주식 양도차익의 수익적 소유자가 누구인지 여부

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2004.12.15. ○○○로부터 주식회사 ○○○의 비상장주식 312,500주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2,852,018천원에 양수하였으며, 2005.1.10. 당해 거래에 한·말레이시아 조세협약이 적용되는 것으로 보아 양도소득에 대한 비과세·면제신청서를 제출하고 쟁점주식 양도소득에 대한 원천징수를 하지 아니하였다.
• 나. 서울지방국세청장은 조사를 실시하여 양도법인은 한·말레이시아 조세협약을 이용하여 국내에서의 조세회피를 목적으로 ○○○회사에 불과하고, 쟁점주식 양도차익의 수익적 소유자는 양도법인의 지분 100%를 보유한 대만 소재 ○○○이므로, 청구법인이 쟁점주식 양도차익에 대해 법인세를 원천징수할 의무가 있다는 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 다. 처분청은 이에 따라 2009.11.30. 청구법인에게 2004년 원천징수분 법인세 97,354,950원(처분청은 고지한 세액중 550,000원을 2010.3.15. 직권감액하였음)을 경정·고지하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.2.24. 이의신청을 거쳐 2010.6.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 원천징수의무는 국가의 조세행정편의를 위해 만들어진 것이므로 원천징수의무자는 선량한 관리자로서의 주의의무를 이행하면 그 의무는 종료되는 것으로 보아야 하는 바, 청구법인은 양도인의 주소 등을 확인하기 위해 관련자료를 제출받아 과세관청에 비과세·면제신청서를 제출하여는 등 그 의무를 다하였고, 청구법인으로서는 양도법인이 조세회피를 목적으로 한 ○○○회사임을 확인할 수 있는 방법이 없었음에도 이에 대한 책임을 물어 가산세를 포함한 법인세를 부과하는 것은 부당하다. 청구법인이 2005.1.10. 처분청에 한·말레이시아 조세협약에 근거하여 비과세·면제신청을 하였음에도 처분청은 그로부터 5년이 지난 2009년 1월에서야 양도차익에 대한 원천세와 가산세를 청구법인에게 부과함은 타당하지 아니하고, 또한 국세청에서는 본 건과 같은 사례를 반영하여 2006년 7월 원천징수분부터 원천징수특례제도를 적용·시행하고 있는 바, 시행시점에서 청구법인에게 관련내용을 통보하였어야 하나 아무런 조치도 하지 아니하여 적시에 대응할 수 없게 되어 가산금까지 부과되는 불이익을 받았다. 비과세·면제 신청일로부터 수년이 경과하여 양도법인은 이미 국내에서 철수하여 이 문제를 논의할 상황이 아니고, 청구법인도 경영상의 어려움으로 2009년 7월에 폐업신고를 하는 등 납부여력이 없으므로 양도차익의 수익적 소유자인 ○○○에게 법인세를 부과하여야 한다.
• 나. 처분청 의견

○○○을 통해 추가확인한 결과, 양도법인의 이사는 ○○○의 임원들이 겸임하고 있으며, 쟁점주식 취득 및 매각은 양도법인의 이사 명의로 이루어졌으나 실질적인 투자평가보고서 작성, 투자심의회 개최, 이사회 개최 및 매각조건 검토협의 등이 ○○○ 관계자들의 참가하에 대만에서 이루어 진 사실이 확인되었는 바, 쟁점주식 양도거래가 ○○○과 무관하게 이루어졌다고 보기 어렵고 거래상대방인 청구법인도 양수도 협상과정 등에서 양도법인이 실질적으로 사업을 수행하는 실체인지 충분히 확인할 수 있는 위치에 있었다 할 것이므로 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였다고 보기 어렵다. 청구법인은 수익적 소유자로 판정된 ○○○에게 직접 과세할 것을 주장하나, 법인세법제98조에 따른 국내원천소득에 대한 과세는 소득자가 국내사업장이 없는 외국법인인 경우 국내원천소득을 지급하는 자의 완납적 원천징수로써 납세의무가 종결되므로, 당초 납세의무가 부여된 소득지급자인 청구법인에게 과세함이 타당하다.

• 가. 쟁점 쟁점주식 양도차익의 수익적 소유자를 양도법인(말레이시아 라부안 소재)이 아닌 ○○○(대만 소재)으로 보아 청구법인에게 법인세(원천분)를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(명의)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 법인세법 제93조【국내원천소득】외국법인의 국내원천소득은 다음 각호와 같이 구분한다.

