중소기업 특별세액 감면의 부과제척기간은 해당 사업연도의 법인세 과세표준신고기한의 다음날부터 기산함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1997.8.9. 개업하여 ○○○ 소재에서 귀금속 제조, 도매업을 영위하다가 2001.7.6. 수도권 과밀억제권역외 지역인 ○○○ 소재로 본사와 공장을 이전한 후, 2001사업연도부터 2004사업연도까지 조세특례제한법제63조에 의하여 수도권과밀억제권역 외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면(이하 “지방이전 세액감면”이라 한다) 316,492,138원을 적용받았으나, 2006.4.6. 본점을 다시 ○○○ 소재로 이전하였다.
• 나. 청구법인은 당초 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의한 중소기업에 대한 특별세액감면(이하 “중소기업 특별세액감면”이라 한다)을 받지 않았으나, 2008년 10월 의무불이행 등의 이유로 지방이전 세액감면을 배제하여 수정신고(이하 “1차 수정신고”라 한다)하면서, 당초 감면받지 아니한 2001사업연도부터 2004사업연도까지의 중소기업특별세액감면 170,357,814원을 적용 받는 것으로 하여, 지방이전 세액감면과 중소기업 특별세액감면과의 차액 146,134,324원에 이자상당액 75,011,843원과 가산세 37,882,338원을 합하여, 2006사업연도 법인세 259,028,500원을 추가 납부하였다.
• 다. ○○○지방국세청장은 기획재정부로부터 2001사업연도와 2002사업연도는 부과제척기간이 경과하여 중소기업 특별세액감면의 추가 적용이 불가하다는 회신을 받고, 청구법인에게 2001사업연도와 2002사업연도 중소기업 특별세액감면 124,932,304원을 배제하여 2010.4.23.까지 수정신고하여 줄 것을 안내하였고, 청구법인은 2010.4.14. 2001사업연도 및 2002사업연도 중소기업 특별세액감면은 받지 못하는 것으로 하고, 이자상당액 75,294,371원 및 가산세 66,675,482원을 합하여, 2006사업연도 법인세 266,902,150원을 추가하는 수정신고(이하 “2차 수정신고”라 한다)를 하였으나, 납부하지는 아니하였다.
• 라. 처분청은 청구법인이 2008.4.14. 수정신고하고 미납부한 법인세 에 가산세를 합하여, 2010.6.11. 2006사업연도 법인세 270,265,960원을 무납부․고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2010.9.8. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 지방이전 세액감면과 중소기업 특별세액감면 대상은 모두 중소기업을 공통 요건으로 하고 있고, 중소기업 해당요건 외에 특별한 요건을 충족하는 중소기업에게 적용되는 지방이전 세액감면은 중소기업 특별세액감면의 특별규정이므로, 특별규정인 지방이전 세액감면이 배제되면 자동적으로 일반규정인 중소기업 특별세액감면이 적용되어야 한다. 중소기업 특별세액감면과 지방이전 세액감면이 동시에 충족되었던 기업이 지방이전 세액감면이 배제된 경우, 감면제도의 취지로 고려하면 당연히 중소기업 특별세액감면은 적용되어야 하고, 지방이전 세액감면을 받았으나 의무불이행 사실이 발생한 때, 추가납부할 세액은 조세특례제한법제63조 제2항에 따라 그 사실이 발생한 연도의 과세표준 신고시 법인세로 납부하도록 규정하고 있으며, 추가납부할 세액에 대한 부과제척기간은 국세기본법제26조의2 및 같은 법 시행령 제2항 제3호에 따라 당해 공제세액등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날부터 기산하여야 한다고 하고 있는 점과 2001～2004사업연도 중소기업 특별세액감면은 2001～2004사업연도에 받은 지방이전 세액감면에 차감하여 2006사업연도의 추가 납부할 법인세를 계산한다는 점을 고려해 보면, 중소기업 특별세액감면의 부과제척기간도 공제세액등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날부터 기산하여야 하므로, 2001～2002사업연도의 중소기업 특별세액감면도 부과제척기간이 만료되지 않았고, 따라서, 청구법인이 한 1차 수정신고는 적법하고 아무런 하자가 없었다. 또한, 처분청은 기획재정부 예규○○○를 근거로 2차 수정신고 안내를 하였으나, 동 예규는 “법인이 조세특례제한법제63조의 수도권과밀억제권외 지역이전 중소기업 세액감면 규정에 따라 법인세 조세감면을 받은 후 의무불이행 등의 사유로 공제세액등이 추징된 후 해당 사업연도 법인세에 있어서 조세특례제한법 제7조 의 중소기업 특별세액감면을 적용받는 경우에 있어서 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 및 국세기본법 시행령 제12조의3 의 규정에 의하여 해당 사업연도의 법인세 과세표준신고기한의 다음날부터 기산하는 것입니다.”라고 하고 있어, 이는 공제세액 등이 추징된 후 별도로 중소기업 특별세액감면을 확정하는 경우이고, 이 건과 같이 지방이전 세액감면을 배제하면서 중소기업 특별세액감면을 적용하여 추가 납부할 세액을 확정하는 경우가 아니다. 따라서, 청구법인은 ○○○지방국세청장의 수정신고 안내를 받고 가산세 등 추가부담을 우려하여 2차 수정신고를 하였으나, 2차 수정신고는 조세채무가 없는 상태에서 한 행위로 당연 무효이다.
• 나. 처분청 의견 법인이 중소기업 요건을 충족하는 경우 당초 감면받은 지방이전 세액감면의 적용을 배제하고, 중소기업 특별세액감면은 적용받을 수 있으나, 기획재정부 예규○○○에서 중소기업 특별세액 감면의 부과제척기간은 해당 사업연도의 법인세 과세표준신고기한의 다음날부터 기산하는 것으로 하고 있으므로, 2001～2002사업연도에 대한 중소기업 특별세액감면의 부과제척기간은 만료하여 배제하는 것이 정당하고, 청구법인 한 2차 수정신고는 잘못이 없다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 2001～2004사업연도 중 수도권과밀억제권외 지역이전 중소기업에 대한 세액감면을 받았으나, 의무불이행 사유가 발생하여 그 세액감면을 배제할 경우, 법정신고기한 다음날로부터 5년이 경과한 2001～2002사업연도의 중소기업에 대한 특별세액감면도 감면적용하여야 하므로, 2001～2002사업연도의 중소기업에 대한 특별세액감면을 배제하여 신고한 2차 수정신고는 당연무효라는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제7조 【중소기업에 대한 특별세액감면】① 중소기업 중 다음 제1호의 감면업종을 영위하는 기업에 대하여는 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 제2호의 감면비율을 적용하여 산출한 세액 상당액을 감면한다. 다만, 내국법인의 본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 모든 사업장이 수도권 안에 소재하는 것으로 보아 제2호에서 규정하는 감면비율을 적용한다.

