수용되었다가 환매권을 행사하여 취득하고 재차 수용된 경우 토지의 취득시기

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1999.5.7. 취득한 ○○도 ○○시 ○○동 347-17 대지 138㎡ 중 43.75/700지분 및 같은 동 347-16 대지 667㎡ 중 124.625/1994 지분(이하 “쟁점 토지”라 한다)를 2003.3.24. ○○도 ○○시에 도로구역으로 수용(협의취득)에 의하여 양도하였다가, ○○시의 사업계획 변경으로 쟁점 토지가 도로확장공사에 미 편입되자 2007.6.29. 환매권을 행사하여 당초 수용가액인 48,770,090원에 재 취득하여 2007.7.5. 청구인의 명의로 소유권 이전등기를 접수하였으나, 이후 쟁점 토지 소재지가 ○○택지개발 예정 지구에 편입되면서 쟁점 토지는 2008.4.8. 사업시행자인 한국토지공사에게 98,801,770원에 다시 수용(협의취득) 되었고, 2008.9.4. 한국토지공사의 명의로 소유권 이전등기가 되었다.
• 나. 청구인은 쟁점 토지 양도에 대하여 2008.9.24. 2008년 귀속 양도소득세과세표준 예정신고(양도시기 2008.9.4., 취득시기 2007.7.5., 양도가액 98,801,770원, 취득가액 48,926,290원)를 하고 양도소득세 17,055,170원을 납부하였다.
• 다. 이후, 청구인은 쟁점토지의 취득시기를 당초 취득일인 1999.5.7.로 보아야 하므로 쟁점토지의 양도가 구 조세특례제한법제77조 제1항의 적용대상이 되어 양도소득세 10%를 감면대상에 해당됨을 이유로 2010.5.10. 처분청에서 ‘청구인이 납부한 양도소득세 중 1,705,510원을 환급하여야 한다.’는 취지의 경정청구를 하였다.
• 라. 처분청은 위 경정청구에 대하여 쟁점토지의 취득 시기는 환매권 행사일인 2007.7.5. 로 보아야 하므로 청구인이 2008년에 양도한 쟁점토지에 대하여는 조세특례제한법제77조 제1항을 적용할 수 없다는 이유로 2010.8.5. 청구인에게 ‘경정할 이유가 없다’는 뜻을 통지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2010.8.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점 토지는 당초 ○○도 ○○시에 수용되었으나, 사업계획변경에 의하여 쟁점 토지가 불필요하게 되자 김포시는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제91조 에 따라 청구인에게 쟁점 토지를 다시 환매하도록 하였고, 청구인은 이를 환매하였으나 다시 공공기관의 필요에 의하여 수용하였는바, 청구인의 의사에 기하지 않는 ○○시의 행정편의적인 1차수용, 한국토지공사의 2차수용으로 인하여, 청구인이 수용을 당하지 아니하였을 때와 비교하게 부당하게 차별을 받는 것은 조세평등의 원칙에 위배되므로 쟁점토지의 취득 시기는 청구인의 당초 취득일인 1999.5.7.로 보아 조세특례제한법제77조를 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 환매권의 행사로 인한 토지의 취득 시기는 환매권의 행사시로 보아야 한다는 것이 다수의 해석사례(재산세과-1590,2009.7.31. 및 인터넷 서면방문상담4팀 -3711, 2006.11.9. 등)의 입장이므로 쟁점토지의 취득 시기는 청구인이 환매권을 행사하여 소유권 이전등기를 접수한 날인 2007.7.5.로 보아야 하고, 이 경우 쟁점 토지는 조세특례제한법제77조의 적용대상이 아니므로 청구인의 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 공공기관의 수용에 의하여 양도하였다가 공공기관의 사업계획 변경으로 환매한 토지가 다른 공공기관에 재차 수용된 경우, 그 토지의 취득시기를 환매당시로 볼 것인지, 아니면 당초 취득당시로 볼 것인지 여부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다. (2) 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일 (3) 조세특례제한법 제77조 【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[토지 등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 25로 하되, 보금자리주택 건설 등에 관한 특별법 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 40(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 50)]에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 도시 및 주거환경정비법에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

3. 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 토지의 등기부등본에 의하면, 쟁점 토지는 청구인이 매매에 의하여 취득하여 1999.5.7. 청구인의 명의로 소유권이전등기를 하였다가,

○○시의 수용에 의하여 2003.2.24. ○○시의 명의로 소유권이전등기가 되었으며, 청구인의 환매권 행사에 의하여 2007.7.5. 다시 청구인의 명으로 소유권 이전등기가 되었다가, 한국토지공사의 수용에 의하여 2008.9.4. 한국토지공사의 명의로 소유권 이전등기가 된 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실에 기초하여 청구인은 2008.9.4. 양도한 쟁점토지의 취득시기를 1999.7.5.로 보아야 한다고 주장하고, 처분청은 그 취득시기를 2007.7.5.로 보아야 한다는 의견이다.

(3) 살피건대, 소득세법제88조 제1항에서 ‘양도’를 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 규정하였고, 양도에는 그 소유자가 자유로운 의사에 의하여 양도하는 경우뿐 아니라, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 수용 등 소유자의 의사에 기하지 아니한 경우도 포함되며, 환매는 종전권자와 사업시행자 사이의 새로운 매매계약이라고 할 것이고, 환매권은 본래의 계약과는 별개의 권리라 할 것이다(조심2010중852,2010.10.29. 참조) 따라서 공익사업에서 협의매수 또는 수용된 토지를 당해 사업의 변경 등으로 원 소유자가 환매권을 행사하여 취득한 경우, 그 토지의 취득 시기는 환매대금 청산일로 하고, 대금을 청산한 날이 분명하지 아니하거나 대금을 청산하기 전에 소유권 이전등기를 한 경우에는 등기접수일을 취득시기로 하는 것인 바, 쟁점토지의 취득시기를 이 건 1차수용으로 인하여 ○○시에 수용되기 전의 당초 취득당시로 소급하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.