국가로부터 관리운영을 위탁받은 각종 기금이 양도하는 주식은 증권거래세 과세대상임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제294조 에 의하여 설립된 법인으로, 증권거래세법 제3조 (납세의무자) 제1항, 2009.12.29.자 제150회 국세예규심사위원회 의결 및 2010.1.1.자 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호, 제2항 제1호의 개정 등을 근거로 ○○○이 2010.1.1. 이후 양도하는 주식거래(이하 “쟁점거래”라 한다)에 대하여 증권거래세 6,854,089,980원(2010년 1월분 4,137,937,590원, 2월분 2,716,152,390원)과 농어촌특별세 5,805,351,970원(2010년 1월분 3,477,403,960원, 2월분 2,327,948,010원) 합계 12,659,441,950원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 원천징수하여 납부하였다.
• 나. 이후, 국민연금공단은 쟁점거래로 인하여 양도하는 주식의 실질적인 양도주체가 국가이므로 쟁점거래가 증권거래세법상 비과세임을 주장하며 청구법인에게 쟁점세액의 반환을 요청하였고, 청구법인은 2010.5.12. 처분청에 경정청구를 하여 쟁점세액을 환급할 것을 청구하였다.
• 다. 처분청은 제150회 국세예규심사위원회에서 기금의 관리ㆍ운용 주체가 중앙관서의 장인 기금도 2010.1.1.부터 증권거래세 과세대상이라고 의결(2009.12.29.)하였고, 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호 및 제2항 제1호의 개정ㆍ시행(2010.1.1.)으로 비과세 혜택이 2009.12.31.자로 종결되었으므로 국민연금공단이 2010.1.1. 이후 주식을 양도하는 것은 증권거래세 과세대상에 해당된다 하여 2010.6.7. 청구법인에게 ‘쟁점세액을 환급할 이유가 없다’는 뜻을 통지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.8.25. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 증권거래세법 제6조 에서 ‘국가 또는 지방자치단체가 주권을 양도하는 경우 증권거래세를 비과세’하도록 하였는바, 국민연금기금의 관리주체는 기금관리의 위탁자인 국가이고, 2009.12.31.자로 일몰시한이 만료된 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호 는 2001.5.24. 신설된 조항으로 민간관리기금 및 기타기금에 대하여 증권거래세를 면제하기 위한 규정일 뿐, 동 규정 신설 이전에도 이미 비과세 대상에 해당하는 ‘중앙관서의 장이 기금관리의 주체가 되는 기금’에 대하여는 확인적 의미만 가지게 되므로 동 법조항의 일몰시한이 도래하더라도 국가가 보유하고 있는 기금이 양도하는 주권에 대하여는 증권거래세가 과세된다고 할 수 없으며, 예규심사위원회의 세법에 대한 유권해석은 법원이나 국민을 기속할 수 없으므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 국민연금공단 등이 양도하는 주식에 대하여 증권거래세를 비과세하도록 한 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호 및 제2항 제1호가 일몰시한(2009.12.31.)의 종료로 2010.1.1.자로 그 효력을 상실하였고, 기획재정부의 질의회신문(○○○, 2009.12.29.)에서도 ‘ 국가재정법 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금이 2010.1.1. 이후에 양도하는 주식은 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호 및 제2항 제1호의 개정규정에 의하여 증권거래법 제1조 의 증권거래세 과세대상에 해당된다’고 회신하고 있으며, 국민연금공단이 보건복지가족부장관의 위탁을 받아 국민연금기금을 관리ㆍ운용하고 있지만, 국민연금공단의 행위를 곧바로 국가의 행위와 동일시 할 수는 없으므로 이 건 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 국민연금공단이 보건복지가족부장관으로부터 국민연금기금의 관리를 위탁받아 동 기금의 명의로 취득한 주식을 양도하는 경우 증권거래세 과세대상인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 증권거래세법(2008.12.26. 법률 제9274호로 개정된 것) 제1조 【과세대상】주권 또는 지분(이하 "주권 등"이라 한다)의 양도에 대하여는 이 법에 의하여 증권거래세를 부과한다. 다만, 주권 등의 양도가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 부과하지 아니한다.

1. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조 제13항 제1호 에 따른 유가증권시장 및 같은 항 제2호에 따른 코스닥시장(이하 "증권시장"이라 한다)과 비슷한 시장으로서 외국에 있는 시장(대통령령으로 정하는 시장만 해당하며, 이하 이 조에서 "외국증권시장"이라 한다)에 상장된 주권등을 양도하는 경우

2. 외국증권시장에 주권 등을 상장하기 위하여 인수인(자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제9조제12항 에 따른 인수인을 말한다. 이하 같다)에게 주권 등을 양도하는 경우

3. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제377조제3호 에 따라 채무인수를 한 한국거래소가 주권 등을 양도하는 경우 제6조 【비과세양도】 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 증권거래세를 부과하지 아니한다.

