직전 4년간 발생한 연구 인력개발비가 없는 경우 세액공제방법

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 1988.2.1. 개업하여 핸드백 및 악세사리 등을 제조하여 주로 ○○○의 패션업체인○○○ 등에 수출하는 법인으로, 2007.3.13. 2006사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항 제2호에 따라 연구전담부서에서 연구 및 인력개발비로 사용한 709,646,893원의 100분의 15에 해당하는 금액 106,447,033원을 세액공제액으로 하여 법인세 신고를 하였다가 2009.11.30. 당초 공제받은 세액공제액이 과다하게 계상되었다 하여 세액공제액을 106,040,383원, 가산세를 포함하여 추가 납부할 법인세를 525,595원으로 하는 법인세 수정신고를 한 후, 2010.2.10. 세액공제방법을 다시 같은 법 제10조 제1항 제1호에 의한 세액공제방법(이하 “연평균발생액 기준에 의한 세액공제”라 한다)으로 변경하여 세액공제액을 353,467,946원으로 하고, 법인세 247,427,563원을 환급하여 달라는 경정청구를 하였다.
• 나. 처분청은 최초로 발생한 연구·인력개발비에 대해서는 직전 4년간 발생한 연구·인력개발비가 없으므로 연평균발생액 기준에 의한 세액공제를 받을 수 없다는 사유로 2010.4.5. 청구법인이 신청한 경정청구를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.5.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 최초로 발생한 연구·인력개발비에 대해 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법을 적용할 수 없다고 주장하나, 조세특례제한법 제10조 어디에도 당해 과세연도에 최초로 발생한 연구·인력개발비를 연평균발생액 대비 증가발생금액으로 볼 수 없다는 규정이 없고, 같은 법 시행규칙의 연구·인력개발비 세액공제신청서 및 명세서 서식을 살펴봐도 당해 과세연도에 최초로 발생한 연구·인력개발비 금액이 자동적으로 증가발생금액이 되도록 구성되어 있으며, 법원에서도 연구·인력개발비가 당해 과세연도의 직전 4년간 지출된 바 없이 당해 과세연도에 비로소 지출되었더라도 그 투자액 전부를 증액부분으로 보아 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호, 같은 법 시행령 제9조 제3항의 공제방법에 의한 세액공제를 허용해야 한다고 판단한 바 있고○○○ 연구·인력개발비가 당해 과세연도의 직전 4년간 지출된 바 없이 당해 과세연도에 비로소 지출되었더라도 그 투자액 전부를 증액부분으로 보아야 직전 4년간 연구·인력개발비가 1원씩만 발생하더라도 당해 과세연도에 발생한 금액의 대부분을 증가지출금액으로 보야야 하는지 여부 및 증가분 방식만 적용되는 대기업이 당해 과세연도에 최초로 연구·인력개발비가 발생한 경우 공제받을 수 있는지 여부에 대한 의문을 해결할 수 있다는 점에서 연구·인력개발비 투자에 대해 납세의무자에게 보다 많은 세액공제의 혜택을 줌으로써 연구 및 인력개발을 촉진한다는 조세특례제한법 제10조 의 취지에 비추어 연구·인력개발비가 최초로 발생한 과세연도에도 이를 증가발생금액으로 보아 연평균발생액 기준에 의한 세액공제를 허용하여야 하므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 최초로 발생한 연구 및 인력개발비에 대해서는 직전 4년간 발생한 연구·인력개발비가 없으므로 연평균발생액 기준에 의한 세액공제를 적용받을 수 없으므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 최초로 발생한 연구·인력개발비를 전액 증가지출분으로 보아 구 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 의 규정에 따른 연구 및 인력개발비 세액공제를 받을 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 조세특례제한법(2006.12.30. 법률 제8146호로 개정되기 전의 것) 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인(소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2006년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다.

1. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법

2. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 (2) 조세특례제한법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19888호로 개정되기 전의 것) 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다.

③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수 ────────────── × ──────────── 4 12

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2007.3.13. 2006사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제10조 제1항 제2호 에 따라 연구·인력개발비로 사용한 709,646,893원의 100분의 15에 해당하는 106,447,033원을 세액공제액으로 신고하였다가, 2009.11.30. 과다계상한 연구·인력개발비를 706,935,893원으로 하고, 세액공제액을 106,040,383원으로 하는 법인세 수정신고서를 제출하면서 525,595원의 법인세를 추가로 납부하였으며, 2010.2.10. 같은 법 제10조 제1항 제1호의 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법으로 계산하여 세액공제액을 353,467,946원으로 경정하여 법인세 247,427,563원을 환급하여 줄 것을 처분청에 청구하였으나, 처분청은 최초로 발생한 연구·인력개발비에 대해서는 직전 4년간 발생한 연구·인력개발비가 없으므로 연평균발생액 기준에 의한 세액공제를 받을 수 없다는 사유로 이를 거부하였다. (2) 조세특례제한법 제10조 제1항 및 같은 법 시행령 제9조 제2항에 의하면, 중소기업이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용이 있는 경우 세액공제를 적용받기 위한 산출방법은 ① 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과한 금액의 50%와 ② 당해 과세연도에 발생한 연구·인력개발비의 15% 중 하나를 선택하여 적용받을 수 있고, 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 계산함에 있어 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구·인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 합계액으로 본다고 규정하고 있다.

(3) 위 사실관계 및 관련법령을 종합하여 살피건대, 청구법인은 2006사업연도에 최초로 발생한 연구·인력개발비에 대해서도 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법을 적용하여야 한다고 주장하나, 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방법은 직전 4년내에 연구·인력개발비가 발생하였다는 것을 전제로 그 연평균발생액을 초과하는 연구·인력개발비에 대해 적용하는 것으로 청구법인의 경우와 같이 2006사업연도에 최초로 발생한 연구·인력개발비는 초과발생액의 비교대상자체가 없으므로 근본적으로 연평균발생액 기준에 의한 세액공제를 적용받을 수 없는 것이며, 조세특례제한법 제10조 가 연구·인력개발비 세액공제제도를 운영함에 있어서 기업의 연구·인력개발비 증가투자를 유도하기 위하여 연구·인력개발비 지출액을 경상지출분과 증가지출분으로 나누고 증가지출분에 대해서는 상대적으로 높은 세액공제율을 적용하도록 하여 세액공제율을 차등운용하고 있는 점을 감안하면 최초로 발생한 연구·인력개발비에 대해 연평균발생액 기준에 의한 세액공제방식을 적용해야 한다는 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단되므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하며, 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.