10. 다음 각목의 1에 해당하는 주식·출자증권 또는 기타의 유가증권(소득세법 제94조제1항제4호 의 규정에 의한 기타 자산을 제외하되, 당해 기타자산이 주권상장법인 또는 협회등록법인의 주식 또는 출자증권인 경우에는 이를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 양도로 인하여 발생하는 소득으로서 대통령령이 정하는 소득

• 가. 내국법인이 발행한 주식 또는 출자증권과 기타의 유가증권
• 나. 외국법인이 발행한 주식 또는 출자증권(증권거래법에 의한 유가증권시장에 상장되거나 협회중개시장에 등록된 것에 한한다)과 외국법인의 국내사업장이 발행한 기타의 유가증권 제98조【외국법인에 대한 원천징수 또는 징수의 특례】①외국법인에 대하여 제93조제1호·제2호·제4호 내지 제7호 및 제9호 내지 제11호의 규정에 의한 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 아니하거나 그 국내사업장에 귀속되지 아니하는 소득의 금액(국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 금액을 포함한다)을 지급하는 자는 제97조의 규정에 불구하고 그 지급하는 때에 다음 각호의 금액을 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여 그 원천징수한 날이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서등에 납부하여야 한다. 다만, 제93조제5호의 규정에 의한 소득중 조세조약에 따라 국내원천사업소득으로 과세할 수 있는 소득을 제외한다.

4. 제93조제10호의 소득에 있어서는 그 지급액(제92조제2항제3호의 규정에 해당하는 경우에는 동호의 “정상가격”을 말하며, 이하 이 호에서 “지급액등”이라 한다)의 100분의 10. 다만, 제92조제2항제2호 단서의 규정에 의하여 당해 유가증권의 취득가액 및 양도비용이 확인되는 경우에는 그 지급액등의 100분의 10에 상당하는 금액과 동항동호 단서의 규정에 의하여 계산한 금액의 100분의 25에 상당하는 금액중 적은 금액으로 한다.

③ 제1항 및 제4항 내지 제7항의 규정에 의하여 외국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 원천징수하여야 할 금액을 원천징수하지 아니하였거나 원천징수한 금액을 제1항의 규정에 의한 기한내에 납부하지 아니한 때에는 지체없이 국세징수의 예에 의하여 원천징수의무자로부터 그 징수하는 금액에 제76조제2항에 규정하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 다만, 국가 또는 지방자치단체인 경우에는 예외로 한다. 제98조의4【외국법인의 국내원천소득중 비과세 등을 적용받는 경우 비과세 등의 신청】제93조의 규정에 의한 국내원천소득(동조제5호 및 제6호의 소득을 제외한다)에 대하여 조세조약에 따라 비과세 또는 면제를 받고자 하는 외국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 그 비과세 또는 면제에 관한 신청을 하여야 한다.

(3) 한·말레이시아 조세협약 제1조【인적범위】이 협약은 일방체약국 또는 쌍방체약국의 거주자인 인에게 적용한다. 제13조【양도소득】4. 제1항, 제2항 및 제3항에 언급된 재산 이외의 재산의 양도로부터 발생하는 이득에 대하여는 그 양도인이 거주자로 되어 있는 체약국에서만 과세한다. (4) 법인세법 시행령 제132조【국내원천소득의 범위】⑦법 제93조제10호 본문에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 다음 각호의 소득을 말한다.

2. 국내사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인이 당해 주식 또는 출자증권을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 유가증권시장등을 통하여 주식 또는 출자증권을 양도(증권거래법 제2조제8항제8호 에서 규정하는 중개 또는 대리에 의하여 주식을 양도하는 경우를 포함한다)함으로써 발생하는 소득으로서 당해 양도법인 및 그 특수관계자가 당해 주식 또는 출자증권의 양도일이 속하는 연도와 그 직전 5년의 기간중 그 주식 또는 출자증권을 발행한 법인의 발행주식총수 또는 출자총액(외국법인이 발행한 주식 또는 출자증권의 경우에는 유가증권시장등에 상장 또는 등록된 주식총수 또는 출자총액)의 100분의 25미만을 소유한 경우를 제외한다.

