청구법인과 같은 금융기관이 결산 회계목적으로 사용된 적립방법에 관계없이법인세법의 고유목적을 위해서 손금산입할 수 있는 대손충당금 총액의 한도를 산정할 수 있는 방법을 선택적으로 정한 것으로 보아야 하므로 가장 유리한 한도액을 선택하여 그 범위 내에서는 결산시 적립한 대손충당금액을 손금산입할 수 있음
청구법인과 같은 금융기관이 결산 회계목적으로 사용된 적립방법에 관계없이법인세법의 고유목적을 위해서 손금산입할 수 있는 대손충당금 총액의 한도를 산정할 수 있는 방법을 선택적으로 정한 것으로 보아야 하므로 가장 유리한 한도액을 선택하여 그 범위 내에서는 결산시 적립한 대손충당금액을 손금산입할 수 있음
OOO세무서장이 2009.12.12. 청구법인에게 한 2006사업연도 법인세의 경정거부처분(부작위)은 청구법인의 2001사업연도 대손충당금 한도액을 당초 신고한 법인세법 시행령제61조 제2항 단서에 정하는 기준(자산건전성분류기준)에서 같은 항 본문에 정하는 기준(채권잔액의 2%기준)으로 변경하여 2001사업연도의 한도초과액을 재계산하고 이에 따라 증가하는 한도초과액에 대하여는법인세법제34조 제4항 및 같은 법 제13조 제1호를 적용하여 이 건 환급청구액(OOO원)의 범위 내에서 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 이를 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 아래와 같은 이유로 청구법인의 2001사업연도 대손충당금 한도액이 잘못 계산되었으므로 이를 바로 잡아 한도액을 재계산하는 경우, 2001사업연도에 손금부인된 한도초과액이 2002사업연도에 손금 추인되면서 2002사업연도에 결손금이 발생하고, 이를 경정청구기간 이내인 2006사업연도로 이월공제하는 경우 기납부한 2006사업연도 법인세의 환급요인이 발생하므로 이를 환급하여야 한다. (가) 법인세법제19조는 손금을 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비로 규정하고 있으므로 대차대조표상 대손충당금의 증가로 표시하여 대출채권의 순자산가액을 줄인 것은 청구법인이 결산조정에 대한 의사표시를 적정하게 한 것이며(재무제표상 결산항목에 반영한 것으로서 손익계산서상 비용으로 반영한 것과 동일한 것이다), 결손금 이월공제기한인 5년 내에 대손충당금 설정기준과 한도를 재계산하여 경정청구한 것은 정당하다. (나) 금융기관의 자산건전성 분류기준에 의한 대손충당금의 한도액은 동 분류기준에 따른 ‘최소적립액’을 의미하는 것으로 해석되는바(서이46012-11626, 2002.8.30.), 청구법인의 잔류여신에 대하여는 손실발생시 OOO가 이를 전액 보전하여 주기로 보증한 것이므로 동 잔류여신에 대하여는 이를 정상채권으로 분류하여 채권잔액의 0.5%를 한도로 하여 대손충당금을 설정하여야 함에도 청구법인은 잔류여신이 보증여신임을 감안하지 않고 자산건전성 분류를 하고, 이에 따라 대손충당금 한도를 설정한 결과 한도액 설정이 과다하게 이루어졌다. 따라서, 이를 정상채권으로 재분류하여 대손충당금 한도액을 재계산하여야 한다. 즉, 쟁점충당금은 법인세법상의 대손충당금과 같고, 쟁점충당금 적립 관련 대출채권에 대하여는 OOO가 지급보증을 하였으므로 세무상 ‘정상채권’으로 분류하여야 함에도 청구법인이 ‘고정 이하의 채권’으로 분류하여 2001사업연도 대손충당금을 적립하고 한도액을 계산하였으므로 이를 정상채권으로 분류하여 한도액을 재계산하면, 2001사업연도에 손금부인된 한도초과액은 2002사업연도 환입시 손금 추인되어 2002사업연도 결손금을 구성하므로 동 결손금을 2006사업연도로 이월공제할 경우, 청구법인이 납부한 2006사업연도 법인세의 환급요인이 발생하고, 동 환급세액은 쟁점환급청구액 이상이 되므로 쟁점환급청구액을 환급하여야 한다. (다) 처분청은 OOO 미수금의 익금 귀속시기는 OOO가 사후지원통지를 한 날이 속하는 사업연도이므로 설령, 청구법인 주장대로 2001사업연도의 대손충당금 한도액을 재계산하여 동 한도초과액이 2002사업연도에 환입시 익금불산입한다 하더라도 동 금액에 해당하는 OOO 미수금의 익금이 2002사업연도에 발생되므로 2002사업연도에 이월결손금이 발생하지 않는다는 의견이나, 쟁점지원계약서에 의하여 OOO로부터 보전받기로 한 미수금(쟁점충당금 상당액)의 익금 귀속시기는 각 정산기준일이 속하는 사업연도이므로 쟁점충당금을 자산계정인 미수금으로 반영한 익금의 귀속사업연도(2001사업연도)와 대손충당금 한도초과액의 환입으로 인한 익금불산입 사업연도(2002사업연도)가 다르게 되어 2002사업연도에 이월결손금이 발생하게 된다.
