처분청이 감액 경정하였으므로 불복대상이 존재하지 않음

1. OO세무서장이 2010.1.6. 청구법인에게 한 2006년 귀속 법인(원천)세 OOO에 대한 청구부분은 이를 각하한다.

2. OOO세무서장이 2010.1.6. 청구법인에게 한 2008년 귀속 법인(원천)세OOO원을 감액하여 그 세액을 경정한다.

3. 나머지 심판청구는 기각한다.

• 가. 청구법인은 1991.12.18. 설립되어 도시개발 및 주택사업 등의 부동산 개발업을 영위하는 법인으로서 (1) 2002년경부터OOO(이하 “OOO”이라 한다)이 추진하던 OOO소재의 OOO 소유 및 점유 토지 약 413,223㎡에 대한 공동주택(아파트) 건립 및 관광지 개발사업(이하 “OOO 개발사업”이라 한다) 참여를 추진하여 2003.6.30. 사업시행자로 선정되었고, OOO) 개발사업(이하 “쟁점사업”이라 한다)의 시공권과 관련하여 2004.11.19. OOO 주식회사(이하OOO이라 한다) 및 OO OO 주식회사(이하 “OOO”이라 한다)와 ‘시공권 양수도 가약정서’ 를 작성하였으며, 이 약정에 따라 OOO 주식회사(2006.5.8. 상호를 OOO 주식회사로 변경하였고, 이하 “OOO이라 한다)에게 OOO에게 쟁점사업의 시공권 중OOO의 지분을 양도하는 대가로OOO이 수령한 데 대해 청구법인은 OOO 간의 채권양수도 등에 따른 것이라고 주장하고 있으며, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지급하였고, 쟁점금액을 수령한OOO은 2006.2.13. 공급가액이OOO원인 세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 및 발행금액이OOO원인 계산서 1매(이하 “쟁점계산서”라 한다)를 청구법인에게 발급하였으며, 청구법인은 2006년 제1기 부가가치세 과세기간에 쟁점세금계산서 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였고, 2006사업연도 법인세 신고시 쟁점금액 중 부가가치세 상당액을 제외한 OOO을 토목공사비로 하여 손금에 산입하였다. (2) OOO 개발사업의 초기 사업자금 일부를 OOO라 한다)로부터 조달하기 위해 2003.6.30. 및 2003.7.3. OOO과 약정을 체결하여 OOO억원을 투자받는 조건으로 투자원금OOO에게 지급(투자원금은 투자일부터 6개월 이내, 투자이익금 중 1차분OOO억원은 12개월 이내, 2차분 투자이익금 OOO은 아파트 분양 후 2차 중도금이 입금되는 시점에 지급하기로 함)하기로 하였고, 이에 따라 OOO에게 투자원금 및 투자이익금을 지급하지 못하다가, 투자원금 OOO은 2005년과 2006년에 분할상환하였고, 투자이익금 중 일부인OOO억원(이하 “쟁점이익금 지급액”이라 한다)을 2006.6.28. 지급하였으며, 나머지OOO원(이하 “쟁점이익금 미지급액”이라 한다)은 장기 미지급상태로 있다가, 2008.8.11. OOO과 ‘투자 및 이익금 정산합의서’를 작성하고, 2008.12.15.까지 지급하기로 하였으며(이 건 심판청구일까지 미지급함), 쟁점이익금 지급액 및 쟁점이익금 미지급액에 대하여는 원천징수를 하지 아니하였다.
• 나. OOO지방국세청장은 청구법인에 대한 범칙조사를 실시하여 처분청에 다음과 같은 과세자료를 통보하였다. (1) 청구법인이 OOO로부터 교부받은 쟁점세금계산서와 쟁점계산서는 실물거래 없이 받은 것이고, 쟁점금액 중 토목공사비로 계상한 금액은 업무와 무관한 것으로 손금에 해당하지 아니하므로, 쟁점세금계산서 관련 매입세액 OOO을 불공제하며, 매입처별 세금계산서합계표불성실 가산세․과소신고 가산세 각OOO원 및 납부불성실 가산세를 가산하여 2006년 제1기 부가가치세를 경정하여야 하고, 쟁점금액OOO원을 손금부인하여 기타사외유출로 소득처분하는 한편, 이 중 부가가치세 상당액 OOO원을 손금산입하여 기타로 소득처분하여야 하며, 매출․매입처별계산서합계표 불성실가산세 OOO원 및 납부불성실 가산세를 가산하여 2006사업연도 법인세를 경정하여야 한다. (2) 쟁점이익금 지급액 OOO억원에 대하여 원천징수시기를 실제지급일(2006.6.28.)이 속하는 2006년 귀속으로 하여 법인(원천)세 OOO백만원 포함) 및 지급명세서 미제출가산세(2006사업연도 법인세)OOO백만원을 결정하여야 하고, 쟁점이익금 미지급액 OOO억원은 지급약정일인 2008.12.15.을 원천징수시기로 하여 법인(원천)세 OOO백만원 포함)과 지급명세서 미제출가산세 OOO백만원(2008사업연도 법인세)을 결정하여야 한다.
• 다. 처분청은 위 과세자료에 따라 2010.1.6. 청구법인에게 (1) 2006년 제1기 부가가치세OOO을 경정․고지하였고, (2) 2006년 귀속 법인(원천)세 OOO원(처분청은 이후 유니스건설이 쟁점이익금 지급액OOO을 익금산입하여 법인세를 납부한 것으로 확인하여 2011.1.24. 본세 OOO원을 취소하였고, 이에 따라 본세 0원, 가산세 OOO으로 감액됨) 및 2008년 귀속 법인(원천)세OOO)을 부과하는 한편, 지급명세서 미제출가산세 2006사업연도 OOO을 법인세로 부과처분하였다[2006사업연도의 경우 위 (1)의 고지세액에 포함됨].
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.3.8. 심판청구를 제기하였다..

