매매총이익률로 환산하여 매출액을 결정하고 신고한 매출금액과의 차이를 매출누락으로 보아 과세한 처분은 정당함(기각)

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 ○○○동 271-16에서 ○○○약국이라는 상호의 소매업을 영위하는 사업자이다.
• 나. 처분청은 청구인의 사업장에 대한 2007년 귀속 소득세 통합조사를 실시하여 ○○○약국의 전체 매출원가 5,545,502,510원에서 조제분 매출원가 5,469,942,840원을 차감한 75,559,670원을 일반의약품의 매출원가로 보아 동 금액에 매매총이익율(부가율)을 적용하여 매출액으로 환산한 91,498,752원과 청구인의 일반의약품 매출 신고액 36,510,000원과의 차액 54,988,752원을 매출누락분으로 계산하여 2010.6.7. 청구인에게 2007년 귀속 종합소득세 19,475,470원, 2007년 제2기 부가가치세 9,113,830원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.8.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

○○○약국의 처방조제매출은 약 99.5%이고 일반의약품의 경우 매출에서 차지하는 비중은 0.5%로서 일반의약품 매출을 엄정하게 관리하여 매출누락은 있을 수 없고, 2003 ~ 2007년간 일반의약품 매출 추이를 봐도 처분청이 주장하는 2007년 일반매출액 9,149만원은 다른 과세기간 평균금액 3,169만원에 비해 동 떨어진 금액인 바, 청구인은 2007년 과세기간 중 실제 의약품을 5,584,803,055원 상당 매입하여 5,855,752,840원의 매출이 발생하여 그 내용을 정확히 신고함으로써 매출이나 매입에 누락 사실이 전혀 없음에도 처분청이 일반의약품 매출누락액을 결정한 것은 단순 추정에 의한 것으로 근거과세 원칙을 위배한 부당한 처분이다.

• 나. 처분청 의견 처분청은 소득세 조사 당시 매출누락 및 가공원가 계상여부 등을 조사하기 위해 청구인이 제출한 결산서, 재고명세, 전산자료(약국에서 의약품 입출고나 판매내역 관리를 위해 보편적으로 사용하는 전산관리프로그램인 4C GATE자료로써 의약품 입출고 내역 및 일별·병원별 처방전 매출관리 내역 등을 확인할 수 있는 원시자료임), ○○○원이 제공한 청구인의 보험청구내역 등을 검토하였는 바, 청구인이 일반의약품 매출액 산정시 일일매출을 확인할 수 있는 장부나 증빙에 근거하지 않고 관행이라고 생각하는 부가가치율을 일반의약품매출원가에 적용하여 신고한 사항에 대하여 추계 경정은 불가피한 것으로 판단되므로 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 일반의약품 매출원가를 매매총이익율로 환산하여 매출액을 결정하고 신고한 금액과의 차이를 매출누락으로 보아 과세한 처분의 당부
• 나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 청구인의 사업장인 ○○○약국에 대하여 조사한 내용은 아래와 같다. (가) ○○○약국의 매출은 처방전에 기초한 조제 매출(급여항목 및 비급여항목)과 처방전 없이 판매하는 일반의약품 매출로 구성되어 있고 매출원가는 급여약가, 비급여약가, 일반의약품원가로 이뤄지며, 매출총이익은 급여조제료, 비급여조제료, 일반의약품 판매마진으로 구성되어 있으며, 조제약매출이 신고매출액의 대부분(99.5%)을 차지하여 조제약매출에 관해서는 약국 내 전산시스템에서 엄격하게 관리되고 있어 일자별, 월별 조세매출 내역을 확인할 수 있다. (나) ○○○약국의 2007년 매출원가 5,545,502,510원 중 급여약가 (4,920,743,899원) 및 비급여약가(549,280,961원)는 총 5,470,024,860원임이 장부상으로 확인되고 그 가운데 급여약가는 ○○○원에서 제공한 청구인의 보험청구내역에서도 검증되는 등 조제매출분 약가에 대해서는 청구인과 처분청간 이견이 없고, 나머지 금액 75,477,650원(경정시 집계 착오로 75,559,670원으로 82,020원 과다계상되었음)을 일반의약품매출원가로 보아 일반의약품 평균부가율(17.42%)을 적용하여 일반의약품매출액(91,498,752원)을 산출하고 신고매출액 (36,510,000원)과의 차이 54,988,752원을 일반의약품 매출 누락으로 경정처분하였다. (다) 조사당시 청구인은 일반의약품 매출·입 내역을 조제 의약품과 구분하여 별도로 관리하고 있지 않았으며, 일반의약품 매출내역을 포함한 일자별 판매장부 제시를 요구하였으나 장부가 없다고 주장하면서 일반의약품 매출액을 당기 매입분을 전액 판매한 것으로 간주하여 그 매입액에 일정율의 마진(25%)을 적용하여 산정하였다고 진술하였다. (라) 청구인과 처분청간 이견이 없는 조제료수입만 해도 3억 5,268만원임에도 결산서상 매출총이익은 3억 1,025만원에 불과하여 최소 4,243만원의 매출누락 등이 있었다고 보여지며, 일반의약품 판매시 25％ 마진을 붙여 판매한다는 청구인의 확인과 청구인이 제출한 재고명세 등이 진실되고, 해당기간의 소득세 신고가 그 재고명세를 바탕으로 작성되었다는 청구인의 확인대로라면 매출누락 혐의금액은 더욱 커질 것으로 예상된다.

(2) 살피건대, 청구인은 2007년 과세기간 중 의약품의 매입과 매출에 대하여 정확히 신고함으로써 매출이나 매입에 누락 사실이 전혀 없었음과 추가자료를 제시하며 전산자료와 손익계산서상의 불일치는 조제약품 기말재고 계상에 착오가 있었음을 주장하나, 처분청은 청구인이 제출한 결산서·재고명세·전산자료에 근거한 매출원가에서 보험청구내역으로 검증되는 조제매출분 원가를 차감한 금액을 일반의약품의 매출원가로 산정하고 이에부가가치세법제21조에서 규정한 방법에 따라 일반의약품의 매출액을 산정한 점, 청구인은 기말재고 계상 착오에 관한 객관적인 자료를 제시하지 못하는 점 등에 비추어 보면 처분청의 일반의약품 매출액 산정에 잘못이 있다고 보기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.