(2) 설령, OOO가 손실을 보증한 잔류여신을 정상채권으로 분류하지 않는다고 하더라도, 최근 판례(대법원 2012.8.17. 선고, 2009두14965 판결)에 따르면 법인세 신고시 선택한 대손충당금 한도기준의 변경이 가능하다고 판시한 바 있으므로, 청구법인은 경정청구 등을 통하여 한도기준의 변경이 가능한 것이고, 금융기관의 대손충당금 설정방법은 자산건전성분류기준이나 채권잔액의 2% 기준 중 택일하여 설정할 수 있음에도 청구법인은 2001사업연도의 경우 자산건전성분류기준을 적용하여 대손충당금 한도를 설정하였으므로 이를 채권잔액의 2%기준으로 변경하는 경우 한도가 축소됨에 따라 2002사업연도에 세무상 결손금이 발생하게 되므로 이월공제시 역시 2006사업연도에 환급하게 될 세액이 쟁점환급청구세액을 초과하게 된다.
(1) 아래와 같은 이유로 청구법인이 당초 신고한 2001사업연도 대손충당금의 한도액이 잘못 계산되지 아니하였으므로, 2002사업연도 결손금이 신규로 발생하지 아니하며, 이를 2006사업연도로 이월공제할 수 없다. (가) 청구법인이 2000.6.30. 및 2001.12.31. 현재 잔류여신에 대하여 건전성 평가를 한 이유는 잔류여신 중 건전성이 ‘고정’ 이하(고정․회수의문․추정손실)로 낮아진 여신(분류여신)을 선별하여 지원하기 위한 것이었고, 건전성이 ‘요주의’ 이상(정상․요주의)인 여신에 대하여는 쟁점충당금 등을 지원하지 아니하기로 하였으므로 평가목적을 감안하여 쟁점충당금 적립대상 채권의 평가일기준일 현재 건전성은 ‘고정’ 이하로 보아야 하며, 일단 정부지원대상으로 분류된 분류여신은 정부의 지원이 끝나기 전까지는 건전성이 양호해 지더라도 계속 분류여신으로 남겨두기로 약정하였으므로, 1차 평가시 분류여신이 된 후 2차 평가일까지 지원이 완료되거나 상환되지 아니하고 남아 있는 잔류여신은 2차 평가시에도 계속 분류여신으로 보아야 한다. 청구법인은 쟁점충당금 산정시에는 분류여신의 건전성을 ‘고정이하’로 보더라도, 세법상 대손충당금 한도액 계산시에는 분류여신의 건전성을 ‘정상’으로 보아야 한다는 취지의 주장도 하고 있으나, 대손충당금 한도액은 세법상 허용된 적립가능액의 최대치를 말하고, 대손충당금은 그 한도액 범위 내에서 적립하는 것이므로 대손충당금인 쟁점충당금 적립액 계산시와 대손충당금 한도액 계산시 서로 다른 건전성 기준을 적용할 수 있다는 청구법인의 주장 또한 이유가 없다. (나) 또한, 이 건 쟁점이 되는 2001사업연도의 경우, 2000.12.29. 폐지된 구 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정전의 것) 제48조 제4항의 ‘최소적립액’은 원칙적으로 적용할 수 없고, 법인세법 시행령제61조에 따라 ‘기말 설정대상채권잔액 등의 2%에 상당하는 금액과 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액’을 한도액으로 하되, 은행 등 금융기관의 경우에는 자산건전성분류기준(은행업 감독규정)에 따라 적립하여야 하는 금액을 한도액으로 할 수 있는 바, 이는 금융기관의 경우에는 한도액을 특별히 확장해 준 것이므로 위 규정에 의한 적립가능액 중 가장 큰 금액이 세법상 한도액이 되는 것이며(대법원 2012.8.17. 선고 2009두14965 판결 참조), 대손충당금은 결산조정사항으로 당해 사업연도의 대손충당금 손금산입방법 중 한 가지를 선택하여 결산조정하고 적용한 경우에는 이후에 경정청구 등으로 당해 사업연도의 대손충당금 적립방법을 변경할 수 없으므로 대손충당금의 한도 역시 변경되거나 축소될 수 없는 것이다. (다) 설령, 청구주장과 같이 경정청구를 통하여 쟁점충당금을 대손충당금에 포함하여 한도를 재계산하고 시부인 조정이 가능하다고 하더라도, 각 정산기준일에 청구법인이 계상한 OOO 미수금의 익금 귀속시기는 청구법인이 요청한 지원금액을 OOO가 심의하여 지원하기로 결정한 시기이고, 이 경우 대손충당금 한도초과액의 산입으로 인한 익금불산입액과 OOO 미수금으로 인한 익금액이 동일 사업연도에 발생하여 상쇄되므로 OOO 미수금으로 인한 결손금이 발생하지 아니하며, OOO 미수금의 익금 귀속시기를 각 정산기준일로 본다 하더라도 세법상 대손충당금으로 인정되지 아니하는 쟁점충당금이 손금불산입될 때 상대계정인 미수금의 감소분에 대해서도 익금불산입하는 세무조정이 이루어져야 하고 대손충당금의 한도초과액이 세무상 손금으로 추인될 때, 상대계정인 OOO 미수금도 같은 금액이 세무상 익금으로 추인될 수 밖에 없으므로 결국 쟁점충당금과 관련하여 2002사업연도에 결손금이 발생하지 않는다.