• 가. 청구인 주장 (1) 쟁점사업과 관련된 사실관계는 아래와 같다. (가) 청구법인은 2002년경부터 OOO 주식회사(이하 “풍림산업”이라 한다)를 시공사로 하여 OOO 개발사업 참여를 추진하였으나, 당시 OOO은OOO을 시공사로 참여시킨 주식회사 OOO한다)를 사업시행자로 선정하여 토지매매계약을 체결하였고, 이후 새로 구성된 OOO 집행부는 절차상 하자 및 계약상 의무위반 등의 이유로OOO와의 토지매매계약을 무효로 하였으며, 청구법인을 새로운 사업시행자로 선정하여 2003.6.30. 다음 <표1>과 같은 조건으로 토지매매계약을 체결하였고, OOOOOOOOOO OOOO OOO O OOOOO(OOOOOOOOOO) OOOO 위 계약과정에서 토지매매대금OOO에 대하여 대주건설로부터 연대지급보증을 받고자 다음 <표2>와 같이 약정을 체결하여 OOO로부터 연대지급보증과 일정 금액의 사업자금(동 사업약정서에서 OOO이 알선한 금융기관을 통해 청구법인에게 OOO억원을 대여하기로 하였으나 해당 금융기관의 자금사정으로 OOO이 직접 청구법인에게OOO억원을 대여함)을 대여받는 조건으로 OOO에게 공동주택(쟁점사업) 시공권의 일정지분을 보장하는 한편, 2003.7.3. OOO과 OOO이 다음 <표3>과 같이 체결한 합의 약정서를 보증하면서 공동시공의 세부조건에 관하여는 공동시공에 참여하는 OOO 및OOO과 추후 합의하여 결정하기로 하였으며, OO, OOOO OOOOOOO(종전 사업시행자)와의 계속된 법적분쟁을 해소하고자 2003.12.26. OOO와 다음 <표4>와 같이 공동시행 합의약정을 체결하였고, 보다 원활한 사업추진을 위해 2004.3.11. OOO에 양수하였으며, 2004.3.22. 다음 <표5>와 같이 OOO을 공동시공사로 하는 공사도급약정을 체결하였고, OOOOOOOOOO OOOOOOOO OOOO OOOOO(OOOOOOOOOOO) OOOO 2004년 11월경 OOO아파트의 분양예정일을 앞두고 주택분양 보증 및 관할 지방자치단체장의 분양승인을 받기 위하여,OOO), OOO의 동의서를 받는 과정에서, 주된 시공사인OOO이 1개의 단지에서 여러 건설업체가 공동으로 시공하면 공사를 일관되게 진행하기 어렵고, 분양에도 악영향을 미치는 등의 여러 문제점을 지적하면서 OOO 및 OOO의 공동시공권을OOO에게 양도하도록 청구법인이 중재하여 줄 것을 동의조건으로 요구하였으며, 이에 시공권 단일화에 협조하는 대신 쟁점사업의 불확실성과 위험을 최소화하고자, 청구법인의 시행사로서의 실질적인 지위를 OOO에 양도하는 조건으로 2004.11.17. 다음 <표6>과 같이 합의하였고, OOOOOOOOOO OOO OO OOOOOO(OOOO) OOOOO(OOOOOOOOOOO) OOOO 아울러 아파트 개발사업의 시공지분을OOO에 대한 지급보증비율에 따라OOO로 확정하였으며, 이에 OOO은 시공이익을 보장받는 조건으로 OOO에게 시공권을 위임(대외적으로는 풍림산업이 시공회사의 지위를 유지하나, 실질적으로는 OOO이 공사를 전담하고, 공사실적을 풍림산업에게 배분하여 약정된 시공이익을 보장)하였으나, OOO은 시공권의 위임 또는 양도를 거부하다가 다음 <표7>과 같이OOO원과 별도로 청구법인이 OOO에게 확정된 시공지분(15%)과 최소 보장지분(20%)의 차이에 대한 보상금OOO억원에 대한 연대지급보증 등OOO 개발사업의 수주 위험부담과 시공권 양도협조에 대한 사례금 OOO에게 시공권을 양도하기로 하였으며, 쟁점금액은OOO이행합의서(2004.11.17.)에 따라 청구법인이OOO이 청구법인을 대위하여 지급하기로 약정하였다. OOOOOOOOOO OOO OOO OOOO(OOOOOOOOOOO) OOOO 또한, 청구법인은 2004.11.26. OOO이 대위하여 지급하기로 한 쟁점금액에 관하여 OOO 채권양수도계약을 체결하였고, 이에 OOO에 지급하였으며, 청구법인은 OOO로부터 쟁점세금계산서와 쟁점계산서를 교부받아 관련 부가가치세 매입세액을 공제받고, 토목공사비로 비용처리하였으며, 쟁점금액을 수령한 OOO은 이를 잡이익으로 회계처리하였고, OOO억원을 무단인출, 개인용도로 사용하여 횡령죄로 형사처벌을 받았다. (나) 따라서, 쟁점금액은 업무관련 경비임이 관련증빙에 의해 명확하게 입증되므로, 이를 가공경비로 손금불산입하여 법인세 OOO을 부과한 처분은 모두 취소되어야 한다. 1) 청구법인이 쟁점금액을 지급함에 따라OOO에게 각각 양도하였으므로, 쟁점금액은OOO과 관련된 직접적인 소요비용이다. 2) OOO아파트 개발사업(쟁점사업)의 주된 시공사인 OOO이 시공권 단일화를 요구한 이유는 하나의 아파트 단지에서 여러 건설회사가 지분별로 나누어 시공하는 경우 일관된 공사진행이 불가능하고, 도급순위가 낮은 건설회사(당시 OOO 사이였음)의 참여사실이 대외 이미지와 분양에도 악영향을 미치는 등 사업추진에 심각한 장애요소가 되어 이를 해소하기 위한 것이었고, 이에 시공권 양수대가로OOO에게 도급금액의 12%에 해당하는 시공이익(시공권 양도대가)을 보장하기로 한 것이다. 3) 청구법인이 시공권 단일화 중재요청에 대해 OOO 청구법인의 사업시행자 지위를 양수하도록 요구한 이유는, 무려 OOO에 달하는 OOO와의 법적분쟁 해소비용이 발생하였을 뿐만 아니라, 사업부지 매수대금에 대한 OOO이자가 예상보다 커져 사업전망이 밝지 아니하였고, 3,000여 세대에 달하는 대규모사업이라 분양미달 가능성과 경기불황시 분양계약의 해지위험, 공사하자 등의 개발사업의 위험과 불확실성을 최소화하기 위한 것으로, 