금지금 매입과 관련하여 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 것은 정당함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1983.5.1. “OOO”라는 상호의 개인사업자로 개업․운영하다가 1993.7.1. 금지금 도매업을 영위하는 법인으로 전환한 업체로서, 2005년 제1기부터 2006년 제1기까지 주식회사 OOOOO(이하 “OOOOO”라 한다)로부터 공급가액 48,631,199,316원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.
• 나. 서울지방국세청장은 2009년 9월 청구법인에 대한 세무조사 결과, 청구법인이 OOOOO로부터 매입한 금지금이 그 이전단계에서 폭탄업체 또는 자료상을 거치는 등 변칙거래에 의한 것이라 하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세자료를 처분청에 통보함에 따라 처분청은 관련 매입세액을 불공제하여 2010.3.15. 청구법인에게 부가가치세 2005년 제1기 2,538,476,320원, 2005년 제2기 4,771,630,620원, 2006년 제1기 128,349,860원 합계 7,438,456,800원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.5.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인과 OOOOO는 금지금을 거래할 때에 거래명세표, 물품매도계약서 등 정당한 거래증빙과 부가가치세가 별도로 표시된 세금계산서를 받고, 금지금의 운송장을 수령한 후 매매대금을 은행원장 내용과 같이 송금하는 등 적법하게 거래하는 과정에서 쟁점세금계산서를 수취하였음에도 단지 거래상대방(매입처)의 전단계 거래과정에 폭탄업체를 경유하였다 하여 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하는 것은 전단계 매입세액 공제제도를 채택하고 있는 우리나라 부가가치세 제도하에서는 부당한 과세이다. 또한, 빈번한 상거래에서 거래상대방의 전단계거래에 폭탄업체가 있는지 여부를 확인하고 거래를 하여야만 정당거래로 인정하여 매입세액을 공제한다면 상거래가 이루어 질 수 없고, 청구법인으로서는 전단계 거래내용 파악도 불가능하므로 쟁점세금계산서상의 매입세액을 불공제한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점세금계산서를 교부한 OOOOO는 2005년 제1기부터 2006년 제1기까지 매출액의 대부분을 청구법인 및 청구법인 대표자의 동생이 대표로 있는 (O)OOOOOO와 거래하였고, 동 기간 중 금지금을 매입한 605억원 중 전전단계의 매입처가 폭탄업체인 매입이 208억원, 전단계 또는 그 이전단계 매입처가 자료상인 매입이 397억원임이 확인된다. 폭탄업체를 거쳐 매입한 금지금의 경우, 면세로 매입한 금지금을 과세로 전환하면서 별도로 부가가치세 10%를 추가한 것이 아니라 매입한 면세금가액을 공급가액과 부가가치세를 안분하여 세금계산서를 발행한 것이기 때문에 실질적으로 거래금액 전체가 공급가액임에도 세금계산서에 부가가치세를 허위로 구분기재한 것에 불과하므로 공급가액과 부가가치세액의 기재가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 또한, 청구법인과 같이 금지금을 변칙거래한 것은 부가가치세 제도와 영세율 제도를 교묘히 악용하여 부가가치세 제도의 근간을 해하고 국고를 편취할 뿐만 아니라 막대한 국부를 해외로 유출하는 중대한 범죄행위이므로 쟁점세금계산서에 대한 매입세액공제는 신의성실의 원칙에 비추어도 허용될 수 없다.

• 가. 쟁점 금지금 매입과 관련하여 수취한 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 것이 정당한지 여부
• 나. 관련 법령 부가가치세법 제16조 【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하󰡒세금계산서󰡓라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 서울지방국세청장이 2009년 9월 청구법인에 대하여 조사한 결과에 의하면, 2005년 및 2006년 총매출액 1,220억원 중 청구법인의 대표 권OO 책임하에 실제 운영하고 있는 (O)OOOOOO에게 685억원을 매출하여 총 매출액의 56.1%를 차지하고, 동 기간 중 총 매입액 1,088억원 중 OOOOO로부터의 매입액이 478억원(실제 486억원)으로 총 매입액의 43.9%를 차지한 것으로 나타나며, OOOOO는 2005년 제1기 총 매출액 159억원 전액을 청구법인에게 발행하고 2005년 제2기 총 매출액 413억원 중 98%에 상당하는 403억원을 청구법인과 (O)OOOOOO에게 발행하였으며, 2006년 제1기 총 매출액 45억원 전액을 청구법인과 (O)OOOOOO에게 발행하는 등 2005년 제1기부터 2006년 제1기까지 매출세금계산서의 대부분을 청구법인과 청구법인의 관련업체에게 발행하고, 2005년 및 2006년 중 금지금 매입으로 확인된 605억원 중 전전단계의 매입처가 폭탄업체인 매입이 208억원, 전단계 및 전전단계의 매입처가 자료상으로 확정된 업체의 매입이 397억원인 것으로 나타난다.

(2) 처분청은 청구법인이 OOOOO로부터 수취한 쟁점세금계산서상의 공급가액 486억원은 중간거래단계에 “폭탄업체”를 거치는 등 부가가치세가 거래징수되지 아니하고도 허위로 기재한 것으로 보아 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다 하여 관련 매입세액을 매출세액에서 불공제하고 이 건 부가가치세를 과세하였다.

(3) 쟁점세금계산서와 관련된 금지금의 매입거래흐름을 보면, 최초 수입상으로부터 수입된 금지금이 2～4개의 중간도매상을 거쳐 최종적으로 청구법인에게 공급되었고, 청구법인의 매입처인 OOOOO는 그 이전 단계의 거래처는 금지금을 영세율(또는 면세)로 구매하여 부가가치세를 부담하지 않고 과세매출로 전환한 폭탄업체에 판매하고 다시 매입가격보다 낮게 중간도매상 및 청구법인에게 판매하였으며, 부가가치세를 납부하지 않음으로써 결과적으로 폭탄업체는 이익을 가지며 청구법인은 저가구매(약 5% 낮은 가격)가 가능하다는 것인 바, 일반적인 상거래에 있어서는 거래단계가 많아질수록 매매단가가 높아지는 것이 보편적인 현상임에도 쟁점세금계산서와 관련된 금지금거래는 여러 단계를 거쳐 거래가 이루어지는데도 최초 거래단계의 매매단가 보다 최종 거래단계의 매매단가가 낮아지는 불합리한 거래구조로 나타난다.

(4) 또한, 최초 수입상에서 몇 단계의 중간도매상을 경유하여 최종 청구법인까지 2～3시간 내에 금지금운송이 이루어진 점 등으로 미루어 보아 청구법인이 이들 업체의 변칙거래행위를 사전에 전혀 알지 못하고 거래한 것으로는 인정하기 어렵다.

(5) 살피건대, 이 건은 청구법인에게 최종 공급이 이루어진 여러 단계의 금지금 거래가 부가가치세 횡령업체(폭탄업체)나 수출거래로 위장된 변칙거래업체를 경유한 거래단계를 거쳤고, 이들 업체들과 그 대표자가 명의만을 대여한 무능력자이거나 실물거래없이 허위의 세금계산서만을 수수하는 자료상으로 확정·고발되었으며, 청구법인이 이들 업체들로부터 순환적으로 단기간에 거액의 금지금을 최초 거래단가보다 낮은 가격으로 공급 받은 점 등을 감안할 때, 청구법인이 이들 업체들과 정상적인 거래를 하고 쟁점세금계산서를 수취한 것으로 인정하기 어려우므로, 처분청이 쟁점세금계산서를 부가가치세법제17조 제2항의 규정에 의한 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.