부득이하게 3주택을 보유한 것으로 1세대3주택 중과세율 적용은 부당함

○○○세무서장이 2010.5.27. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 289,063,800원의 경정청구에 대한 거부처분은소득세법제104조 제1항 제1호에서 규정하고 있는 세율을 적용하여 그 세액을 경정하고 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구인은 2000.6.22. 취득한 서울특별시 ○○○(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2006.5.3. 800백만원에 양도하였고, 당시에 2006.1.26. 취득한 서울특별시○○○입주권과 2006.4.26. 취득한 서울특별시 ○○○(이하 “쟁점외주택”이라 한다)을 보유하여 1세대 3주택으로 보아 중과세 세율(100분의 60)을 적용하여 2007.5.31. 쟁점주택에 대한 양도소득 과세표준확정신고를 하였다.
• 나. 처분청은 청구인이 위와 같이 쟁점주택의 양도에 대하여 양도소득 과세표준 확정신고를 하였으나 해당 세액을 납부하지 아니하자, 2007.11.1. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 289,063,800원(가산세 포함)을 결정ㆍ고지하였으며, 청구인은 이를 납부하였다.
• 다. 청구인은 2010.3.22. 쟁점주택을 양도할 당시 일시적으로 3주택을 보유하게 된 것이므로 쟁점주택은 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하여 고가주택의 기준금액인 6억원을 초과하는 부분에 대하여만 과세하여야 하고, 당해 규정이 적용되지 아니한다면 중과세의 세율이 아닌 일반세율을 적용하여 양도소득세를 과세함이 타당하다는 취지로 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2010.5.27. 청구인에게 경정청구를 받아들일 수 없다는 취지로 통지를 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2010.8.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주택의 양도일 현재에 2주택과 1조합원입주권을 보유하게 되었으나, 이는 이주목적의 대체주택을 취득하는 과정에서 금융기관 융자 등의 사유에 기인하여 부득이하게 3주택을 소유하게 된 것인바, 쟁점주택은 조합원입주권을 취득하는 날부터 1년 이내인 2006.5.3. 양도한 것이므로 소득세법 시행령제156조의2 제3항에 의하여 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하여 고가주택으로 보아 6억원을 초과하는 부분에 대해서만 과세하여야 하고, 쟁점외주택은 쟁점주택을 양도하게 되는 경우에 거주할 주택이 없기 때문에 취득한 것이므로 동 주택은 소득세법 시행령제156조의2 제5항에 규정된 대체주택으로 보아야 할 것이다. 위와 같이 청구인은 부동산을 투기할 목적으로 조합원입주권과 쟁점외주택을 취득한 것이 아니므로 그와 같은 목적으로 규정된 양도소득세 중과세 규정을 적용하는 것은 과세형평에 맞지 아니한다. 그렇다면, 쟁점주택의 양도에 대해서는 소득세법 시행령제156조의2 제3항과 제5항의 규정을 적용하여 고가주택 기준금액인 6억원을 초과하는 부분에 대해서만 과세하거나, 그렇지 아니하다면 적어도 중과세 세율이 아니라 일반세율을 적용하여 과세하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 금융기관 융자 등의 개인적인 사유로 인하여 3주택자가 된 것은 선의의 의도와는 무관한 것이며, 청구인의 귀책사유 때문이다. 또한, 대체주택이라 함은 국내에 1주택을 소유하고 있는 1세대가 당해 주택에 대한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행기간 동안에 거주하기 위하여 취득한 다른 주택을 말하는 것이므로 그러하지 아니한 쟁점외주택은 이에 해당되지 아니한다. 그리고 청구인이 적용대상이라고 주장하는 소득세법 시행령제156조의2 제3항 및 제5항의 규정은 3주택자에게는 적용되는 조항이 아니다. 그러므로, 청구인이 쟁점주택을 양도할 당시 3주택을 소유한 것으로 보아 그에 대한 양도소득세를 중과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 매수인의 사정으로 인하여 당초 잔금지급약정일보다 일주일 늦게 잔금을 수령하게 됨에 따라 쟁점주택의 양도일 현재 3주택을 보유한 것에 대하여, 결과적으로 1세대 3주택에 해당한다고 보아 중과세 세율(60%)을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제98조【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제104조【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 양도소득 과세표준 세율 1천만원 이하 과세표준의 100분의 9 1천만원 초과 4천만원 이하 90만원＋1천만원을 초과하는 금액의 100분의 18 4천만원 초과 8천만원 이하 630만원＋4천만원을 초과하는 금액의 100분의 27 8천만원 초과 1천710만원＋8천만원을 초과하는 금액의 100분의 36 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60 (2) 소득세법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제156조의2【주택과 조합원입주권을 소유한 경우 1세대1주택의 특례】

