대물변제로 취득한 부동산을 사업과 직접 관련이 없는 지출로 본 처분의 당부

심판청구를 기각한다.

청구법인은 2003.7.1. 개업하여 ○○○ 17층 1718호에 사업장을 두고 관상수․자연석 도․소매업을 영위하는 법인으로서, 2009.9.28. 주식회사 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)과 공동으로 주식회사 ○○○(이하 “○○○”이라 한다)으로부터 ○○○ 201호 건물 151.1325㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)의 2분의 1지분을 각각 매입하고, 공급가액 459,915,957원(건물분 395,840,434원, 토지분 64,075,523원)의 세금계산서 1매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다) 및 계산서 1매를 교부받아 관련 매입세액 39,584,043원을 2009년 제2기 과세기간 매입세액으로 하여 환급신고 하였다. 처분청은 쟁점부동산은 국민주택규모 이상의 빌라로서 청구법인의 사업과 직접 관련이 없는 비사업용자산에 해당하는 것으로 보아 관련 매입세액 공제를 부인하여 2010.3.11. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세 4,148,150원을 경정․고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2010.5.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인의 관계회사인 ○○○이 2007.11.27. ○○○ 신축공사 발주처인 ○○○주식회사(이하 “○○○”이라 한다)와 건설공사(조경공사) 하도급계약을 체결하면서, 공동수급운영협약서 제1장 제3조 단서의 규정에 의하여 40평 이상 ○○○ 1채를 매입하기로 약정하고, 청구법인과 ○○○이 공동으로 위 빌라(쟁점부동산)를 매입하였으며, 쟁점부동산의 소유권이전등기가 경료되는 즉시 재매각하고, 재매각시는 부가가치세법상 적법한 세금계산서를 발행하여 관련 매출세액을 납부할 계획이었다. 청구법인은 ○○○에서 쟁점부동산의 매매대금을 지급하였으나 ○○○ 측의 빌라분양의 미진 및 토지에 대한 저당권 등이 해결되지 아니하여 현재까지 소유권이전등기가 경료되지 아니하여 조기매각도 지연되어 ○○○과 매매대금 반환청구 소송중임에도 불구하고, 처분청은 청구법인의 구매목적 및 사용실태, 향후 매각계획 등을 종합적으로 감안하지 아니하고 단지 쟁점부동산이 주택(빌라)이라는 명칭만으로 판단하여 빌라 매입에 따른 매입세액의 공제를 부인하였으나, 사업관련사항을 종합적으로 판단하여 공사대금의 회수를 위해 쟁점부동산을 일시적으로 보유할 때에는 업무와 관련이 없는 자산에서 제외한다는 규정을 무시하고, 법인세법 시행령 제49조 제1항 가목에서 규정한 최소한의 유예기간 동안 쟁점부동산의 사용 및 처분상황 등을 살펴본 후 판단하지 아니하고 쟁점부동산의 매입 즉시 사업용 또는 비사업용 여부를 판단하여 부가가치세법을 적용하는 것은 부당하므로 이 건 부가가치세의 부과처분을 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 부동산매매업을 영위하는 법인도 아니고 관상수 도․소매업이 주업인 면세사업을 영위하는 법인으로서, 매입한 국민주택규모 이상의 빌라인 쟁점부동산의 2분의 1을 사업용자산으로 판단하여 관련 매입세액을 공제받았고, 위 부동산을 조기매각하여 공사대금을 회수하는 것이 주목적이었다고 주장하나, 청구법인은 부동산매매업을 영위한 적이 없고 사업자등록증에도 부동산매매업이 업종으로 등록되어 있지 아니하여 계속적 반복적인 사업에 해당한다고 보기도 어렵다.

• 가. 쟁 점 대물변제로 구입한 부동산을 비사업용자산으로 보아 관련 매입세액을 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령

○ 부가가치세 제17조 【납부세액】

① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액

⑦ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 부가가치세법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

③ 법 제17조 제2항 제2호에 규정하는 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위는 소득세법 시행령 제78조 또는 법인세법 시행령 제48조 ，제49조 제3항 및 제50조에 규정하는 바에 의한다.

○ 소득세법 시행령 제78조 【업무와 관련없는 지출】 법 제33조 제1항 제13호에서 “직접 그 업무에 관련이 없다고 인정되는 금액”이라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 사업자가 그 업무와 관련없는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 발생하는 취득비ㆍ유지비ㆍ수선비와 이와 관련되는 필요경비

2. 사업자가 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 타인(종업원을 제외한다)이 주로 사용하는 토지ㆍ건물 등의 유지비ㆍ수선비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금

○ 법인세법 시행령 제48조 【공동경비의 손금불산입】

① 법인이 당해 법인외의 자와 동일한 조직 또는 사업 등을 공동으로 운영하거나 영위함에 따라 발생되거나 지출된 손비 중 다음 각 호의 기준에 의한 분담금액을 초과하는 금액은 당해 법인의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다.

