세금계산서를 공급시기가 속한 과세기간 이후에 소급하여 교부받았는지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1994.2.1. 개업한 이래 ○○○을 본점 소재지로 하고, “○○○”라는 상호로 내륙수상여객운송업을 영위하는 법인으로, 2009.11.13. ○○○로부터 매립공사 중(공정률 46.83%)인 ○○○ 공유수면 매립지 96,308㎡(이하 “쟁점매립지”라 한다)를 9,440,475,000(공급가액)원에 현물출자 받았으나, 2009년 제2기 부가가치세 신고시 쟁점매립지를 매입분으로 신고하지 아니하였다가 2010.3.26. 처분청에 쟁점매립지관련 부가가치세 매입세액 944,047,500원을 공제하여 줄 것을 경정청구하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 쟁점매립지의 현물출자와 관련하여 교부받은 매입분 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 공급시기가 속하는 2009년 제2기 부가가치세 과세기간(2009.7.1.~2009.12.31.) 이후에 소급하여 교부받은 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 2010.5.18. 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.7.27. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점세금계산서를 현물출자일(2009.11.13.)이 속하는 과세기간 중에 적법하게 수취하였으나, 2009년 제2기 부가가치세 신고시 담당자의 착오로 누락하여 경정청구 기간내인 2010.3.26. 적법하게 경정청구를 하였고, 공급자인 ○○○에서도 세금계산서 미교부가산세가 아닌 세금계산서합계표 미제출가산세를 적용하여 수정신고를 하였는데 ○○○세무서장이 이를 인정하여 그대로 경정·고지하였으므로 쟁점세금계산서는 현물출자일이 속하는 과세기간 중에 교부받은 것으로 보아야 하며, 부가가치세법에서 사실과 다른 세금계산서를 엄격하게 규정하고 있는 취지는 실물거래 없이 거래금액을 부풀리거나, 실물거래 없는 자로부터 세금계산서를 수수하는 등의 방법으로 조세를 탈루하는 것을 방지하기 위한 것인바, 쟁점세금계산서는 실제 거래를 수반하여 적법하게 수수되었음에도 처분청이 쟁점세금계산서를 공급시기가 속하는 과세기간 이후에 교부받은 것으로 보아 경정청구를 거부함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 경정청구시 청구법인의 대표자와 실무담당 직원은 쟁점매립지의 계약시(2009.11.13.)에는 공유수면매립지를 토지관련 매입세액으로 보아 면세대상으로 판단하였으나, 2010년 3월 법인세 신고시에 세무대리인으로부터 부가가치세 과세대상임을 알게 되어 2010년 3월경 쟁점세금계산서를 교부받았다고 진술(확인서는 날인거부)하였는바, 쟁점세금계산서는 공급시기가 속하는 과세기간 이후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 청구법인이 쟁점세금계산서를 공급시기가 속한 과세기간 이후에 소급하여 교부받았는지 여부
• 나. 관련법령 부가가치세법 제16조【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제60조【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 제7조 제1항의 규정에 의하여 사업자등록을 신청한 사업자가 제7조 제3항의 규정에 의한 사업자등록증교부일까지의 거래에 대하여 당해 사업자 또는 대표자의 주민등록번호를 기재하여 교부받은 경우

2. 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우 (3) 국세기본법 제45조의 2 【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한경과 후 2년이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 ○○○으로부터 쟁점매립지를 출자받으면서 2009.10.20. 작성한 현물출자계약서〔“갑”은 ○○○이고, “을”이 청구법인임〕에는 “갑”이 소유한 재산인 쟁점매립지를 “을”에게 현물출자 하기로 하고, “을”은 갑에게 현물출자의 대가로 “을” 회사의 주식을 유가증권발행 및 공시에 관한 규정에 의한 발행가로 발행하며, 출자금액은 9,440,476,000원으로 하고, “을”은 출자금액에 해당하는 액면가 5,000원의 보통주식을 1주당 발행가액 5,000원에 “갑”에게 배정하는 것으로 되어 있으며, 쟁점매립지의 현물출자에 따른 부가가치세에 대한 내용은 나타나지 아니한다.

