신관건물이 별도의 독립된 건물로 건축된 것이라기보다는 기존 병원을 확장하여 병원전체 중 일부로 사용되고 있는 것으로 보이므로 신관건물 신축과 관련하여 발생된 공통매입세액은 병원 전체 공급가액 비율에 따라 안분하는 것이 합리적임
신관건물이 별도의 독립된 건물로 건축된 것이라기보다는 기존 병원을 확장하여 병원전체 중 일부로 사용되고 있는 것으로 보이므로 신관건물 신축과 관련하여 발생된 공통매입세액은 병원 전체 공급가액 비율에 따라 안분하는 것이 합리적임
심판청구를 기각한다.
① (신관건물 신축관련 공통매입세액 안분 재계산) 청구법인이 신관건물 전용사용면적을 기준으로 안분한 신관건물 신축관련 공통매입세액에 대하여 기존 건물의 증축으로 보아 2007년 제1기～2007년 제2기 병원전체 공급가액을 기준으로 하여 안분하고, 2008년 제1기에는 공통매입세액을 면세, 과세, 공통부분의 면적에 따라 안분한 후 공통부분의 매입세액은 다시금 병원전체 공급가액의 비율에 따라 안분하는 2단계 절차를 거쳐 각 과세기간 매입세액 불공제액을 재계산(2007.1기~2008.1기 합계 OOO원으로 OOO원 증가)하였으며,
② (직영주차장 공통매입세액 안분 재계산) 청구법인이 직영주차장의 유료수입금액과 무료주차분 환산수입금액에 따라 안분계산(2007.2기~2009.1기 불공제액 합계: OOO원)한 직영주차장 매입세액을 병원의 수입금액(의료수입금액+주차장수입금액+기타과세사업수입금액)에서 의료수입금액이 차지하는 비율에 의하여 안분계산(2007.2기～2009.1기 불공제액 합계 OOO원으로 OOO원 증가)하고,
③ (쟁점주차장 과세사업 전환에 따른 매입세액공제 부인) 쟁점주차장의 과세전환에 따른 매입세액에 대하여는 청구법인이 쟁점주차장을 사실상 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하고 있어 의료수입과 임대수입으로 안분계산하여야 하고 안분계산결과 환급세액이 없는 것으로 보아 환급신청을 거부하여, 2010.6.8. 청구법인에게 부가가치세 2007년 제1기 OOO원, 2007년 제2기 OOO원, 2008년 제2기 OOO원, 2009년 제1기 OOO원을 경정․고지하고 2010.6.9. 2008년 제1기 부가가치세 OOO원을 환급하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 신관건물 신축과 관련하여 발생한 공통매입세액에는 부가가치세법 시행령제61조 제3항 제3호가 적용되어야 하는 바, 신관건물의 경우 2008.4.17. 완공 전에는 공사기간 중이어서 어떠한 재화와 용역에 관하여 공급이 발생하지 아니한 것은 자명한 사실이고, 기존 건축물과는 독립된 별도의 건물로 구분되어 있는 것은 물론 과세사업과 면세사업에 제공할 목적으로 병원동, 주차장 및 각 층별로 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적이 구분되어 있었고, 국세청의 유권해석(부가OOO-1741, 1999.5.6.)에서도 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 공유면적을 총예정사용면적 및 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 산정시 제외한 후 공급가액이 발생하지 아니하고 면적구분이 가능한 경우 위 조항을 적용하도록 하고 있으므로, 신관건물 신축의 사실관계를 그릇되게 판단하고 위 시행령을 적용하지 아니한 과세처분은 부당하다.