사업시행권을 인수한OOO이 수분양자들의 대규모 집단소송 제기와 400여 세대의 잔금미납에 따른 분양계약 해지 및 재분양 등의 문제로 현재까지 어려움을 겪고 있다는 사실이 당시 청구법인의 사업시행권 양도가 최선이었음을 입증하고 있으며, 만일 청구법인이 시행사로서의 실질적인 지위를 유지하였더라면 경영수지 악화와 자금압박으로 사업이 중단되었을 것이다. 4) OOO에게 양도한 것에 대하여OOO이 시공이익(양도대가)을 보장한 것과는 별도로 청구법인이 OOO에 쟁점금액을 보상비로 지급하게 된 배경은, 대주건설이 사업부지 매입대금 OOO에 대해 연대지급보증을 서는 등 청구법인의OOO 개발사업의 사업권 확보에 결정적으로 기여하였고, 당시 OOO이 종전 사업시행사인 OOO와 토지매매계약을 체결한 상태에서 이를 일방적으로 무효화하면서 청구법인과 재계약하게 되어, 이중계약에 따른 법정분쟁의 위험이 높아 풍림산업을 비롯한 다른 건설사들이 모두 연대지급보증을 거부하였기 때문에 OOO과 OOO 사업약정을 체결하여 시공권의 일정지분(20∼30%)을 보장하되, 이를 위반하는 경우 도급예정금액의 10%를 손해배상금으로 지급하기로 한 사실이 있었기에 청구법인이 최소보장한 시공지분 20%와 최종 확정지분 15%의 차이에 대해 일정수익을 보상하여 준 것은 상거래 도의상 당연한 일이었으며, 대주건설에 시공권 양도를 요구하는 자체가 당초 사업약정을 위반하는 행위일 뿐만 아니라, 분양을 목전에 두고 있던 OOO이 시공참여 의사를 굽히지 아니하였고, OOO의 시공권 문제가 처리되지 않으면 분양동의를 할 수 없다고 맞서는 급박한 상황에서, 시공권 양도를 성사시키기 위해 연대지급보증과 시공권 양도협조에 대한 사례금으로 청구법인이OOO로부터 받게 되어 있던 쟁점사업의 사업시행권 양도대가 OOO억원의 약 30%에 상당하는OOO억원을 별도로 지급하기로 합의한 것이다(쟁점금액 지급으로 쟁점사업에서 얻는 이익이 줄어들어도 OOO으로부터 매입한 사업부지 중OOO의 사업시행권을 여전히 청구법인이 가지고 있어 이를 개발하면 추가로 이익을 창출할 수 있다고 판단하였음). 5) 이와 같이 쟁점금액이 시공권 양도승낙을 받기 위해 대주건설에게 지급한 보상 및 사례금의 성격이고, 청구법인의 사업시행권 양도대가OOO원을 보장받기 위해 직접 소요된 비용이라는 사실은, 청구법인이 OOO에 지급하여야 할 쟁점금액의 구체적 범위 및 OOO이 청구법인을 대위하여 지급한다는 뜻이 명시되어 있는 ‘시공권 양수도 가약정서’와OOO의 시공권 양도조건으로 청구법인의 사업시행권을 양수하기로 약정OOO 내용만 보더라도 명확하게 입증되며, OOO의 횡령죄를 수사한 OOO의 판결문에 의하여도 명백하게 입증되고 있다. 6) 쟁점금액을 OOO에 지급한 것은 채권양수도계약에 의한 것으로 상거래 관행상 발생하는 일이고, 채권자인 대주건설이 요구하는 경우 채무자인 청구법인으로서는 별다른 문제가 없는 한 이에 응하는 것이 당연하며, 대위지급자인OOO도 아무런 법적 하자가 없다고 판단하여 OOO에 지급한 것임에도, 처분청은 위와 같은 사실관계를 무시한 채 쟁점세금계산서 및 쟁점계산서를 OOO이 발급하였고, 단순히 쟁점금액의 일부가 OOO에게 흘러갔다는 사실에만 주목하여 쟁점금액을 업무무관경비로 단정하여 손금불산입한 처분은 근거가 없으므로 관련 처분은 모두 취소되어야 한다. (2) 쟁점금액은 보상금 및 사례금의 성격으로 세금계산서 및 계산서 교부대상 거래가 아니어서 세금계산서 또는 계산서를 교부받아 매입처별 세금계산서(계산서)합계표에 합산하여 제출하였다 하더라도법인세법및부가가치세법에 의한 불성실가산세를 적용할 수 없으므로, 부가가치세 및 법인세 부과처분 중 매입처별 세금계산서(계산서)합계표 불성실가산세는 취소되어야 한다. (가) 청구법인은 쟁점금액(OOO원)를 교부받아 이를 부가가치세 및 법인세 신고시 매입처별 세금계산서(계산서)합계표 등에 합산하여 제출하였으나, 쟁점금액은OOO로부터 재화나 용역을 공급받고 지급한 대가가 아니고, 앞에서 제시한 바와 같이 OOO개발사업의 수주 위험부담 및 시공권 양도협조에 따른 보상 및 사례금으로 지급한 것이므로 근원적으로 세금계산서 또는 계산서의 교부대상 거래가 아니다. (나) 따라서, 세금계산서 및 계산서의 교부대상 거래가 아닌 쟁점금액을 지급하고 제출한 매입처별 세금계산서(계산서)합계표에 대해 신고불성실 가산세를 부과한 처분은 잘못이므로(OOO2002.1.30. 외 다수), 관련 법인세 및 부가가치세 과세처분은 해당 가산세를 제외하여 경정하여야 한다. (3) 1차분 투자이익금OOO원에 대한 원천징수시기는 지급하기로 약정한 날인 2004.7.8.(2003.7.3.자 투자약정서에 1차분 투자이익금 OOO억원은 투자일로부터 12개월 이내에 지급하기로 약정하였고, 최종투자일은 2003.7.8.이었음)로 보아야 하는바, 이미 국세부과의 제척기간이 완료되었으므로 원천세 부과 및 지급명세서미제출가산세를 부과할 수 없고, 2차분 투자이익금 OOO억원은 청구일 현재도 미지급상태에 있으며, 당초 약정시부터 지급약정일이 구체적으로 특정되지 아니하였을 뿐만 아니라, 이후 장기미지급상태에서 권리․의무관계를 재확인하는 과정에서 변제일을 2008.12.15.까지로 기재한 것이어서 당초부터 이행가능성이 없는 약정을 한 것에 불과하므로 관련 원천징수시기는 실제로 지급하는 날로 보아야 한다. 또한, OOO은 이자에 대해 자의로 익금산입한 것이 아니라 2010년 1월 및 2010년 6월 과세자료 통보에 따라 OOO관할세무서장이 수정신고를 권고함에 따라 익금산입한 것이다.
• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점금액은 청구법인이 계약상 지급할 의무가 없고, 실제로도 청구법인의 부담으로 지급된 것이 아니므로 청구주장은 이유없다. (가) OOO 개발사업의 연대보증사로 참여한 사실은 인정할 수 있으나, 그에 대한 대가는 시공권에 대한 일정 지분을 보장받는 것으로 충분하다 할 것이고(실제로 청구법인은 OOO과 함께 40%의 시공권을 확보하여 연대보증사로 참여한 것에 대한 대가를 지급하였음), 그 외에 청구법인이 시행사로서의 실질적인 지위를 OOO에 양도한다고 하여 청구법인이 별도의 보상금을 대주건설에 지급할 의무가 발생하는 것도 아니다(청구법인이 제시하는 어떠한 증거자료에도 청구법인이 시행사로서의 지위를 양도하는 경우에 별도의 보상금이나 사례금을 지급하기로 한다는 계약상의 의무사항이 없음). (나) 청구법인은 OOO원을 지급했다고 주장하면서 관련 약정서와 채권양수도 계약서를 증거로 제시하였으나, OOO의 당초 최소시공권이 20%임을 확인할 수 있는 약정서를 현재까지 제시하지 못하고 있고, 2004.11.19. 시공권 양수도 가약정서 체결 이전인 2004.3.22. OOO라 한다)]과 주식회사 OOO 한다), 청구법인, OOO의 시공권이 최소 20%라는 청구주장은 근거가 전혀 없는 것이다. (다) 청구법인은 사례금OOO에 시공권 양도에 대한 보상금이라고 주장하지만, OOO은 사업추진이 원활하게 진행되도록 청구법인에게 약 OOO을 대여한 후 대여금 및 이자를 모두 변제받았고, 또한 그 과정에서 사업시공권 15%를 확보하였으며, 이후 OOO에게 시공권을 양도하면서 시공권 양도대금 OOO을 모두 변제받았으므로, 청구법인이 추가로 사례금OOO건설을 통하여 대주건설에 지급하였다는 청구주장은 근거가 없다. (라) 또한, 청구법인은 시행사로서의 실질적인 지위를 SK건설에게 양도하기 전인 2004.3.11. 공동시행사인 OOO로부터 사업시행권을OOO억원에 양수하였는데, 불과 8개월 후인 2004.11.17. 청구법인이 시행사로서의 실질적인 지위 전체를 OOO에게 양도하고 그 대가를OOO억원으로 정한 사실은 상식적으로 이해할 수 없는 것이고, 더구나 그 대가OOO에게 지급하도록 하였다는 것은 더더욱 이해할 수 없는 주장이므로 쟁점금액이 청구법인의 부담으로 지급된 것으로도 보기 어렵다. (마) 위와 같이 OOO의 시공권 지분은OOO로 확정되어 있었기 때문에 청구법인이 추가적인 보상금을 지급할 필요가 전혀 없었고, OOO이 제공한 연대지급보증, 일정금액의 자금대여 등에 따른 사례금은 청구법인이 OOO에 시공권을 확보하여 줌으로써 이미 지급한 것이며, 청구법인이 주장하는 사례금OOO이 어떤 구체적인 노력을 하였는지 밝힐 아무런 자료와 산정근거를 제출하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 쟁점금액은 형식적으로 청구법인이 부담하는 것으로 하였더라도, 그 실질은 시공사와 실질적인 시행사의 지위를 겸하고 있었던 OOO이 OOO에게 공동시공권(15%)을 완전히 양도하여 준 것에 대한 대가로OOO의 부담으로 지급한 것으로 보아야 할 것이므로(OOO은 공동시공권을OOO에 위임하였으나, OOO은 공동시공권을 완전히 양도하였음), 청구법인이 주장하는 쟁점금액은 업무와 무관한 것이다. (바) 또한, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증하게 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 할 것인바(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결 참조), 처분청은 쟁점금액의 지출이 청구법인의 업무와 무관하다는 상당한 이유를 제시하고 있으나, 청구법인은 업무관련성을 입증할 아무런 증거를 제출하지 못하고 있으므로 입증책임의 문제로 따져 보아도 청구주장은 이유없다. (2) 청구법인은OOO로부터 아무런 재화나 용역을 공급받은 사실이 없음에도 쟁점세금계산서와 쟁점계산서를 교부받아 세금계산서(계산서)합계표에 기재하여 제출하였는바, 쟁점금액이 세금계산서 또는 계산서 교부대상 거래인지 여부에 관계없이 불성실가산세 적용대상이므로 청구주장은 이유없다. (3) 청구법인과 OOO은 2003.6.30. 1차 투자금 50억원에 대하여 ‘아파트 사업투자 배당확인서’를 작성하였고, 2003.7.3. 2차분 80억원에 대하여 ‘지분참여 합의 약정서’로 변경하였으며, 2008.8.11. 다시 위 약정서의 내용을 변경하는 ‘투자 및 이익금 정산합의서’를 작성하였고, 당해 합의서에 의하면 2005년과 2006년에 투자원금OOO이 수령하였으며, 쟁점이익금 미지급액 OOO은 2008.12.15.까지 지급하기로 되어 있는바, (가) 투자이익금의 원천징수시기는 최종합의서의 내용에 따라 1차 투자이익금 중 쟁점이익금 지급액 OOO의 경우 2008.12.15.로 보아야 한다. (나) 청구법인의 2008사업연도 법인세 신고서를 보면 수입금액이 OOO으로 계상되어 있으므로, 당초부터 이행가능성이 없는 약정을 하였다는 주장은 납득하기 어렵고, OOO이 2006사업연도에 쟁점이익금 지급액OOO억원을 익금산입하였으며, 2008사업연도에도 쟁점이익금 미지급액 OOO억원을 익금산입하였으므로 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁 점