• 가. 제조업

• 다. 소기업이 수도권외의 지역에서 제1호의 규정에 의한 감면업종중 도매업등을 제외한 업종을 영위하는 사업장: 100분의 30

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. 제63조 【수도권 과밀억제권역외 지역 이전 중소기업에 대한 세액감면】① 수도권 과밀억제권역 안에서 2년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업(내국인에 한한다)이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 그 공장시설을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 2008년 12월 31일까지 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 4년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 100에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

② 제1항의 규정에 의하여 감면의 적용을 받은 중소기업이 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

2. 대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우에 해당하지 아니하는 때

③ 제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 제2항의 규정에 의하여 납부하는 경우에는 제40조 제2항 중 이자상당가산액에 관한 규정을 준용한다.

④ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다. 제127조 【중복지원의 배제】⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제30조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항，제32조 제4항, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제121조의 8，제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제4항과 제121조의 2 또는 제121조의 4의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다. (2) 조세특례제한법 시행령 제60조 【수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하는 중소기업에 대한 세액감면】① 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 2년 이상 계속 조업(대기환경보전법, 수질 환경보전법 또는 소음ㆍ진동규제법에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선ㆍ이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있는 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 당해 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것

2. 수도권 과밀억제권역 안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지ㆍ건물을 임차하여 자기공장 시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권 과밀억제권역 외의 지역에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것

② 법 제63조 제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액”이라 함은 공장의 이전일 이후 법 제63조 제1항의 규정에 의하여 감면받은 소득세액 또는 법인세액을 말한다. 이 경우 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전한 공장이 2 이상인 경우로서 법 제63조 제2항 제3호에 해당하는 때(본사를 설치한 때를 제외한다)에는 수도권 과밀억제권역 안에 설치된 공장의 제품과 동일한 제품을 생산하는 공장의 이전으로 감면받은 분에 한한다.

③ 법 제63조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 공장을 수도권 과밀억제권역 외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우”라 함은 제1항에서 정하는 바에 따라 공장을 이전하여 사업을 개시한 경우를 말한다.

④ 법 제63조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서 및 감면세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 국세기본법 제26조의2 【국세부과의 제척기간】① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 단서생략

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 (4) 국세기본법 시행령 제12조의3 【국세부과 제척기간의 기산일】② 다음 각호의 날은 제1항의 규정에 불구하고 국세를 부과할 수 있는 날로 한다.

