세금계산서 발행 전에 설치・기술이전・교육훈련 용역의 제공이 완료된 것으로 보이는 등 설비험수보고서가 설치완료확인서를 대체하였다는 주장에 신빙성이 있는 것으로 보이므로 의료기가 설치완료된 과세기간을 공급시기로 하여 발행된 세금계산서는 정상적인 세금계산서로 판단됨
세금계산서 발행 전에 설치・기술이전・교육훈련 용역의 제공이 완료된 것으로 보이는 등 설비험수보고서가 설치완료확인서를 대체하였다는 주장에 신빙성이 있는 것으로 보이므로 의료기가 설치완료된 과세기간을 공급시기로 하여 발행된 세금계산서는 정상적인 세금계산서로 판단됨
OO세무서장이 2010.7.19. 청구법인에게 한 2009년 제2기 부가가치세 OO,OOO,OOO원의 부과처분은 주식회사 OOO로부터 수취한 공급가액 OOO원의 세금계산서 4매에 대한 매입세액을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.
(1) 처분청은 설비험수(驗收)보고서가 단순히 쟁점의료기의 인수(도착)를 알리는 내용이라고 보았으나, OOO은 쟁점1세금계산서와 관련하여 설비험수보고서 외에 계약서 상 공급조건으로 되어있는 설치완료확인서를 별도로 작성한 적이 없으며, 설비험수보고서의 내용을 보면, 물품도착험수와 지표험수로 나누어 작성된 험수항목 중 불합격항목이 없었음이 확인되고, JC형 고집적초음파종양치료시스템의 설치‧점검테스트 작업이 완료하고 쌍방의 동시 험수 합격 후 설비험수보고서에 서명한 날로부터 정식으로 최종사용자에게 전이되어 사용된다는 내용이 나타나는 것으로 보아 설치완료확인서를 대체하여 설비험수보고서가 발급되었음을 인정할 수 있으며, 2009년 10월부터 2009년 12월까지 수차례에 걸쳐 OOO 및 청구법인 관계자가 쟁점의료기의 제조업체인 OOO공사(이하 “OOO”라고 한다)를 방문하거나 OOOOO의 기술자가 내한하여 기술이전용역 및 사전교육용역을 제공하였음이 교육수료증, 항공기록 등에 의해 확인되고, 계약서상의 동의조건부판매조건에 따라 2009.12.30. 쟁점의료기의 설치, 기술이전, 사전교육 등 모든 용역의 공급이 완료되었다고 OOO가 확인‧날인한 후 거래상대방의 동의하에 세금계산서를 교부받은 것인데도, 심리일 현재까지도 발급되지 아니한 설치완료확인서를 제시하지 않는다 하여 처분청에서 쟁점1세금계산서의 공급시기가 도래하지 않은 것으로 보아 해당 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
(2) 처분청은 쟁점2세금계산서의 의료기는 총 14개 파트 중 2개 파트만 구매가 완료되어 청구법인의 창고에 보관 중이고, 나머지 12개 파트는 통관이 진행 중에 있으므로 공급시기 이전에 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보았으나, 부가가치세법상 재화는 재산가치가 있는 모든 유체물과 무체물을 의미하므로 완성품이 아닌 부분품이나 반제품의 공급도 재화의 공급에 해당되는 것이며, 청구법인은 쟁점의료기의 14개 파트 중 주요 2개 파트를 우선 공급받고, 동의조건부판매조건에 따라 거래상대방의 동의하에 발행된 세금계산서를 교부받아 해당 매입세액을 공제하였는데도, 처분청에서 쟁점2세금계산서의 공급시기가 도래하지 않은 것으로 보아 해당 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
(1) 청구법인과 쟁점거래처 사이에 작성된 의료장비 판매계약서에는 쟁점의료기의 설치완료시기를 설치 및 시험가동을 통해 정상가동과 교육이 완료된 시점으로 정의하였고, 최종사용자인 OOO으로부터 설치완료확인서를 발급받은 날을 설치완료일로 지정하였으며, 설치완료일로부터 60일 이내에 계약액의 전액을 지불하기로 하고 잔금이 완불될 때까지 쟁점의료기의 소유권은 쟁점거래처에 있으며, 세금계산서는 동의조건부판매에 준하여 처리하기로 되어 있는 바, OOO가 2009.12.30. 서명날인한 설비험수보고서는 쟁점의료기가 OOO에 도착하였다는 보고서일 뿐 정상가동 또는 시험가동이 완료되었다는 내용이 아니고, 쟁점의료기가 2009.12.31. 이전에 설치 완료되어 정상가동하였다고 OOO이 발행한 설치완료확인서를 제시하지 못하고 있으며, 또한 청구법인은 쟁점의료기와 관련한 장비설치용역, 기술이전용역 및 교육훈련용역의 제공이 완료되었다는 주장만 하고 있을 뿐 이에 대한 증빙을 제시하지 않고 있으므로, 처분청에서 쟁점1세금계산서를 공급시기 이전에 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.
