신축주택 양도소득세 과세특례가 적용되는 양도소득은 그 취득일로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득임

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2001.12.11. ○○○ 622-10 ○○○연립 가동 106호(이하 “종전주택”이라 한다)을 취득하여 보유하던 중 재건축사업이 시행되자 이를 ○○○아파트 재건축조합(이하 “재건축조합”이라 한다)에 출자하고, 2002.8.2. 동 조합으로부터 재건축 예정인 ○○○타운 3차 아파트 60동 1204호(이하 “쟁점신축주택”이라 한다)를 분양받기로 하는 공급계약을 체결하였으며, 쟁점신축주택은 2004.12.20. 사용승인을 받았다.
• 나. 청구인은 2006.3.6. 쟁점신축주택을 양도하고 2006.3.17. 2006년 귀속 양도소득세 2,293,220원을 예정신고·납부한 후, 재건축조합이 신축주택 취득기간(2001.5.23.~2003.6.30.) 내인 2002.8.27.부터 2002.8.29. 사이에 조합원 외의 자에게 잔여주택을 일반분양하면서 계약금을 납부받은 사실이 있으므로 쟁점신축주택은조세특례제한법제99조의3 제1항의 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례에 해당한다 하여 2010.3.10. 위 신고·납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 2010.4.19. 청구인의 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.6.21. 이의신청을 거쳐 2010.8.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 쟁점신축주택은 신축주택 취득기간 내에 일반분양분에 대한 계약금 납부가 이루어졌으므로조세특례제한법제99조의3 제1항의 신축주택에 대한 양도소득세 과세특례 적용대상에 해당한다 할 것이고 이 경우 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 양도일까지의 전체 양도소득에 대하여 동 규정에 의한 과세특례가 적용된다고 해석함이 타당하다.

(2) 처분청은 국세청장의 종전 예규(국세청 서면5팀-793, 2007.3.9.)가 아닌 쟁점신축주택의 양도일 이후에 변경된 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)를 근거로 종전주택 취득일부터 쟁점신축주택의 취득일 전까지의 양도소득은 양도소득세 과세특례 적용대상이 아니라고 보아 청구인의 경정청구를 거부하였는 바, 이는 조세법률주의, 소급과세금지 원칙 및 신의성실 원칙에 반하는 위법한 처분이다.

• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제99조의3 제1항의 과세특례가 적용되는 양도소득은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득으로서 청구인의 경우 신축주택인 쟁점신축주택의 취득일로부터 양도일까지의 양도차익이 -459만원으로 감면대상 양도소득이 존재하지 아니하므로 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁 점

① 조세특례제한법제99조의3 제1항의 양도소득세 과세특례가 적용되는 양도소득의 범위

② 조세법률주의, 소급과세금지원칙 및 신의성실원칙 위반 여부

• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정에 의한 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 법 제99조의3 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 지역"이라 함은 서울특별시, 과천시 및택지개발촉진법제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정·고시된 분당·일산·평촌·산본·중동 신도시지역을 말한다.

② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 법 제99조의3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 주택을 말한다.

1. 주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합(이하 이 조에서 "주택조합 등" 이라 한다)이 그 조합원에게 공급하고 남은 주택(이하 이 조에서 “잔여주택”이라 한다)으로서 법 제99조의3 제1항 제1호의 규정에 의한 신축주택취득기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 이내에 주택조합 등과 직접 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득하는 주택

2. 조합원(도시 및 주거환경정비법제48조의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일(주택재건축사업의 경우에는 제28조의 규정에 의한 사업시행인가일을 말한다. 이하 이조에서 같다) 또는 주택법 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. 이하 이 호에서 같다)이 주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택취득기간 경과후에 사용승인 또는 사용검사를 받는 주택. 다만, 주택조합 등이 조합원 외의 자와 신축주택취득기간내에 잔여주택에 대한 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 직접 체결하여 계약금을 납부받은 사실이 있는 경우에 한한다. 제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】 ① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은소득세법제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는법인세법제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. {양도소득 금액×(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)}

(3) 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제95조【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (4) 소득세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20618호로 개정되기 전의 것) 제166조【양도차익의 산정 등】② 법 제100조에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익은 다음 각 호의 산식에 따라 계산한다.

