나대지 상태의 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

○○○세무서장이 2010.6.11. 청구법인에게 한 2007년 귀속 양도소득세 24,926,450원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2004.5.28. 건축물(철골조 샌트위치판넬지붕 단층공장 650㎡, 2006.10.16. 멸실)의 부속토지인 ○○○ 공장용지 4,469㎡(이하 “이 건 토지”라 한다)를 취득하여 2007.3.2. 이 건 토지 중 공장용지 2,148㎡의 지상에 주유소 건물을 신축하고, 나머지 토지는 나대지로 보유하다가 2007.6.30. 이 건 토지 4,469㎡ 및 주유소 건물을 ○○○(주)에 일괄하여 양도한 후, 2007.8.30. 이 건 토지 4,469㎡를 사업용 토지로 보아 양도소득세 과세표준 예정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 2010.2.22. ~ 2010.3.15. 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여 청구인이 취득하였다가 양도한 이 건 토지 4,469㎡ 중 2,108㎡(2006.11.20. ○○○에서 294-24로 분할하여 나대지 상태로 소유하다가 양도, 이하 “쟁점토지”라 한다)는 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하여 비사업용 토지로 사용되었다고 보아 60%의 세율을 적용하여 2010.6.11. 청구인에게 2007년 귀속 양도소득세 24,926,450원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.9.6. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지는 2006.11.20. ○○○에서 294-24로 분할되기 전인 2004년~2006년에는 공장 건축물의 부속토지로서 재산세가 별도합산과세 되었고, 토지분할 후인 2007년에만 종합합산과세된 토지인바, 2006.11.20. 토지분할 전까지는 ○○○와 동일지번으로 청구인의 토지 취득일인 2004.5.28.부터 구 공장을 멸실한 2006.10.16.까지 2년 4월 기간에는 건축물의 부속토지로서 양도일 직전 3년 중 2년 이상 사업용 토지에 해당하므로 처분청이 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 이 건 토지 4,469㎡ 중 4,138㎡에 대하여 건축허가를 받았다가 청구인이 2006.6.5. 쟁점토지를 제외하고 2,148㎡로 건축허가 면적을 변경하여 주유소 건물을 신축하였는바, 이 건 토지 4,469㎡에서 분할된 쟁점토지는 2006.6.5. 허가변경으로 사업용 토지에서 제외되었다 할 것이므로, 2006.6.5.부터 양도일인 2007.6.30.까지(1년 1월) 비사업용으로 사용되어 양도일 직전 3년 중 1년을 초과한 기간동안 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 건축물의 부속토지를 취득하여 기존의 건축물을 멸실한 후 일부 토지위에 건물을 신축하고, 나머지 토지는 나대지 상태로 소유하다가 전체 토지 및 신축건물을 일괄 양도한 경우 나대지 상태의 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 등

○ 소득세법(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되고, 2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제104조의3 【비사업용 토지의 범위】

① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다

4. 농지，임야 및 목장용지 외의 토지 중 다음 각 목을 제외한 토지

• 가. 지방세법 또는 관계 법률의 규정에 의하여 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지
• 나. 지방세법 제182조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의한 재산세 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지
• 다. 토지의 이용상황ㆍ관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 감안하여 거주 또는 사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령이 정하는 것

② 제1항의 규정을 적용함에 있어 토지의 취득 후 법률의 규정으로 인한 사용의 금지 그 밖에 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다 (2) 소득세법 시행령(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되고 2009.2.4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것)

○ 소득세법 제168조 의 6 【비사업용 토지의 기간기준】 법 제104조의 3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다.

2. 토지의 소유기간이 3년 이상이고 5년 미만인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간

• 가. 토지의 소유기간에서 3년을 차감한 기간을 초과하는 기간
• 나. 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간
• 다. 토지의 소유기간의 100분의 20에 상당하는 기간을 초과하는 기간. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.