1. 국가 또는 지방자치단체가 주권 등을 양도하는 경우

2. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제119조 에 따라 주권을 매출하는 경우(청약된 주권총수가 매출하고자 하는 주권총수에 미달된 주권을 인수인이 인수하는 경우를 포함한다)

3. 삭제 <2000.12.29>

4. 제1호 및 제2호외에 대통령령이 정하는 주권 등을 양도하는 경우 (2) 증권거래세법 시행령(2009.2.3. 대통령령 제21286호로 개정된 것) 제3조 【비과세양도】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제6조 제4호의 규정에 의하여 증권거래세를 부과하지 아니한다.

1. 주권을 목적물로 하는 소비대차의 경우

(3) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것) 제117조 【증권거래세의 면제】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 증권거래세를 면제한다.

18. 제74조 제3항의 규정을 적용받는 기금이 매입한 주권을 증권시장 또는 전자증권중개거래를 통하여 양도하는 경우

② 다음 각호의 경우에는 동호에 규정한 기한까지 양도·인출·편입·현물출자·주식이전·주식교환하는 분에 한하여 제1항의 규정을 적용한다.

1. 제1항 제1호·제2호·제2호의3·제15호·제18호: 2009년 12월 31일

2. 제1항 제3호·제4호·제5호·제10호: 2009년 12월 31일 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】③ 국가재정법 별표 2에서 규정하는 법률에 따라 설립된 기금을 관리·운용하는 법인 중 대통령령으로 정하는 비영리법인이 해당 기금에서 취득한 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 주권상장법인의 주식을 2009년 12월 31일 이전에 끝나는 사업연도까지 양도함에 따라 소득이 발생한 경우에는 법인세법 제29조 제1항 제4호 에도 불구하고 그 소득 전액을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. (3)-1 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정된 것) 제117조【증권거래 세의 면제】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 증권거래세를 면제한

• 다. 18. 삭제 <2010.1.1>

② 다음 각 호의 경우에는 같은 호에 규정한 기한까지 양도·인출·편입·현물출자·주식이전·주식교환하는 것에만 제1항을 적용한다.<개정 1. 제1항 제1호·제2호·제2호의3·제16호: 2012년 12월 31일 (4) 조세특례제한법 시행령(2009.1.6. 대통령령 제21252호로 개정된 것) 제70조【고유목적사업준비금의 손금산입】④ 법 제74조 제3항에서 "대통령령으로 정하는 비영리법인"이란 국가재정법 별표 2에 규정된 법률에 따라 설치된 기금중 해당 법률에서 주식의 취득 및 양도가 허용된 기금을 관리·운용하는 비영리법인을 말한

• 다. (5) 국가재정법(2009.10.21. 법률 제9801호로 개정된 것) 제5조 【기금의 설치】 ① 기금은 국가가 특정한 목적을 위하여 특정한 자금을 신축적으로 운용할 필요가 있을 때에 한하여 법률로써 설치하되, 정부의 출연금 또는 법률에 따른 민간부담금을 재원으로 하는 기금은 별표 2에 규정된 법률에 의하지 아니하고는 이를 설치할 수 없다. [별표 2] <개정 2009.10.21> 기금설치 근거법률(제5조 제1항 관련) 1.∼7. (생 략)

9.∼63. (생 략)

(6) 국민연금법(2009.6.9. 법률 제9754호로 개정된 것) 제101조 【기금의 설치 및 조성】① 보건복지가족부장관은 국민연금사업에 필요한 재원을 원활하게 확보하고, 이 법에 따른 급여에 충당하기 위한 책임준비금으로서 국민연금기금(이하 이 장에서 "기금"이라 한다)을 설치한다. 제102조 【기금의 관리 및 운용】① 기금은 보건복지가족부장관이 관리·운용한다.

⑤ 보건복지가족부장관은 기금의 관리·운용에 관한 업무의 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 공단에 위탁할 수 있다. (7) 국민연금법 시행령(2009.12.30. 대통령령 제21922호로 개정된 것) 제76조【기금의 관리ㆍ운용에 관한 업무 위탁 등】 ① 보건복지가족부장관은 법 제102조 제5항에 따라 다음 각 호의 업무를 공단에 위탁한다.

1. 법 제102조 제2항에 따른 기금의 관리ㆍ운용

2. 법 제102조 제4항에 따른 기금의 계리

3. 법 제102조 제2항 제6호에 따라 공단이 취득한 재산의 임대 등 기금의 관리ㆍ운용에 관하여 보건복지가족부장관이 정하는 업무

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 국민연금공단으로부터 아래 <표>와 같이 2010년 1∼2월분 증권거래세와 농어촌특별세를 원천징수하여 납부하였다.

