일부 소유권이전등기가 경료되었으나 실제 잔금청산이 되었다고 볼 수 없으므로 양도소득세 부과처분 취소함.

○○○세무서장이 2010.1.11. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 46,670,180원의 부과처분 및 같은 해 2.8. 청구인에게 한 2006년 귀속 양도소득세 75,611,080원의 (감액)경정청구에 대한 거부처분은, 각각 부산광역시 ○○○ 임야 10,189㎡와 같은 동 290-30 임야 149㎡의 12/132지분의 양도와 관련된 잔금이 2006년 중 청산되지 아니하였다고 보아 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

• 가. 청구인은 아버지 김○○○(이하 “피상속인”이라 한다)로부터 상속(상속개시일: 1982.4.9.)으로 취득하였으나, 제3자에게 명의신탁되어 있던 부산광역시 ○○○임야 10,189㎡와 같은 동 290-30 임야 149㎡의 12/132지분(926.27㎡로 이하 “쟁점부동산”이라 한다)에 대하여 2006.10.27. 청구인 명의로 진정명의회복에 의한 소유권이전등기를 경료하고, 같은 해 12.28. 이○○○에게 2003.9.18.자 매매예약을 원인으로 하는 소유권이전등기 청구권의 가등기를 경료한 다음, 2007.2.26. 양도소득 과세표준 예정신고시 양도가액을 5억5천만원, 취득가액을 의제취득일(1985.1.1.) 당시 환산가액인 160,441,327원으로 산정하여 자진납부할 세액을 75,611,080원(자진납부세액: 37,805,540원, 분납할 세액: 37,805,540원)으로 하였으며, 2009.12.7. 처분청에게 쟁점부동산의 잔금이 청산되지 아니하였음을 이유로 자진납부세액으로 신고한 금액 전부에 대한 감액경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 2009.9.23.부터 같은 해 10.1.까지 청구인에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여, 청구인이 형의 배우자로 특수관계자인 이○○○에게 쟁점부동산을 저가로 양도하였다고 보아, 소득세법제101조, 같은 법 시행령 제167조에 따라 부당행위계산 부인하여 양도가액을 기준시가인 743,818,780원으로 산정하여, 2010.1.11. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 46,670,180원을 경정·고지하였고, 같은 해 2.8. 청구인에게 위 경정청구에 대한 거부의 통지를 하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.30. 이의신청을 걸쳐 2010.8.27. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 당초 양도소득세를 신고한 이유는 2007년부터 비사업용 토지를 양도하는 경우 중과세율이 적용될 우려가 있었기 때문이며 실제 잔금청산이 이루어지지는 아니하였고, 청구인 명의로 소유권이전등기가 이루어진 이후에 김○○○가 쟁점부동산을 가압류함에 따라, 쟁점부동산의 양수인인 이○○○은 2006.12.28. 잔금을 지급하지 아니한 상태에서 매매예약에 따른 가등기만을 하였고, 이에 따라 청구인은 총매매대금(550,000,000원) 중 381,000,000원(쟁점부동산의 4/10지분에 대한 220,000,000원, 2007년 이후 161,000,000원)만을 지급받아 현재까지도 잔금 169,000,000원을 지급받지 못하고 있는바, 쟁점토지의 양도와 관련하여 잔금이 청산되지 아니하였다고 보아야 하므로, 향후 청산된 후에 양도소득세를 납부함은 별론으로 하더라도, 양도시기를 2006년으로 보아서는 아니된다.
• 나. 처분청 의견 쟁점부동산 중 6/10지분의 매매는 일반 양도거래가 아니라 김○○○의 원상회복소송(대법원 2003다40651, 2005.9.29., 이하 “쟁점소송”이라 한다)에서 발생하는 비용을 보전하기 위한 것으로, 쟁점소송이 승소로 확정되고 쟁점부동산이 청구인의 명의로 소유권 이전등기된 2006.10.27.에 소송비용 보전과 관련한 계약관계는 사실상 종료되었다 할 것이므로, 그 날에 사실상 잔금이 청산되었다고 보아야 하고, 쟁점부동산 중 나머지 4/10지분의 경우 청구인이 쟁점소송에 대한 대법원 판결선고일(2005.9.29.) 이후인 2005.12.22. 2003.9.18.자 계약에 따른 잔금 60,000,000원을 지급받았고, 청구인이 2006.12.26. 10,000,000원을 추가로 지급받은 이유는 2003.9.18.자 계약 이후 쟁점부동산의 면적이 증가함에 따라 조정된 총 매각대금(5억5천만원) 중 4/10지분에 대한 금액(1천만원 = 2억2천만원 - 2억1천만원)을 정산하기 위한 것인바, 쟁점부동산 중 나머지 4/10지분도 2006.12.26.에 잔금이 청산되었다고 보아야 하므로, 쟁점부동산의 양도시기는 2006년으로 보아야 한다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도와 관련하여 2006년 중 잔금이 청산되었다고 볼 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 (1) 소득세법 제88조 【양도의 정의】① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세 및 증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 제101조【양도소득의 부당행위계산】① 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 거주자의 행위 또는 계산에 관계없이 당해연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

④ 제1항의 규정에 의한 특수관계 있는 자의 범위 기타 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 제167조 【양도소득의 부당행위 계산】③ 법 제101조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 제98조 제2항 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

④ 제98조 제1항 각호의 규정에 의한 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지 등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다.