○ 소득세법 제168조 의 7 【토지지목의 판정】 법 제104조의 3의 규정을 적용함에 있어서 농지ㆍ임야ㆍ목장용지 및 그 밖의 토지의 판정은 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 사실상의 현황에 의한다. 다만, 사실상의 현황이 분명하지 아니한 경우에는 공부상의 등재현황에 의한다.

○ 소득세법 제168조 의 14 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 법 제104조의 3 제2항의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지 여부를 판정한다.

1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간

2. 토지를 취득한 후 문화재보호법에 따라 지정된 보호구역 안의 토지: 보호구역으로 지정된 기간

3. 그 밖에 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 재정경제부령이 정하는 기간

○ 소득세법 시행규칙(2005.12.31. 재정경제부령 제476호로 개정되고 2008.4.29. 기획재정부령 제15호로 개정되기 전의 것) 제83조의 5 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】

① 영 제168조의 14 제1항 제3호의 규정에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 동항의 규정에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

○ 지방세법 제182조 【과세대상의 구분】

① 토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.

1. 종합합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 아니한다.

• 가. 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 재산세가 비과세 또는 면제되는 토지
• 나. 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지

2. 별도합산과세대상: 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지 및 별도합산과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령이 정하는 토지. 다만, 제1항 제1호 가목 및 나목의 규정에 의한 토지는 이를 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.

○ 지방세법 시행령 제131조 의 2 【별도합산과세대상토지의 범위】

① 법 제182조 제1항 제2호 본문에서 “대통령령이 정하는 건축물의 부속토지”라 함은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 부속토지를 말한다. 다만, 건축법 등 관계 법령의 규정에 따라 허가 등을 받아야 할 건축물로서 허가 등을 받지 아니한 건축물 또는 사용승인을 받아야 할 건축물로서 사용승인(임시사용승인을 포함한다)을 받지 아니하고 사용 중인 건축물의 부속토지를 제외한다.

1. 특별시지역ㆍ광역시지역 및 시지역(다음 각목의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한다) 안의 공장용 건축물의 부속토지로서 공장용 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 범위 안의 토지

• 가. 읍ㆍ면지역
• 나. 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의하여 지정된 산업단지
• 다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의하여 지정된 공업지역