(2) 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 청구법인 쟁점충당금을 포함하여 자산건전성분류기준에 따라 당초 설정한 대손충당금은 세법상 한도액의 범위 내이고, 청구법인이 대손충당금의 한도액의 선택이 가능하다는 근거로 들고 있는 최근의 대법원판례(2009두14965, 2012.8.17.)를 살펴보면, 대손충당금 적립방법은 납세자가 선택할 수 있지만, 대손충당금의 한도액은 세법에서 규정하는 적립가능액의 최대치를 의미할 뿐, 납세자가 임의로 선택할 수 있는 사항이 아니라는 취지임을 알 수 있는바, 청구법인과 같이 당초 금융기관의 자산건전성 분류기준에 따라 대손충당금(개별정산충당금을 포함)을 적립하고 한도액을 계산하였다가 부과제척기간이 경과된 시점에 이월결손금을 만들기 위하여 대손충당금 적립방법을 변경하여 한도액을 재계산할 수 있다는 청구주장은 이를 받아들이기 어렵다. 또한, 한도액 산정기준을 변경한다 하더라도 선택가능한 기준을 변경할 경우 변경전에 받은 혜택은 반환하여야 하는데, 이 건의 경우에는 청구법인이 한도액 산정기준의 변경으로 인하여 감액받을 법인세가 변경전의 기준을 적용하여 이미 감액받은 법인세보다 적거나 같으므로 한도액 변경으로 인하여 환급할 세액은 없게 된다.
① (주위적 청구) 청구법인이 2001사업연도에 세법상 한도액을 초과하여 대손충당금을 적립하였는지 여부
② (예비적 청구) 당초 신고시 적용한 대손충당금 적립기준보다 한도액이 적게 계산되는 적립기준을 납세자가 부과제척기간 경과 후 선택하여 대손충당금 한도액을 재계산할 수 있는지 여부
(1) 법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정된 것) 제13조 [과세표준] 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위 안에서 다음 각호의 규정에 의한 금액과 소득을 순차로 공제한 금액으로 한다.
1. 각 사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액 제15조 [익금의 범위] ① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다. (1999.12.28. 법률 제6047호로 개정된 것) 제34조[대손충당금 등의 손금산입] ① 내국법인이 각 사업연도에 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.
④ 제1항에 따라 대손충당금을 손금으로 계상한 내국법인은 대손금이 발생한 경우 그 대손금을 대손충당금과 먼저 상계하여야 하고, 대손금과 상계하고 남은 대손충당금의 금액은 다음 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 제40조 [손익의 귀속사업년도] ① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (1-1) 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정된 것) 제48조 [금융기관 등에 대한 과세특례] ④ 삭제<2000.12.29.> 부칙 제1조 (시행일) 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 부칙 제2조 (일반적 적용례) ① 이 법중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다. (2) 법인세법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17033호로 개정된 것) 제61조 [대손충당금의 손금산입] ① 법 제34조 제1항에 규정하는 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권은 다음 각호의 것으로 한다.
1. 외상매출금: 상품ㆍ제품의 판매가액의 미수액과 가공료ㆍ용역 등의 제공에 의한 사업수입금액의 미수액
2. 대여금: 금전소비대차계약 등에 의하여 타인에게 대여한 금액
3. 기타 이에 준하는 채권: 어음상의 채권ㆍ미수금 기타 기업회계기준에 의한 대손충당금 설정대상이 되는 채권(제88조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 시가초과액에 상당하는 채권을 제외한다)
② 법 제34조 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 당해 사업연도종료일 현재의 제1항의 규정에 의한 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 장부가액의 합계액(이하 이 조에서 "채권잔액"이라 한다)의 100분의 1(다음 각호의 1에 해당하는 금융기관 등은 100분의 2)에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액중 큰 금액을 말한다. 다만, 제1호 내지 제12호, 제21호, 제23호 및 제26호의 금융기관(제6호 및 제7호의 법인은 신용사업에 한한다)의 경우에는 금융감독위원회가 재정경제부장관과 협의하여 정하는 대손충당금적립기준에 따라 적립하여야 하는 금액으로 할 수 있다.
1. 은행법에 의한 인가를 받아 설립된 금융기관 부칙 제1조 (시행일) 이 영은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제29조의2·제53조 제4항·제61조 제2항·제62조 제1항·제63조 제1항 및 제3항 제2호·제82조 제3항 제2호·제85조 제1항 제3호 및 제2항 제3호·제86조 제4항·제138조의2의 개정규정은 공포한 날부터, 제112조 제1항·제113조 및 제114조·제131조의2·제136조의2·제138조의3의 개정규정은 2001년 7월 1일부터, 제54조 제3항·제4항 및 제162조의2의 개정규정은 2002년 1월 1일부터 각각 시행한다. 부칙 제7조 (대손충당금의 손금산입 등에 관한 적용례) 제61조 제2항·제62조 제1항·제63조제1항 및 제3항 제2호의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 사업연도에 손금산입하는 분부터 적용한다. (2-1) 법인세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정된 것) 제61조 [대손충당금의 손금산입] ② 법 제34조 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 당해 사업연도종료일 현재의 제1항의 규정에 의한 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 장부가액의 합계액(이하 이 조에서 "채권잔액"이라 한다)의 100분의 1(다음 각호의 어느 하나에 해당하는 금융기관 등은 100분의 2)에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 말한다. 다만, 제1호 내지 제12호, 제21호, 제23호, 제26호, 제28호 및 제35호 내지 제37호의 금융기관(제6호·제7호 및 제28호의 법인은 신용사업에 한한다)의 경우에는 금융감독위원회(제37호의 경우에는대부업의 등록 및 금융이용자보호에 관한 법률제3조의 규정에 의한 시·도지사를 말한다)가 재정경제부장관과 협의하여 정하는 대손충당금적립기준에 따라 적립하여야 하는 금액, 채권잔액의 100분의 2에 상당하는 금액 또는 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다.(이하 생략)
(3) 은행업 감독규정(2000.12.29. 금융감독위원회 공고 제2000-118호) 제27조[자산건전성분류 등] ① 금융기관은 정기적으로 차주의 채무상환능력과 금융거래내용 등을 감안하여 보유자산의 건전성을 “정상”, “요주의”, “고정”, “회수의문”, “추정손실”의 5단계로 분류하고, 적정한 수준의 대손충당금(지급보증충당금을 포함한다. 이하 같다)을 적립․유지하여야 한다.