(2) 청구법인이 OOO에 공급한 쟁점의료기는 설치완료조건부로 공급받은 것으로, 처분청의 현지확인 시까지도 총 14개 파트 중 2개 파트만 구매가 완료되어 청구법인의 창고에 보관 중이고 나머지 12개 파트는 통관이 진행 중에 있었으므로, 처분청에서 쟁점2세금계산서를 공급시기 이전에 수취한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.
① 쟁점1세금계산서를 발급한 시점에 설치완료 조건부로 구매한 쟁점의료기의 공급시기가 도래되지 아니한 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부
② 쟁점2세금계산서를 발급한 시점에 설치완료 조건부로 구매한 쟁점의료기의 일부만 통관된 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부
1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때
② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.
③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 이와 동시에 그 받은 대가에 대하여 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 각각 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (2) 부가가치세법시행령 제21조【재화의 공급시기】① 법 제9조 제1항에 규정하는 재화의 공급시기는 다음 각 호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
3. 반환조건부판매‧동의조건부판매 기타 조건부 및 기한부판매의 경우에는 그 조건이 성취되거나 기한이 경과되어 판매가 확정되는 때 제22조【용역의 공급시기】법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때
2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 제54조 【세금계산서의 교부특례】① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다.
1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해 월의 말일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우
2. 거래처별로 1역월 이내에서 사업자가 임의로 정한 기간의 공급가액을 합계하여 그 기간의 종료일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우
3. 관계증빙서류등에 의하여 실제거래사실이 확인되는 경우로서 당해 거래일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우
② 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하고 그 세금계산서 교부일부터 7일 이내에 대가를 지급받는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 교부한 것으로 본다.
③ 제2항에 불구하고 대가를 지급하는 사업자가 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 경우에는 공급하는 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하고 그 세금계산서 교부일부터 7일 경과 후 대가를 지급받더라도 법 제16조 제1항에 따라 세금계산서를 교부한 것으로 본다.
1. 거래 당사자간의 계약서 약정서 등에 대금청구시기와 지급시기가 별도로 기재될 것
2. 대금청구시기에 세금계산서를 교부받고 재화 또는 용역을 공급받는 자가 이를 전사적 자원관리시스템에 보관할 것
3. 대금청구시기와 지급시기 사이의 기간이 30일 이내일 것
(1) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 아래 <표1>과 같이 쟁점거래처로부터 OOO가 제조한 쟁점의료기를 OOOOOO에 설치하고 정상가동하는 것을 조건으로 공급받고, 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 동안 공급가액 OOO원의 쟁점1세금계산서를 수취한 후 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 환급신고하였으나, 처분청은 쟁점1세금계산서가 조건이 성취되지 아니한 상태에서 대금의 수수없이 공급시기 이전에 발급된 사실과 다른 세금계산서로 보아, 이 건 부가가치세를 경정‧고지한 것으로 보인다. (나) 청구법인은 쟁점의료기의 설치 및 시험가동을 통해 정상 가동되고 교육이 완료되어 최종사용자 OOO로부터 설치완료확인서를 발급받은 일자를 쟁점의료기의 공급시기로 하기로 쟁점거래처와 계약하였으며, 청구법인(갑)과 쟁점거래처(을) 사이에 체결된 의료장비 판매계약서 제2조에는 다음과 같은 내용이 나타난다. 제2조 【상품대금의 지급】
1. 갑은 장비설치 완료 후 2달(60일)이내에 을에게 계약액 전액을 지불하며, 지급시기는 2010년 5월 15일 이내로 한다.〔단, 설치완료일의 지정은 최종사용자(병원)로부터 설치완료확인서를 발급받은 일자로 한다〕
2. 장비의 소유권은 잔금이 완불될 때까지 을에게 있으며, 세금계산서는 동의조건부판매에 준하여 처리한다.