(2) 청구법인은 병원 내 주차장 일부를 부대사업으로 직접 운영하면서 관리업무는 외부업체에게 대행시키고 있는 바, 직영주차장 주차요금은 외래 및 입원환자에 대해서는 당일분 주차료를 할인하고, 내방객에 대해서는 주차 후 30분에 한하여 무료로 하나 이를 초과하는 부분에 대해서는 징수를 하는 방식으로 운영하고 있는 바, 처분청에서는 위 직영주차장이 의료업과 주차장운영업에 공통사용된 것으로 판단한 후 그 매입세액에 대하여 부가가치세법 시행령제61조 제1항 후단의 ‘과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액’으로 보아 안분하였으나, 직영주차장은 병원의 다른 사업과는 구분되는 별도의 사업부임이 명백히 확인되고 있고, 직영주차장의 위탁관리와 관련하여 지급하는 용역수수료는 직영주차장에 한하여 발생하는 용역비이며, 직영주차장 주차요금의 징수 및 할인과 관련된 모든 사항이 전산화되어있어 동 기록을 통하여 과세공급가액인 유료수입금액과 면세공급가액인 무료주차 환산금액이 정확이 집계되고 있어서 부가가치세법 시행령제61조 제1항 전단에서 규정한 “실지귀속을 구분할 수 있는 경우”에 해당하여 그렇게 한 것임에도 후단의 규정을 적용하여 안분계산한 것은 법령을 그릇되게 적용한 것이며 설령, 공통매입세액으로 보아 안분한다 하더라도, 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 있어서 공통매입세액이 어느 과세사업과 면세사업에만 관련된 것으로 세분이 가능하다면 그 공통매입세액에만 관련된 사업단위(부분)별로 구분하여 부가가치세법 시행령 산식에 따라 이를 안분계산하여야 할 것인 바(대법원 82누170, 1982.9.28., 국세청 부가OOO-4064, 2000.12.18.), 직영주차장 운영을 위하여 지급한 용역비는 직영주차장에 관한 공통매입세액이고, 이에 대한 총공급가액은 관련된 과세사업 공급가액인 직영주차장 과세주차요금과 무료주차요금 환산금액의 합계액이라고 할 것이며, 면세공급가액은 무료주차요금 환산금액이라고 할 것임에도, 병원 전체수입금액 대비 의료수입금액으로 계산한 처분은 위법하다.
(3) 청구법인이 2009.1.1.부터 쟁점주차장을 임대하였음에도, 처분청에서는 비록 형식상으로는 임대한 것으로 되어 있으나 임대차계약서 내용, 관리주체 및 요금체계의 동일성 등을 이유로 하여 실질적으로 청구법인이 이를 직영한 것으로 보았으나, 이는 병원주차업무의 특수성을 고려하지 아니하고 계약서상 특정문구만을 발췌하여 임대차계약서를 형해화시키는 것이거나 신관건물의 임대여부 및 임대차기간 등 사실관계에 대해서 잘못 조사하거나 주차관리업계의 특수성 및 고객위주 요금체계 구성 등을 고려하지 못한 것인 바, 청구법인은 환자를 위한 의료행위에 집중하여 세계 10위권 진입을 목표로 하여 신관건물의 경우 직접적인 의료행위 외에는 모두 아웃소싱하였고, 비록 신관주차장의 경우 노상에 있는 직영주차장과 달리 바로 건물로 진입할 수 있는 등 여러 측면에서 이점이 있어서 직접 수익사업으로 운영할 수 있었으나 우수행정인력이 일반관리행정에 투입되어서는 병원이 발전할 수 없으므로 이를 임대를 한 것이며, 이외 신관건물의 병원수납, 시설관리까지 모두 아웃소싱하여 처리하고 있다.부가가치세법이 부동산임대업을 과세사업으로 인정하고 있고, 쟁점주차장임대계약은민법제618조에서 정하는 임대차계약이어서 세법 및 민법에서 모두 인정하고 있는 과세사업임에도 처분청에서는 경일산업개발과 체결한 임대차계약서의 특정조항 등을 문제삼아 합리적 근거없이 임대차계약을 부정하였으므로 위법한 처분이다.