② 금융기관은 제1항의 규정에 따른 자산건전성 분류 및 대손충당금 적립을 위하여 <별표 3> 및 제29조에서 정하는 기준을 반영하여 차주의 채무상환능력 평가기준을 포함한 자산건전성 분류기준 및 대손충당금 적립기준을 설정하여야 한다.
③ 금융기관은 제2항의 규정에 의해 설정한 기준과 동 기준에 따른 자산건전성 분류 및 대손충당금 적립 결과를 감독원장에게 보고하여야 한다.
④ 감독원장은 금융기관의 자산건전성 분류 및 대손충당금 적립의 적정성을 점검하고, 부적정하다고 판단되는 경우 이의 시정을 요구할 수 있다. 제29조(대손충당금 등 적립기준) ①금융기관의 대손충당금 적립기준은 다음과 같다.
1. 금융기관은 결산시(분기별 가결산을 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 결산일 현재 은행계정 및 종합금융계정의 대출채권, 금융리스채권, 금융리스선급금 및 여신성가지급금에 대하여 건전성 분류결과에 따라 다음 각목에서 정하는 금액을 대손충당금으로 적립하여야 한다.
2. 제1호의 규정에도 불구하고 차주가 대한민국 정부 또는 지방자치단체인 자산과 “정상”으로 분류된 대출채권중 콜론, 환매조건부채권매수, 은행간대여금, 은행간외화대여금에 대하여는 대손충당금을 적립하지 아니할 수 있다.
3. 금융기관은 결산시 결산일 현재 확정지급보증에 대하여 건전성 분류결과에 따라 다음 각 호에서 정하는 금액을 지급보증충당금으로 적립하여야 한다.
② 감독원장은 제1항의 규정에도 불구하고 금융기관검사 및 제재에 관한 규정에서 정하는 금융사고가 발생하여 금융기관의 전월말 현재 자기자본의 100분의 1에 상당하는 금액을 초과하는 손실이 발생하였거나 발생이 예상되는 경우에는 당해 금융기관에 대하여 해당 분기말까지 손실예상액 전액을 특별대손충당금으로 적립할 것을 요구할 수 있다.
③ 금융기관이 제2항의 규정에 따라 특별대손충당금을 적립한 후 당해 손실예상분에 대한 자산건전성 분류가 확정되는 경우에는 동 충당금을 환입하고 제1항의 규정에 따라 대손충당금을 적립할 수 있다. 부칙 제1조(시행일) 이 규정은 2001.1.1.부터 시행한다.
(1) 이 건 투자약정 및 추가 지원약정의 주요내용은 아래와 같다. (가) 정부는 OOO와 정부가 지분 100%를 보유하고 있던 청구법인을 민영화하기 위하여 1999.9.17. OOO와 투자약정을 체결하였고, 1999.12.30. 체결된 지분양수도 계약에 따라 1999.12.31. OOO는 OOO 소유 주식 중 청구법인 총 발행주식의 40.99%에 해당하는 지분을 OOO원에 양수하여 청구법인의 최대주주가 되었다. (나) 위와 같은 지분양수도와 관련하여 OOO와 OOO는 당사자간에 약정된 기준에 따라 1999.12.31.자 청구법인의 재무제표를 작성하여 OOO가 지불한 지분양수가액 OOO원(청구법인 지분 50.99%)이 적정한 가격이 될 수 있도록 OOO가 손실을 보전(청구법인의 자본이 OOO원이 되도록 조정)하는 계약을 체결하였으며, 위와 같은 약정의 주요내용을 살펴보면 다음과 같다.
