용역의 공급시기 이후에 발행된 세금계산서는 매입세액을 공제하지 아니함

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 주식회사 @@@플러스㉿㉿동(이하 “임대법인”이라 한다)으로부터 서울특별시 ㉿㉿구 ㉿㉿동 150-2외 2필지의 토지 1,122.9㎡(이하 “임차토지”라 한다)를 2008.7.3.부터 2009.7.2.까지 임차하고, 그 임차료 360백만 원은 2008.6.27. 선불로 지급하기로 약정한 후, 2009.7.2.자로 수취한 공급가액 360백만 원의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 2009년 제2기 부가가치세 확정신고시 예정신고 누락분 매입에 반영하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 청구법인이 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급받고 임차료를 선불로 지급한 경우에 해당되므로 동 임대용역의 공급시기는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일인 2008.9.30., 2008.12.31., 2009.3.31. 및 2009.6.30.로 보아야 함에도 청구법인이 용역의 공급시기 이후에 쟁점세금계산서를 교부받은 것으로 보아 관련 매입세액을 공제 부인하여 2010.3.11. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세 1,465,790원을 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.5.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점세금계산서가 용역의 공급시기 이후에 발행된 점은 인정하나, 부가가치세는 용역의 공급자가 공급받는 자로부터 거래징수 하여 납부 하는 조세로 청구법인은 공급자를 통하여 국가에 부가가치세를 납부하였는데도 거래시기를 이유로 매입세액을 공제하지 아니한 것은 부가가치세 제도의 취지에 부합하지 아니하고, 공급자의 잘못으로 인한 책임을 공급받는 자에게 부과한 것은 조리에도 부합하지 아니하므로 쟁점세금계산서상의 매입세액은 공제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법 시행령 제49조의2 및 제22조에서 임대용역의 공급시기를 예정신고기간 또는 과세기간 종료일로 규정하고 있고, 제60조 제2항 제3호에서 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우에 매입세액을 공제하도록 하고 있는 바, 쟁점세금계산서가 용역의 공급시기 이 후에 교부받은 세금계산서라는 점은 분명하므로 부가가치세법의 체계를 개정하지 않는 한, 매입세액 공제제도의 취지 또는 조리에 부합하지 않는다는 이유로 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 용역의 공급시기 이후에 발행된 쟁점세금계산서상의 매입세액을 공제하지 아니한 처분의 당부
• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 2008.5.29. 임대법인과 체결한 임차토지의 임대차계약서에 의하면, 임대차기간은 2008.7.3.부터 2009.7.2.까지로 되어 있고, 임대차보증금 3억6천만 원(부가가치세 별도)은 1년간의 소멸성 보증금으로 그 중 1억 원은 계약시에 지급하고, 잔금 2억6천만 원은 2008.6.27. 까지 지급한다는 취지의 약정내용이 기재되어 있다. (2)그러나, 청구법인은 자금사정으로 위 임대차보증금을 당초 약정일보다 늦은 2008.8.25.부터 2009.5.22.까지의 기간 중 지급하였고, 임대법인으로부터 2009.7.22.자로 쟁점세금계산서를 교부받은 다음, 2009 년 제2기 부가가치세 확정신고시에 쟁점세금계산서상의 매입세액을 예정신고 누락분 매입세액으로 공제하여 신고하였다.

(3) 처분청은 쟁점세금계산서를 공급시기가 사실과 다른 세금계산서로 보아 관련 매입세액을 공제 부인하여 청구법인에게 이 건 부가 가치세를 과세하였다.

(4) 부가가치세법제17조 제2항 제1의2호에서 공급시기 등이 사실과 다르게 기재된 세금계산서상의 매입세액은 공제하지 아니하도록 하였고, 같은 법 시행령 제60조 제2항 제3호에서 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받은 경우에는 매입세액을 공제하도록 하였으며, 같은 법 시행령 제22조 및 제49조의2 제4항에서 2과세기간 이상에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급받은 경우의 용역의 공급시기에 대하여 그 예정신고 기간 또는 과세기간의 종료일로 규정하고 있다.

(5) 이 건의 경우, 청구법인은 쟁점세금계산서상의 공급시기가 사실과 다르다 하더라도 청구법인이 임대법인을 통하여 쟁점세금계산서상의 부가가치세를 납부한 것이 사실이므로 그 매입세액을 공제하지 않는 것은 부가가치세법상 매입세액 공제제도의 취지 등에 어긋난다고 주장하나, 위 부가가치세법령에서 공급시기가 사실과 다른 세금계산 서상의 매입세액을 공제하지 아니하도록 한 이유는 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행·교부하게 함으로써, 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자간의 거래를 노출시킴으로써 부가 가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자간 상호검증의 기능을 갖고 있으며 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이라고 할 것 (국심 2005부2932. 2005.11.16. 참조)이므로 매입세액 공제제도의 취지 등에 부합하지 않는다는 이유로 공급시기가 사실과 다르고, 당해 공급시기가 속하는 과세기간 내에 교부받지 아니한 쟁점 세금계산서상의 매입세액을 공제하기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.