(2) 또한, 쟁점매립지는 가격시점을 2009.10.20.로 하여 ○○○이 건설중인 자산(공정율 46.83%, 2009.5.31. 감리보고서 기준)으로 하여 감정가액 9,440,476,000원으로 평가하였음이 나타난다.

(3) ○○○는 2009.11.13. ○○○지방법원 인가를 받아 쟁점매립지를 청구법인에 현물출자하고, 2009.11.18. 청구법인으로부터 보통주 1,888,095주를 교부받았음이 신주발행 조사신청서 등에 나타난다.

(4) 한편, 청구법인이 처분청에 경정청구를 한 2010.3.26.에 ○○○은 ○○○세무서장에게 쟁점세금계산서관련 매출세액 944,047,500원, 세금계산서합계표 제출불성실가산세 4,720,238원, 신고불성실가산세 47,202,375원, 납부불성실가산세 16,709,640원, 합계 1,012,679,753원을 수정신고하였으나, 세액을 납부하지 아니하자 2010년 4월 무납부 경정·고지하였고, 동 세액이 체납되자 2010.5.14. 청구법인이 공급자인 ○○○에게 지급할 부가가치세에 대하여 채권압류통지를 하였다.

(5) 청구법인은 2009.1.1.~2009.12.31. 계정원장을 제시하며, 쟁점매립지의 현물출자관련 회계처리를 함에 있어 쟁점매립지의 현물출자가액 9,440,475,000원은 (차변)건설가계정과 (대변)자본금으로 계상하였고, 부가가치세 944,047,500원은 (차변)부가가치세 대급금과 (대변)미지급금으로 계상하였으며, ○○○ 대표자 이○○○ 관리팀장 김○○○은 확인서를 통하여 2009.11.13. 현물출자관련 쟁점세금계산서를 발행하여 2009.11.16. 일반우편으로 청구법인에게 발송하였다고 진술하고 있다.

(6) 위의 사실관계 및 법령 등을 종합하여 보면 부가가치세법제17조 제2항 제1호의2 본문의 해석상 매입세액의 공제가 부인되는 세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 작성연월일이 사실과 다르게 기재된 경우라 함은 세금계산서의 실제작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 같은 법시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만, 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 보아야 할 것인바, 그 이유는, 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행·교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이라 할 것이므로, 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 부가가치세법 제17조 제2항 제1호 의2 본문 소정의 필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니된다 할 것(○○○ 2004.11.18. 참조)이다.

(7) 살피건대, 처분청의 경정청구에 대한 확인과정에서 청구법인의 대표자 등은 쟁점매립지를 출자받을 당시 부가가치세 면세대상으로 판단하여 세금계산서를 수취하지 아니하였다가 2010년 3월 법인세 신고를 하면서 부가가치세 과세대상임을 인지하고 쟁점세금계산서를 교부받았다고 진술(확인서 날인거부)하였고, 쟁점매립지의 현물출자계약서에도 부가가치세에 대한 내용은 나타나지 아니하며, 쟁점세금계산서의 부가가치세도 2009.12.31. 현재 공급자인 ○○○에게 지급하지 아니하였으므로, 현물출자일(2009.11.13.)이 속하는 과세기간에는 면세대상으로 보아 쟁점세금계산서를 교부받지 아니하였다가 당해 과세기간 경과 후에 소급하여 교부받은 것으로 봄이 상당하다 할 것이다.

(8) 또한, ○○○의 수정신고에 대하여 ○○○세무서장은 단순히 무납부한 세액을 경정·고지한 것으로 청구법인의 주장과 같이 쟁점세금계산서가 공급시기가 속한 과세기간에 교부된 것으로 판단하여 세금계산서미교부가산세가 아닌 세금계산서합계표 불성실가산세를 부과하였다고 보기는 어려우며, 청구인이 제시한 계정원장은 사후작성이 가능하고, 이○○○, 김○○○ 등의 확인서 등은 사인이 작성한 것으로 쟁점세금계산서를 공급시기가 속한 과세기간에 교부받았음을 입증하는 객관적인 증빙으로 보기는 어려우므로, 처분청이 쟁점매입세금계산서를 현물출자일이 속하는 과세기간 중에 교부받지 아니하고, 당해 과세기간 경과 후에 소급하여 교부받은 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.