1. 투자약정서의 추가약정(Additional Arrangements)의 주요내용 잔류여신(Remaining Loan)은 다음과 같은 정부의 지원을 받는다. (a) 마감(Closing) 이후 2년간, 청구법인은 워크아웃 여신과 금융기관 여신을 제외한 잔류여신(Remaining Loan)에 대하여 채무자가 정부 지원기간 만료 10일 전에 지급하기로 약정되어 있는 원리금 지급을 이행하지 않고 지급불이행이 180일 이상 지속되는 경우, 채무자가 부도 혹은 파산하는 등 이전사건(transfer events)이 발생하는 경우 정부에게 관련 여신을 이전할 수 있는 권리를 가지게 되고, 이전에 대한 대가로 청구법인은 정부로부터 상호 합의된 가액(이전가액: Transfer Price) 및 이자를 지급받는다. (b) 청구법인은 2000년 6월 30일자 및 2차 정산일자(건전성 분류일)로 모든 잔류여신(Remaining Loan)을 건전성분류를 한다. 이러한 건전성분류일 현재로 잔류여신(Remaining Loan)이 감독규정에 의한 고정, 회수의문 또는 추정손실로 건전성분류되고, 청구법인이 이에 대하여 특별충당금(Specific Provisions)을 적립한 경우, 청구법인은 OOO로부터 누적 특별충당금(Specific Provisions)에 상당하는 금액[개시정산준비금(Initial Reserve) 또는 이전에 이미 보전된 준비금 차감 후]과 이자(건전성분류일부터 정부채 발행일까지 기간)를 정부채 형식으로 보전받는다. 또는, 정부는 청구법인으로 하여금 준비금(Reserve)을 보전하는 대신 이전가액(Transfer Price)과 이자의 합계액에 상당하는 금액의 정부채와 교환하여 여신(Loan)을 이전하도록 할 수 있다. 그러나, 정부는 준비금 정산금액(Reserve payment)이 중재에 들어간 경우에는 이전을 하지 않을 수 있다. (c) 마감(Closing)시점 이후 3년 동안 청구법인은 이전사유(Transfer events)가 발생하는 경우 워크아웃 여신과 금융기관 여신을 정부에게 이전할 수 있다. (d) 청구법인은 3차 정산일자에 워크아웃 여신과 금융기관 여신을 감독규정에 의하여 건전성분류를 하여 준비금(Final Reserve)을 쌓고, 이러한 누적준비금(Final reserve)과 이자(건전성 분류일부터 정부채 발행일까지 기간) 상당금액을 OOO로부터 보전받는다. 선택적으로 정부는 청구법인으로 하여금 준비금을 보전하는 대신 이전가액(Transfer Price)과 이자의 합계액에 상당하는 금액의 정부채와 교환하여 여신을 이전하도록 할 수 있다. 그러나, 정부는 준비금 정산금액(Reserve payment)이 중재에 들어간 경우 이전을 하지 않을 수 있다. 특별충당금(Specific Provisions)의 계산은 건전성분류일의 준비금 정산금액(Reserve Payment)이 이전 분류일의 관련 잔류여신(Remaining Loan)의 건전성향상으로 인하여 준비금(reserve)이 감소하는 경우 적절하게 감소할 수 있도록 고려하여야 한다. 만일 잔류여신(Remaining Loan)이 각 건전성분류일 사이에 전액 상환된 경우 정부에게 동 준비금(Reserve)에 상당하는 금액을 상환할 수 있도록 준비금 정산금액(Reserve Payment)은 적절하게 감소되어야 한다. 건전성분류일이라 함은 2000년 6월 30일, 2차 정산일 및 3차 정산일을 의미하고, 이전가액(Transfer Price)은 마감(Closing)시점의 장부가액에서 정부로부터의 준비금 보전액, 마감(Closing) 이후 원본지급액을 차감하고, 원리금에 대한 손실, 채무자에 의해 일반적으로 환수되는 비용, 제3자 지급비용, 마감(Closing) 시점 이후의 선급금 등을 가산하며, 여신을 이전하는 대가로 청구법인은 이전가액(Transfer Price) 및 이자(이전일 혹은 건전성 분류일로부터 정부채 발행일까지)를 지급받으며, 정부채는 이전일(Transfer Date) 혹은 건전성분류일(Classification Date)로부터 30일 혹은 중재가 있는 경우 60일 내에 발행된다.
2. 또한, 위 약정과 관련하여 1999.12.30. OOO와 청구법인 간에 쟁점지원계약서를 체결하였으며, 주요내용은 다음과 같다. Section 3.3. 분류일자(Classification Dates) 관련 지급 (a) 잔류여신(Remaining Loan)의 분류 청구법인은 2000.6.30.과 2차 정산일기준으로 잔류여신(Remaining Loan)의 건전성분류를 검토하고, 3차 정산일기준으로 워크아웃 여신과 금융기관 여신에 대한 건전성분류를 검토하여야 한다. 새로운 감독기준에 따라 어느 건전성분류일 현재로 잔류여신(Remaining Loan)이 고정 혹은 그 이하로 분류되거나, 3차 정산일 현재로 워크아웃 여신과 금융기관 여신이 ‘요주의’ 이하로 분류되고, 청구법인이 이에 대하여 특별충당금(Specific provisions)을 쌓아야 하며, 이러한 경우OOO은행은 분류된 여신(Classified Loan)에 대하여 (b) 내지 (c)에 명시된 대로 계산된 금액을 OOO로부터 보전받을 권리가 부여되고 미수금을 계상할 권리가 확정된다. 양 당사자는 잔류여신(Remaining Loan)이 본 지원계약서 제3장의 적용대상이라는 이유만으로 청구법인이 관련 신용분류(credit classification)나 신용손실준비방침(credit loss provisioning policy)을 적용함에 있어 잔류여신(Remaining Loan)을 다른 여신과 다르게 취급하지 않을 것에 동의한다. 