⑤ 제3항 및 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가는 상속세 및 증여세법 제60조 내지 제64조와 동법 시행령 제49조 내지 제59조 및조세특례제한법제100조의 2의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 이 경우 상속세 및 증여세법 시행령제49조 제1항 본문 중 “평가기준일 전후 6월(증여재산의 경우에는 3월로 한다) 이내의 기간”은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3월의 기간" 으로 보며,조세특례제한법제100조의 2 중 “상속받거나 증여받는 경우”는 “양도하는 경우”로 본다. 제98조【부당행위계산의 부인】② 법 제41조에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

1. 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때 (3) 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때 제21조【납세의무의 성립시기】① 국세를 납부할 의무는 다음 각호의 시기에 성립한다.

1. 소득세 또는 법인세에 있어서는 과세기간이 종료하는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세에 있어서는 당해 법인이 해산(분할 또는 분할합병으로 인한 해산을 포함한다) 또는 합병을 하는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 법무법인 동인천에서 작성된 2002.1.24.자 인증서에 의하면 청구인과 형인 김○○○은 “1. 김○○○이 상속재산의 보전 및 회복을 위하여 필요한 인지대 등을 선부담하고, 청구인은 상속재산이 회복된 후에 그 비용 중 자신이 부담하여야 할 몫을 아래의 4항에 따라 반환한다. 4. 재판에서의 승소나 협상의 성립 등 김○○○의 노력으로 상속재산이 보전 및 회복된 경우, 청구인은 상속재산에 관한 자신의 몫에서 60%를 위 1항의 비용 중 자신이 부담하였을 몫의 상환에 갈음하여 김○○○ 또는 그가 지정하는 자에게 이전하여 준다.”라는 내용의 합의서를 작성한 것으로 나타난다.

(2) 송파합동법률사무소에서 작성된 2003.9.18.자 인증서에 의하면 청구인은 쟁점소송에 대한 고등법원의 승소 판결일(2003.6.26.) 이후인 2003.9.18. 아래 2002.1.24. 인증서에 의하여 쟁점부동산 중 김○○○에게 양도하여야 하는 지분(6/10)을 제외한 나머지 지분(4/10)을 김○○○의 배우자인 이○○○에게 양도하면서 계약조건을 “1. 매수인은 매도인에게 2003.9.18. 계약금 50,000,000원을 지불하기로 한다. 2. 매수인은 매도인에게 2003.9.25. 중도금 100,00,0000원을 지불하기로 하되, 같은 날 매도인의 매수인에 대한 2003.8.15.자 차용금(700만원)을 변제한다. 3. 잔금 6천만원은 위 부동산의 소송(쟁점소송)이 대법원에서 진행 중인바, 대법원 승소 판결 후 일주일 이내에 지급하기로 한다. 4. 매도인은 잔금을 받는 날 형인 김○○○과 2002.1.24.자로 합의하고 공증한 것과 같이 위 부동산의 상속지분 6/10과 오늘 매도한 4/10를 포함한 매도인 지분 전체(쟁점부동산)를 매수인에게 이전하여 주기로 한다. 6. 만약 위 소송이 대법원에서 패소할 시에는 그 동안 매수인으로부터 받은 110,000,000원은 차용금으로 하기로 하고, 바로 다음에 찾는 상속재산에서 우선변제한다.”라고 약정하였고 매매대금을 210,000,000원으로 하였으며, 이○○○은 청구인에게 2003.9.18. 계약금(50,000,000원)을, 2003.9.29. 중도금(100,000,000원)을, 쟁점소송에 대한 대법원의 승소판결일(2005.9.29.) 이후인 2005.12.22. 잔금(60,000,000원)을 지급하였다.

(3) 쟁점부동산에 대한 등기부등본에 의하면 등록사항의 정정으로 인하여 쟁점부동산의 면적이 879.6㎡(= 9,676㎡ × 12/132)에서 939.82㎡(10,338㎡× 12/132)로 증가하게 되었다.

(4) 쟁점소송의 진행 중 쟁점부동산의 당시 소유자이었던 김○○○은 2004.3.9. 쟁점부동산을 주식회사 ○○○에게 매도하였고, ○○○는 2004.11.16. ○○○주식회사에게 쟁점부동산을 신탁하였으며, 이에 따라 쟁점소송이 승소(대법원 2003다40651, 2005.9.29.)로 확정된 이후에도 청구인은 자신의 명의로 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기를 경료하지 못하였고, 청구인의 어머니이며 공동상속인인 송○○○은 2004.8.27. 쟁점부동산의 수탁자인 ○○○회사, 신탁자인 ○○○에게 다시 소유권이전등기청구의 소를 제기하여, 2008.5.29. 승소의 판결(대법원 2007다3179, 2008.5.29.)을 받았다.