(1) 1989.5.20. 개업하여 종합병원을 운영하고 있는 청구법인은 신관건물 신축기간 중에도 과세사업과 면세사업의 공급가액이 계속하여 발생하고 있었으며, 신관건물 신축은 기존 사업장에 대한 증설․확장에 불과하고, 증설․확장된 신관건물에서 독자적으로 과․면세수입금액이 발생되는 것이 아니라 기존 사업장 및 신관건물이 영업전반에 걸쳐 유기적으로 사용․수익되고 있으므로, 신관건물은 과․면세 공급가액이 없는 별도의 독립된 사업장 신설에 해당되지 않는 바, 실제 신관건물은 기존 사업장과 별도로 새로운 병과만 운영되는 것이 아니라 기존 사업장에서 운영 중이던 이비인후과, 산부인과, 치과, 성형외과, 피부과를 재배치하여 사업장 전체의 일부로써 사용하고 있으며, 기존 사업장과 연결되어 있고, 신관 내 채혈실, 영상의학과, 주차장 등도 신관 내원객만 독립적으로 사용하는 것이 아니고 기존 사업장 내원객도 같이 사용하고 있는 실정이다. 따라서 신관건물 신축관련 매입세액은 부가가치세법 시행령제61조 제1항 규정을 적용하여 병원전체 사업장의 과․면세사업 공급가액을 기준으로 안분계산하여야 하는 것이며, 다만, 2008년 제1기 신축관련 매입세액은 확정 사용면적을 기준으로 하여 실지귀속에 따라 구분가능하므로 면적기준 안분 후 공급가액을 기준으로 안분하는 2단계 절차를 거쳐 계산하는 것이 타당하다.
(2) 청구법인의 병원부속 주차장은 의료시설과 공간적으로 별도로 구분되어 있지 않고, 병원 진료수입을 증대시키기 위하여 환자 등에게 주차편의를 무료로 제공하는 것이며, 무료주차분 환산주차요금은 주차장 관련 면세사업의 수입금액이 아닌 병원진료수입의 창출 및 증대를 위하여 병원이 지출하는 부대비용에 해당하므로 직영주차장은 의료업과 주차장운영업에 공통으로 사용되는 것으로서 공통매입세액 안분계산시 면세사업 수입금액 기준은 ‘무료주차분 주차요금 환산금액’이 아닌 ‘의료업 수입금액’을 적용하여야 하는 것이다.
(3) 일반적으로 기업이 매출 증대를 위해 방문한 고객에게 영업목적상 무료 주차서비스를 제공하고 있는 점으로 볼 때, 주차장을 임차한 법인이 일정 기준에 따라 주차요금을 면제하고 있는 것은 사실상 청구법인의 의료업과 관련된 부수용역에 해당하는 것이고, 청구법인과 주차장을 임차한 법인이 체결한 임대차계약서 내용을 보면 청구법인이 주차요금 결정 등 임차법인의 주차장 운영을 통제하고 있는 것으로 보여 임차법인이 독자적인 판단에 따라 주차장은 운영하였다고 보기 어려우며 실제 주차장 요금정산시 청구법인의 진료카드를 제시하면 진료 등의 사유로 내원한 사실을 병원자료와 연결하여 확인할 수 있는 시스템으로 되어 있는 바, 청구법인의 주차장 운영방식은 직영과 임대의 차이라는 형식의 차이일 뿐, 주차장을 의료목적상 내원한 환자 등에게 무상으로 사용하게 하는 등의 실질내용은 변동이 없으므로 청구법인 소유 주차장 신축관련 비용을 운영방식의 차이에 따라 직영시에는 대부분 매입세액을 불공제하고, 임대시에는 매입세액 공제하는 것은 과세형평에도 맞지 않는 것이다. 따라서 비록 임대형식을 취하고 있다 하더라도 사실상 의료업과 임대업에 공통으로 사용하는 것이므로 과세사업전환 매입세액공제 신청액은 모두 불공제하여야 한다.
① 기존 병원을 운영하던 법인이 건물을 신축하여 확장하는 과정에서 발생한 공통매입세액 안분계산의 기준
② 법인이 직영하던 주차장관련 공통매입세액 안분계산시 과세․면세 공급가액 산정기준
③ 신축건물 주차장 중 일부를 외부임대한 경우, 이를 과세사업에 사용한 것인지, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용한 것으로 볼지 여부
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 부가가치세법 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (1995. 12. 29. 개정)
1. ～ 2. (생 략)
② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액
⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다.