① 청구법인이 OOO에게 사례금, 보상금으로 지급하였다는 쟁점금액을법인세법에 따른 손금으로 인정할 수 없다 하여 손금불산입한 처분의 당부

② 쟁점금액은 재화․용역의 공급대가에 해당하지 아니하므로 매입처별 세금계산서(계산서)합계표 불성실가산세 부과처분이 부당하다는 청구주장의 당부

③ OOO억원에 대한 이자 200억원의 수입시기(원천징수시기) 및 부과제척기간 경과여부 등

• 나. 관련법령 (1) 쟁점① 관련 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제19조(손금의 범위) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령이 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령이 정하는 금액

2. 제1호 외에 그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것 (2) 쟁점② 관련 (가) 부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조(세금계산서) ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 제17조(납부세액) ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제22조(가산세) ④ 사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 매입처별세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 공제받은 매입세액에 해당하는 공급가액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매입처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제17조 제2항 제1호의2 단서의 규정에 의하여 매입세액을 공제받는 경우로서 대통령령이 정하는 경우

2. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우. 다만, 대통령령이 정하는 경우를 제외한다.

3. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항 중 공급가액을 사실과 다르게 과다하게 기재하여 신고한 때 (나) 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조(가산세) ⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 제출기한 경과 후 1월 이내에 제출하는 경우에는 100분의 1을 1천분의 5로 하고, 산출세액이 없는 때에도 가산세는 징수하며, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하고,부가가치세법제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다.

2. 제121조 제5항의 규정에 의하여 매출·매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한 내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우 제121조(계산서의 작성·교부 등) ① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서 등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다.

⑤ 법인은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 교부하였거나, 교부받은 계산서의 매출·매입처별합계표(이하 “매출·매입처별계산서합계표”라 한다)를 대통령령이 정하는 기한 내에 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (단서 생략)

⑥ 부가가치세법에 의하여 세금계산서 또는 영수증을 작성·교부하였거나 매출·매입처별세금계산서합계표를 제출한 분에 대하여는 제1항 내지 제3항 및 제5항의 규정에 의하여 계산서 등을 작성·교부하였거나 매출·매입처별계산서합계표를 제출한 것으로 본다. (3) 쟁점③ 관련 (가) 법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제71조(징수 및 환급) ③ 납세지 관할세무서장은 제73조에 규정하는 원천징수의무자가 그 징수하여야 할 세액을 징수하지 아니하였거나 징수한 세액을 기한 내에 납부하지 아니한 때에는 지체없이 원천징수의무자로부터 그 원천징수의무자가 원천징수하여 납부하여야 할 세액에 상당하는 금액에 제76조 제2항에 규정하는 가산세액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 납세의무자가 당해 법인세액을 이미 납부한 때에는 원천징수의무자에게 그 가산세만을 징수한다. 제73조(원천징수) ①소득세법제127조 제1항 제1호의 이자소득금액(대통령령이 정하는 금융보험업의 수입금액을 포함한다)과 동법 제17조 제1항 제5호의 투자신탁수익의 분배금을 내국법인에게 지급하는 자(이하 “원천징수의무자”라 한다)가 그 금액을 지급하는 때에는 그 지급하는 금액에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액에 상당하는 법인세를 징수(이하 “원천징수”라 한다)하여 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 이를 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다.

1. 이자소득금액의 경우에는 100분의 15(소득세법제16조 제1항 제12호의 비영업대금의 이익의 경우에는 100분의 25) 제76조(가산세) ② 제73조의 규정에 의한 원천징수의무자가 원천징수하였거나 원천징수하여야 할 세액을 납부기한 내에 납부하지 아니하거나 미달하게 납부하는 경우에는 다음 각 호에 해당하는 금액 중 큰 금액을 가산세로서 가산한 금액을 납부하여야 한다. 다만, 원천징수의무자가 국가 또는 지방자치단체인 경우에는 예외로 한다.

1. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 미달한 세액) × 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율. 이 경우 당해 금액은 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 미달한 세액)의 100분의 10을 한도로 한다.

2. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 미달한 세액)의 100분의 5

⑦ 납세지 관할세무서장은 제120조·제120조의2 또는소득세법제164조·제164조의2에 따른 지급명세서를 제출하여야 할 내국법인이 동법 동조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 기한 내에 이를 제출하지 아니하였거나 동조의 규정에 의하여 제출된 지급명세서가 대통령령이 정하는 불분명한 경우에 해당하는 경우에는 그 제출하지 아니한 분의 지급금액 또는 불분명한 분의 지급금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. (단서 생략) 제120조(지급명세서의 제출의무) ① 제73조 제1항의 규정에 의한 원천징수의무자는 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 지급명세서를 제출하여야 한다.