잔류여신(Remaining Loan)이 일단 분류여신(Classified Loan)이 된 이후에는 잔류여신(Remaining Loan)은 건전성분류가 양호해 지거나 일부 상환이 있다 하더라고 분류여신(Classified Loan)으로 남아 있게 되고, 상환여신(Reimbursement Loan)이 될 경우에 한해 분류여신(Classified Loan)에서 제외된다. (b) 준비금(Reserve) 보전액의 계산 (ⅰ) 각 분류일(Classification Dates) 기준으로 청구법인은 분류여신(Classified Loan)에 대하여 다음에 상응하는 개별정산충당금 (Individual Reserve) 금액을 계산해야 한다.: (A) 직전 정산일(Classification Date)에서 금번 정산일(Classification Date)까지 분류여신(Classified Loan)의 특별충당금(Specific Provisions) 증분액 - (B) (1) 개시정산준비금(Initial Reserve) 및 (2) 건전성향상 혹은 부분상환으로 인한 특별충당금(specific provisions)의 감소액 (c) OOO의 보전 혹은 콜옵션(Call Option) (ⅰ) 매 정산일에 청구법인은 OOO에 서면통지를 통하여 (A) 각 분류여신(Classified Loan)에 대하여 (1) 개별정산충당금(Individual reserve) 금액, (2) 건전성 분류와 이에 대한 근거, (3) 특별충당금(Specific provisions) 및 (4) 이전가액(Transfer Price)과 (B) 각 상환여신(Reimbursement Loan)에 대한 상환금액을 통지하여야 한다. (ⅱ) OOO는 이에 따라 (A) 개별정산충당금(Individual reserve) 금액을 지급하거나(Payment Option), (B) 중재요청 (Adjudication Option) 혹은 (C) 청구법인으로 하여금 정부(Put Obligor)에게 분류여신(Classified Loan)을 이전하도록 요구할 수 있다(Call Option). 다만, OOO는 중재요청을 선택한 분류여신(Classified Loan)에 대하여 콜옵션을 요구할 수 없고, 콜옵션을 선택한 분류여신(Classified Loan)에 대하여 중재요청(Adjudication Option)을 요구할 수 없다. (ⅲ) 각 건전성 분류일 이후 30일 이내에 OOO는 청구법인에게 (A) 각 분류여신(Classified Loan)에 대하여 어떠한 옵션을 선택했는지와 (B) 각 상환여신(Reimbursement Loan)에 대하여 중재요청(Adjudication Option)을 선택하는지 여부에 대하여 통지하여야 한다. (ⅳ) 각 건전성 분류에 대한 통지에 대하여 (A) OOO가 보전(Payment Option)을 선택한 모든 분류여신(Classified Loan)에 대한 누적 개별정산충당금(Individual reserve) 금액과 OOO가 콜옵션을 선택한 모든 분류여신(Classified Loan)에 대한 누적 이전가액(Transfer Price)의 합계액이 양(+)의 금액이고, (B) OOO가 중재요청(Adjudication Option)을 선택하지 않은 모든 상환여신(Reimbursement Loan)에 대한 누적 상환금액(Reimbursement Amount)을 초과하는 경우, OOO는 청구법인에 그 초과금액에 상당하는 원금 및 관련 이자를 합한 금액의 정부채를 청구법인에게 발행하여야 한다. 정부채는 어느 경우에도 각 건전성 분류일 이후 60일 이내에 발행되어야 한다. (ⅴ) 상기와 동일하게 (B)가 (A)를 초과하는 경우에는 청구법인이 OOO에게 초과금액에 상당하는 금액을 현금으로 지급하거나 정부채에 대한 신용(credit)을 각 OOO에 대한 분류통지(Classification Notice)의 전달 후 45일 이내에 발행하여야 한다.
(2) 청구법인의 감사보고서상 각사업연도 대손충당금 적립내역은 아래와 같다. (가) 1998사업연도 이전 각사업연도말 현재의 대출채권 등에 대하여 건전성 분류를 하여 대손충당금 한도액을 계산하고, 동 한도액 범위 내에서 대손충당금을 적립하였음(자산의 건전성 분류기준 적용).
• 1997사업연도: 1997년말 현재 채권총액(OOO원)의 3.36%에 해당하는 OOO원 적립
• 1998사업연도: 1998년말 현재 채권총액(OOO원)의 10.78%에 해당하는 OOO원 적립 (나) 1999사업연도 OOO와의 약정에 따라 1999년말 현재의 대출채권에 대하여는 1999년말 이후 원금의 회수와 관련하여 96.5%의 지급보증을 제공받고 있으므로 1999.12.31. 현재 대출채권잔액에 대하여는 건전성분류 결과와는 관계없이 대출채권총액(OOO원)의 3.5%에 해당하는 OOO원을 대손충당금(개시정산준비금)으로 적립하였음. (다) 2000사업연도
1. 2000.12.31. 현재 대출채권에 대하여 아래와 같이 자산건전성분류(자산 건전성분류기준 적용)를 하여 대출채권 잔액(OOO원)의 5.54%에 해당하는 OOO원의 대손충당금을 적립하였으나, 동 대출채권 중 2000.6.30. 개별정산충당금을 적립한 후, 2000.12.31. 현재까지 상환되거나 대손되지 아니하고 남아있는 분류여신이 얼마나 포함되어 있었는지 여부는 확인되지 아니함.
2. 개별정산충당금 적립: OOO와의 약정에 따라 2000.6.30. 현재 대출채권 중 워크아웃여신․금융기관여신을 제외한 잔류여신에 대하여 1차 건전성분류를 한 결과, OOO의 지원대상으로 분류된 여신(건전성이 고정이하로 분류된 여신을 말하며, 이하 “분류여신”이라 함)에 대한 손실예상액이 OOO원으로 계산되자 이를 기중 대손충당금의 증가(개별정산충당금의 전입)로 처리한 후, 약정에 따라 상대계정으로 계상한 미수금을 2000년 8월에 OOO로부터 보전받음. (라) 2001사업연도(쟁점 사업연도)
1. 2001.12.31. 현재 대출채권잔액에 대하여 아래와 같이 자산건전성분류(자산 건전성분류기준 적용)를 하여 대출채권잔액(OOO원)의 4.76%에 해당하는 OOO원의 대손충당금을 적립하였는데, 동 대출채권잔액 중 개별정산충당금 적립대상 대출채권(분류여신)과 적립대상이 아닌 대출채권이 각각 얼마나 포함되어 있었는지 여부는 확인되지 아니함.