⑥ 제2항 제4호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에는 그 사업자는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.(2006.12.30. 신설) (3) 부가가치세법 시행령 제61조 【매입세액의 안분계산】
① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 면세사업에 관 면세공급가액 련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ─────── 총공급가액
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율
⑥ 제4항 각 호 외의 부분 단서에 따라 토지를 제외한 건물 등에 대하여 같은 항 제3호를 적용하여 공통매입세액 안분계산을 하였을 때에는 그 후 과세사업과 면세사업의 공급가액이 모두 있게 되어 제1항의 산식에 따라 공통매입세액을 계산할 수 있는 경우에도 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되기 전의 과세기간까지는 제4항 제3호를 적용하고, 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 제61조의 2 제2호에 따라 공통매입세액을 정산한다.(2010.12.30. 신설) (4) 부가가치세법 시행령제61조의2【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고하는 때에 정산한다.
1. 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 ＝ {총 공통매입세액 × 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액 [1－ ─────────────────] － 기공제세액} 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액
2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 ＝ {총공통매입세액 × 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적 [1－ ─────────────────] － 기공제세액} 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적 (5) 부가가치세법 시행령제62조의2【납부세액 또는 환급세액의 재계산】
① 법 제17조 제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제17조 제1항, 이 영 제61조 및 제61조의 2의 규정에 의하여 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 당해 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율간의 차이가 100분의 5 이상인 경우에 한하여 적용한다.
② 제1항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산에 의하여 납부세액에 가산 또는 공제하거나 환급세액에 가산 또는 공제하는 세액은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 본문 후단의 규정을 준용한다.
가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 5/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율
가산 또는 공제되는 세액 = 당해 재화의 매입세액×(1 - 25/100×경과된 과세기간의 수)×증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율 또는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율
③ 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세공급가액의 비율에 의하여 재계산하고, 당해 취득일이 속하는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율로 안분계산한 경우에는 증가되거나 감소된 면세사용면적의 비율에 의하여 재계산한다. (6) 부가가치세법 시행령제63조【면세사업용 감가상각자산의 과세사업용 전환시 공제되는 매입세액의 계산】
① 사업자가 법 제17조 제6항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에 공제하는 세액은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제49조 제1항 각 호 외의 부분 후단을 준용한다.
공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 5/100 × 경과된 과세기간의 수)
공제되는 세액 = 취득 당시 해당 재화의 면세사업과 관련하여 공제되지 아니한 매입세액 × (1 － 25/100 × 경과된 과세기간의 수)
(1) 처분청이 제출한 각 과세기간 부가가치세 경정결의서, 매입세액불공제내역 등의 심리자료에 의하면, 처분청은 아래 <표1>과 같이 신관건물 공통매입세액 안분계산에 따른 추가 불공제액 OOO원, 직영주차장 공통매입세액 안분계산에 따른 추가 불공제액 OOO원, 과세전환에 따른 매입세액 공제 신청액 부인액 OOO원 등 합계 OOO원의 매입세액을 불공제하여 이 건 과세처분을 하였다(2008년 제1기는 OOO원의 환급이 발생하였다). <표1> 매입세액 불공제 내역 (단위: 천원)
(2) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인이 제출한 건축물대장․신관층별면적현황, 심판청구서, 국세청장의 과세전적부심사결정문 등의 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다.
1. OOOO병원은 1989.5월 지하 3층, 지상13층의 병원건물(건축연면적 79,854.72㎡ 1,000병상 규모로서 현재 서관)을 완공, 진료를 개시한 후 1994.10.12. 지하 5층 지상 18층의 병원건물(건축연면적 112,391.51㎡ 1,200병상 규모로서 현재 동관)을 완공하였고, 이후 교육연구관, 기숙사, 연구소, 장례식장 등의 건물을 건축하였으며,
2. 2005.5.25.～2008.4.17.(사용승인) 중 신관동(지하3층/지상15층 연면적 89,691.13㎡)과 신관주차장(지하5층/지상1층 연면적 42,961.16㎡)을 신축하였는데, 신관건물은 면세사업인 의료를 위한 공간과 과세사업인 제과점, 미용실, 현대백화점, 식당 등의 시설을 위한 공간 및 면세사업과 과세사업에 공통으로 사용되는 주차장 등으로 구성되어 있는데 신관건물의 세부사용면적은 아래 <표2>와 같아서 전용면적만을 볼 경우 면세는 79,224.07㎡, 과세는 4,483.75㎡로서 면세비율은 94.64%[=79,224.07㎡/(79,224.07㎡+4,483.75㎡)]이다. <표2> 청구법인 제출 신관건물 사용면적 (단위: ㎡) (나) 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 조사종결 복명서, 심판청구서, 과세전적부심사결정문 등의 심리자료에 나타나는 청구법인과 처분청의 공통매입세액 안분내역은 다음과 같다. 1) 2007년 제1기～2008년 제1기 부가가치세 과세기간 중 신관건물 신축과 관련하여 총 OOO원의 공통매입세액이 발생하였다.
