사실과 다른 세금계산서를 교부받아 부가가치세 매입세액을 부당하게 공제받았는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2004.3.8.부터 금지금 도매업을 영위하면서 부가가치세 2004년 제1기부터 2006년 제2기까지의 과세기간동안 주식회사 ○○등 5개 금지금 도소매업체(이하 “쟁점매입처”라 한다)로부터 공급가액 19,241,712천원 상당의 금지금을 매입한 것으로 하여 세금계산서 99매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 해당 과세기간의 환급세액을 신고하고 처분청으로부터 환급을 받았다.
• 나. ○○지방 국세청장(이하 “조사관청”이라 한다)은 청구법인의 2004년 제1기부터 2006년 제2기 부가가치세 과세기간에 대하여 조사한 결과, 청구법인이 각 과세기간에 쟁점매입처로부터 금지금의 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 교부받아 관련 부가가치세를 부당하게 공제받은 것으로 보아 처분청에 자료를 통보하였다.
• 다. 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련매입세액을 불공제하여 2010.2.10. 청구법인에게 부가가치세 2004년 제1기분 2,324,603,040원, 2005년 제1기분 624,299,530원, 2006년 제1기분 171,367,900원, 2006년 제2기분 250,230,160원을 각각 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.20. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구법인이 쟁점매입처로부터 실지 금지금을 매입하고 거래대금을 쟁점매입처 명의의 예금계좌에 입금한 것에 대하여 쟁점세금계산서를 교부받은 사실이 매도·매수확약서, 거래명세서, 금지금 사진, 물품인도(인수)증 및 금융거래내역 등에 의하여 확인될 뿐만 아니라, 청구법인은 금지금거래에 있어서 최종소비자 직전단계로서 비정상적인 거래를 하는 폭탄업체 또는 수출입업체와 공모하거나 직접 거래를 한 사실이 없고, 특정거래가 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래의 목적과 경위 등 사정을 종합적으로 고려하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 것에 대한 입증책임이 과세관청에 있음에도 불구하고, 처분청이 이 건 거래 관련 금지금의 매입단가(공급가액)가 시세보다 저렴하다는 이유만으로 쟁점세금계산서에 기재된 부가가치세를 공급가액에 포함되어야 할 금액으로 보고, 실제로는 부가가치세가 거래 징수되지 아니한 것으로 판단하여 이 건 부가가가치세를 부과한 처분은 그 처분근거가 명확하지 아니하여 부당하므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 쟁점매입처와 거래한 금지금 가격은 각 과세기간별로 정상적인 금지금 거래에서 형성될 수 있는 최저가격인 국제시세의 103.5～103.7%1)보다 대부분 낮은 가격으로서, 이는 청구법인이 쟁점매입처부터 쟁점세금계산서상의 부가가치세를 거래징수당한 사실이 없었고 납부한 사실도 없기에 가능한 것으로서 쟁점세금계산서에 기재된 부가가치세 전부 또는 거의 대부분이 공급가액에 포함되어야 할 금액인 바, 설사 실물거래가 있었다고 하더라도 이는 청구법인과 쟁점매입처가 서로 담합하여 부가가치세 부분을 사실과 다르게 기재하는 방법으로 세금계산서를 수수하여 관련 부가가치세액을 부당하게 공제받은 것이므로, 처분청이부가가치세법제16조(세금계산서) 제1항 제3호 및 같은 법 제17조(납부세액) 제2항 제1의2호의 규정에 의거 쟁점세금계산서를 필요적 기재사항이 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 금지금을 거래한 것으로 하여 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 부가가치세 매입세액을 부당하게 공제받았는지 여부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조 【세금계산서】

① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

○ 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제17조 【납부세액】

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액

○ 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제21조【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방 국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정 신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정 신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 조사관청이 2009.7.21.부터 2009.9.28.까지의 기간 동안 청구법인에 대하여 실시한 부가가치세 조사종결보고서(2009년 12월)의 내용을 요약하면 다음과 같다. (가) 결제대금은 쟁점세금계산서의 금액과 일치하나, 정상적인 거래와 달리 매출처로부터 선입금된 금액 중 키로그램(kg)당 3만원 내지 4만원을 차감한 금액을 인터넷뱅킹을 통하여 즉시 매입처에 결제하였고, 금지금 가격의 국제시세는 실시간으로 연동되어 가격이 변하기 때문에 도매가격은 일명 폭탄사업자를 거치지 아니하고는 국제시세 이하로 형성될 수 없는 바, 쟁점세금계산서상의 공급가액은 국제시세보다 저렴한 것으로 관련 부가가치세는 공급가액에 포함되어야 할 금액으로 청구법인과 쟁점매입처와의 거래에 있어서는 부가가치세가 거래 징수되지 아니한 것으로서, 청구법인은 금지금 변칙거래의 중간단계에서 정상거래로 위장하는 역할을 수행하는 도관업체로 폭탄업체 등과 공모하여 사실과 다른 세금계산서를 교부받은 것으로 판단된다. (나) 금지금 도·소매업체인 쟁점매입처는 조사관청 등의 부가가치세 조사결과 조세범처벌법에 따라 자료상으로 기 고발되었으며, 청구법인의 쟁점세금계산서 수취 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점세금계산서 수취 내역 (단위: 백만 원) 쟁점매입처 과세기간 수취건수 공급가액 비고 (주)○○ 2004년 제1기 22 12,705 자료상 (주)○○ 〃 1 91 조세포탈범 (주)○○ 〃 1 61 자료상 (주)○○ 2005년 제1기 39 3,675 조세포탈범 (주)○○ 2006년 제1기 15 1,078 자료상 2006년 제2기 21 1,631 계 99 19,241