(5) 그런데, 피상속인의 2남인 김○○○는 위 두 번째 대법원 승소판결일(2008.5.29.) 이전인 2006.10.27. 위 ○○○회사의 동의를 받아, 공동상속인들에 대한 자신의 채권(합계: 666,556,311원)을 피보전권리로 하여 상속인들의 소유권이전등기 청구권을 대위행사한 다음, 2006.12.7.부터 같은 달 14.까지 쟁점부동산을 가압류하였으며, 그에 대한 본안사건이 아직 확정되지 아니하여 현재까지도 동 가압류 등기는 말소되지 아니한 상태이다.

(6) 위 김○○○의 가압류로 인하여 청구인이 김○○○과 이○○○에게 쟁점부동산의 소유권을 완전하게 이전하여 주지 못하게 됨에 따라, 청구인과 김○○○은 2006.12.28. “1. 청구인, 김○○○은 쟁점부동산(12/132)의 6/10을 이○○○에게 이전등기 해주기로 한 2002.1.24.자 약정을 해제한다. 2. 청구인과 이○○○은 청구인이 보유한 쟁점부동산(12/132)의 4/10에 대한 2003.9.18.자 매매계약을 해제하기로 하고, 청구인의 지분 전체(쟁점부동산으로 12/132)에 대한 매매계약을 5억5천만원에 체결하기로 한다. 단, 지금까지 이○○○이 청구인에게 지급한 4/10에 대한 매매금액(210,000,000원)을 전체 지분에 대한 계약금 및 중도금으로 한다.”라는 내용의 합의서와 같은 취지인 매매계약서를 작성하였고, 이○○○은 위 합의에 따라 2006.12.28. 쟁점부동산에 대한 소유권이전등기 청구권의 가등기를 경료하였다.

(7) 이○○○은 위 2006.12.28.자 합의에 따라 다시 산정된 총매매대금(550,000,000원) 중 쟁점부동산의 4/10에 해당하는 금액인 220,000,000원(= 550,000,000원 × 4/10)과 이미 지급한 매매대금인 210,000,000원의 차액인 10,000,000원을 2일 전인 2006.12.26. 청구인에게 송금하였다.

(8) 이○○○은 2006.12.28. 이후인 2007.7.23.부터 2009.11.19.까지 청구인에게 161,000,000원(2007.7.23.: 60,000,000원, 2007.12.17.: 57,000,000원, 2009.2.12.: 11,000,000원, 2009.3.20.: 13,000,000원, 2009.5.21.: 6,000,000원, 2009.7.23.: 8,000,000원, 2009.11.19.: 6,000,000원)을 송금하였다.

(9) 위와 같은 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구인이 쟁점소송의 승소시 비용보전으로 2002.1.24. 쟁점부동산의 6/10을 김○○○에게 양도하기로 약정하였고 이후 쟁점소송이 승소로 확정되었으며, 쟁점부동산의 6/10에 대하여는 2006.10.27. 청구인의 명의로 소유권이전등기가 경료되었다 하더라도 실제 잔금의 청산이 이루어졌다고 단언하기는 불명확한 점, 청구인, 김○○○은 2006년 귀속 양도소득세의 납세의무 성립일(2006.12.31.) 이전인 2006.12.28. 당초에 체결한 2002.1.24.자, 2003.9.18.자 약정을 합의해제하기로 약정하면서, 같은 날 총매매대금을 5억5천만원, 매수인을 이○○○으로 하는 매매계약을 새로이 체결하였던 점, 청구인이 2006.12.26. 이○○○으로부터 10,000,000원을 수령하였으나, 이는 당초의 약정에 따른 잔금을 청산한 것이라기보다는 같은 달 28.자 합의에서 총매매대금을 5억5천만원으로 재약정함에 따른 정산금으로 볼 수 있는 점, 청구인이 제출한 증빙에 의하면 이○○○은 2007.7.23.부터 2009.11.19.까지 7회에 걸쳐 청구인에게 합계 161,000,000원을 지급한 것으로 나타나는 반면, 처분청은 2006.12.28.자 매매계약에 따른 잔금이 청산되었다고 볼 만한 과세자료를 제출하지 아니하였으며, 현재까지도 이○○○은 소유권이전등기가 아닌 소유권이전등기 청구권에 대한 가등기만을 경료한 점 등을 종합하였을 때, 향후 청구인이 2006.12.28.자 매매계약에 따른 매매대금의 잔금을 전액 수령하거나, 이○○○에게 부동산에 대한 소유권이전등기를 경료하여 주는 경우에 양도소득세를 과세함은 별론으로 하더라도, 2002.1.24.자, 2003.9.18.자 약정에 따른 잔금이 청산되었다고 보아 2006년 귀속 양도소득세를 과세하여서는 아니된다고 보인다.

(10) 따라서, 쟁점부동산이 2006년 중 양도되었다고 본 이 건 경정청구 거부처분 및 양도소득세 과세처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.