2. 청구법인은 <표3>과 같이 면세비율(불공제액)을 전용면적을 기준으로 하여 신관건물 전체면적 중 면세면적이 차지하는 비율에 의하여 계산(2007년에는 예정사용면적에 의하여 안분하고, 2008년 제1기에 확정된 면적에 의하여 정산함)하였는데, 이는 신관건물을 기존의 건물과 별도의 독립된 부분으로 보아 동 건물에서 공급가액이 발생하지 아니하였으므로 과세․면세 전용면적에 의하여 안분한 것이다. <표3> 청구법인이 계산한 공통매입세액 불공제세액 세부내역 (단위: %, 원)
3. 처분청은 2007년 제1기와 제2기는 병원전체 공급가액을 기준으로 하여 공통매입세액을 안분하였고, 2008년 제1기는 확정(2008.4.17. 준공)된 면세․과세․공통(주차장 제외)․주차장 면적에 따라 안분한 후 공통부분의 매입세액을 공급가액 비율에 따라 안분하여 계산하였는데 그러할 경우 2007년 제1기, 2007년 제2기 면세비율은 각 95.58%, 95.80%이고, 2008년 제1기 공통매입세액 OOO원을 <표2>상 사용면적을 기준으로 안분[면세: 과세: 공통(의료+후생): 주차장 = OOO]한 후, 공통(의료+후생)은 의료와 후생공급가액 중 의료공급가액이 차지비율에 따라, 주차장은 의료와 주차장 공급가액 중 의료공급가액이 차지하는 비율(각 96.29%, 99.62%)에 따라 안분하여 불공제액을 추가 계산OOO하였고 그 결과는 불공제액은 아래 <표4>와 같은데, 이는 신관건물을 기존의 병원건물의 증축으로 보아서 기존 병원 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하다가 면적이 확정된 후에는 면적에 따라 안분한 후 공통부분을 공급가액 비율에 따라 안분하였기 때문이고, 처분청은 기존 병동에서 운영 중이던 이비인후과, 산부인과, 치과, 성형외과, 피부과를 신관동에 재비치하여 사업장 전체의 일부로서 사용하고 있으며, 신관동 내 채혈실, 영상의학과, 주차장 등도 신관동 내원객 뿐 아니라 기존 사업장 내원객도 같이 사용하고 있다는 사실을 그 근거로 제시하고 있다. <표4> 처분청이 재계산 공통매입세액 불공제세액 세부내역 (단위: %, 원) (다) 살피건대, 신관건물은 기존 병원건물(서관, 동관 등)을 신축하여 병원을 운영하던 청구법인이 또 다른 병원건물로서 건축한 것이고, 실제 사용현황을 보면 기존 병동에서 운영하던 부서가 재배치되었고, 신관건물내 의료시설 등을 기존 병동 내원객도 사용하고 있으므로 별도의 독립된 건물로서 건축된 것이라기보다는 기존 병원을 확장하여 병원전체 중 일부로서 운영되고 있다고 보는 것이 타당할 것이므로, 기존의 병원시설과 별도의 독립된 부분으로 보아 동 건물에서 공급가액이 발생하지 아니하였으므로 과세․면세 전용면적에 의하여 공통매입세액을 안분하기 보다는 기존 병원 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분하다가 면적이 확정된 후에는 면적에 따라 안분한 후 공통부분을 공급가액 비율에 따라 안분한 처분청의 계산이 보다 합리적인 것으로 판단된다.