② 소득세법제164조의 규정은 제1항에 따른 지급명세서의 제출에 관하여 이를 준용한다. (나) 법인세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것) 제111조(원천징수 대상소득의 범위) ⑤ 법 제73조의 규정을 적용함에 있어서 이자소득금액의 지급시기는 소득세법 시행령제190조 각호에 규정된 날로 한다. (단서 생략) (다) 소득세법 시행령(2007.10.15. 대통령령 제20323호로 개정되기 전의 것) 제45조(이자소득의 수입시기) 이자소득에 대한 총수입금액의 수입할 시기는 다음 각 호에 규정하는 날로 한다. 9의2. 비영업대금의 이익 약정에 의한 이자지급일. 다만, 이자지급일의 약정이 없거나 약정에 의한 이자지급일전에 이자를 지급 받는 경우 또는 제51조 제7항의 규정에 의하여 총수입금액 계산에서 제외하였던 이자를 지급받는 경우에는 그 이자지급일로 한다. 제190조(이자소득 지급시기의 의제) 법 제131조 제2항에서 “대통령령이 정하는 날”이라 함은 다음 각 호에 규정하는 날을 말한다.

2. 제1호 및 제1호의2 외의 이자소득 제45조 제1호 내지 제10호에 규정된 날 (라) 국세기본법(2010.1.1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제26조의2(국세부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 “조세조약”이라 한다)의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는국제조세조정에 관한 법률제25조에서 정하는 바에 따른다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점①에 대하여 본다. (가) 청구법인이 제출한 자료에 대하여 본다. 1) 청구법인과OOO 개발사업의 공동시행사 OOO가 체결 한 사업양도․양수 약정서(2004.3.11.)의 주요내용은 다음 <표8>과 같다. OOOOOOOOOO OOOOOOO OOO(OOOOOOOOOO)O OOOO 2) 청구법인의 이사회의사록(2004.11.18., 참석인원 4인)에서 OOO OOO 개발사업의 수주위험을 부담한 대가로 아파트시행사업 예상수익OOO원으로 정하여OOO과 OOO 간의 공사지분에 대한 합의가 OOO이 당초 요구한 20%에 미달할 경우에는 그 부족분을 위의 금액에 포함한다고 기재되어 있다. 3) 청구법인의 이사회의사록(2004.11.25., 참석인원 4인)에서 OOO은 OOO 개발사업 수주에 기여한 OOO의 공사지분(15%)을 OOO이 청구법인에게 지급할 금원으로 청구법인이 OOO 회장이 지정한 계좌로 입금하기로 한다고 기재되어 있다. 4) 청구법인, OOO 및 두OOO이 체결한 시공권 양수도 약정에 따른 채권양수도 계약서(2004.11.26.)의 주요내용은 다음 <표9>와 같다. OOOOOOOOOO OOO OOO OOO OO OOOOO OOO(OOOOOOOOOOO)O OOOO 5) 청구법인, OOO 및 OOO이 작성한 지급 및 수령확인서(2006.2.6.)에서 청구법인과 OOO이 체결한 가약정서 제3조의 약정금 OOO(쟁점금액)과 청구법인, OOO 및 OOO이 체결한 채권양수도 계약서의 추가보상금 OOO에게 지급함으로써 청구법인이 OOO 또는OOO에게 지급하는 약정금(또는 추가보상금)의 지급채무 전부가 소멸되었음을 확인한다고 기재되어 있다. 6) 광주지방법원 제2형사부 판결(2007고합423, 2008.12.30.)의 주요내용은 다음 <표10>과 같다. OOOOOOOOOO OOOOOO OOOOO OO(OOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO)O OOOO 7) OOO주지방법원 판결에 대해 항소를 제기하였고, OOO에 대해 원심판결을 파기하고, 징역 2년 6개월(집행유예 4년) 및 벌금 OOO원을 선고하였다(2009노9, 2010.1.21.). 8) 청구법인 및 대표자 OOO에 대한 불기소결정서(2010년 형제20741호, 2011.4.29.)에 따르면, OOO원(쟁점금액)이 OOO이 청구법인의 요구에 따라 OOO에게 시공권을 양도하고, 아울러 청구법인이 위 사업에 대한 시행권을 획득하는 과정에서 OOO이 사업부지 매입대금 연대지급보증 및 사업자금대여 등 청구법인의 사업시행권 취득을 도와준 대가로 OOO에게 지급된 것이므로, 이를 청구법인의 OOO 사업과 관련된 비용으로 볼 수 있어 매출원가로 인정할 수 있는바, 이를 가공비용에 의한 법인세포탈로 보기 어려워 청구법인 및 OOO에 대해 불기소 결정을 한다고 기재되어 있다. 9) 청구법인은 그밖에 OOO 부동산 등 매매계약서(2003.6.30.), OOO(OOO) 사업약정서(2003.7.2.), OOO과 OOO 간의 합의 약정서(2003.7.3.), OOO부지사업 공동시행 합의약정서(2003.12.26.), OOO부지 개발사업 공사도급 가약정서(2004.3.22.), OOO의 검찰 진술조서(2007.11.13.) 등을 제출하였다. (나) 처분청이 제출한 자료에 대하여 본다. 1) 청구법인의 2006사업연도 계정별 원장에는 2006.2.13. 토목공사비 (OOO이 계상되어 있음이 확인되고, 쟁점금액 관련 쟁점세금계산서 및 쟁점계산서의 내역은 다음 <표11>과 같다. OOOOOOOOOOO OOOOOOO O OOOOO OO (OO: O) O) OOOO 출금전표(2006.2.6.)에서OOO원(쟁점금액)을 사업추진비 명목으로 출금한 것으로 나타나고, 당좌예금 이체의뢰서(2006.2.6.)에는OOO을 이체의뢰한 것으로 나타난다. 3) OO OOO OOOOOO OOOOOOOO 약정서의 변경약정서(2004.3.22.) 