3. 상기(제2조 1항)의 설치완료라 함은 설치 및 시험가동을 통해 정상가동과 교육이 완료된 시점으로 정의한다. (다) 처분청의 부가가치세 환급현지 확인복명서 등을 보면, 청구법인은 OOO에 설치된 쟁점의료기와 관련하여 아래 <표2>와 같이 쟁점1세금계산서를 수취하여 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고한 것으로 나타나고, 처분청은 동의조건부 판매의 경우 그 조건이 성취되거나 기한이 경과되어 판매가 확정되는 때 재화의 공급이 이루어진 것인 바, 청구법인과 쟁점거래처와의 매매계약서(2009.11.25.)에는 매매대금의 완불이 있기 전까지 쟁점의료기의 소유권은 쟁점거래처에게 있고, 쟁점의료기의 사용자인 OOO으로부터(설치 및 시험가동을 통해 정상가동과 교육이 완료된 시점에) 설치완료확인서를 발급받는 것을 판매조건으로 하고 있음에도, 쟁점1세금계산서의 교부일 현재 쟁점의료기가 OOO에 설치되긴 하였으나 계약조건인 설치완료확인서는 조사일 현재까지 발급되지 않은 상태이고, 청구법인이 제시한 설비험수보고서는 장비와 부속기기‧설명서 등이 인수(도착)되었다는 내용으로 쟁점의료기를 설치 완료하여 시험가동을 통해 정상가동과 교육이 완료되었다는 내용은 전혀 없으며, 청구법인은 쟁점의료기 설치 용역, 기술이전 용역, 교육훈련 용역을 완료하였다는 주장만 하고 있을 뿐 그 증빙 제시가 없어 쟁점1세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하지 않은 것으로 나타난다. <표2> 쟁점1세금계산서 수취내역 (라) 이 건 심리일 현재까지 OOO은 쟁점의료기의 설치완료확인서를 발급한 사실이 없는 것으로 나타나며, 설비험수보고서는 쟁점의료기의 제조회사인 OOO의 서식을 이용한 것으로 보이고, 물품도착험수와 지표험수로 구분하여 OOO로 작성한 다음 OOO 및 청구법인과 OOO이 서명(서명일자 2009.12.30.)하였음이 확인되며, 설비험수보고서 중 지표험수의 주요항목을 발췌하여 해석하면, 아래 <표3>과 같이 나타난다. <표3>설비험수보고서의 지표험수의 주요 항목(발췌) (마) 처분청은 청구법인이 쟁점의료기 설치 용역, 기술이전 용역, 교육훈련 용역을 완료하였다는 주장만 하고 있을 뿐 그 증빙의 제시가 없었다는 의견이나, 2009.11.25. OOO(109-07-*)에서 쟁점의료기를 OOO으로 운송한 사실이 세금계산서 등에 의해 확인되고, 청구법인이 제출한 출장일정표, 항공기 이용기록, 회의 스케쥴표, 비용지출내역 등을 보면 청구법인 직원 및 OOO 관계자(의사 포함)가 OOO를 방문하여 교육을 받았으며〔교육일정(2009.10.21.~2009.10.25.(4박5일), 2009.11.1.~2009.11.7.(6박7일), 2009.11.29.~2009.12.5.(6박7일), 2009.12.13.~2009.12.16.(3박4일) 등〕, OOOOOOOOOOO가 발급한 증명서에는 OOO 관계자(의사) 4명이 쟁점의료기에 대한 임상교육(2009.11.2.~2009.11.6.)을 수료한 사실이 나타나고, OOO 직원의 OOO 출장비 청구내역을 보면 OOO 서비스엔지니어 왕OO〔2009.11.24.~2010.1.1.(39일간)〕과 장OO〔2009.12.10.~2010.1.1.(23일간)〕이 쟁점의료기의 설치‧시험가동을 거쳐 정상가동되는 시점까지 OOO에 상주하였음이 나타난다. (바) 한편, OOO은 쟁점의료기가 2009.12.30. 