3. 공제ㆍ면제ㆍ비과세 또는 낮은 세율의 적용 등에 따른 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 소득금액에 상당하는 세액을 말하고, 낮은 세율을 적용받은 경우에는 일반세율과의 차이에 상당하는 세액을 말한다. 이하 이 호에서 “공제세액 등”이라 한다)을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 당해 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구법인이 제시한 제출증빙 등에 의하면, 아래과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1997.8.9. 개업하여 ○○○ 소재에서 귀금속 제조, 도매업을 영위하다가 2001.7.6. 수도권 과밀억제권역외 지역인 ○○○ 소재로 본사와 공장을 이전한 후, 2001사업연도부터 2004사업연도까지 지방이전 세액감면 316,492,138원을 적용받았으나, 2006.4.6. 본점을 다시 ○○○ 소재로 이전하여, 지방이전 세액감면 배제사유가 발생하였다. (나) 청구법인은 1차 수정신고하면서, 당초 감면받지 아니한 2001사업연도부터 2004사업연도까지의 중소기업 특별세액감면 170,357,814원을 적용 받는 것으로 신고하였다. (다) ○○○지방국세청장은 2010.4.13. 청구법인에게 2001사업연도와 2002사업연도는 부과제척기간이 경과하여 중소기업 특별세액감면은 추가 적용이 불가능하므로 다시 수정신고를 하여 줄 것을 안내하였고, 청구법인은 2010.4.14. 2001사업연도와 2002사업연도 중소기업 특별세액감면을 받지 못하는 것으로 하여 2차 수정신고를 하였으나, 추가 납부할 법인세액은 납부하지 않았다.

(2) 처분청은 2010.6.11. 청구법인이 2차 수정신고하고 무납부한 2006사업연도 법인세 270,265,960원을 고지하였다.

(3) 이에 대하여 청구법인은 당초 감면받았던 지방이전 세액감면이 배제되면, 당연히 중소기업 특별세액감면이 적용되어야 하고, 중소기업 특별세액감면의 부과제척기간도 공제세액등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날부터 기산하여야 하므로 2001～2002사업연도의 중소기업 특별세액감면의 부과제척기간이 만료되지 않았다고 하면서, 2차 수정신고는 당연 무효라고 주장하고 있다.

(4) 조세특례제한법제63조에 따른 지방이전 세액감면 규정은 의무불이행 사유가 발생한 경우, 당해 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 감면받은 세액을 납부하여야 한다고 규정하고 있는 반면, 조세특례제한법제7조에 따른 중소기업 특별세액감면은 의무불이행에 따른 추징규정이 없다. (5) 국세기본법 시행령제12조의3 제2항 제3호에는 공제세액 등을 의무불이행 등의 사유로 인하여 징수하는 경우에는 ‘당해 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날’을 새로운 국세부과 제척기간 기산일로 보고 있다.

(6) 기획재정부 예규○○○에서는 “법인이 조세특례제한법 제63조 의 수도권과밀억제권역외 지역이전 중소기업 세액감면 규정에 따라 법인세 조세감면을 받은 후 의무불이행 등의 사유로 공제세액 등이 추징된 후 해당 사업연도 법인세에 있어서 조세특례제한법 제7조 의 중소기업특별세액감면을 적용받는 경우에 있어서 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 및 국세기본법 시행령 제12조의3 의 규정에 의하여 해당 사업연도의 법인세 과세표준신고기한의 다음날부터 기산하는 것이다”라고 해석하고 있다.

(7) 종합하건대, 청구법인은 2001～2002사업연도의 중소기업 특별세액감면을 배제한 2차 수정신고는 당연무효라고 주장하고 있으나, 조세특례제한법제7조에 따른 중소기업 특별세액감면은 의무불이행에 따른 추징규정이 없어 국세기본법 시행령제12조의3 제2항 제3호에 따른 국세부과 제척기간 기산일(당해 공제세액 등을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날)을 적용할 수 없으므로, 청구법인의 2001～2002사업연도 법인세에 있어서 중소기업 특별세액감면을 적용받는 경우 국세부과 제척기간은 2001～2002사업연도의 법인세 과세표준신고기한의 다음날로부터 5년간이며, 이를 경과한 것으로 판단된다. 따라서, 청구법인이 2001～2002사업연도의 중소기업 특별세액감면의 국세부과 제척기간 기산일은 지방이전 세액감면을 징수할 수 있는 사유가 발생한 날이므로, 2차 수정신고가 당연무효라는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.