주택부수토지로 보아 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2006.4.10. ○○○ 전 1,716㎡를 취득한 후 5필지로 분할하면서 그 중 일부에 대하여 2009.4.6. 같은 동 27-2 480㎡(이하 “쟁점①토지”라 한다)와 같은 동 27-3 716㎡(이하 “쟁점②토지”라 한다)로 분할하고 2009.4.29. 쟁점①토지를 대지로 지목변경하였는데, 한편, 청구인의 동생 임○○○은 쟁점①토지 지상에 2007.3.16. 건축허가를 받아 주택 1층 116.3㎡, 2층 52.73㎡ 합계 169.03㎡(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 신축하여 2009.4.24. 사용승인을 받은 후, 청구인은 2009.7.21. 쟁점②토지를 김○○○에게 양도하고, 2009.12.16. 쟁점①토지를 조○○○에게 양도하고, 청구인의 동생 임○○○도 같은 날 조○○○에게 쟁점주택을 양도한 후, 청구인은 쟁점①토지와 쟁점②토지 모두 주택부수토지라 하여 장기보유특별공제를 적용하여 2010.1.31. 2009년 귀속 양도소득세 5,928,395원을 신고·납부하였다.
• 나. 처분청은 쟁점①토지에 대하여는 그 지상건물의 정착면적 116.3㎡의 5배 면적이내에 해당하므로 이를 사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여 신고시인하여 결정하였으나, 쟁점②토지는 쟁점①토지와 구분된 부재지주 농지로서 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제의 적용을 배제하여 2010.6.25. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 1,942,640원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.8.13. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 2006.4.10. ○○○ 전 1,716㎡를 110,000,000원에 취득한 후 2009.4.29. 지목변경을 하고 분할하여 쟁점①토지와 쟁점②토지로 나누었고 쟁점①토지 지상에 2007.3.16. 허가를 득하고 2009.4.24. 사용승인을 받아 건물정착면적 116.38㎡의 경량철골조의 단독주택을 지어 양도하였는데 처분청은 쟁점①토지는 사업용토지에 해당된다 하여 장기보유특별공제를 해주었으나, 쟁점②토지는 지목이 전이고 동일인에게 매도된 것이 아니라하여 비사업용으로 판정하여 장기보유특별공제를 해주지 아니하였으나 이는 부당한 처분이다. 비사업용으로 판단한 쟁점②토지는 쟁점①토지와 연접된 것으로 지목은 전으로 되어 있으나 사실상 이 곳에는 소나무가 심어져 있어서 사실상 지목은 임야라고 보아야 할 것이다. 또한 처분청에서는 동일인에게 매도된 것이 아니기 때문에 부재지주 여부에 의하여 비사업용으로 판단하였으나, 타인에게 매도하였다 하여도 누구에게 양도했느냐가 비사업용을 판단하는 기준이 아니고 사실상 지목이 임야라면 주택정착면적의 5배인 581.5㎡(116.3㎡×5)까지 사업용으로 판단을 하여 장기보유특별공제를 적용하여 581.5㎡-480㎡=101.5㎡를 쟁점②토지에서 추가로 장기보유특별공제를 하여야 함이 타당하므로 처분청이 480㎡만 사업용으로 판단하여 이 건 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행규칙제72조 제2항에 의하면 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 1세대1주택에 부수되는 토지로 보지 아니한다고 되어 있으므로, ○○○에서 분할된 토지이며, 쟁점①토지와 연접되어 있다고 하여 쟁점②토지를 쟁점주택의 부수토지로 볼 수는 없으며, 쟁점주택은 청구인의 동생인 임○○○이 2007.3.16. 대지면적 480㎡, 건축면적 116.38㎡로 건축허가를 받아 신축한 주택으로, 쟁점①토지와 쟁점②토지는 서로 다른 양수인에게 양도된 점 등으로 보아 건축허가당시부터 구분되어 있던 토지이며 쟁점②토지는 부재지주 농지이므로 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 주택이 정착된 쟁점①토지와 그 연접한 쟁점②토지를 양도한 후 쟁점①, ②토지를 모두 주택부수토지로 보아 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률

(1) 소득세법(2009. 12. 31, 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제95조 【양도소득금액】① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제1항 제2호의 3부터 제2호의 8까지와 같은 항 제3호에 따른 세율을 적용받는 자산 및 제104조 제6항을 적용받는 자산은 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 해당 자산의 양도차익에 다음 표1에 규정된 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.(단서 생략) 보유기간 공제율 3년 이상 4년 미만 100분의 10 4년 이상 5년 미만 100분의 12 5년 이상 6년 미만 100분의 15 6년 이상 7년 미만 100분의 18 7년 이상 8년 미만 100분의 21 8년 이상 9년 미만 100분의 24 9년 이상 10년 미만 100분의 27 10년 이상 100분의 30 제104조 【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의 7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지 양도소득과세표준의 100분의 60 제104조의 3 【비사업용 토지의 범위】① 제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제2호의 7에서 “비사업용 토지”라 함은 당해 토지를 소유하는 기간 중 대통령령이 정하는 기간동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지(이하 이 조에서 “비사업용 토지”라 한다)를 말한다.

5. 지방세법 제182조 제2항 의 규정에 의한 주택부속토지 중 주택이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 토지 (2) 소득세법 시행령(2010. 2. 18, 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제168조의 12 【주택부수토지의 범위】법 제104조의 3 제1항 제5호에서 “지역별로 대통령령이 정하는 배율”이라 함은 다음 각 호의 배율을 말한다.