③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우 조합원입주권을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(1년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 재정경제부령이 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다.

⑤ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택에 대한 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 시행기간 동안 거주하기 위하여 다른 주택(이하 이 항에서 “대체주택”이라 한다)을 취득한 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 대체주택을 양도하는 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우 동조 동항의 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다.

1. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 사업시행인가일 이후 대체주택을 취득하여 1년 이상 거주할 것

2. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 1년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(재정경제부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 거주할 것

3. 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 1년 이내에 대체주택을 양도할 것 제162조【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조에 따른 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우 외에는 해당 자산의 대금(해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 제167조의3【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그 밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

• 가. 광역시에 소속된 군 및지방자치법제3조 제3항ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면
• 나. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 지역
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2000.6.22. 쟁점주택을 취득하여 거주하다가 2006.1.26. 조합원입주권을, 2006.4.26. 쟁점외주택을 각각 취득하였으며, 2006.5.3. 쟁점주택을 ○○○에게 양도하였다.

(2) 부동산매매계약서 및 등기부등본 등에 의하면, 청구인과 ○○○(매수인)이 잔금지급약정일을 2006.4.26.로 하여 쟁점주택에 관한 매매계약을 2006.3.3. 체결하였으나 매수인의 자금사정으로 인하여 잔금이 지급약정일을 경과한 2006.5.3.에 청산된 사실이 나타나므로 청구인의 경우 쟁점주택을 2006.4.26.(잔금약정일) 매도하고 당일 쟁점외주택을 매수하려고 하였으나, 매수인의 사정으로 인하여 잔금을 당초 약정일보다 일주일 늦게 수령함에 따라 결과적으로 쟁점주택의 양도일 현재 3주택을 보유하게 되었음을 알 수 있다.

(3) 살피건대, 소득세법 시행령제156조의2 제3항, 제5항은 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 되는 경우나 1주택자가 대체주택을 취득하는 경우 즉, 2주택자의 경우에 있어서 적용되는 것인바, 청구인의 경우 쟁점주택을 양도할 당시에 조합원입주권과 대체주택이 아닌 쟁점외주택을 소유하고 있었기 때문에 결국은 1세대 3주택자에 해당된다 할 것이므로 이 건이 위의 시행령 규정의 적용대상에 포함된다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(4) 다만, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 적용한소득세법제104조 제1항 제2호의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 관한 중과세 세율의 적용)은 그 입법취지가 부동산에의 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세의 형평을 도모하고 그러한 행위를 차단하기 위한 것이라는 점을 감안하면, 청구인과 같이 거주하던 기존의 주택을 양도하고 새로이 이주하려는 목적으로 다른 주택을 취득하는 과정에서 매수인의 사정으로 인하여 지급약정일을 경과하여 잔금을 수령함에 따라 부득이하게 일시적으로 3주택을 보유하게 된 것일 뿐이며, 실질적으로 3주택을 보유한 것으로 인정할 수 없는 경우에는 위 규정에서 규정하고 있는 중과세 세율의 적용대상에는 해당하지 아니하는 것이라 하겠다(조심 2010서3445, 2010.12.29. 등 같은 뜻). 따라서, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 3주택자에 대한 중과세 세율을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 있기 때문에 이 건은 1세대 2주택자에 대한 세율을 적용하여 경정함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.