주요내용은 다음 <표12>와 같으며, 처분청은 동 약정서 제22조를 근거로, OOO의 시공권지분은 당초(2004.3.22.) 20%였으나 2004년 11월 15%로 하향조정되어 지분율의 감소에 대한 대가로 청구법인이 OOO에게 쟁점금액 중 OOO원을 지급하였다는 청구주장은 사실이 아니라는 의견이다. OOOOOOOOOOO OO OOO OOOOOO OOOOOOOO OOOO OOOOO(OOOOOOOOOO) OOOO 4) 청구법인 대표자OOO의 문답서(2010.1.22.) 주요내용은 다음 <표13>과 같다. OOOOOOOOOOO OOOO OOO(OOOOOOOOOO) OOOO (다) 살피건대, 청구법인은OOO에게 당초 보장한 쟁점사업의 시공권 지분 20%와 최종확정된 시공권 지분 15%의 차이에 대한 일정수익(약 31억원)을 보상하고, OOO 소유 토지의 매입대금 OOO원에 대한 연대지급보증 등 OOO 개발사업의 수주에 대한 위험부담과 쟁점사업의 시공권 지분(15%)의 양도협조에 대한 사례금 등(약 90억원)으로 쟁점금액(OOO)을 OOO에게 지급한 것이므로, 쟁점금액은 쟁점사업과 관련된 직접적인 소요비용인바, 이를 손금으로 인정하여야 한다고 주장하고 있으나, 청구법인이 OOO에게 당초 쟁점사업의 시공권 지분을 20%로 보장하였다는 주장에 대한 증빙자료로 제시한 청구법인,OOO 및 OOO이 2004.3.22. 작성한 ‘OOO부지 개발사업 공사도급 가약정서’에 따르면, 쟁점사업의 시공권 지분은 OOO과 OOO을 합하여 40%로 기재되어 있을 뿐 OOO의 시공권 지분이 20%라는 내용을 확인할 수 없고, 동 약정서 외에 청구주장을 입증할 객관적인 증빙자료가 제시되지 않고 있으며, 청구법인은 OOO, OOO과 2004.11.19. ‘시공권 양수도 가약정서’를 작성하면서 OOO의 쟁점사업에 대한 시공권 지분이 15%로 최종확정되어 시공권 지분 축소(20%→15%)에 대한 대가로 약 31억원을 OOO에게 지급하였다고 하나 청구법인, OOO 및 OOO이 ‘OOO부지 개발사업 공사도급 가약정서’를 작성한 2004.3.22.과 같은날 청구법인이 금융기관(OOO 및 OOO과 다시 작성한 OOO 약정서의 변경약정서’에서 OOO의 쟁점사업에 대한 시공권 지분은OOO로 확정되어 있는바, OOO의 시공권 지분이 2004.3.22. 당시OOO였다는 청구주장이 사실이 아닌 것으로 확인되고, 설령 청구주장을 인정하는 경우에도 당초 OOO의 시공권 지분이 OOO로 축소된 것에 대한 대가는 청구법인보다는 추가로OOO의 시공권 지분을 확보하게 된 OOO이 지급하는 것이 타당하다고 보이는 점, 청구법인이 OOO 소유 토지의 매입대금에 대한 연대지급보증 등OOO 개발사업의 수주에 대한 위험부담과 쟁점사업의 시공권 지분(15%)의 양도협조에 대한 사례금 등으로 OOO에게 지급하였다는 OOO 개발사업 참여를 추진하였으나, 당시 OOO은 OOO을 시공사로 한 OOO를 사업시행자로 선정하여 토지매매계약을 체결하였고, 이후 새로 구성된 OOO 집행부가 OOO와의 토지매매계약을 무효로 한 후 청구법새로운 사업시행자로 선정하여 2003.6.30. 토지매매계약을 체결하였고, 이 과정에서 OOO이 OOO 소유의 토지 매입대금에 대해 연대지급보증을 하면서 쟁점사업의 공동시공사로 참여하게 되었는바, OOO은 쟁점사업의 시공권 지분(15%)을 확보함으로써 연대지급보증에 대한 대가를 수령하였던 것으로 보이고, 청구법인이 2004.3.22. 금융기관, OOO 및 OOO과 작성한 OOO 프로젝트파이낸싱 약정서의 변경약정서’에 따르면, 당초 OOO가 OOO 등의 채무원리금을 청구법인이 인수․승계하는 것으로 나타나고, 청구법인의 대출원리금 상환 및 지급채무에 대해 OOOOOO이 공사시공분담비율(각각OOO)에 따라 연대보증을 제공하기로 하였음에도 청구법인이 프로젝트파이낸싱의 연대보증인인OOO과 달리 OOO에게만 OOO과의 매매계약에 따른 보증을 이유로 사례금 등을 지급한 사실을 납득하기 어려운 점, OO OO 이 금융기관을 대신하여 청구법인에게 대여한OOO원(당초 OOO이 알선한 금융기관을 통해 청구법인에게OOO억원을 대여하기로 하였으나 해당 금융기관의 자금사정으로 OOO이 직접 청구법인에게 OOO을 대여함)에 대해서는 청구법인이 OOO에게 원금 및 이자를 모두 변제하였는바, 이에 대해 추가적으로 사례금을 지급할 필요는 없는 것으로 보이는 점, OOO은 쟁점사업의 시공권 지분(15%)을 OOO로부터 시공권 지분 양도대금 OOO원을 수령하였는바, 이와 별도로 청구법인이 OOO에게 추가적으로 시공권 지분 양도에 대한 대가를 지급할 필요가 없다고 보이는 점 등을 종합하여 감안할 때, 청구법인이 OOO에게 지급한 쟁점금액이법인세법제19조에 따른 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것에 해당하지 않는다고 보아 쟁점금액 OOO원을 손금부인(쟁점금액 중 부가가치세 상당액 OOO은 손금산입함)하여 청구법인에게 법인세를 과세한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (2) 쟁점②에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점금액이 보상금 및 사례금의 성격으로 세금계산서 및 계산서 교부대상 거래가 아니므로 이를 매입처별 세금계산서(계산서)합계표에 합산하여 제출하였다 하더라도 가산세를 적용할 수 없다고 주장하고 있으나, 청구법인은 OOO 개발사업과 관련하여 보상금 및 사례금으로 OOO에게 쟁점금액을 지급하면서, OOO요구한OOO 명의의 은행계좌로 입금하였는바, 청구법인과 OOO간에는 어떠한 거래도 발생하지 않았음에도 청구법인은OOO부터 쟁점세금계산서와 쟁점계산서를 교부받았고, 이를 매입처별 세금계산서(계산서)합계표에 기재하여 제출한 것은부가가치세법(2006.12.30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제22조 제4항 및법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제76조 제9항에서 규정하는 매입처별 세금계산서(계산서)합계표의 기재사항 중 전부 또는 일부를 사실과 다르게 작성한 것에 해당되므로 이에 대해부가가치세법상 매입처별 세금계산서합계표 불성실가산세 및법인세법상 매입처별 계산서합계표 불성실가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (3) 쟁점③에 대하여 본다. (가) 청구법인이OOO에게 제출한 아파트사업 투자 배당확인서(2003.6.30.)