[관리처분계획인가후양도차익 × 납부한 청산금 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)](이하 이 조에서 "청산금납부분양도차익" 이라 한다) + {[관리처분계획인가후양도차익 × 기존건물과 그 부수토지의 평가액 ÷ (기존건물과 그 부수토지의 평가액 + 납부한 청산금)] + 관리처분계획인가전양도차익}(이하 이 조에서 “기존건물분양도차익”이라 한다)

제1항 제2호에 따른 가액

(5) 국세기본법(2007.12.31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】① 세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) ○○○3차(○○○아파트 재건축) 아파트 공급계약서(2002.8.2.) 및 처분청의 경정청구 검토조서 등에 의하면 청구인이 종전주택을 재건축조합에 출자하고 2002.8.2. 동 조합으로부터 쟁점신축주택을 분양받기로 하는 공급계약을 체결한 사실, 쟁점신축주택은 2004.12.20. 사용승인을 받은 사실이 각각 확인된다. (나) 청구인이 제출한 분양안내문에 의하면 일반분양의 계약체결 및 계약금 납부기간이 “2002.8.27.~2002.8.29.”로 기재되어 있다. (다) 살피건대,조세특례제한법제99조의3 제1항에서 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 양도소득세의 100분의 100을 감면하도록 규정하고 있는 바, 재개발사업으로 인하여 조합원이 조합원용 주택을 취득하는 경우 사용승인이나 사용검사를 받은 날을 취득일로 보는 것이 타당한 점 및 소득세법 시행령제166조 제2항에서도 관리처분계획인가전의 양도차익과 그 후의 양도차익을 구분계산하여 양도차익을 산정하도록 규정하고 있는 점 등을 감안하면, 위 과세특례 규정에 의하여 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 발생하는 소득을 의미한다고 해석함이 타당하다 하겠다(조심 2010중2363, 2011.4.19. 같은 뜻임). 따라서, 종전주택의 취득일부터 쟁점신축주택의 양도일까지의 전체 양도소득에 대하여 과세특례가 적용되어야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

(2) 쟁점②에 대하여 본다. (가) 청구인이 제시한 국세청 예규(서면인터넷방문상담5팀-793, 2007.3.9.)에 의하면조세특례제한법 제99조 제1항 및 동법 시행령 제99조 제1항의 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 규정을 적용함에 있어 “당해 신축주택(이에 부수되는 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액” 이라 함은 동법 시행령 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액을 말하는 것이며, 당해 산식에서 “취득 당시” 또는 “취득일”이란 자기가 건설한 신축주택 (주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)에 있어서는 소득세법 시행령제162조 제1항 제4호의 규정에 의하여 사용검사필증교부일이 되는 것이나, 사용검사전에 사실상 사용하거나 임시사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 임시사용승인일 중 빠른 날로 한다는 취지로 회신한 것으로 되어 있다. (나) 살피건대, 청구인이 종전의 유권 해석이라고 주장하면서 제시하고 있는 위 국세청 예규는 과세특례가 적용되는 양도소득금액을 계산함에 있어 신축주택의 취득일(사용검사필증교부일, 사실상의 사용일 및 임시사용승인일 중 빠른 날)에 대한 회신으로 보이는 반면, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득이전까지의 양도소득도 과세특례 적용대상에 해당한다고 회신한 것으로 보기는 어렵다 할 것이므로 쟁점신축주택의 양도일 이후에 변경된 예규를 근거로 청구인의 경정청구를 거부하였다는 사유를 들어 조세법률주의, 소급과세금지 원칙 및 신의성실 원칙에 반하는 위법한 처분이라는 청구주장 또한 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.