특수관계법인의 매출세액이 경정・고지된 경우 상대방 법인인 청구법인의 매입세액으로 인정하여야 함.

OO세무서장이 2010.6.10. 청구법인에게 한 2009년 제2기 부가가치세35,616,970원의 경정청구 거부처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구법인은 2008.1.10. 개업하여 OOOOO OOO OOO OOO OO OOO OOOO OOOOOOOOO OOOO OOOO, OOOOOOOOO OOOOO OOOOOOOOOOOOO O(OOOOO OOO OOO OOO OOOOO OO, OOOO OOOOO, O O OOOOOOOOOO OO)로부터 호텔 등에 대한 유료TV와 인터넷 설치 및 운영사업에 관한 영업권을 양수받았으며, 영업권의 양수대가로 해당 호텔 영업에서 발생한 수입금액의 10%(이하 “영업권대가”라고 한다)를 지급하기로 계약하였다.
• 나. 그 후 청구법인은 특수관계법인과 2009.1.1.로 소급하여 위 약정을 취소하기로 계약사항을 변경함에 따라 2009.9.30. 특수관계법인으로부터 공급가액 △356,169,764원(부가가치세 △35,616,970원, 이하 “쟁점세액”이라 한다)의 수정세금 계산서(이하 “쟁점세금 계산서”라고 한다)를 수취하고 쟁점세액을 매입세액에서 차감하여 2009년 제2기 부가가치세를 신고․납부하였다.
• 다. 처분청은 특수관계법인에 대한 부가가치세 환급현지확인조사를 실시하여 공급대가를 부당하게 받지 아니한 경우에 해당하는 것으로 보아, 쟁점세액을 특수관계법인의 매출세액에 가산하여 2009년 제2기 부가가치세를 경정․고지하였으며, 이에 따라 청구 법인은 2009년 제2기 부가가치세 과세기간에 쟁점세액을 매입세액에서 차감하여 신고․납부하였으므로 이는 초과납부한 세액에 해당된다 하여 쟁점세액을 환급하여 달라는 경정 청구서를 2009.12.23. 처분청에 제출하였고, 처분청은 특수관계법인의 경정을 근거로 한 매입세액 공제는 받아들일 수 없다 하여 2010.6.10. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.8.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2009.9.30. 쟁점세금계산서를 수취하여 2009년 제2기 예정 부가가치세 신고시 쟁점세액을 매입세액에서 차감하여 부가가치세를 납부하였고, 처분청은 특수관계법인에 대한 부가가치세 환급현지확인조사를 실시하여 쟁점세금계산서가 확정된 영업권대가를 부당하게 받지 아니한 것으로 보아 쟁점세액에 상당하는 금액을 경정․고지하였다. 처분청이 특수관계법인에 대해 쟁점세액을 인정하지 아니하고 부가가치세를 경정하였으므로 청구법인이 법정신고기한내에 적법하게 신고․납부된 2009년 제2기 예정 부가가치세는 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우에 해당되어 쟁점세액을 환급하여야 함에도 불구하고 이를 거부한 것은, 세금계산서가 공급받는 과세사업자로 하여금 매입세액을 공제받을 수 있도록 하여 부가가치세를 중복과세 없이 최종소비자에게 전가하기 위한 제도적 장치임을 인정하지 아니하는 것이며, 국세기본법 제18조 에서 언급하고 있는 세법 해석의 기준에 위배되어 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 특수관계법인에 대한 부가가치세 환급현지확인조사결과 쟁점세금계산서가 확정된 영업권대가를 부당하게 받지 아니한 것으로 보아 부가가 치세를 경정하게 되자, 이를 상계하기 위하여 청구법인이 쟁점세액을 공제 받을 수 있도록 재수정세금계산서를 발행한 것으로, 쟁점세액을 환급하여 달라는 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 계약이 해제되어 발급 받은 부(負)의 수정세금계산서에 의해 부가가치세를 납부하였다가, 계약의 해제가 아니라고 보아 거래상대방에 대한 부가가치세를 추징하였을 경우, 청구법인이 납부한 세액을 환급할 수 있는 지 여부
• 나. 관련법령

○ 국세기본법 제15조 【신의․성실】 납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 이행하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다.

○ 국세기본법 제18조 【세법해석의 기준】

① 세법의 해석․적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

○ 국세기본법 제45조의2 【경정 등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각 호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준과 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준과 세액을 초과하는 때

○ 국세기본법 제51조 【국세환급금의 충당과 환급】

① 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액ㆍ초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다. 이 경우 착오납부ㆍ이중납부로 인한 환급청구는 대통령령이 정하는 바에 의한다.