② 제1항에 적용할 용도지역별 적용배율은 다음과 같다. 용 도 지 역 별 적용배율 도시지역 1.전용주거지역 5배 2.준주거지역ㆍ상업지역 3배

3. 일반주거지역ㆍ공업지역 4배

7배

4배 도시지역외의 용도지역 7배

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 먼저, 이 건 사실관계를 본다. (가) 이 건 토지의 등기부등본, 양도소득세 과세표준 예정신고서 등에 의하면, 청구인은 구 공장건물(철골조 샌드위치판넬지붕 단층공장)의 부속토지인 이 건 토지를 2004.5.28. 전 소유자인 박○○○로부터 취득하였다가 2006.6.5. 건축허가 대지면적을 당초 4,138㎡에서 2,148㎡로 변경하고, 2006.6.16. 착공하여 2007.6.2. 주유소 건물을 신축한 후, 2007.6.30. 위 공장용지 전체 4,469㎡ 및 신축한 주유소 건물을 ○○○(주)에 양도하였음이 나타난다. (나) 이 건 토지의 건축허가서 등에 의하면 2004.5.10. 임○○○이 이 건 토지 중 4,138㎡를 대지면적으로 하여 건축허가를 받았고, 2004.7.13. 건축행위자를 유○○○으로 변경하였으며, 2006.5.4. 건축행위자를 박○○○(청구인)으로 변경하고, 2006.6.5. 건축허가 대지면적을 2,148㎡로 변경하였는 바, 청구인은 이 건 토지는 토지거래허가구역에 위치한 토지로서 청구인이 외지인으로서 건축행위자의 요건을 갖추지 못하였으므로 현지인 명의로 건축허가를 받았다가 거주요건을 갖춘 후에 청구인으로 명의변경하고 건축허가 면적도 변경하였다고 진술하고 있다. (다) 청구인은 이 건 토지 4,469㎡를 2006.11.20. ○○○ 공장용지 2,148㎡(허가면적), 같은 곳 ○○○ 공장용지 213㎡, 같은 곳 ○○○ 공장용지 2,108㎡(쟁점토지)로 분할하였음이 등기부 등본 등에 나타난다. (라) 처분청은 이 건 토지 전체(4,469㎡)에 대하여 청구인이 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 사업용으로 사용하기 위하여 취득한 것으로 보아 청구인이 건축허가 대지면적을 4,138㎡에서 2,148㎡로 변경한 토지는 구 소득세법 시행령(2005.12.31. 대통령령 제19254호로 개정되고 2009.2.4. 대통령령 제21301호로 개정되기 전의 것)제168조의14 제1항 제3호 및 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호의 규정에 의하여 취득일부터 2년간(2004.5.28. ~ 2006.5.27.)은 사업용에 사용한 것으로 보았으나, 건축허가를 받지 아니한 쟁점토지(2,108㎡)는 건축허가변경일인 2006.6.25.부터 양도일인 2007.6.30.까지 비사업용으로 사용한 것으로 보아(보유기간 3년 1월 중 1년 1월을 비사업용으로 사용) 양도소득세를 중과하였음이 조사종결복명서, 양도소득세 결정결의서 등 처분청의 과세 심리자료에 나타난다. (마) 한편, 폐쇄 등기부 등본 및 말소 건축물관리대장에 의하면, 이 건 토지 필지분할 전 지상에 1999.6.25. 신축된 구 공장건물(철골조 샌드위치판넬지붕 단층공장 650㎡)이 있었으나, 전 소유자인 김○○○가 2006.10.16. 멸실한 것으로 나타난다. (바) 처분청이 ○○○시장으로부터 확인한 이 건 토지의 재산세과세 내역은 아래와 같이 나타나며, 쟁점토지를 포함하여 이 건 토지는 2004년~2006년에는 시 지역의 공장용 건축물의 부속토지로서 용도지역별 적용배율 범위안의 토지〔이 건 토지 면적 4,469㎡는 4,550㎡(= 구 공장 건물면적 650㎡× 7배(도시지역 외 용도지역 적용배율) 이내임〕로 재산세가 별도합산 과세되었음을 알 수 있다. 성명 과세물건 2004년 2005년 2006년 2007년 비고 박

○○ (청구인)

○○○○ 294-24 (쟁점토지) 별도합산 별도합산 별도합산 종합합산

○○○○ 294-18에서 2006.10.16.분할

○○○○ 294-25 종합합산 2007.1.10.분할

○○○○ 294-18 별도합산

(2) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 처분청은 청구인이 이 건 토지의 취득당시 토지위에 구 건축물이 존치되어 있었음에도 불구하고, 청구인이 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위해 건축허가 변경을 한 것으로 보아 당해 허가면적에서 제외된 쟁점토지를 비사업용 토지에 해당하는 것으로 보았으나, 쟁점토지를 포함한 이 건 토지는 청구인이 2004.5.28. 취득할 당시 지상에 구 공장건축물이 있었고, 2006년까지 건축물의 부속토지로서 용도지역별 적용배율 범위안의 토지로 재산세가 별도합산 과세되었으므로 비록, 쟁점토지는 청구인이 취득한 이후 건축허가 면적에서 제외되어 나대지 상대로 양도되었다 하더라도 청구인이 쟁점토지를 취득한 날부터 건물을 멸실한 날(2004.5.28. ~ 2006.10.16.)까지 약 2년 4월 동안은 구 공장건물의 부속토지로서 사업용 토지에 해당한다 할 것이다.

(3) 따라서, 쟁점토지는 위에서 본 바와 같이 양도일 직전 3년 중 2년 이상 사업용 토지에 해당하여 구소득세법(2005.12.31, 법률 제7837호로 개정되고, 2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것)제104조의3 제1항 제4호 나목 및 같은 법 시행령 제168조의6 제2호 나목의 규정에 의하여 비사업용 토지에서 제외되는 것이므로, 처분청이 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 잘못된 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.