2. 개별정산충당금의 환입: OOO와의 약정에 따라 2001.12.31. 현재 잔류여신에 대하여 2차 건전성분류를 한 결과, OOO의 지원대상으로 분류돤 여신(분류여신)에 대한 손실예상액이 기 적립한 개별정산충당금보다 OOO원 낮게 계산되자 이를 기중 대손충당금의 감액(개별정산충당금의 환입)으로 처리하였는데, 청구법인이 2차 개별정산충당금 적립을 위하여 2차 건전성평가를 한 대출채권(잔류여신) 중 ① 2000.6.30. 1차 개별정산충당금을 적립한 후, 상환되거나 대손되지 아니하고 2001.12.31. 현재까지 남아있는 여신 및 ② 2000.6.30. 이후에 새로이 발생한 잔류여신이 얼마나 포함되어 있었는지 여부와 동 여신 중 OOO의 지원대상으로 새로이 확정된 분류여신의 등급별 금액이 얼마인지 여부는 확인되지 아니함.
(3) 청구법인은 관련 약정에 따라 적립한 쟁점충당금(개별정산충당금) 내역이 아래 <표3>과 같다고 소명하고 있다. <표3> 개별정산충당금 적립 내역
(4) 청구법인의 감사보고서상에 나타난 세무상 누적결손금은 아래 <표4>와 같고, 이 건 경정청구일 현재 청구법인의 각사업연도 소득금액 조정내역 및 이월결손금 공제내역은 아래 <표5>와 같다. <표4> 청구법인의 감사보고서상 누적 결손금내역 <표5> 청구법인의 각사업연도 소득금액 및 이월결손금 공제내역
(5) 청구법인의 각사업연도 소득금액에 대한 법인세 신고내역 및 이 건 경정청구 내역은 아래 <표6>과 같다. <표6> 청구법인의 각사업연도 소득금액 변동내역 및 경정청구내역
(6) 청구법인이 재계산한 대손충당금 한도액 및 이월결손금 발생내역과 대손실적률에 의한 계산금액은 아래 <표7>․<표8>․<표9>와 같다. <표7> 자산건전성분류기준에 의한 대손충당금 한도액 계산내역 <표8> 채권잔액 2% 기준 적용한 대손충당금 한도계산내역 <표9> 대손실적률에 의하여 계산한 대손충당금 한도금액
(7) 쟁점①(주위적 청구)에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 청구법인은 쟁점충당금에 대해서는 정부OOO가 사전에 지급보증을 하였으므로 청구법인이 2001사업연도 대손충당금 적립시 쟁점충당금 적립대상 채권의 건전성을 ‘정상’으로 분류하였어야 함에도 이를 ‘고정’ 이하로 잘못 분류하여 한도액에 실제보다 과다 계상되었으므로 이를 바로 잡아 한도액을 재계산하는 경우, 2001사업연도 대손충당금 한도초과액이 발생하고, 이를 시부인한 후 2002사업연도에 손금으로 추인하면, 결손금이 발생하며, 이를 2006사업연도로 이월공제하여 법인세의 환급요인이 발생한다는 취지의 주장을 하고 있고, 처분청은 쟁점충당금 적립대상 채권에 대해서는 평가기준일 이전에 정부OOO가 지급보증을 한 것이 아니라 평가결과를 반영하여 지급보증이 있었으므로 평가기준일 현재 건전성은 ‘정상’이 아니라 ‘고정’ 이하로 보아야 하고, 이 경우 쟁점충당금과 관련해서는 청구법인이 당초 적립한 2001사업연도 대손충당금의 한도액이 실제보다 과다 계상되지 아니하여 시부인할 한도초과액이 발생하지 않는다는 취지의 의견이므로 이에 대하여 살펴본다. (나) 살피건대, 청구법인이 2000.6.30. 및 2001.12.31. 현재 잔류여신에 대하여 건전성 평가를 한 이유는 2000.1.1. 이후 신규로 발생한 잔류여신 중 평가기준일 현재 건전성이 ‘고정’ 이하로 낮아진 여신(이하 “부실여신”이라 한다)을 선별하여 그 부실여신에 대하여 OOO가 그 지급을 보증하기로 한 추가지원약정에 따른 것이었으며, 그 방법으로 청구법인이 일정시점마다 은행업감독규정에 의한 자산건전성분류기준에 따라 건전성 평가를 하고, 평가결과 건전성이 ‘고정’ 이하로 낮아진 것으로 확인된 부실여신에 대하여 자산건전성분류기준에 따른 대손충당금 상당액을 특별충당금(대손충당금)으로 적립하는 경우, 동 특별충당금 상당액을 OOO로부터 지원받을 수 있는 권리가 확정된 것(OOO에 대한 미수금을 계상할 권리가 확정된 것)으로 보고, OOO는 동 특별충당금 상당액을 현금 내지 OOO채로 지원하기로 하는 방식을 채택하였음이 확인되는바, 청구법인의 부실여신에 대한 포괄적인 지원약정은 평가기준일 이전에 있었지만, 구체적인 지급보증은 평가결과를 반영하여 건전성이 일정 수준 이하로 확인된 부실여신에 대해서만 하기로 하였으므로 쟁점충당금 적립대상 여신(평가결과, 건전성이 ‘고정’ 이하로 확인되어 OOO의 지원대상으로 확정된 여신)의 평가기준일 현재의 현황(건전성)은 ‘정상’이 아니라 ‘고정’ 이하로 보아야 할 것이다. (다) 만약, OOO의 포괄적인 지원약정이 평가기준일 이전에 있었다는 이유로 동 평가대상 여신의 평가기준일 현재의 건전성을 ‘정상’으로 본다면, 건전성이 ‘정상’인 여신에 대해서는 쟁점충당금 지원을 하지 