청구법인의 책임과 의무가 아직 양수자에게 완전히 이전되지도 아니하고 양수도대금의 잔금도 수수되지 않은 상태에서 청구법인이 신탁원부 상 수익자 변경등기가 완료되기 전까지는 쟁점사업과 관련된 용역을 제공받을 수밖에 없는 점 등에 비추어, 쟁점세금계산서를 사업과 관련 없는 세금계산서로 보기는 어려움
청구법인의 책임과 의무가 아직 양수자에게 완전히 이전되지도 아니하고 양수도대금의 잔금도 수수되지 않은 상태에서 청구법인이 신탁원부 상 수익자 변경등기가 완료되기 전까지는 쟁점사업과 관련된 용역을 제공받을 수밖에 없는 점 등에 비추어, 쟁점세금계산서를 사업과 관련 없는 세금계산서로 보기는 어려움
OOO세무서장이 2009.12.1. 청구법인에게 한 2008년 제2기분 부가가치세 매입세액 OOO원에 대한 경정(환급)청구 거부처분은 이를 취소한다.
(1) 부가가치 세법 제4조【사업장의 범위】
① 부가가치세는 사업장마다 신고ㆍ납부하여야 한다. 제5조【등록】
① 신규로 사업을 개시하는 자 중 사업자단위과세사업자가 아닌 자는 사업장마다, 사업자단위과세사업자는 당해 사업자의 본점 또는 주사무소에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 제6조【재화의 공급】
⑤ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매에 있어서는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우에는 그러하지 아니하다. 제9조【거래 시기】
① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호에 규정하는 때로 한다.
1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때
2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때
3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때
② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. 제17조【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. (2) 부가가치세법 시행령 제58조【위탁판매등의 경우의 세금계산서의 교부】
② 위탁매입 또는 대리인에 의한 매입의 경우에는 공급자가 위탁자 또는 본인을 공급받는자로 하여 세금계산서를 교부한다. 이 경우에는 수탁자 또는 대리인의 등록번호를 부기하여야 한다.
⑤ 법 제6조 제5항 단서의 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 적용하지 아니한다. 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각 호에 따른다. 다만, 폐업 전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다.
1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때
2. 완성도 기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때
3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때
(2) 청구법인과 OOO은 2007.8월부터 각각 40%, 60%의 지분을 갖고 있는 사업용 부지를 공동으로 2007.10월 OOO(주)에 신탁하여 사업을 시행하고 건설공사용역 등 매입금액에 대하여 위탁자별로 나누어 각각의 법인 사업장으로 매입세금계산서를 교부받아 2008년 2기 확정분까지 부가가치세를 신고납부하였는 바, OOO세무서장의 부과처분 이후 2008.10.1. 개별사업장으로 전환하는 과정에서 청구법인에게 위탁자별 지분에 따라 세금계산서를 교부하고 기성 청구한 금액에 대하여 청구법인이 양수자인 OOO에 양도하는 방법으로 적법하게 처리하고 부가가치세를 신고한 것임을 주장하면서 증빙으로 매매계약서, 공사도급계약서 및 공동사업약정서 등을 제출하므로 이에 대해 살펴본다. (가) 청구법인이 제출한 계약서 및 등기부등본에 의하면, 청구법인은 2007.8.17. OOO에게 쟁점사업장의 대지 6,041㎡ 중 60% 지분을 아래 <표2>와 같이 양도하는 매매계약을 체결하고 2007.9.27. 소유권 일부 이전등기를 완료하였으며, 같은 날 청구법인과 OOO(이하 “청구법인 등”이라 한다)은 쟁점사업장 지상에 연면적 48,071㎡의 주상복합건축물을 신축하여 분양하기로 하는 쟁점사업에 관한 동업계약서를 작성한 것으로 기재되어 있다. OOOOOOOOOO OOOOO (나) 쟁점사업은 2007.10.12. 착공하여 공사가 진행되었고, 청구법인 등은 공동사업으로 사업자등록을 신청한 사실이 없으며, 청구법인은 시공사 등으로부터 2007.2기～2008.2기 기간 중에 지분율 40%에 해당되는 금액의 매입세금계산서를 청구법인 명의로 교부 받았음이 아래 <표3>과 같이 국세통합인증관리시스템에 의하여 확인된다. OOOOOOOOOO OOOOOOO OO (OO: OOO) (다) 쟁점사업과 관련된 공사도급계약서(2007.8.31.)에 의하면 도급인은 청구법인 등이고, 수급인은 시공사로 되어 있으며, 2007.10.12. 신고된 착공신고필증에 의하면 건축주가 청구법인 외 1인으로 되어 있고, OOO장이 교부한 건축허가서에도 청구법인 등이 건축주로 되어 있다. (라) 공동사업약정서(2007.9.27.) 