(2) 처분청은 청구법인의 매출거래분에 대하여는 전부를 정상거래로 인정하였으며, 쟁점매입처로부터의 매입거래분 중 대부분은 정상거래로 인정하면서도 쟁점세금계산서 관련 거래분에 대하여는 쟁점세금계산서상의 공급가액이 국제시세보다 저렴한 것으로 관련 부가가치세로 기재된 금액은 공급가액에 포함되어야 할 금액이므로 동 부가가치세가 거래 징수되지 아니한 것으로 판단하여 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 부과한 것인 바, 각 과세기간별 매입·매출내역(공급가액)은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구법인의 각 과세기간별 매입·매출내역 (단위: 백만 원) 과세기간 매출분 매입분 총매입금액 불공제 공제인정 2004년 제1기 25,276 25,189 12,857 12,332 2004년 제2기 10,294 10,243

• 10,243 2005년 제1기 10,811 10,759 3,675 7,083 2005년 제2기 11,697 11,614

• 11,614 2006년 제1기 9,816 9,750 1,078 8,673 2006년 제2기 8,950 8,893 1,631 7,261 계 76,844 76,448 19,241 57,206

(3) 청구법인은 쟁점매입처로부터 실지 금지금을 매입하고 거래대금을 쟁점매입처 명의의 예금계좌에 입금한 것에 대하여 쟁점세금계산서를 교부받았으며, 금지금거래에 있어서 최종소비자 직전단계로서 비정상적인 거래를 하는 폭탄업체 또는 수출입업체와 공모하거나 직접 거래를 한 사실이 없고, 특정거래가 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래의 목적과 경위 등 사정을 종합적으로 고려하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 조사관청도 청구법인의 부가가치세 2004년 제1기분부터 2006년 제2기분까지의 총매입액 76,448,021천원 중 약 75%에 해당하는 57,206,309천원에 대하여 정상거래로 인정하였고, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 것에 대한 입증책임이 과세관청에 있음에도 불구하고, 처분청이 이 건 거래 관련 금지금의 매입단가(공급가액)가 시세보다 저렴하다는 이유만으로 쟁점세금계산서에 기재된 부가가치세를 공급가액에 포함되어야 할 금액으로 보고, 실제로는 부가가치세가 거래 징수되지 아니한 것으로 판단하여 이 건 부가가가치세를 부과한 처분은 그 처분근거가 명확하지 아니하여 부당하다고 주장하면서, 매도·매수확약서, 거래명세서, 금지금 사진, 물품인도(인수)증 및 금융거래내역 등을 증빙으로 제출한 바, 이에 대하여 본다. (가) 청구인의 매입현황을 보면, 처분청이 사실과 다른 세금계산서라고 판단한 쟁점세금계산서 매입단가와 정상거래로 인정한 매입분의 단가가 큰 차이가 없으며, 2005년 제1기와 2006년 제1기의 경우에는 정상거래분의 매입단가가 더 높은 사실을 알 수 있다.(<표3> 참고) <표3> 기간별 매입단가 비교 (단위: 백만 원) 과세기간 쟁점세금계산서 정상거래 인정분 수량(g) 매입단가 매입금액 수량(g) 매입단가 매입금액 2005년 제1기 260,000 14,136.06 3,675 503,000 14,083.27 7,074 2006년 제1기 58,000 18,593.03 1,078 496,418 17,440.22 8,658 (나) 조사관청이 청구법인에 대하여 조사한 결과에 의하면, 청구법인의 부가가치세 2004년 제1기분부터 2006년 제2기분까지의 매입총액(부가가치세 포함)은 78,372,192,931원으로 이는 처분청이 정상거래로 확인한 동 과세기간의 매출총액 76,844,808,002원보다 1,527,384,929원이 많은 바, 처분청의 조사결과는 그 근거가 불합리하다. (다) 조사관청이 쟁점매입처 중 주식회사 ○○에 대하여 금지금 거래단계에서 폭탄업체가 있고 거래가격이 시세보다 저렴하다는 이유 등으로 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세하였고, 이에 위 법인이 부가가치세 등 부과처분 취소소송을 제기한 바, 대법원은 과세관청의 당초 처분을 취소하라는 요지의 원고승소판결을 하였다(대법원 2008두9737, 2008.12.11.) (라) ○○중앙지방검찰청의 피의사건처분결과통지서(2010.7.29.)에 의하면, 청구법인과 청구법인 대표이사 장○○에 대한 조세범처벌법위반 피의사건에 대하여 증거불충분을 이유로 혐의없음처분을 한 것으로 되어 있다.

(4) 살피건대, 처분청은 쟁점매입처로부터의 매입거래분 중 대부분은 정상거래로 인정하면서도 쟁점세금계산서 관련 거래분에 대하여는 관련 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 부과한 바, 청구법인이 쟁점매입처와 거래한 금지금 가격은 각 과세기간별로 정상적인 금지금 거래에서 형성될 수 있는 최저가격인 국제시세보다 대부분 낮은 가격으로서, 이는 청구법인이 쟁점매입처부터 쟁점세금계산서상의 부가가치세를 거래징수당한 사실이 없었고 납부한 사실도 없기에 가능한 것으로서, 처분청이 쟁점세금계산서에 기재된 부가가치세 전부 또는 거의 대부분이 공급가액에 포함되어야 할 금액이므로 동 부가가치세가 거래 징수되지 아니한 것으로 판단하여 매입세액을 불공제하여 이 건 부가가치세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.