가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분의 당부

서초세무서장이 2010.2.13 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하여 2000년 제2기 부가가치세 25,203,130원 및 2010사업연도 법인세 2,822,490원을 납부통지 한 처분, 2010.1.18 청구인에게 2000년 귀속 소득금액 36,177,530원을 변동통지 한 처분 및 2010.5.28. 청구인에게 2000년 귀속 소득금액 55,522,460원을 변동통지 한 처분은 이를 취소한다.

청구인은 2000.5.31. - 2006.6.22. 기간 중 주식회사 ◇◇미디어(구 주식회사 ▲▲날이며, 이하 “청구외법인”이라 한다)의 대표이사로 재직하였고 재직한 기간 동안 청구 외 법인이 발행한 주식 39,800주(발행주식총수의 99.5%)를 보유하였다. 청구외법인은 2000년 제2기 중 □□윈 주식회사(이하 “□□윈”이라 한다)로부터 공급가액이 83,363,636원인 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액을 매출세액에서 공제하고, 법인세 신고시 공급가액을 손금에 산입하였다. 처분청은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 공급가액을 손금불산입하여 2009.12.1. 청구 외 법인에게 2000년 제2기 부가가치세 24,308,830원 및 2000사업연도 법인세 2,722,360원을 경정·고지하고, 청구 외 법인이 이를 체납하자, 2010.2.13. 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하면서 2000년 제2기 부가가치세 25,203,130원 및 2000사업연도 법인세 2,822,490원을 납부통지 하였으며, 쟁점세금계산서상 공급대가(91.699.990원)를 대표이사에게 상여로 소득처분한 후 2010.1.18. 청구인에게 36,177,530원을, 나머지 55,522,460원은 전 대표이사에게 각각 소득금액변동통지를 하였다가, 2010.5.28. 위 55,522,460원도 청구인에게 소득금액변동통지를 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.3.3. 이의신청(2010.5.28. 55,522,460원의 소득금액변동통지는 이의신청한 후의 처분임)을 거쳐 2010.7.14. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점세금계산서상 대금을 지급한 금융거래증빙을 제시하였고, 2000.10.24. ~ 2000.12.29. 기간 중의 매입과 이에 대응하는 매출이 확인되며, □□윈의 2000 ~ 2003사업연도까지 4년간의 가공매출비율이 90%로 조사되어 있으나 쟁점세금계산서가 발행된 2000년 제2기의 가공매출비율은 46.5%에 불과하고, □□윈을 자료상 혐의로 고발한 내용에 쟁점세금계산서는 포함되어 있지 아니한 점 등으로 보아 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 처분청은 청구 외 법인에게 쟁점세금계산서에 대한 소명을 요구하였으나, 청구외법인은 장부 및 증빙서류의 보관기간이 만료되어 폐기하였다고 주장하였다가 나중에 금융거래증빙 및 거래처원장을 제출하였고, 이를 살펴보면, 쟁점세금계산서상 재화의 공급시기는 2000.11.22.임에도 매입대금은 2000.11.21.에 현금으로 결제한 것으로 나타나는 점 등으로 보아 청구인이 제시하고 있는 증빙자료는 신뢰하기 어렵다. 청구인이 매입과 이에 대응하는 매출이 확인된다는 주장은 쟁점세금계산서상 물품의 매출처가 직접 확인된다는 것이 아니라 단순히 선입선출법에 의하는 경우 일정 기간의 매입이 매출로 나타난다는 것이므로 이를 신빙성 있는 것으로 보기는 어렵고, 쟁점세금계산서상의 과세기간에 □□윈의 가공매출비율이 46.5%이거나, □□윈에 대한 자료상 고발내용에 쟁점세금계산서가 포함되지 아니하였다는 이유가 이 건이 정상거래임을 반증하는 것은 아니므로 쟁점세금계산서가 실제거래에 의한 세금계산서라는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하며 공급가액을 손금불산입하여 청구 외 법인에게 부가가치세 및 법인세를 과세하고, 공급대가를 대표이사인 청구인에게 상여로 소득처분한 후 소득금액변동통지하며, 위 부가가치세 및 법인세에 대하여 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 체납세액을 납부통지 한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세법 제16조 (세금계산서)