○○○

(2) 청구법인이 쟁점세액을 환급하여야 한다고 주장하는 주요 이유는 아래와 같다. (가) 국민연금공단은 국민연금법 제102조 제5항 의 규정에 따라 보건복지가족부장관의 위탁을 받아 국민연금기금을 관리ㆍ운용하는 것이므로 국민연금기금의 관리와 관련된 국민연금공단의 행위는 위탁자인 국가의 행위로 보아야 한다. (나) 조세특례제한법제117조 제1항 제18호 신설(2001.5.24.) 이전에도 기금관리주체가 중앙관서의 장인 기금은 증권거래세법 제6조 제1호 에 따라 증권거래세가 비과세 되었으므로 조세특례제한법제117조 제1항 제18호는 기금관리주체가 중앙관서의 장인 기금에 대해서는 확인적인 의미를 가지며, 동 규정이 페지되었다고 하여 기금관리주체가 중앙관서의 장인 기금에 대하여 증권거래세가 과세되는 것은 아니다. (다) 기획재정부는 2010.8.24. 기금관리주체가 중앙관서의 장인 기금에 대해서도 증권거래세를 과세하겠다는 내용으로 증권거래세법 개정법안을 입법예고한 바 있으며, 이는 기금관리 주체가 보건복지가족부장관으로 중앙관서의 장인 국민연금기금에 증권거래세를 부과할 법률적인 근거규정이 없었다는 반증이며, 따라서 그동안 국민연금기금에 대한 증권거래세 부과는 명확히 조세법률주의에 어긋난다.

(3) 이에 대한 처분청의 답변요지는 아래와 같다. (가) 국민연금기금은 국민연금법제102조 제1항에 의하여 보건복지가족부장관이 관리하고 있으나, 동 기금을 운영함에 있어 구체적으로 어느 자산에 투자할지, 언제 주식을 매수하고 양도할지 여부 등은 보건복지가족부장관으로부터 기금 관리ㆍ운용의 위탁을 받은 국민연금공단이 구체적인 의사결정을 하게 되므로 국민연금공단의 행위를 곧바로 국가의 행위와 동일시할 수 없다. (나) 조세특례제한법제117조의 개정내역을 보면, 정부는 주식시장의 안정적인 수요기반 확충 및 기관투자가의 육성 등을 위해 공모펀드 및 사모펀드에 대해서는 1998년 이후, 기금관리주체가 중앙관서의 장인 기금 이외의 기금에 대해서는 2001년 5월 이후부터 증권거래세를 면제하여 오다가, 주식시장의 성장 추이 등을 감안하여 사모펀드는 2007년부터, 공모펀드 및 기금관리주체가 중앙관서의 장인 기금 이외의 기금에 대하여는 2010부터 증권거래세를 과세하기로 결정함에 따라 이들 기금이 기금관리주체가 중앙관서의 장인 기금을 통하여 우회거래를 하여 증권거래세를 회피하는 이른바 규제차익거래를 방지하기 위하여 기금관리주체가 중앙관서의 장인 기금도 2010년부터 증권거래세를 과세하기로 결정한 것이므로, 국민연금기금이 양도한 주권을 국가가 직접 양도한 주권과 동일하게 취급하여 증권거래세법 제6조 를 적용하기는 어렵다. (다) 기획재정부가 2010.8.24. 입법예고한 증권거래세법 개정법률안 입법예고문을 보면, 주요내용에 “중앙관서의 장이 기금관리주체인 기금이 주권을 양도하는 경우 국가 등의 주권양도에 해당하지 않아 증권거래세가 과세되는 것을 명확히 함”이라고 기재되어 있는 바, 이는 조세특례제한법 개정 및 기존 유권해석을 통해 2010년부터 모든 연기금에 증권거래세가 과세되고 있는 사항을 명확히 하기 위해 기금관리주체가 중앙관서의 장인 기금은 국가(증권거래세 비과세)의 범위에 포함되지 아니함을 확인하는 규정을증권거래세법에 신설하기 위한 것이다.

(4) 살피건대, 이 건은 국가로부터 관리운영을 위탁받은 각종 기금이 양도하는 주식에 대하여 증권거래세를 면제하기 위하여 2001년 5월에 신설하였던 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호 를 2009년 말에 폐지하고, 2010년부터는 이들이 양도하는 주식도 증권거래세 과세대상으로 전환하는 과정에서 개정된 법 규정의 해석문제를 둘러싸고 문제가 발생한 것으로, 국가로부터 관리운영을 위탁받은 각종 기금이 양도하는 주식에 대한 증권거래세 면제 규정인 조세특례제한법 제117조 제1항 제18호 및 제2항 제1호는 일몰기한이 도래하여 2009년 말로 폐지되어 해당 조문이 삭제되었고, 증권거래세법 제6조 제1호 에서 국가 또는 지방자치단체가 양도하는 주권 등을 증권거래세 비과세 대상으로 규정하고 있으나, 중앙관서의 장(보건복지가족부장관)으로부터 국민연금기금 관리의 위탁을 받은 국민연금공단의 행위를 국가의 행위와 동일시 하기는 어려운 것으로 보이며, 기획재정부가 2010.8.24. 입법예고한 증권거래세법 개정 법률안은 청구주장과 같이 국가로부터 각종 기금관리의 위탁을 받은 기관의 행위를 국가의 행위와 동일하게 해석하는 사례를 방지하기 위하여 증권거래세법에도 이를 명백히 규정하기 위한 것으로 보이므로, 국가로부터 국민연금기금의 관리ㆍ운영에 관한 위탁을 받은 국민연금공단이 주권을 양도한 행위를 곧바로 증권거래세법 제6조 제1호 소정의 국가의 행위로 보아 이 건 증권거래세를 환급하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.