○ 국세기본법 제52조 【국세환급가산금】 세무서장은 국세환급금을 제51조에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각 호에서 정하는 날의 다음 날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. 이 경우 제1호의 규정을 적용함에 있어서 세법에 의한 중간예납액 또는 원천징수에 의한 납부액은 당해 세목의 법정신고기한 종료일에 납부한 것으로 본다.

1. 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 납부의 기초가 된 신고 또는 부과를 경정하거나 취소함으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회 이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다.

3. 적법하게 납부된 국세에 대한 감면으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 결정일

5. 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일

6. 소득세법ㆍ법인세법ㆍ부가가치세법ㆍ개별소비세법ㆍ 주세법 또는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세법에 의한 환급세액을 신고 또는 잘못 신고함에 따른 경정을 원인으로 하여 환급함에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 지난 때. 다만, 환급세액을 신고하지 아니함에 따른 결정으로 인하여 발생한 환급세액을 환급함에 있어서는 당해 결정일부터 30일이 지난 때

○ 부가가치세법(2010.1.1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것)제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액(이하 “공급가액”이라 한다)의 가액의 합계액으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

3. 재화의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받거나 대가를 받지 아니한 경우에는 자기가 공급한 재화의 시가

○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의

2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

○ 부가가치세법 제21조【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

③ 사업장 관할세무서장 ․ 사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제59조 【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

2. 계약의 해제로 인하여 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 계약해제일을 부기한 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 교부한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 처분청의 심리자료에 의하면, (가) 청구법인은 특수 관계법인과 ‘2008.1.1.부터 2010.12.31.까지 영업권 양도대가를 수입금액의 10%(Revenue Share 10%)를 매월 수금하기로 약정’한 계약내용에 따라 〈표1〉과 같이 영업권대가를 매월 지급해오다가, 2009년 9월 효력발생일을 2009.1.1.로 소급하여 영업권대가를 수수하지 아니하기로 계약내용을 변경하고, 변경된 계약내용에 따라 2009.9.30. 2009년 1월～ 8월 기간 동안 정상적으로 세금계산서를 수취한 영업권대가에 대 하여 이를 취소하는 공급가액 △356,169,764원의 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 나타나고, OOOOOO OO (OO: O) OO (나) 처분청은 특수관계법인에 대한 부가가치세 환급현지확인조사를 실시하여 쟁점세금계산서가 부가가치세법 제13조 제1항 제3호 에 따라 재화의 공급에 해당되는데도 공급대가를 부당하게 받지 아니한 것으로 보아 쟁점세액을 매출세액에 가산하여 부가가치세 경정․고지하였으며, (다) 청구법인은 처분청이 특수관계법인에게 쟁점세금계산서가 공급대가의 부당포기로 보아 부가가치세를 추징하였으므로 청구법인이 법정신고기한내에 적법하게 신고․납부된 2009년 제2기 예정 부가가치세는 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우에 해당된다고 보아 2009.12.23. 쟁점세액을 환급하여 달라고 경정청구하였으나, 처분청은 청구법인의 경정청구에 대해 ‘매출처의 환급현지확인결과 부가가치세 경정에 의한 고지세액이 발생한 후, 특수관계자 사이의 합의에 의하여 계약내용을 변경하였으므로 재수정세금계산서를 발행할 수 없으며, 이를 근거로 한 매입세액은 공제할 수 없음’을 이유로 2010.6.10. 청구법인의 경정청구를 거부한 것으로 나타난다. (2)국세기본법제14조 제2항은 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다고 규정하고 있고, 국세기본법제45조의2 제1항 제1호는 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 법정신고기한경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있으며, 부가가치세법 제21조 제1항 은 사업장 관할 세무서장․사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때에는 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정하도록 규정하고 있다.

(3) 상기 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 특수관계법인이 발행한 쟁점세금계산서에 의하여 쟁점세액을 추가납부(매입세액에서 차감)한 것인 바, 처분청에서 쟁점세금계산서를 가공거래에 의한 것으로 보아 쟁점세액을 특수관계법인의 매출세액에 가산하여 부가가치세를 경정․고지하였으므로, 청구법인이 동일 과세기간에 납부한 쟁점세액은 신고하여야 할 세액을 초과하는 세액으로 봄이 합리적인 것으로 보이고, 쟁점세금계산서와 관련하여 청구법인이 과다납부한 세액은국세기본법제52조 제1호의 규정에 의한 환급가산금을 포함하여 환급하는 것이 타당하므로 처분청이 쟁점세금계산서와 관련하여 청구법인이 신고․납부한 세액에 대하여 경정청구를 거부한 처분은 잘못(조심 2010서0042, 2010.4.8., 같은 뜻)이라고 하겠다. 따라서, 처분청이 청구법인의 2009년 제2기 부가가치세에 대한 쟁점세액의 환급을 구하는 경정청구를 거부한 처분은 취소되어야 한다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.