부동산임대에 있어 부당하게 낮은 대가를 받은 것으로 보아 과세한 처분의 당부

○○○세무서장이 2010.2.8. 청구인을 포함한 공동사업자 11인에게 한 부가가치세 2007년 제1기분 7,610,810원, 2007년 제2기분 5,659,780원, 2008년 제1기분 5,251,650원 및 2008년 제2기분 5,193,970원의 부과처분은 이를 각 취소한다.

• 가. 청구인과 그 가족 등으로 구성된 공동사업자 11인(대표자는 ○○○이고 이하 “공동사업자들”라 한다)은 공동으로 부동산임대업을 영위(청구인 지분 24.67%)하면서 ○○○ 대지 903.1㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 특수관계에 있는 주식회사 ○○○에게 건물신축을 목적으로 임대하고 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 서울지방국세청장은 조사를 거쳐 공동사업자들이 쟁점토지를 ○○○에게 저가 임대한 것으로 보아 부당행위계산부인 규정을 적용하여 산정한 시가와 신고한 가액과의 차액을 과세자료로 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2010.2.8. 공동사업자들에게 부가가치세 합계 23,716,210원(2007년 제1기분 7,610,810원, 2007년 제2기분 5,659,780원, 2008년 제1기분 5,251,650원, 2008년 제2기분 5,193,970원)을 경정·고지하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.5. 이의신청을 거쳐 2010.7.12. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 건물신축을 위한 공사기간 중에는 쟁점토지 임대료를 연간 2억원, 건물완공 후에는 연간 3억원을 받기로 하였는 바, 이는 ○○○에 임대하기 전에 제3자에게 받았던 연간 약 1억5천만원 보다 더 많은 임대료를 받는 조건이고, 이는 건물 신축기간에는 수익이 발생하지 아니하는 특성을 반영하여 임대료를 낮게 책정하는 사회통념에 부합함에도, 처분청은 단지 법령에 의하여 계산한 시가가 높다는 이유만으로 쟁점토지를 ○○○에 저가임대한 것으로 보아 과세함은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 공동사업자들이 특수관계에 있는 ○○○와 임의대로 부동산임대차계약을 체결한 것으로 볼 수 있고, 이에 의한 임대료가 시가에 해당한다는 근거를 제시하지 못하고 있으므로, 부당행위계산부인규정에 따라 시가를 산정하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 특수관계자에게 쟁점토지를 임대하면서 부당하게 낮은 대가를 받은 것으로 보아 시가와의 차액에 대하여 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 부가가치세법 제13조【과세표준】①재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 “공급가액”이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다. 3의2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가

⑤ 제1항 내지 제4항 이외에 과세표준의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제50조【시가의 기준】①법 제13조제1항 각호에 규정하는 시가는 다음 각호에 정하는 가격으로 한다.

1. 사업자가 특수관계에 있는 자(괄호 생략)외의 자와 당해 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자간에 일반적으로 거래된 가격

2. 제1호의 규정에 의한 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 소득세법 시행령 제98조제3항 및 제4항 또는 법인세법 시행령 제89조제2항 및 제4항의 규정에 의한 가격 제52조【부당대가 및 에누리등의 범위】①법 제13조제1항제3호 및 제3호의2에 규정하는 부당하게 낮은 대가는 사업자가 그와 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어서 재화와 용역의 공급가액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킬 것으로 인정되는 시가보다 낮은 대가로 한다. (3) 소득세법 시행령 제98조【부당행위계산의 부인】②법 제41조에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 제1호 내지 제3호 및 제5호(제1호 내지 제3호에 준하는 행위에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한한다.

2. 특수관계 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율등으로 대부하거나 제공한 때. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 당해 주택에 실제 거주하는 경우를 제외한다.

④ 제2항제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 법인세법 시행령 제89조제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다. (4) 법인세법 시행령 제88조【부당행위계산의 유형 등】①법 제52조제1항에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. (단서 생략)

7. 금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 제89조【시가의 범위 등】③제88조제1항제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에 불구하고 재정경제부령으로 정하는 바에 따라 계산한 가중평균차입이자율(괄호 생략)을 시가로 한다. (단서 생략)

④ 제88조제1항제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 공동사업자들과 ○○○간에 2007.1.17. 체결된 쟁점토지 임대차계약서의 주요내용은 다음과 같다. (가) 임차보증금의 경우 2007년도에는 10억원을 지급하며 ○○○에 따라 2008년도에 10억원을 증액하고, 월임차료는 2007년 4월부터 추가 보증금 납입이 완료되어지는 기간까지 매월 1천5백만원을 지급키로 한다. (나) 임차보증금 및 임차료는 임대차기간중(건축공사시) 어떠한 사유로도 인상하지 아니하되, 추후 건물 완공후 합의하여 물가상승률에 준하여 임차보증금을 변경할 수 있으며, 임대차 계약기간은 계약일로부터 10년(단 공사기간 3년은 예외)으로 한다.

(2) 처분청이 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호 에 따라 산정한 쟁점토지 임대료의 시가는 연간 약 3억원 정도로 공동사업자들이 신고한 연간 약 2억2천만원 보다 높으며, 임대료 산정시 감정평가사 ○○○ 외 1인이 시가참고용으로 가격시점을 2006.12.5.로 하여 2006.12.19. 작성한 2개의 감정평가액의 평균액을 적용하였음이 심리자료에 의해 확인된다.

(3) 공동사업자들이 쟁점토지 지상의 철거전 건물(명칭은 ○○○임)을 특수관계가 없는 자들에게 임대하고 수령한 월임대료의 내역은 제출된 임대차계약서에 의하여 다음 <표1>과 같이 확인된다.

(4) 쟁점토지 지상건물 건축물 대장에 의해, 신축건물의 명칭은 ○○○이고 지하 6층 및 지상 6층의 근린생활시설, 업무시설 등으로 구성되며, 2006.12.1. 착공하여 2009.2.27. 사용승인을 받았음이 확인된다.

(5) 공동사업들의 부가가치세 신고내역 등 심리자료에 의하여 확인되는 건물 신축 전후의 임대보증금 및 임대료(간주 임대료 포함) 현황은 다음 <표2>와 같다.

(6) 살피건대, 특수관계에 있는 경우에도 토지를 임대하면서 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격, 인근 유사토지의 정상적인 거래에서 형성되는 임대료, 건물을 신축하기 위하여 토지만 임대시의 일반적인 상관행 등에 따라 적정하게 산정한 임대료를 지급받는 경우에는 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다 할 것인바, 공동사업자들이 철거 전에 특수관계가 없던 세입자들로부터 받았던 임대보증금 및 임대료보다 더 많은 금액을 ○○○로부터 받은 점, 처분청이 과세한 기간은 건물 신축공사가 진행 중이었던 기간이어서 임차인인 ○○○가 수익을 창출할 수 없었음에도 상당한 정도의 임대보증금과 임차료를 지급한 점, 처분청은 인근 유사토지의 임대현황 등에 의하여 공동사업자들이 신고한 임대료가 부당행위계산부인 대상이 될 정도로 부당하다는 근거를 제시하지 아니한 채, 단순히 관련법령에 의하여 산정한 임대료가 신고한 임대료에 비해 높다는 사유로 과세한 점 등을 종합하여 보면, 청구인을 포함한 공동사업자들이 쟁점토지를 임대하면서 부당하게 낮은 대가를 받은 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.