(3) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구법인이 제출한 심판청구서 등의 심리자료에 의하면, 청구법인은 1989년 개원 당시 주차장을 직접 무료로 운영하다가 2002.4.1.부터 주차장을 유료화하면서 경일산업개발에 관리를 위탁하고 있는데, 주차요금은 아래 <표5>와 같이 외래․입원환자 등은 당일분 무료, 내방객은 30분 주차료 무료이고 이를 제외한 것은 유료로 징수되는 등 무료분과 유료분이 혼재하고 있으며, 쟁점이 되는 공통매입세액은 경일산업에게 주차비 징수 등 관리를 맡기면서 지급한 용역비와 관련된 것이다. <표5> 청구법인 제출 주차권 상 요금체계 (나) 처분청의 청구법인에 대한 부가가치세 조사종결 복명서, 심판청구서, 과세전적부심사결정문 등의 심리자료에 나타나는 청구법인과 처분청의 공통매입세액 안분내역은 아래 <표6>과 같은데, 청구법인과 처분청이 안분한 내역 및 그 이유는 다음과 같다.
1. 청구법인은 다른 병원 부분과는 별도로 주차장만의 유료주차분 공급가액과 무료주차분의 환산금액의 합계액에서 무료주차분이 차지하는 비율만큼을 불공제하였는데, 직영주차장이 다른 사업부와 별도로 구분되는 사업부이며 전산상 나타나는 수입금액의 실지 귀속에 따라 안분한 것임을 주장하고 있다.
2. 처분청은 의료수입금액+주차장수입금액+기타과세수입금액(식당, 약국 등 임대에 따른 것임)에서 의료수입금액이 차지하는 비율만큼을 불공제하였는데, 이는 직영주차장이 병원 전체와 관련하여 사용된 것으로 보아서 병원전체의 공급가액 비율에 의하여 계산한 것이다. <표6> 직영주차장 운영관련 공통매입 세액 안분 세부내역 (단위: %, 원) (다) 처분청의 과세전적부심사청구에 대한 의견서 등의 심리자료에 나타나는 청구법인의 주차요금 징수체제는 주차장 요금정산시 진료카드를 제시하면 진료 등의 사유로 내원한 사실을 병원자료와 연결하여 확인하여 정산하는 방식인바, 청구법인은 이를 이유로 과거와 달리 IT기술의 발달로 전산상 유료(과세)와 무료(면세)가 명확히 구분되므로 실지귀속(주차장 유․무료 비율)에 따른 매입세액 공제를 주장하고 있다. (라) 살피건대, 청구법인은 주차장이 다른 사업부문과 별도로 구분되는 것이고 본인의 전산상 나타나는 수입금액의 실지 귀속에 따라 주차장관리용역비를 안분한 것임을 주장하나, 의료업을 주업으로 하고 있는 청구법인의 주차장업은 의료업 등 여타 부분과 공간적으로 별도로 구분되지 아니하고, 환자와 응급실 내원차량에게 소정시간 주차료를 받지 아니한 것은 청구법인이 주차장을 의료업에 제공하기 때문이라고 볼 수 있는 것이므로 청구법인이 의료업과 관련없이 주차장업만을 영위하기 위하여 주차장관리용역비를 지급한 것으로 볼 수 없고 주차장업도 의료업 등의 원활한 운영을 위한 것으로 보아야지 의료업 등과 별도로 운영하는 주차장업으로만 보기는 어렵다고 할 것인바(조심 2008서1725, 2008.10.31. 같은 뜻임), 청구법인과 같이 주차관리용역이 주차장업에만 귀속되는 것으로 보아서 안분하기보다는 처분청의 견해와 같이 병원전체의 과세․면세 공급가액의 비율에 따라 안분하는 것이 보다 합리적인 것으로 판단된다.
