소송계류중인 건에 대한 법인세 경정청구 거부 처분은 정당

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 ‘은행업’을 주업으로 하면서 ‘신탁업’을 겸영하고 있는 법인으로, ○○○국세청장은 2006.1.19.~2006.8.30. 기간동안 청구 법인에 대한 2001~2005사업연도 법인세제 통합조사를 실시하여 3차례 (2007.3.5, 2007.6.1, 2007.7.2.)에 걸쳐 법인세 129,101,827,430원(1차: 2001사업연도 10,969,450원, 2차: 2002사업연도 10,656,630원, 2003사업연도 269,790,090원, 2004사업연도 1,651,887,000원, 2005사업연도 126,964,271,140원, 3차: 2004사업연도 498,650원, 2005사업연도 193,754,470원)와 이자소득 원천세 6,237,947,580원(2002년 귀속 18,362,250원, 2003년 귀속 1,646,526,160원, 2004년 귀속 3,977,903,470원, 2005년 귀속 595,155,700원) 및 농어촌특별세 2005사업연도 220,927,340원을 각각 결정 및 경정·고지하였다
• 나. 청구법인은 이에 불복하여 2007.8.27. 심판청구○○○를 하였고, 우리 원은 2009.9.29. 청구법인의 주장 일부를 인용 하고, 나머지 주장과 관련한 2001~2005사업연도 법인소득금액 중 익금산입액 33,229,072원, 손금불산입액 39,281,020,029원 합계 39,314,249,101원(이하 ‘쟁점금액’이라 한다)에 대하여는 기각하자, 이에 대하여 소송을 제기하여 현재 ○○○에 계류 중에 있다○○○.
• 다. 청구법인은 2010.3.31. 우리 원의 위 심판결정으로 인하여 2005사업연도 법인세 산출세액이 “0”원이 되었는 바, 소송에서 승소할 경우 2005사업연도 이월결손금증가가 2006사업연도 법인세에 영향을 미치게 되므로 된다는 이유를 들어 2006사업연도 법인세 9,828,562,270원 (39,314,249,101원×25%)의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였고, 처분청은 청구법인의 2004사업연도 부과처분과 관련한 불복청구가 우리 원에서 기각 결정되었으므로 적법한 처분에 해당한다 하여 2010.4.28. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.
• 라. 청구법인은 이에 불복하여 2010.5.17. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세심판원의 일부 취소결정○○○으로 청구법인의 2005사업연도 법인세 산출세액이 이미 “0”원이 되었고, 나머지 청구주장이 승소할 경우 이월결손금 증가로 2006사업연도 법인세(2006사업연도 기초이월결손금 증가)에 영향을 미치게 된다. 따라서, 처분청이 한 2005사업연도 익금산입 및 손금불산입한 쟁점금액이 모두 위법하므로 2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 소송계류 중인 주장내용이 받아들여져 승소할 경우 2005사업연도의 법인세가 감액결정 되어야 하나, 조세심판원의 일부 과세처분 취소로 현재 2005사업연도 법인세 과세표준과 산출세액이 “0”원이 되었고, 승소할 경우 2005사업연도 이월결손금 증가 및 2006사업연도 기초이월결손금이 증가하므로 2006사업연도 법인세를 환급하여야 한다고 주장하나, 조세심판원은 2005사업연도 법인세 부과처분이적법하다고 기결정○○○한 바 있고, 이와 관련하여 소송진행 중에 있어 현재까지 확정된 것이 없으므로 청구 법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 조세심판원의 심판청구를 거쳐 현재 소송계류 중인 청구법인의 2005사업연도 법인세 과세처분에 대한 2006사업연도 법인세 경정청구의 당부
• 나. 관련법령 (1) 국세기본법 제45조의2 【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때

② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세 표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다.

1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

⑤ 결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단 처분청은 청구법인의 경구청구○○○에 의해 2005사업연도 법인세 잔존세액이 이미 ‘0’원이 되었으므로 쟁점금액이 승소할 경우 2005사업연도 결손금 증가로 인한 2006사업연도 법인세를 환급하여야 함]가 이유없는 것으로 보아 거부처분을 하였고, 청구법인은 심판청구를 거쳐 현재 소송계류 중인 청구주장이 모두 위법하므로 과세처분과 관련한 익금불산입 및 손금산입액을 반영하는 경우 2006사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정함이 타당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(1) 처분청이 제출한 자료를 보면, ○○○국세청장은 2006.1.19.~2006.8.30. 기간동안 청구법인에 대한 2001~2005사업연도 법인세제 통합조사를 실시하여 3차례(2007.3.5, 2007.6.1, 2007.7.2.)에 걸쳐 법인세 129,101,827,430원(1차: 2001사업연도 10,969,450원, 2차: 2002사업연도 10,656,630원, 2003사업연도 269,790,090원, 2004사업연도 1,651,887,000원, 2005사업연도 126,964,271,140원, 3차: 2004사업연도 498,650원, 2005 사업연도 193,754,470원)와 이자소득 원천세 6,237,947,580원(2002년 귀속 18,362,250원, 2003년 귀속 1,646,526,160원, 2004년 귀속 3,977,903,470원, 2005년 귀속 595,155,700원) 및 농어촌특별세 2005사업연도 220,927,340원을 경정·고지하였고, 청구법인은 이에 불복하여 2007.8.27. 국심 2007서4945호로 심판 청구(합병과정의 대손충당금 한도초과액 등 쟁점 13개)를 하였으며, 우리 원은 2009.9.29. 일부 주장을 인용하고 나머지는 기각하자, 청구법인은 기각된 주장과 관련한 2001~2005사업연도 쟁점금액에 대하여는 소송제기○○○한 후, 우리 원의 심판결정(2009.9.29.)으로 인하여 2005사업연도 법인세 산출세액이 “0”원이 되어 승소할 경우 2005사업연도 이월결손금으로 증가로 인해 2006사업연도 법인세에만 영향을 미치게 되는 것인바, 쟁점금액에 대한 2006사업연도 법인세 9,828,562,270원(39,314,249,101원×25%)의 환급을 구한다는 내용으로 2010.3.31. 처분청에 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2010.4.28. 청구법인의 경정청구건이 조세심판원을 거쳐 소송진행 중에 있어 현재 상태에서는 적법한 처분에 해당한다 하여 경정청구를 거부하였다.

(2) 청구법인은 쟁점금액과 관련한 과세처분이 위법하므로 쟁점 금액에 대한 법인소득금액을 반영하여 2006사업연도 법인세를 환급하여야 한다고 주장하나, 2005사업연도 법인세 과세처분이 현재 소송진행 중에 있어 2006사업연도 법인세에 대한 경정할 세액이 전혀 없음에도 현재 진행 중인 소송에서 승소를 예상하여 2006사업연도 법인세를 경정하여 달라는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다 할 것이다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정 한다.