1. 출자에 의하여 특정사업을 공동으로 영위하는 경우에는 출자총액 중 당해 법인이 출자한 금액의 비율

2. 제1호 외의 경우로서 해당 조직ㆍ사업 등에 관련되는 모든 법인 등(이하 이 항에서 “비출자공동사업자”라 한다)이 지출하는 비용에 대하여는 다음 각 목에 따른 기준

• 가. 비출자공동사업자 사이에 제87조 제1항 각 호의 어느 하나의 관계가 있는 경우: 직전 사업연도의 매출액 총액에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율. 다만, 공동행사비 및 공동구매비 등 기획재정부령으로 정하는 손비에 대하여는 참석인원수ㆍ구매금액 등 기획재정부령으로 정하는 기준에 따를 수 있다.
• 나. 가목 외의 경우: 비출자공동사업자 사이의 약정에 따른 분담비율. 다만, 해당 비율이 없는 경우에는 가목의 비율에 따른다.

○ 법인세법 시행령 제49조 【업무와 관련이 없는 자산의 범위 등】

① 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 자산”이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.

1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. (단서 생략)

• 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.
• 나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.

② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.

③ 법 제27조 제1호에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.

○ 법인세법 시행령 제50조 【업무와 관련이 없는 지출】

① 법 제27조 제2호에서 “대통령령이 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 해당 법인이 직접 사용하지 아니하고 다른 사람(주주등이 아닌 임원과 소액주주등인 임원 및 사용인은 제외한다)이 주로 사용하고 있는 장소ㆍ건축물ㆍ물건 등의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금. (단서 생략)

2. 해당 법인의 주주등(소액주주등은 제외한다)이거나 출연자인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비ㆍ관리비ㆍ사용료와 이와 관련되는 지출금

3. 제49조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산을 취득하기 위하여 지출한 자금의 차입과 관련되는 비용

형법 또는 국제상거래에 있어서 외국공무원에 대한 뇌물방지법에 따른 뇌물에 해당하는 금전 및 금전 외의 자산과 경제적 이익의 합계액

② 제1항 제1호 및 제2호에서 “소액주주등”이란 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1에 미달하는 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등(해당 법인의 국가, 지방자치단체 외의 지배주주등과 특수관계에 있는 자는 제외하며, 이하 “소액주주등”이라 한다)을 말한다.

○ 법인세법 시행규칙 제26조 【업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위】

① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 “기획재정부령이 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)을 말한다.

2. 부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산 개발 및 공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산: 취득일부터 5년

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 아래 〈표1〉과 같이 2009.9.28.○○○으로부터 쟁점부동산의 2분의 1지분을 공급가액 459,915,957원에 매입하고 쟁점세금계산서인 건물분 공급가액 395,840,434원의 세금계산서 1매와 토지분 공급가액 64,075,523원의 계산서 1매를 교부받아 관련 매입세액 39,584,043원을 2009년 제2기 과세기간 매입세액으로 하여 환급신고하였음이 심리자료에 의하여 확인된다. 〈표1〉 청구법인의 쟁점세금계산서 수취 내역 공급일 품목 공급가액 세액 합계 2009.9.28 쟁점부동산 중 건물분 395,840,434 39,584,043 435,424,477 2009.9.28 쟁점부동산 중 토지분 64,075,523

