3주택 이상을 보유한 것으로 보아 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

• 가. 청구인은 1988.3.2. 취득한 ○○○(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 2005.5.2. 양도하고 양도소득세 신고를 하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 조사결과 청구인이 쟁점주택 양도당시 3주택 이상을 보유하였다 하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(60%)을 적용하여 2009.12.17. 청구인에게 2005년 귀속 양도소득세 257,190,200원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.15. 이의신청을 거쳐 2010.8.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2005.5.2.자로 양도한 쟁점주택은 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 나목 규정에 의한 장기임대주택이므로 같은 법 제95조 제2항에 의한 장기보유특별공제액을 차감한 잔액을 과세표준으로 하고 중과세율(60%)이 아닌 같은 법 제104조 제1항 제1호의 세율(누진세율)을 적용하여 이 건 처분을 경정하여야 한다. 청구인은 기존사업자기준일(2003.10.29.) 이전인 2000.1.20. 송파구청에 임대사업자등록을 필하고 같은 날 ○○○세무서에 사업자등록을 하였으며, 쟁점주택의 양도당시인 2005.5.2. 현재 ○○○아파트 105동 1107호와 105동 1105호 등 2개의 국민주택을 추가로 임대하고 있었고, 쟁점주택 양도당시 기준시가도 3억원 미만(217,500천원)이었으며, 청구인이 쟁점주택을 취득한 후 1988년부터 실제로 임대를 개시하였는 바 실질과세원칙 등에 따라 쟁점주택을 중과세율 적용이 되지 아니하는 주택으로 보는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점주택의 임대기간이 3년 11개월으로서 임대기간 부족으로 인하여 장기임대주택에 해당하지 아니하고, 청구인이 쟁점주택 양도당시 소유한 임대주택도 주택수에 포함되는 것으로 청구인은 쟁점주택을 양도할 당시 3주택 이상(5주택)을 소유하고 있으므로, 청구인의 쟁점주택의 양도와 관련하여 중과세율(60%) 적용 등을 하여 과세한 이 건 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점주택 양도당시 3주택 이상을 보유하였다 하여 중과세율(60%) 적용 등을 하여 양도소득세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】

① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산

○ 소득세법 시행령 제167조의3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】

① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택(제1호에 해당하는 주택을 제외한다)을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다.

1. 수도권정비계획법 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

• 가. 광역시에 소속된 군 및 지방자치법 제3조 제3항 ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면
• 나. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 지역

2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록 등" 이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 국민주택으로서 다음 각목의 1에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 임대 주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다.

• 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

③ 제1항 제2호의 규정에 의한 장기임대주택의 임대기간의 계산은 조세특례제한법 시행령 제97조 의 규정을 준용한다. 이 경우 사업자등록 등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다.

○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30[기준면적 미만 고가주택에 해당하는 경우에는 100분의 50]

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면 청구인은 2000.1.20. 주택임대업을 개시하여 영위하고 있는 사람으로서, 청구인의 쟁점주택 양도당시 주택 취득 및 양도현황은 아래 <표>와 같이 되어 있다.

(2) 청구인이 제출한 임대사업자 등록증(2006.12.8. ○○○구청장)을 보면, 임대주택으로 ○○○의 경우에는 청구인의 2001.5.12. 취득하여 2005.4.12. 양도한 것으로 심리자료에 나타난다.

(3) 청구인이 제출한 임대사업자등록부를 보면 등록일자가 2000.1.20.이며, 임대주택에 관한 내용을 보면 ○○○(쟁점주택)의 경우 2001.5.11. 등록이 이루어진 것으로 되어 있다.

(4) 청구인이 제출한 청구인의 사업자등록증(2006.12.8.)을 보면 청구인이 2000.1.20. 개업하여 ○○○에서 부동산업(주택임대)을 영위하는 것으로 기재되어 있다.

(5) 청구인은 쟁점주택이 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 나목 규정에 의한 장기임대주택이므로 같은 법 제95조 제2항에 의한 장기보유특별공제액을 차감한 잔액을 과세표준으로 하고 중과세율(60%)이 아닌 같은 법 제104조 제1항 제1호의 세율(누진세율)을 적용하여 이 건 처분을 경정하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다. 중과세율(60%)이 적용되는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에서 제외되는 장기임대주택에 대하여 규정하고 있는 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 나목 규정에 의하면, 사업자등록 등을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 국민주택으로서 ‘기존사업자기준일(2003.10.29.) 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택’으로 규정하고 있고, 동 규정 제3항에 의하면 장기임대주택의 임대기간 계산에 관하여 사업자등록 등을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날부터 임대를 개시한 것으로 본다고 규정하고 있는데, 청구인은 쟁점주택에 대하여 2001.5.11. 임대주택으로 등록을 함으로써 쟁점주택 양도일(2005.5.2.)까지의 임대기간이 5년 미만으로 장기임대주택에 관한 위의 규정에서의 5년 이상 임대한 경우에 해당하지 아니하고, 쟁점주택 양도당시 청구인은 쟁점주택 이외에도 서울특별시 송파구 @@@아파트 327동 201호, 같은 곳 310동 109호 등을 소유하고 있었으며, 소득세법 제95조 제2항 에 의하면 같은 법 제104조 제1항 제2호의3 규정에 의한 세율(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에 대하여 양도소득과세표준의 60% 세율)을 적용받는 자산의 경우 장기보유특별공제액 적용에서 제외되는 점 등을 고려할 때, 청구인이 쟁점주택 양도당시 3주택 이상을 보유하였다 하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율(60%)을 적용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.