‘지능형 생물정보처리시스템 개발과제’의 기관 자격으로 연구개발을 수행한 용역을 면세용역으로 보아 경정처리함

심판청구를 각하한다.

• 가. 청구법인은 질병진단 및 시약류 도․소매업을 영위하면서 지식경제부에서 시행하는 ‘지능형 생물정보처리시스템 개발과제’(이하 “쟁점용역”이라 한다)의 총괄주관기관 및 참여기업 자격으로 협약을 체결하고 협약내용에 따라 정부출연금 3,548백만원을 교부받아 2009.8.31.까지 연구개발을 수행한 후 부가가치세 신고시 쟁점용역을 면세용역으로 보아 과세표준에 포함하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 쟁점용역을 과세용역으로 보아 2010.7.7. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세 427,668,230원 및 2010년 제1기 부가가치세 28,791,870원을 각 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.9.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한 것인지 여부에 대하여 본다.

• 가. 관련법률 국세기본법 제55조 【불 복】① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 제65조【결 정】① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 의하여야 한다.

1. 심사청구가 부적법하거나 제61조에 규정하는 청구기간이 지난 후에 있었거나 심사청구 후 제63조 제1항에 규정하는 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다. 제81조【심사청구에 관한 규정의 준용】제61조 제3항 및 제4항ㆍ제63조ㆍ제65조와 제65조의2의 규정은 심판청구에 관하여 이를 준용한다.

• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 2011.6.16. 제출한 답변서 보충자료(납세자보호담당관-2***)와 2009년 제2기 부가가치세 및 2010년 제1기 부가가치세 재경정결의서 내용을 보면, 처분청이 2010.7.7. 청구법인에게 각 부과한 2009년 제2기 부가가치세 427,668,230원 및 2010년 제1기 부가가치세 28,791,870원을 직권으로 각 결정취소한 것으로 나타난다. (2)국세기본법제65조 제1항 제1호 및 제81조 규정에서 심판청구가 부적법한 경우 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있는바, 이 건 심판청구는 처분청의 결정취소로 인하여 불복청구의 대상이 된 처분이 존재하지 아니하므로 적법한 청구로 볼 수 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.