제3조에 의하면, 토지매매계약일 이후 공동사업과 관련하여 지급하는 도급공사비, 용역비, 부담금 등을 토지 지분율에 따라 공동으로 부담하기로 되어 있으며, 제4조에서는 청구법인 등이 공동채무자로서 OOO(주) 등과 대출약정을 통해 PF자금을 조달하며 투자지분에 비례하여 부담하기로 하고, 제5조에서는 수입금 역시 토지지분에 따라 배분하는 것으로 기재되어 있다. (마) 청구법인 등은 OOO(주)(이하 “수탁자”라 한다)에 2007.10.31. 쟁점사업을 위탁하기로 하는 계약을 체결하면서, 청구법인 등을 토지지분 비율에 따라 신탁의 공동수익자로 정하고 쟁점사업장의 토지 소유권을 수탁자에게 신탁을 등기원인으로 이전하였으며, 2007.11.14. 건축주 명의를 청구법인 등으로부터 수탁자 명의로 변경신고하였음이 신탁계약서, 건축관계자 변경신고필증 등에 나타난다. (바) 청구법인은 2008.10.1. 청구법인이 보유한 신탁수익권 지분 40%를 OOO에게 아래 <표4>와 같이 양도하는 계약을 체결하고 2009.1.23. 신탁수익권 양도에 관한 신탁변경내용의 등기를 완료하였으며, “신탁수익권 양도·양수계약서” 제4조 (공동사업약정의 해제)에서 “양수도계약의 체결과 동시에 2007년 9월 체결한 공동사업약정(OOO동 주상복합사업)을 해제하고 이 양수도계약에 의한 채권 외에 신탁부동산과 관련한 사업에 대한 수익권을 주장하지 않기로 한다”라고 규정하고 있으며, 제6조에서는 본 양수도계약일 이후 신탁부동산의 시공 등 투자와 관련하여 계약상 공사대금이나 용역대가가 청구법인에게 청구되어 청구법인이 상대방에게 지급하고 동일한 금액을 OOO에게 청구하는 경우 OOO이 해당분기말까지 정산하여 3개월 이내에 청구법인에게 지급하기로 한다”라고 규정하고 있다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOOOOOO (OO: OOO) 토지에 대한 신탁수익권 양수도 대금은 OOO원, 2008.9.30. 이전건축원가에 대한 양수도 대금은 OOO원(부가가치세 별도)으로, 매매대금 총액은 OOO원으로 기재되어 있다. (사) 2008.10.1. 신탁수익권 양도·양수계약 체결 이후 청구법인의 세금계산서 수수내역은 아래 <표5>와 같다. OOOOOOOOOO OOOOO OOOO (OO: OOO) (사) 청구법인이 2008.10.1. 신탁수익권을 OOO에게 양도한 이후에도 청구법인은 시공사로부터 쟁점세금계산서를 교부받아 OOO에게 같은 금액의 세금계산서를 교부하고 부가가치세 신고를 하였다가, OOO과의 거래가 공사대금의 지급이 아닌, 지분권의 양도이므로 재화의 공급으로 볼 수 없다 하여 매출을 취소하는 경정청구를 하였으며, OOO세무서장은 OOO에 대한 2008년 제2기 확정분 부가가치세 환급청구에 대한 현지확인 조사를 실시하여 쟁점사업이 공동사업에 해당하며, 청구법인이 OOO에게 신탁수익권을 양도하면서 교부한 세금계산서상 공급가액 OOO원에 대하여는 수익권의 양도가 아니라 출자지분의 양도이므로 재화의 공급에 해당되지 아니한다고 보아 OOO이 수취한 세금계산서에 대한 매입세액 OOO원을 불공제하였다.
(3) 살피건대, 처분청은 2008.10.1. 청구법인이 OOO과의 신탁수익권 양도·양수계약서에 의거 공동사업 약정이 해지되어 수익권을 주장할 수 없고, 양수도계약일 이후 신탁부동산의 시공 등 투자와 관련하여 계약상 공사대금이나 용역대가는 OOO의 사업관련 비용에 해당되는 것인 바, 청구법인이 시공사 등으로부터 교부받은 쟁점세금계산서상 매입액 OOO원은 청구법인의 사업과 관련 없이 교부받은 세금계산서이므로 매입세액공제 대상이 아닌 것으로 판단하였으나, 첫째, 청구법인은 쟁점사업과 관련한 OOO세무서장의 부가가치세 부과처분으로 인하여, 쟁점사업의 준공시까지 발생하는 매입부가가치세 총액이 OOO원 정도로 예상되는 상황에서 어쩔 수 없이 2008년 4/4분기 세금계산서와 매입부가가치세액을 OOO세무서장의 부과처분 내용에 맞추어 개별사업장으로 신고하기로 하고, 2008.10.1자로 신탁수익권에 대한 양도․양수 계약을 체결한 후 OOO의 개별사업장으로 전환할 수 밖에 없었던 것으로 보이는 점, 둘째, 청구법인이 2008.10.1.자 신탁수익권 양도․양수계약에 따라 개별사업장으로 전환하는 과정에서 2009.1.23.자 신탁수익권에 대한 수익자 변경등기가 완료되기 전까지는 주상복합사업과 관련하여 계약상 청구법인이 위탁자별 지분에 따라 건축공사 등 용역을 계속 제공받을 수밖에 없었고 이러한 매입액에 대하여는 청구법인이 매입세금계산서를 교부받아 처리할 수밖에 없었던 점, 셋째, 청구법인이 2008.10.1.자로 신탁수익권 양도․양수계약이 체결되었음을 이유로 매입세금계산서 수령을 거부한다면 위탁자별로 세금계산서를 발행하여야 하는 거래상대방은 세금계산서를 발행조차 할 수가 없게 되는 점, 넷째, 건축공사 등 사업실행이 계속 이루어지고 있는 상황 하에서 불가피하게 공사도급계약, PF대출계약 등 쟁점사업의 관련계약상 청구법인의 책임과 의무가 아직 양수자인 OOO에게 완전히 이전되지도 아니하고 양수도대금의 잔금도 수수되지 않은 상태에서 청구법인이 신탁원부상 수익자 변경등기가 완료되기 전까지는 쟁점사업과 관련된 용역을 제공받을 수밖에 없는 점 등에 비추어, 처분청에서 청구법인이 교부받은 세금계산서를 사업과 관련 없는 매입세금 계산서로 판단하고 매입세액 불공제하여 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.