(4) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 청구법인의 2009년 제1기 부가가치세 신고서, 청구법인에 대한 부가가치세 조사종결 복명서, 처분청의 과세쟁점자문신청서 등의 심리자료에 의하면,
1. 청구법인은 2009년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점주차장에 대하여 직원주차장(면세)으로 사용하다가 2009.1.1. 임대로 전환[과세전환]하였음을 주장하면서 아래와 같은 방식으로 계산한 금액을 과세전환에 따른 매입세액 공제액(OOO원)으로 주장하며 공제를 신청하였고,
2. 처분청은 2009.1.1. 임대차계약이 체결된 이후에도 임대업에만 사용되는 것이 아니고 의료업에도 같이 사용되는 것으로 보고, 기존 공통매입세액 정산시의 면세면적비율과 5%이상 차이가 없어 납부세액 재계산 대상에도 해당하지 아니하는 것으로 보아 공제신청액을 전액 부인하였던 것으로 나타난다. (나) 청구법인과 OOO개발 간의 청구법인 사업장 소재 주차장에 대한 계약내용을 보면 다음과 같다.
1. 청구법인이 2009.1.1. OOO개발과 체결한 쟁점주차장 관련 계약서는 신관 주차장 임대차계약서로서, 청구법인이 쟁점주차장을 OOO개발에게 임대하고 OOO개발이 이를 임차하여 환자 및 내원객에게 주차 편의를 제공하고 쾌적한 환경조성과 효율적인 주차장 운영서비스를 제공(제1조, 제2조)하는 것을 목적으로 하되, 계약기간 2009.1.1.～2009.12.31., 임대보증금 OOO원, 월 임대료 OOO원(부가가치세 포함)을 임대조건(제3조, 제4조, 제5조)으로 하며, OOO개발은 수입현황, 소속 인원현황 및 근무내역서, 인건비내역서, 기타 요청하는 자료를 청구법인에 제출할 뿐 아니라, 매일 주차 수입 현황을 청구법인에 제출하여야 하며, 주차 수입에 대하여 청구법인이 필요하다고 판단하는 경우 실사할 수 있고, 실사에 필요한 자료를 요구할 경우 특별한 사정이 없는 한 제출하여야 하며(제6조), OOO개발은 청구법인과 협의하여 정한 주차요금을 징수하며, 그 외의 비용을 주차장 이용객에게 청구해서는 아니 되며(제10조), 임대 목적물을 사용함에 있어 발생되는 제반 조세에 관한 책임을 지며, 주차관제실운영 및 제반경비와 시설관리 유지비를 자신의 비용으로 처리하고, 화재․홍수 등 재해 대비에 필요한 인원충원 및 비상근무, 청구법인이 지정한 장소에 주차관리에 필요한 인원 배치, 주차관리원에 통일된 복장 지급, 관리원에 대한 교체요구 수용 및 교육 등의 의무를 부담(제12조, 제16조 등)하는 것을 주요한 내용으로 한다.
2. 쟁점주차장의 운영실태와 관련하여 청구법인 대표자는 2009.8.21. 쟁점주차장은 2008.4.17.～2008.12.31.까지 일시적으로 직원주차장으로 사용하다가 2009.1.1. 기존 주차장 위탁관리업체 OOO개발과 이에 대한 임대차계약(계약기간: 09.1.1.～09.12.31.)을 체결하였는데, 임대료(월 OOO원/부가가치세 포함)를 산정한 근거를 확인할 수 있는 증빙서류는 없고, 계약서 제6조에서 임차인이 수입현황, 인원 및 근무내역서․인건비내역서, 매일주차수입현황 기타 청구법인이 요청하는 증빙서류를 제출하도록 하였으나 실제로는 계약대로 이행되고 있지 않고, 계약서 제10조에서 청구법인과 OOO개발이 합의하여 주차요금을 정하게 되어 있으나 별도로 협의내용을 작성한 자료는 없으며, 계약시점부터 현재까지 병원 기존 주차장과 동일하게 적용하고 있다는 취지의 확인서를 제출하였고, 처분청의 과세쟁점 자문신청서를 보면 2009년 제1기 부가가치세 신고시 청구법인이 임대업 과세표준으로 OOO원 신고한 사실과 주차장 수입금액이 임차인(OOO개발)의 과세표준으로 신고된 사실이 나타난다.