현재 정상적으로 설치 완료되었으므로 설비험수보고서에 법인인감을 날인한 것이며, OOO의 의료진이 2009년 10월부터 12월까지 OOO을 방문하거나, OOO의 기술진이 OOO에 체류하면서 기술을 이전하고 쟁점의료기의 사용요령 등을 사전교육하였다는 사실을 확인하고 있고, 쟁점의료기가 설치되는 시기에 OOO 시내버스 등을 이용하여 쟁점의료기의 설치를 홍보한 것으로 나타나며, 쟁점거래처는 쟁점의료기의 공급에 따른 부가가치세를 정상적으로 신고‧납부한 것으로 나타난다. (사) 상기 사실관계를 종합하여 살피건대, 처분청은 OOO으로부터 설치완료확인서를 발급받지 않았다는 사실 등을 들어 쟁점1세금계산서가 공급시기 이전에 발급받은 세금계산서라는 의견이나, 이 건 심리일 현재까지도 설치완료확인서가 발급되지 아니한 점에 미루어 보아 2009.12.30. OOO 및 OOO과 청구법인이 서명한 설비험수보고서를 설치완료확인서로 대체하였다는 청구법인의 주장에 수긍이 가고, 설비험수보고서의 지표험수 항목을 보면 설치 및 검수가 완료되어 정상가동 단계에 도달하였다는 정황이 나타나는 점, 청구법인 및 OOO 직원의 OOO 출장기록과 OOO 기술직원의 OOO 출장기록 등을 보면 쟁점1세금계산서가 발행되기 전에 설치‧기술이전‧교육훈련 용역의 제공이 완료되었다고 볼 수 있는 점, 쟁점의료기가 설치된 OOO에서 2009.12.30. 현재 정상적으로 설치 완료된 사실을 확인하고 있고, 동 병원에 대한 시내버스 홍보사실 등으로 보아 그러한 확인내용에 신빙성이 있어 보이는 점, 쟁점의료기에 대한 세금계산서 1매(공급가액 OOO원)는 정상적인 가동이 이루어지기 전인 2009.11.27.자에 발급되었으나 동일한 과세기간으로 공급시기가 다르지 않다고 볼 수 있는 점 등을 감안할 때, 처분청에서 쟁점1세금계산서를 공급시기 이전에 교부받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이라 하겠다.
(2) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. (가) 청구법인은 쟁점의료기를 OOO병원에 설치완료하는 것을 조건으로 하여 쟁점거래처와 계약하였으나, 처분청의 현지확인 당시 쟁점의료기의 총 14개 파트 중 2개 파트만 구매가 완료되어 청구법인의 창고에 보관 중이었고, 나머지 14개 파트는 통관이 진행 중이었던 것으로 나타나고, 아래 <표4>와 같이 전체 계약금액 OOO원 중 2009년 제2기 부가가치세 과세기간 동안에 공급가액 OOO원의 쟁점2세금계산서를 수취하여 매입세액을 공제한 것으로 나타난다. (나) 살피건대, 조건부 판매의 경우 그 조건이 성취되거나 기한이 경과되어 판매가 확정되는 때 재화의 공급이 이루어진 것인 바, 청구법인은 쟁점의료기를 설치완료조건부로 공급받기로 계약하였으나, 쟁점2세금계산서의 발급시점에 쟁점의료기가 OOO에 도착하지도 아니한 것으로 나타나므로, 처분청에서 쟁점2세금계산서를 공급시기 이전에 교부받은 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
(3) 따라서, 처분청에서 쟁점1세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 청구법인의 2009년 제2기 부가가치세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.