1. 도시지역 안의 토지 5배

2. 도시지역 밖의 토지 10배 (3) 소득세법 시행규칙 제72조 【1세대 1주택의 특례】② 영 제154조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 주택에 부수되는 토지를 분할하여 양도(지분으로 양도하는 경우를 포함한다. 다만, 영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택과 그 부수토지를 함께 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)하는 경우에 그 양도하는 부분의 토지는 법 제89조 제3호에 규정하는 1세대 1주택에 부수되는 토지로 보지 아니하며 1주택을 2 이상의 주택으로 분할하여 양도(영 제154조 제1항 본문에 해당하는 주택을 지분으로 양도하는 경우를 제외한다)한 경우에는 먼저 양도하는 부분의 주택은 그 1세대 1주택으로 보지 아니한다. 이 경우 주택 및 그 부수토지의 일부가 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그밖의 법률에 의하여 수용되는 경우의 당해 주택(그 부수토지를 포함한다)과 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 잔존토지 및 잔존주택(그 부수토지를 포함한다)은 그러하지 아니하다. 제83조의 5 【부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등】① 영 제168조의 14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의 3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다.(단서 생략)

5. 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지: 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)

• 다. 사실관계

(1) 청구인은 쟁점②토지는 지목은 전으로 되어 있으나 사실상 임야로 사용하고 있고, 주택 부수토지인 쟁점①토지와 연접하여 사실상 주택부수토지로 보아야 하므로 쟁점주택의 주택정착면적의 5배인, 즉 581.5㎡(116.3㎡×5)까지 사업용으로 판단을 하여 장기보유특별공제를 적용하여야 하므로 101.5㎡(581.5㎡-480㎡)를 쟁점②토지에서 추가로 장기보유특별공제를 적용함이 타당하다고 주장하면서 다음과 같은 증빙을 제시하고 있다. (가) 2006.4.5. 작성된 것으로 기재된 부동산매매계약서에 의하면 청구인은 ○○○ 전 1,716㎡를 ○○○ 거주하는 이○○○으로부터 110,000,000원에 매수하는 것으로 계약하고, 계약금 10,000,000원, 2006.4.8. 중도금 50,000,000원, 2006.4.10. 잔금 50,000,000원을 지급한 것으로 나타난다. (나) 2009.7.6. 작성된 부동산매매계약서에 의하면 청구인은 ○○○ 전 716㎡를 87,000,000원에 매도하는 것으로 계약하고 계약금 10,000,000원, 2009.7.20, 잔금 77,000,000을 수령한 것으로 나타난다. (다) 2009.12.16. 작성된 부동산매매계약서에 의하면 청구인은 ○○○ 대지 480㎡를 45,900,000원에 매도하는 것으로 계약하고 일시불로 수령한 것으로 나타난다. (라) 2009.9.18. 발급한 쟁점주택 등기부등본에 의하면 쟁점주택은 2009.4.27. 소유자 임○○○ 명의로 보존등기된 사실이 나타나며, 2010.1.18. ○○○이 발급한 쟁점주택의 일반건축물대장에 의하면 청구인의 동생 임○○○을 시공자로하여 대지면적 480㎡, 연면적 169.11㎡, 경량철골조 단독주택(1층 116.38㎡, 2층 52.73㎡)으로 2007.3.16. 건축허가를 받고 2007.4.24. 착공하여 2009.4.24. 사용승인된 것으로 나타나며, 2009.4.27. 소유권보존등기한 후 2009.12.16. 조○○○에게 양도된 것으로 기재된 사실이 나타난다.

(2) 처분청은 쟁점①토지에 대하여 소득세법 시행규칙제83조의 5 제1항 제5호는, 지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우에는 토지의 취득일로부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행중인 기간을 사업용으로 사용한 것으로 본다고 규정하고 있는 바, 쟁점①토지의 취득시기는 2006.4.10.이고 건축물대장에 의하면 착공일자는 2007.4.24.이며, 사용승인일자는 2009.4.24.인 것으로 나타나므로, 쟁점①토지는 사업용토지에 해당한다고 보아 장기보유특별공제 10%를 적용하되, 쟁점②토지에 대하여는 쟁점①토지와 분할되어 지목이 전으로 되어 있으며, 양도시기와 양도자가 쟁점①토지와 일치하지 아니하여 주택부수토지로 보기 어려워 부재지주 농지로서 비사업용토지로 판단하여 장기보유특별공제를 배제함이 타당하다는 의견이다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점②토지가 사실상 임야로 사용되고 있었고, 주택 부수토지인 쟁점①토지와 연접하여 사실상 주택부수토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인이 제시한 증빙만으로 쟁점②토지가 쟁점주택의 부수토지로 사용되었는지 여부가 확인되지 아니하며, 쟁점주택의 부수토지인 쟁점①토지와 지번을 달리하고 있는 점, 쟁점주택 및 쟁점①토지의 양도시기와 매수자가 일치하지 아니하는 점 등에 비추어 볼 때, 쟁점①토지와 연접하고 있다는 사실만으로 쟁점주택의 부수토지로 보아 장기보유특별공제를 적용하기는 어렵다고 보이므로 쟁점②토지에 대하여 비사업용토지로 보아 장기보유특별공제를 배제하고 이 건 과세한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과, 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 결정한다.