신축주택 양도관련 양도소득세 감면세액에 대하여 농어촌특별세를 부과하는 것임.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2005.4.29. ○○○(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였다가 2006.12.20. 양도한 후 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 쟁점주택 양도가 조세특례제한법제99조의3 규정에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 대상이라 하여 쟁점주택 양도차익에 대한 산출세액 131,716,658원 전부를 감면대상으로 결정하고, 2010.1.12. 청구인에게 당해 감면세액에 대한 농어촌특별세 33,827,470원을 결정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.4.6. 이의신청을 거쳐 2010.7.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 주택을 30년 보유하다가 재개발로 인하여 취득한 쟁점주택을 양도한 것으로 2년 이상 소유하고 양도하면 세금이 부과되지 아니하는 것으로 알고 있기에 양도소득세를 신고하지 아니하였으며, 쟁점주택은 신축주택 감면요건에 해당되므로 양도소득세 뿐만 아니라 농어촌특별세도 감면하는 것이 타당하므로 과세처분을 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 1989.1.9. 부터 ○○○ 단독주택을 소유하고 있어 쟁점주택은 소득세법제89조 소정의 1세대 1주택 비과세요건에 해당하지 아니하고, 쟁점주택 관련 양도소득세 감면세액은 농어촌특별세법제4조 규정의 비과세요건에 해당하지 아니하여 같은 법 제5조 제1항에 따라 과세한 것이므로 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁점 신축주택 양도관련 양도소득세 감면세액에 대하여 농어촌특별세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제89조 【비과세양도소득】① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(괄호 생략)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(괄호 생략)의 양도로 인하여 발생하는 소득

(2) 조세특례제한법(2006.12.30 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제99조의3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택은 이를 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다.

(3) 농어촌특별세법(2007.12.31. 법률 제8829호로 개정되기 전의 것) 제2조【정 의】① 이 법에서 “감면”이라 함은 조세특례제한법ㆍ 관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 비과세ㆍ세액면제ㆍ세액감면ㆍ세액공제 또는 소득공제

2. 조세특례제한법 제72조 제1항 의 규정에 의한 조합법인 등에 대한 법인세 특례세율의 적용 또는 동법 제89조 제1항, 제89조의2, 제89조의3 및 제91조의 규정에 의한 이자ㆍ배당소득에 대한 소득세 특례세율의 적용 제3조【납세의무자】다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법의 규정에 의하여 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다.

1. 제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면을 받는 자

2. 법인세법 제55조 제1항 또는 제95조의 규정에 의한 세율을 적용받는 법인세의 납세의무자 중 과세표준금액이 5억원을 초과하는 법인

3. 특별소비세법 제1조 제2항의 물품 중 제1호 가목 (1)ㆍ(2), 제1호 다목 (2), 제2호 나목 (3) 및 (5)의 물품 또는 동조 제3항 제4호의 입장행위에 대한 특별소비세납세의무자

4. 증권거래세법 제3조 제1호 에 규정된 증권거래세납세의무자

5. 지방세법에 의한 취득세 또는 레저세의 납세의무자

6. 종합부동산세법에 의한 종합부동산세의 납세의무자 제5조【과세표준과 세율】① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 호 별 과 세 표 준 세 율

1. 조세특례제한법ㆍ 관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세의 감면세액(제2호의 경우를 제외한다) 100분의 20 (4) 조세특례제한법 시행령(2008.2.29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제4조【비과세】① 법 제4조 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.

1. 조세특례제한법 제66조 내지 제70조ㆍ제72조 제1항(제1호 및 제5호의 법인을 제외한다)ㆍ제77조[ 조세특례제한법 제69조 제1항 본문의 규정에 의하여 대통령령으로 정하는 거주자가 직접 경작한 토지(8년 이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농업소득세 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 한한다] 및 제102조, 제104조의 2, 제119조 제1항 제24호(농업협동조합법에 의한 조합이 양수한 재산에 관한 등기에 한한다)ㆍ제26호(수산업협동조합법에 의한 조합이 양수한 재산에 관한 등기에 한한다), 제120조 제1항 제20호(농업협동조합법에 의한 조합이 양수한 재산에 한한다)ㆍ제22호(수산업협동조합법에 의한 조합이 양수한 재산에 한한다)의 규정에 의한 감면

⑥ 법 제4조 제12호에서 “대통령령이 정하는 것" 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다.

1. 조세특례제한법 제10조 내지 제14조, 제18조, 제18조의2, 제33조, 제34조，제41조, 제63조, 제63조의2, 제64조, 제76조 제1항，제104조의5, 제104조의8 제1항ㆍ제3항, 제118조 제1항 제1호, 제119조 제1항 제2호(법인세법 제44조 제1항 각호의 요건을 충족한 합병의 경우에 한한다)ㆍ제10호ㆍ제19호ㆍ제20호 및 제6항, 제120조 제1항 제9호 및 제4항，제121조의2 내지 제121조의4, 제121조의6, 제121조의13, 제121조의15 및 제126조의2의 규정에 의한 감면

3. 조세특례제한법 제89조의3 의 규정에 의한 조합 등 예탁금의 이자소득에 대한 감면 중 농어가 목돈마련저축에 관한 법률 시행령 제2조 제1항 의 규정에 의한 농어민 또는 한국주택금융공사법 시행령 제2조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 근로자가 지급받는 예탁금의 이자소득에 대한 감면

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 현 주소지인 ○○○ 단층주택을 1989.1.9 소유권 보존등기하여 쟁점주택 양도일까지 보유하고 있는 사실이 부동산 등기부등본에 의하여 확인되고, 이에 따라 처분청은 쟁점주택 양도에 대해 1세대 1주택 비과세특례를 적용하지 아니하였다.

(2) 쟁점주택 등기부등본에 의하면, 청구인이 2005.4.29. 소유권 보존등기를 하였다가 2006.12.20. ○○○에게 7억2천만원에 양도한 내용이 확인된다.

(3) 처분청의 비과세·감면 검토조서, 결정결의서 등을 보면 청구인의 쟁점주택 양도가 신축주택의 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용대상[주택조합 등으로부터 취득하는 주택으로서 신축주택 취득기간 내에 분양계약을 체결(2001.12.26.)하고 계약금을 납부]이어서 양도소득세 감면율을 100%로 하여 세액 131,716,658원을 전액 감면하고, 당해 감면세액의 20%에 상당하는 본세 및 가산세를 가산하여 청구인에게 농어촌특별세 33,827,471원을 결정·고지한 사실이 확인된다.

(4) 살피건대, 농어촌특별세법제3조 제1호에 “제2조 제1항 본문에 규정된 법률에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세의 감면을 받은 자”를 농어촌특별세 납세의무자로 규정하고 있고, 같은 법 제2조 제1항은 『“감면”이라 함은 조세특례제한법·관세법 또는 지방세법에 의하여 소득세·법인세·관세·취득세 또는 등록세가 부과되지 아니하거나 경감되는 경우로서 다음 각 호의 1에 해당하는 것을 말한다』라고 규정한데 이어 그 제1호에서는 “비과세·세액면제·세액감면·세액공제 또는 소득공제”를 감면의 하나로 규정하고 있는 바, 청구인이 쟁점주택을 양도하여 조세특례제한법제99조의3에 따라 신축주택에 양도에 대한 세액감면을 받은 사실이 있고 당해 감면에 대하여 농어촌특별세를 부과하지 아니한다는 예외조항이 없음이 확인되므로 처분청이 청구인에게 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.