가공매입 상당액을 영업수당 및 매출할인(리베이트)으로 사용하였는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 주식회사 ○○○(당시 대표자는 ○○○이고 2006.9.27. 청구법인에게 흡수합병되었으며, 이하 “피합병법인”이라 한다)은 서울특별시 ○○○에서 의약품 도매업을 영위하면서 2006년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간에 서울특별시○○○에서 의약품 도매업을 영위하는 주식회사 ○○○로부터 공급대가 합계액이 805,372,624원(이하 “쟁점가공금액”이라 한다)인 세금계산서 15매를 교부받아 법인세 신고시 손금에 산입하였다.
• 나. ○○○세무서장은 주식회사 ○○○에 대한 세무조사를 실시하여 피합병법인이 교부받은 세금계산서 관련 거래가 가공이라는 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 2009년 3월 추가조사를 거쳐 쟁점가공금액을 손금불산입하여 피합병법인의 2006.1.1.~2006.9.27.사업연도 법인세를 경정·고지하고, 쟁점가공금액을 당시 대표자인 ○○○의 2006년 귀속 상여로 처분하여 2009.7.7. 소득금액변동통지를 하였으나, 청구법인이 원천징수의무를 이행하지 아니하자 2010.1.22. 청구법인에게 2006년 귀속 근로소득에 대한 원천세 273,940,100원을 결정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.19. 이의신청을 거쳐 2010.8.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 피합병법인은 의약품 도매업을 주업으로 하면서 납품대금의 조기회수 등의 사유로 업계의 오랜 관행에 따라 의약품 납품처에 매출액의 일부를 할인하여 주거나 거래처를 담당하는 영업사원에게 일정액의 영업수당을 지급하는 방법으로 거래처 및 매출실적을 유지하였으며, 이 과정에서 매출할인에 따라 거래처로부터 외상매출금을 회수하지 못하였음에도 이를 전액 회수한 것으로 처리하였고, 거래처 관리를 위해 영업사원에게 지급한 수당도 비용으로 처리하지 못하였기에 매년 이익이 과대계상되고 이에 따른 현금 등의 자산이 부족하여 대표이사로부터 장부외로 부채를 차용하는 방법으로 부족한 자산을 맞추어 오다가 2006년에 이를 상환하고자 실물거래없이 가공의 세금계산서를 수취하게 되었고, 조사과정에서도 매출할인 등의 공개로 인한 거래처 및 영업사원의 반발을 고려하여 이러한 사실을 제시하지 아니하였으나, 피합병법인이 의약품 도매업의 과다 출혈경쟁에서 회사를 존속시키기 위해 2004년부터 2006년 합병 전까지 다음 <표>와 같이 지급한 매출할인액 548,923,232원과 영업사원 수당 183,230,000원의 합계 732,153,232원은 이를 반영하여 작성한 수정재무제표에서 그 귀속을 실질적으로 확인할 수 있으므로, 쟁점가공금액의 귀속이 불분명하다하여 원천세를 부과한 처분은 취소되어야 한다.

○○○

• 나. 처분청 의견 당초 자료상조사시 청구법인은 경기도 ○○○의 토목공사와 관련하여 공사업체에게 8억3천만원을 지급하였음에도 세금계산서를 3억3천만원만 발행하여 주기에 부득이 자료상인 주식회사 ○○○로부터 가공세금계산서를 교부받았다고 소명한 사실이 있는 등 주장에 일관성이 없고, 청구법인이 주장하는 매출할인과 영업수당은 2004년부터 2006년까지 발생한 금액으로 쟁점가공금액이 매출원가에 반영된 2006년 4월 ~ 9월과 시기적으로 차이가 있어 사외유출액이 쟁점가공금액과 직접적으로 연관관계가 없으며, 청구법인이 제시한 수정재무제표도 임의로 작성한 것으로 직접적인 관계를 보여주지 못하는 것이며, 쟁점가공금액과 매출할인 및 영업수당과의 관련성을 확인할 수 있는 증빙을 제시하지 아니하고 있으며, 매출할인의 경우 실제로 매출할인에 해당한다면 청구법인이 수정세금계산서를 발행하는 등으로 경정청구를 하여야 함에도 그러한 사실이 없고, 매출할인 내역을 전산으로 작성한 표만 제출하였을 뿐 실제 매출할인인지 및 이를 수령한 거래처가 맞는지 여부 등을 확인할 수 있는 구체적인 자료를 제시하지 아니하고 있으며, 영업수당의 경우에도 종사직원의 확인서 이외에는 영업수당의 지급여부 등을 확인할 수 있는 증빙제시가 없으므로 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁점 쟁점가공금액을 영업사원 수당 및 거래 약국에 매출할인으로 사용하였는지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법 제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. (2) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액[괄호 생략]과 그 부대비용

18. 제1호 내지 제17호 외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액 제106조【소득처분】① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

(3) 소득세법 제127조【원천징수의무】① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각호의 1의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다.