○ 부가가치세법 제17조 (납부세액)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2000.5.31. - 2006.6.22. 기간 중 청구외법인의 대표이사로 재직하였고, 그 기간 동안 청구 외 법인주식 39,800주(주식 소유비율 99.5%)를 보유하였으며, 청구외법인은 2000년 제2기 중 □□윈으로부터 쟁점세금계산서를 수취하여 부가가치세 신고시 해당 매입세액을 공제하고, 법인세 신고시 해당 공급가액을 손금산입하였으며, 처분청은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 공급가액을 손금불산입하여 2009.12.1. 청구 외 법인에게 2000년 제2기 부가가치세 24,308,830원 및 2000사업연도 법인세 2,722,360원을 경정·고지하고, 청구 외 법인이 이를 체납하자 2010.2.13. 과점주주인 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하여 체납세액 중 주식소유비율에 해당되는 금액인 2000년 제2기 부가가치세 25,203,130원 및 2000사업연도 법인세 2,822,490원을 납부통지 하였으며, 쟁점세금계산서상 공급대가를 대표이사에게 상여로 소득처분하여 2010.1.18. 청구인에게 36,177,530원을, 나머지 55,522,460원은 전 대표 이사에게 각각 소득금액변동통지를 하였다가, 2010.5.28 위 55,522,460원도 쟁점세금계산서상 거래당시 대표이사로 재직한 청구인에게 소득금액변동통지한 사실이 청구인에 대한 제2차 납세의무자 지정 및 납부 통지서 등의 이 건 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청의 과세근거는 아래 (가) ~ (나)와 같다. (가) 쟁점세금계산서의 발행자인 □□윈에 대한 조사서에는 ‘□□윈은 세관을 통한 수입금액은 약 2억여 원으로 실제 거래가 일부 있었으나, 벤처열풍에 편승하여 코스닥에 상장하기 위하여 매출 부풀리기 (뺑뺑이거래)를 한 것으로 확인되고, 2000.1.1. ~ 2003.12.31. 기간 중 실물거래 없이 공급가액의 합계가 40,234,155천원인 가공매출세금계산서를 발행하며, 41,076,264천원인 가공매입세금계산서를 수취한 혐의로 □□윈과 대표이사 박AA를 고발한다’는 조사내용이 기재되어 있다. (나) 소명안내문에는 처분청이 2008.3.4. 청구인에게 쟁점세금계산서상 거래에 대하여 소명자료의 제출을 요구한 것으로 되어 있다.

(3) 청구인이 제시한 증빙을 보면 아래 (가) ~ (라)와 같다 (가) 쟁점세금계산서에 대한 대금지급내역은 아래 <표>와 같다. (나)청구외법인 명의 예금계좌의 거래내역서에는 2000.12.11. 11,700천원, 2000.12.13. 30,000천원이 □□윈에게 입금된 것으로 나타나나, 2000.11.30. 50,000천원0,000천원 26441906)은 수표가 대체된 것으로만 되어 있는 바, 이에 대하여 처분청은 쟁점세금계산서상 공급시기는 2000.11.22.임에도 매입대금이 2000.11.21.에 현금으로 결제된 점으로 보아 청구인이 제시한 증빙서류는 신뢰하기 어렵다는 의견이나, 청구인은 당초에 2000.11.21. 50,000천원을 수표로 지급한 것으로 소명하였으나 이는 2000.11.30. 지급한 것을 잘못 설명한 것이었다는 주장이다. (다) 청구외법인의 현금출납장에 2000.12.11. 11,700천원, 2000.12.13. 30,000천원, 2000.11.30. 50,000천원이 외상매입금 현금반제로 기장되어 있고, 계정별원장에는 2000.12.11. 11,700천원, 2000.12.13. 30,000천원, 2000.11.30. 59,404천원을 현금인출한 것으로 기록되어 있다. (라) 매입 ․ 매출내역서에는 청구 외 법인이 □□윈으로부터 2000.11.22. 45,454천원, 2000.12.4. 10,636천원, 2000.12.8. 27,272천원을 매입하여, 주식회사 ●●시에게 2000.12.4. 33,409천원, 2000.12.8. 31,818천원, 2000.12.11. 4,772천원, 2000.12.14. 22,084천원, 2000.12.12. 주식회사 ◆◆에게 9,090천원을 각각 매출한 것으로 표시되어 있다.

(4) 청구인은 2010.9.29. 심판관회의에 참석하여 ‘청구인은 당시 ▽▽컴퓨터의 비서실장이던 ***의 도움으로 ▽▽컴퓨터 계열회사 및 협력업체들과 거래하였고 그 내역이 금융거래자료에 의하여 확인됨에도, 쟁점세금계산서를 수취한 날부터 6년이 경과한 후에 소명을 요구하고, 소명서를 제출한 날부터 다시 4년이 경과한 뒤에 과세한 이 건 처분은 과세권의 자의적인 행사로 생각된다’는 취지의 의견진술을 하였다.

(5) 살피건대, ◯◯세무서장이 쟁점세금계산서의 발행자에 대한 조사시 쟁점세금계산서와 관련된 내용은 확인하지 아니하였고, 자료상 혐의자로 고발한 내용에도 쟁점세금계산서가 포함되어 있지 아니하며, 쟁점세금계산서의 발행자는 거래당시 100% 자료상이 아님에도, 쟁점 세금계산서를 수취한 날로부터 10년이 경과한 후에 가공세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 무리한 것으로 보이는 점, 처분청은 쟁점세금계산서상 공급시기와 매입대금 지급시기가 맞지 아니하다 하여 금융거래증빙을 부인하였으나, 청구인이 동 증빙을 잘못 소명한 사실이 확인(2000.11.21. 50,000천원을 수표로 지급한 것으로 해명한 것은 2000.11.30. 지급한 것을 오해한 때문임)되는 점, 위와 같이 청구인은 쟁점세금계산서에 대하여 충분하게 소명한 것으로 보이고, 또한, 이 건 처분시에는 부과제척기간 5년이 경과하여 과세할 수 없는 것으로 보이며, 10년의 부과제척기간을 적용하여 과세하기 위해서는 처분청이 과세요건을 입증하여야 함에도 그러하지 못하고 있는 점 등으로 보아 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 한 이 건 처분은 부당하므로 취소하여야 한다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.