4. 국내사업장을 가지고 있지 아니한 외국법인이 내국법인 또는 거주자나 비거주자·외국법인의 국내사업장에 주식 또는 출자증권외의 유가증권을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 당해 유가증권의 양도시에 법 제93조제1호의 규정에 의하여 과세되는 소득을 제외한다. 제138조의4【외국법인의 국내원천소득중 비과세 등을 적용받는 경우 비과세 등의 신청】①법 제98조의4의 규정에 의하여 비과세 또는 면제의 신청을 하고자 하는 외국법인은 재정경제부령이 정하는 비과세·면제신청서(이하 이 조에서 “비과세·면제신청서”라 한다)를 소득지급자에게 제출하고 해당 소득지급자는 소득을 최초로 지급하는 날의 다음 달 9일까지 소득지급자의 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 비과세 또는 면제의 신청을 한 후 계약내용의 변경 등으로 비과세 또는 면제의 신청내용이 변경되는 경우에도 또한 같다.

② 제1항의 규정에 의한 비과세·면제신청서에는 당해 외국법인의 거주지국의 권한있는 당국이 발급하는 거주자증명서를 첨부하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점주식 양수도계약서(2004.12.15.)에는 양도법인의 주소가○○○로 되어 있다.

(2) 쟁점주식 매매대금 2,852,018천원은 2004.12.15. 청구법인 계좌에서 양도법인 계좌○○○로 송금되었고, 양도법인은 같은 날 영수증을 작성하여 청구법인에게 교부하였다.

(3) 서울지방국세청 조사공무원이 2009년 11월 작성한 원천징수 이행실태 점검복명서는 다음과 같은 내용으로 되어 있다. (가) 양도법인이 등록된 소재지인 ○○○은 2006년 7월 원천징수분부터 원천징수특례가 적용되는 지역으로, 조사대상 거래는 원천징수특례제도 시행전에 이루어졌으나 조세회피 목적의 도관회사가 주로 등록되어 있는 곳이어서 실질 사업여부 및 수익적 소유자 여부를 조사하였다. (나) 양도법인은 ○○○이 지분 100%를 소유한 회사이고, ○○○은 대만 상법에 의해 1959년 설립되었으며, 1999년 정부승인을 얻어 신탁회사에서 상업은행으로 전환하여 예금, 대출, 증권, 외환, 투자 등의 업무를 주로 하는 금융기관이다. (다) 양도법인의 이사로 지정된 직원들은 모두 ○○○에서 근무하는 임원들로 쟁점주식의 취득 및 매각 계약은 양도법인 이사를 통해 이루어졌으나, 실질적인 투자평가보고서 작성, 투자심의회 개최, 이사회 개최 및 매각조건 검토협의 등은 ○○○ 관계자들의 참가하에 대만에서 이루어졌다. (라) 우리나라와 조세조약이 체결되지 않은 대만 소재 금융기관인 ○○○이 ○○○회사를 통해 한·말레이시아 조세조약의 유가증권 양도소득 비과세면제조항을 이용하여 원천징수를 회피한 것으로 판단된다.

(4) 양도법인이 2008.1.15. 과세관청에 제출한 양도법인 직원현황 및 쟁점주식 취득·매각 관련자 내역은 다음 <표1> 및 <표2>와 같다.

(5) 청구법인이 제시한 “유가증권양도소득에 대하여 조세조약에 따른 소득세 비과세·면제신청서”를 보면, 청구법인은 2005.1.10. 처분청에 쟁점주식 양도거래가 우리나라와 말레이시아간의 조세조약 제13조 제4항에 따른 비과세가 적용된다는 취지의 신청을 한 사실이 나타난다.

(6) 살피건대, 양도법인의 이사는 ○○○의 임원들이 겸임하고 있으며, 쟁점주식 취득 및 매각은 양도법인의 이사 명의로 이루어졌으나 실질적인 투자평가보고서 작성, 투자심의회 개최, 이사회 개최 및 매각조건 검토협의 등이 ○○○ 관계자들의 참가 하에 대만에서 이루어진 사실이 확인된 점 등에 비추어 볼 때 쟁점주식의 수익적 소유자는 양도법인이 아닌 ○○○으로 보이므로, 쟁점주식 양도거래는 우리나라와 말레이시아간의 조세조약이 적용되지 아니하는 원천징수대상거래로 판단되며,법인세법제98조는 소득자가 국내사업장이 없는 외국법인인 경우 국내원천소득을 지급하는 자가 원천징수의무를 부담하도록 규정하고 있으므로, 수익적 소유자인 ○○○에게 과세하여야 한다는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다. 또한, 청구법인은 원천징수불이행가산세 부과가 부당하다고 주장하나, 양도법인이 조세피난처로 잘 알려진 ○○○에 소재하고 있었고, 청구법인이 양수도 협상과정 등에서 양도법인이 실질적으로 사업을 수행하는 실체인지 확인할 수 있었다고 보이는 점 등을 종합하여 볼 때 이 부분 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.