제135조【근로소득지급시기의 의제】④ 법인세법에 의하여 처분되는 상여는 대통령령이 정하는 날에 지급하는 것으로 본다. (4) 소득세법 시행령 제192조【소득처분에 의한 배당ㆍ상여 및 기타소득의 지급시기 의제】① 법인세법에 의하여 세무서장 또는 지방국세청장이 법인소득금액을 결정 또는 경정함에 있어서 처분되는 배당ㆍ상여 및 기타소득은 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장 또는 지방국세청장이 그 결정일 또는 경정일부터 15일내에 재정경제부령이 정하는 소득금액변동통지서에 의하여 당해 법인에게 통지하여야 한다. (단서 생략)

② 제1항의 경우에 당해 배당ㆍ상여 및 기타소득은 그 통지서를 받은 날에 지급하거나 회수한 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 피합병법인은 2002.3.5. 개업하여 의약품 도매업을 영위하다가 2006.9.27. 청구법인에 합병되었으며 대표자는 청구법인과 동일한 ○○○이고, 청구법인은 2005.10.7. 개업하여 의약품 도매업을 영위해 온 계속사업자이며, 주식회사 ○○○는 1999.10.29. 개업하여 의약품 도매업을 영위한 계속사업자로서 대표자는 ○○○인 사실이 심리자료에 나타난다.

(2) 청구법인에 대한 처분청의 과세전적부심사결정서(2009.7.2., 불채택 결정)에 의하면, 청구법인은 경기도 ○○○의 토목공사와 관련하여 공사업체에게 8억3천만원을 지급하였음에도 세금계산서를 3억3천만원만 발행하여 주기에 부득이 자료상인 주식회사 ○○○로부터 가공세금계산서를 교부받았으므로 부가가치세 매입세액 불공제는 인정하나 법인세 손금 불산입은 부당하다는 취지로 주장하고, 이와 관련하여 ○○○건설과 피합병법인 간의 계약서(2006.2.16), 피합병법인의 공사대금 지급내역 등을 증빙으로 제시한 사실이 확인된다.

(3) 청구법인이 제출한 주요 증빙서류는 다음과 같다. (가) 매출할인이라고 제시한 548,923,232원과 관련하여 일자, 거래처(대부분 약국임), 사업자등록번호, 대표자 성명, 금액, 거래처 주소가 기재된 세부명세를 제출하였다. (나) 영업사원에게 지급한 수당이라고 주장하는 183,232,000원에 대하여는 사원 ○○○이 월별내역을 첨부하여 수령사실을 확인한다는 취지로 2010.4.7. 작성한 확인서를 제시하였다. (다) 국내 제약회사 매출액의 40%를 영업비용으로 사용한다는 2009.4.13. 기사를 포함한 다수의 언론기사 내용을 제출하였다. (라) 영업직원 판매수당 지급 내부규정, 거래처 매출대비 할인액 규정, 청구주장을 반영할 경우 수정된 2004~2006 사업연도 대차대조표를 제출하였다.

(4) 살피건대, 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 매출누락액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인측에서 입증하여야 할 것인바, 리베이트 수수 등 의약품 도소매업의 오랜 관행에 비추어 청구법인이 쟁점가공금액을 거래처 유지 및 관리에 사용하였을 가능성을 배제하기는 어려우나, 영업수당의 경우 영업사원을 통하여 거래처 유지관리를 위해 사용한 접대비, 경조사비 등의 구체적인 내역 및 실질 귀속자가 확인되지 아니하고, 매출할인도 그 실질 내용은 매출대금 중 일부를 다시 현금으로 지급(리베이트)한 것으로 보이며, 청구법인이 거래처 별로 상세한 내역을 제시하였으나 당해 거래처의 수령사실 인정여부가 불분명하고 지급사실을 인정하기에는 객관적인 증빙이 부족한 점, 청구법인이 과세전적부심사시 토목공사와 관련하여 가공세금계산서를 교부받았다고 주장한 사실이 있는 점 등에 비추어 볼 때 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.