2008년 종합소득세 신고시 쟁점①사업장에 대하여만 사업용계좌를 개설․신고하고, 쟁점②, ③사업장에 대하여는 사업용계좌를 개설․신고하지 않은 상태에서 쟁점①사업장에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면(25,865,284원)을 적용하여 종합소득세를 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점②, ③사업장에 대하여 사업용계좌를 개설․신고하지 않았다 하여 쟁점①사업장에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 2010.7.9. 청구인에게 2008년 귀속 종합소득세 28,952,020원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인 주장 조세특례제한법제128조 제4항에 의한 조세감면 배제는 사업장별로 적용하여야 하는 바, 사업용계좌의 개설․신고의무를 이행한 사업장에 대하여는 조세감면을 적용하고 이행하지 않은 사업장에 대하여만 조세감면을 배제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제128조 제4항에 의한 조세감면 배제는 사업자별로 적용하여야 하는 바, 청구인의 경우 쟁점②사업장은 ‘단독사업장에 사업용계좌의 개설․신고의무를 이행한 경우 공동사업장과 관계없이 감면배제를 적용하지 않는다’는 예규OOO에 따라 감면배제 사유가 되지 않는다 하더라도 단독사업장인 쟁점③사업장에 대하여 사업용계좌의 개설․신고의무를 이행하지 않았으므로 처분청이 쟁점①사업장에 대하여 중소기업에 대한 특별세액감면 규정의 적용을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점 복식기장의무자에 해당하는 청구인이 일부사업장에 대하여 사업용 계좌의 개설․신고의무를 이행하지 아니하였다 하여 다른 사업장의 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단 (1)소득세법제160조의5 제3항 및조세특례제한법제128조 제4항에 사업용계좌를 개설하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하지 아니한다고 규정되어 있다.

(2) 청구인의 세무대리인은국세기본법제58조 및 같은 법 시행령 제47조의 규정에 의한 의견진술(2011.3.2.)을 통하여, 사업용계좌에 대하여는소득세법 시행령제160조5 제3항에 사업장별로 신고하도록 규정되어 있고,조세특례제한법제128조 제4항(감면 배제)은소득세법제81조 제9항(가산세)과 표현이 동일한데 가산세는 사업장별로 적용하고 있으며, 1개 사업장 사업용계좌의 신고누락으로 신고한 99개 사업장의 감면을 배제하는 경우가 발생한다면 이는 부당한 것으로 보인다고 진술하였다.

(3) 살피건대, 처분청은조세특례제한법제128조 제4항에 의한 조세감면 배제는 사업자별로 적용하여야 한다는 의견이나, 중소기업에 대한 특별세액감면 규정은 국민경제의 기반이라 할 수 있는 중소기업 육성 및 발전에 그 제도의 취지가 있는 점, 사업용계좌는 사업장별로 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 하는 점을 감안하면, 사업자가 복수의 사업을 영위하는 경우에는 사업용계좌를 개설하지 아니한 해당 사업장에 대하여만 중소기업에 대한 특별세액감면이 배제되는 것으로 봄이 타당하다 할 것이다OOO 따라서, 청구인이 일부 사업장에 대한 사업용계좌를 개설하지 아니하였다 하여 청구인의 다른 사업장에 대해서도 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.