3. 청구법인이 2009.1.1. OOO개발과 체결한 여타주차장 관련 계약서는 주차관리 및 현관 안내 도급 계약서로서, 청구법인이 쟁점주차장을 제외한 주차장 관리 및 현관 안내업무를 OOO개발에게 도급하고 OOO개발은 이를 수급하여 주차장과 현관을 이용하는 환자 및 내원객에게 주차편의를 제공하고 쾌적한 주차환경 조성과 효율적인 주차장 및 현관 운용에 필요한 사항과 절차를 정하는 것을 목적으로 하며(제1조, 제2조), 계약기간 2009.1.1.～2009.12.31., 도급금액(부가가치세 포함) 주차관리 연 OOO원OOO, 현관안내 연 OOO원, 보증금으로 월간 도급비의 10%에 해당하는 계약이행보증보험증권 제출하는 것을 임대조건으로 하며(제4조 제7조), OOO개발은 주차관리 수입금액 전액을 청구법인의 주차요금 징수규정에 따라 징수하여 청구법인 계좌에 입금할 뿐 아니라 주차관리에 관한 운영 명세서(증빙서류 포함), 근무일지 및 주차장운영에 필요한 각종자료를 작성․보존하여야 하고 각종 자료의 요청시 언제든지 통보하여야 하고(제8조), 청구법인과 합의하여 적정인원을 배치하여야 하며, 결원 발생시에는 신속하게 보충하여 주차관리업무에 지장이 없도록 하고 교육훈련계획을 수립하여 충분한 업무교육을 실시(제11조)하고, 주차요금의 과다징수․과소징수 등 사유의 발생을 방지하여야할 뿐아니라, 청구법인의 사전허가 없는 출입금지구역 출입, 근무자의 업무에 지장을 주는 행위, 하도급 등이 금지(제13조, 제15조, 제16조, 제17조)되는 것이 주요한 내용이다.
4. 청구법인이 OOO과 체결한 최근 도급계약 및 임대차계약 주요내용은 아래 <표7>과 같다. <표7> 청구법인의 최근 주차장 관련 계약내용 (다) 이외 청구법인은 쟁점주차장을 임대하게 된 것은 보건복지부의 수가정책에 따라서 의료행위만으로 병원을 운영할 수 없어 수익사업(식당, 주차장 등 부대사업)을 운영하며 병원을 운영함에 따라 행정인력이 수익사업에 투입되어 의료행정인력이 부족하여 우수한 의료진에도 불구하고 제대로 평가를 받지 못하는 상황이 발생하여 2008년 초 수립한 비전(5년 내 아시아 1위, 10년 내 세계 10위 병원)의 실행을 위해 수익사업을 포기하고 주차장, 시설관리, 원무수납 등 부수적인 관리행정에 투입된 행정인력을 전문 의료행정인력을 투입하기로 하였기 때문이라고 주장하면서 청구법인 개원 20주년 기념사(2009.6.23. 원장), ‘서울아산, 국내 유일 세계 100대 병원 랭크’ 제하의 기사(2009.6.17. 메디게이트) 등을 제출하였다. (라) 살피건대, 청구법인은 OOO개발과 쟁점주차장에 대한 임대차계약을 체결한 이상 동 주차장을 과세사업에 사용한 것으로 보아야 한다는 주장이나, 쟁점②에서 본 바와 같이 청구법인의 주차장은 주차장업만을 위한 것이 아니라 주업인 의료업의 원활한 운영을 위한 것으로서 과세․면세사업에 혼용될 뿐 아니라, 청구법인이 계약을 임대차계약을 체결한 당사자가 기존의 직영 주차장을 운영하던 사업체와 동일하고 그 임대차계약 및 실질적인 운영현황을 보면 기존 직영 주차장의 요금체계를 그대로 사용하고, 임대료를 산정한 근거도 확인할 수 없으며, 인력운용 등에 대해서도 청구법인이 통제를 하고 있어서 OOO개발이 독자적인 판단에 따라서 운영하였다거나 청구법인의 기존 직영주차장 운영과 차이가 있다고 볼 수 없으므로 과세사업에 전용하였다기보다는 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용한 것으로 보는 것이 합리적이라고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기 본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.