의 주요내용은 다음 <표14>와 같다. OOOOOOOOOOO OOOOO OO OOOOO(OOOOOOOOOO)O OOOO (나) 청구법인이 OOO과 작성한 지분참여 합의 약정서(2003.7.3.)의 주요내용은 다음 <표15>와 같다. OOOOOOOOOOO OOOO OO OOO(OOOOOOOOO)O OOOO (다) 청구법인이 OOO 2008.12.29. 공증)의 주요내용은 다음 <표16>과 같다. <OOOOOOO OO O OOO OOOOO(OOOOOOOOOO)O OOOO (라) 청구법인에 대한 불기소결정서(2010년 형제20741호, 2011.4.29.)에 따르면, OOOOOOOOO OO OO OOOO OOOOOO OOOOOO OOOOO을 투자하면서 투자금에 대한 1차 이자(배당금)는 투자일로부터 12개월 이내에 지급하기로 약정한 사실을 인정할 수 있고, OOO에 대한 투자가 2003년 7월경까지 이루어졌으므로 OOO원에 대한 이자지급 약정일은 늦어도 2004년 7월경인바, 이로부터 5년이 경과한 2009년 7월경 국세부과의 제척기간이 도과되어 공소시효(5년)도 완성되었으므로 불기소 결정을 한다고 기재되어 있다. (마) 청구법인의 2006사업연도 계정별 원장(이자비용)에서 2006.6.28. OOOOO OOOOOO OO OOOO O OO OO억원을 계상한 것으로 나타난다. (바) 청구법인의 대리인 공인회계사 OOO은 조세심판관회의 의견진술을 통하여 쟁점③과 관련하여 설령 OOO 청구일 현재도 미지급상태에 있으며, 당초 약정시부터 지급약정일이 구체적으로 특정되지 아니하였으므로 원천징수시기가 아직 도래하지 않았다는 청구주장이 받아들여지지 않는다 하더라도, OOO 중 쟁점이익금 지급액 30억원을 2006사업연도에 익금산입하여 법인세를 신고하였고, 처분청은 2011.1.24. 이에 대한 청구법인의 2006년 귀속 법인(원천)세 본세 OOO,OOO,OOOOO OOOOOO, OOOOOO OOOOOOOOOO OOO OOOOO OOOO OOOO원에 대해서도 2008사업연도에 익금산입하여 법인세를 수정신고하였으므로 이에 대한 청구법인의 2008년 귀속 법인(원천)세 O,OOO,OOO,OOOO도 취소되어야 한다고 진술하였다. (사) 살피건대, 청구법인은 OOOOO의 1차 이익금 100억원은 국세부과의 제척기간이 도과하였고, 2차 이익금 OOO억원의 원천징수시기가 아직 도래하지 않았다고 주장하고 있으나, 청구법인과 OOO원에 대하여 ‘아파트 사업투자 배당확인서’를 작성하였고, 2003.7.3. 2차분 OOO에 대하여 ‘지분참여 합의 약정서’로 변경하였으며, 2008.8.11. 다시 ‘투자 및 이익금 정산합의서’를 작성하였는바, 투자 및 이익금 정산합의서에 따르면, OOO원을 수령하였고(쟁점이익금 지급액은 2006.6.28. 수령함), 청구법인은 쟁점이익금 미지급액 OOO억원을 2008.12.15.까지 지급하기로 한 것으로 나타나며, 지분참여 합의 약정서에서 이익금의 지급기일이 지연되는 경우 이에 대해 지연이자(연 25%)를 가산하여 지급하도록 되어 있으나, 투자 및 이익금 정산합의서에서는 당초 약정했던 지연이자에 대해서는 언급이 없는 점 등으로 본다면, 투자 및 이익금 정산합의서는 기존 약정서를 변경한 것이 아니라 새로이 체결된 약정으로 보아야 하므로 쟁점이익금 지급액 OOO억원의 원천징수시기는 실제 지급일인 2006.6.28., 쟁점이익금 미지급액 OOO억원의 원천징수시기는 투자 및 이익금 정산합의서의 약정일인 2008.12.15.로 보아 청구법인에게 법인(원천)세를 과세하고, 원천징수 불성실가산세 및 지급명세서 미제출가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다만, 쟁점이익금 지급액과 관련하여 처분청이 2011.1.24. 2006년 귀속 법인(원천)세 본세OOO원(가산세는 제외)을 감액경정하였는바, 이 부분에 대해서는 불복청구의 대상이 존재하지 아니하므로 적법한 청구로 볼 수 없다고 판단된다. 한편,법인세법(2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것) 제71조 제3항에서 단서에서 원천징수의무자가 원천징수를 하지 아니한 경우로서 납세의무자가 당해 법인세액을 이미 납부한 때에는 원천징수의무자에게 그 가산세만을 징수한다고 규정되어 있는바, 쟁점이익금 미지급액의 경우OOO이 2008사업연도에 익금산입하여 법인세를 수정신고하였으므로, 이에 대한 청구법인의 2008년 귀속 법인(원천)세 본세 OOO원(가산세는 제외)의 부과처분은 취소되어야 한다고 판단된다.

이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하거나 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제81조, 제65조 제1항 제1호, 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.