• 64,075,523 459,915,957 39,584,043 499,500,000

(2) 청구법인이 2010.1.25. 신고한 2009년 제2기 부가가치세 확정신고서에 의하면, 청구법인의 총 매출액은 공급가액으로 292,726,000원이고, 동 금액의 약 98.9%에 상당하는 289,486,000원이 면세분인 반면, 나머지 3,240,000원은 과세분 이며, 총 매입액 437,391,801원(쟁점부동산 중 건물분 395,840,434원, 기타 매입분 41,551,367원)에서 공제받지 못할 매입액 40,208,902원(접대비 및 이와 유사한 비용 관련 1,000,000원, 면세사업 관련 21,930,472원 및 과세․면세사업 공통매입액 중 면세사업분 17,430,880원)을 차감한 397,182,899원에 대한 매입세액 39,718,288원을 공제받을 수 있는 매입세액으로 하여 환급신고한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 공사대금의 회수를 위해 쟁점부동산을 일시적으로 보유할 때에는 업무와 관련이 없는 자산에서 제외한다고 주장하면서 그 증빙으로 ○○○과 체결한 건설공사 표준하도급계약서, 청구법인과 ○○○과 공동으로 체결한 ○○○ 매매계약서, 쟁점부동산의 등기부등본, 청구법인과 ○○○에서 발송한 ‘부동산 소유권이전에 대한 계약해제의 통보’를 제출하였는 바, 그 내용은 다음과 같다. (가) ○○○이 2008.11.27. ○○○과 체결한 건설공사 표준하도급계약서에 의하면, ○○○로부터 ○○○ 1차 93세대 및 2차 19세대 신축공사의 각 2분의 1을 2008.11.27. 착공하여 2009.2.28. 준공하는 조건으로 1,650,000,000원(공급대가)에 하도급받기로 하는 계약을 체결하면서, 공동수급운영협약서 제3조 단서의 규정에 의하여 ○○○ 46평 이상 1채를 매입 또는 판매하는 약정을 하였고, 이로부터 약 6개월 후인 2009.5.29. 청구법인과 ○○○은 공동으로 쟁점부동산을 999,000,000원에 취득하기로 계약을 체결하고, 계약당일 99,900,000원을 지급하고, 2009.7.20. 잔금 899,100,000원을 지급하기로 약정한 것으로 청구법인과 ○○○과 공동으로 체결한 ○○○ 매매계약서에 나타난다. (나) ○○○이 2009.8.26. 쟁점부동산에 대한 소유권보존등기를 경료하였고, 2009.9.18. 최권최고액 403,000,000원으로 채무자 ○○○로 하여 주식회사 ○○○에 근저당권이 설정되었음이 확인된다. (다) 청구법인과 ○○○이 2010.4.1. ○○○에게 발송한 ‘부동산 소유권이전에 대한 계약 해제의 통보’에 의하면, 2009.9.28.까지 ○○○에게 쟁점부동산의 매매대금 999,000,000원을 지급하였음에도 소유권이전등기를 경료하지 아니하여 2차에 걸쳐 소유권이전등기를 요청하였으나, ○○○이 이를 이행하지 아니하므로 2010.4.9.까지 소유권이전등기가 이행되지 아니할 경우 위 매매대금의 반환 및 이 건 매매계약을 해제하는 법적 절차를 진행할 것으로 통보한다는 취지의 내용을 담고 있다.

(4) 위와 같이 청구법인은 법인세법 시행령제49조 제1항 가목에서 규정하고 있는 최소한의 유예기간 동안 쟁점부동산의 사용 및 처분현황 등을 살펴보지 아니하고 비사업용여부를 판단하는 것은 부당하다고 주장하나, 부가가치세법제17조 제2항 제2호에서 규정하고 있는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출’의 범위에 대해 같은 법 시행령 제60조에서, 소득세법 시행령제78조 또는 법인세법 시행령제48, 제49조 제3항 및 제50조를 열거하고 있고, 법인세법 시행령제1항 제1호 가목 및 같은 법 시행규칙 제26조 제1항 제2호에서, 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산은 업무와 관련이 없는 자산으로 규정하면서, 부동산매매업 및 건물 건설업(자영건설업에 한함)을 주업으로 취득한 매매용부동산은 취득일로부터 5년간은 업무와 관련이 없는 자산으로 보지 아니하도록 규정하고 있다. 그러나 청구법인의 업종은 사업자등록증상 관상수, 자연석 도소매업으로 되어 있고, 2009년 2기 확정 부가가치세신고서의 공급가액은 총공급가액 292,726,000원 중 면세공급가액이 98.89%인 289,486,000원으로 주로 면세사업을 영위하는 사업자로서, 청구법인이 청구법인의 주장처럼 쟁점부동산을 사업과 관련하여 취득하였다면 청구법인이 2009년 2기 확정 부가가치세 확정신고시 공통매입세액 안분계산대상으로 하여 매입세액 안분계산하여 면세사업분에 대하여 불공제 또는 면세사업 관련 매입세액으로 하여 전액불공제하였어야 하나, 청구법인이 영위하고 있는 과세사업이 어떠한 사업인지에 대한 구체적인 내용을 제시함이 없이 쟁점세금계산서 관련매입세액 전액을 과세사업과 관련된 매입세액으로 공제한 것은 잘못이 있는 것으로 보이는 바, 쟁점부동산을 청구인의 사업과 직접 관련이 없는 비사업용자산에 해당하는 것으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조, 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.