아니하기로 한 약정상 쟁점충당금 적립대상 여신(OOO의 지원대상인 부실여신)은 처음부터 존재하지 아니하여 청구법인은 쟁점충당금을 적립할 수 없었을 것이고, OOO로부터 쟁점충당금 상당액을 지원받을 수도 없었을 것이므로, OOO의 지원대상인 부실여신을 선별할 목적으로 한 평가목적상 평가기준일 현재에는 OOO의 지원약정을 고려하지 아니한 상태에서 건전성 평가를 하여야 하고, 평가결과 건전성이 ‘정상’으로 평가된 여신에 대해서는 지급보증을 하지 아니하고 건전성이 ‘고정’ 이하로 낮아진 것으로 평가된 여신에 대해서만 지급보증을 하기로 한 약정의 취지를 감안할 때, 평가기준일 현재 아직 OOO의 지급보증이 없었던 것으로 보아야 할 것이다. (라) 따라서, 청구법인이 주장하는 바와 같이 쟁점충당금 적립대상 채권에 대하여 건전성 평가기준일 이전에 이미 OOO의 지급보증이 있었다고 보아 쟁점충당금 적립대상 채권의 건전성 평가기준일 현재의 건전성을 ‘정상’으로 재분류하여 2001사업연도 대손충당금의 한도액 및 한도초과액을 재계산할 수는 없다고 판단되므로, 처분청이 위의 청구주장을 수용하더라도 2001사업연도에 대손충당금의 한도초과액이 발생할 수 없는 이유로 추가 제시한 ① 2001사업연도 대손충당금 한도액 계산시 2000.12.29. 삭제된 구 조세특례제한법제48조 제4항의 이른바 “최소적립액”을 적용할 수 있는지 여부 ② 쟁점충당금을 적립대상 채권의 건전성을 ‘정상’으로 재분류하여 쟁점충당금이 전액 감액된 것으로 볼 경우 쟁점충당금과 대응하여 OOO에 대한 미수금으로 계상하였다가 OOO로부터 지원받은 OOO 미수금(동 OOO 미수금은 이미 지원이 완료되었다)도 감액된 것으로 보아 각사업연도 소득금액을 재계산하여야 하는지 여부 ③ 청구법인이 재계산한 ‘한도액’ 및 ‘한도초과액’이 적정한지 여부(청구법인은 채권잔액의 일정비율을 한도액으로 재계산하지 아니하고, 쟁점충당금의 0.5%를 한도액으로 재계산한 결과, 이론상의 금액보다 한도액을 과소 계상하고, 한도초과액을 과다 계상하여 경정청구금액을 과다 산정하였다) 등에 대해서는 더 나아가 살펴보지 아니하여도 쟁점충당금 적립대상 채권의 평가기준일 현재의 건전성이 ‘정상’임을 전제로 한 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.
(8) 쟁점②(예비적 청구)에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점충당금 적립당시의 법인세법제34조 제1항은 ‘내국법인이 각 사업연도에 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다’고 규정하였고, 그 위임에 의한 법인세법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17033호로 개정된 것) 제61조 제2항 본문에서 법 제34조 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 청구법인과 같은 금융기관의 경우 당해 사업연도 종료일 현재의 제1항의 규정에 의한 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 장부가액의 합계액의 2%(채권잔액의 2%기준)에 상당하는 금액과 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 말한다고 규정하였으며, 그 단서에서 청구법인과 같은 금융기관의 경우에는 금융감독위원회가 재정경제부장관과 협의하여 정하는 대손충당금 적립기준(자산건전성분류기준)에 따라 적립하여야 하는 금액으로 할 수 있다고 규정하였다. 또한, 2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정된 법인세법 시행령제61조 제2항은 법 제34조 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"란 청구법인과 같은 금융기관의 경우 금융감독위원회가 재정경제부장관과 협의하여 정하는 대손충당금적립기준(자산건전성분류기준)에 따라 적립하여야 하는 금액, 채권잔액의 100분의 2에 상당하는 금액 또는 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다고 규정하였다. (나) 청구법인은 2007.2.28. 개정된 법인세법 시행령제61조에서 대손충당금 적립액이 가장 크게 계산되는 기준에 의한 금액을 세법상의 한도액으로 하도록 규정하였지만, 개정 전에는 한도액의 산정기준을 납세자가 선택할 수 있도록 하였으므로 이러한 납세자의 선택권이 존중되어야 한다는 취지의 주장을 하고 있고, 처분청은 한도액의 선택권과 변경권은 다르므로 청구법인이 2001사업연도 과세소득 계산상 가장 유리한 대손충당금적립기준을 선택한 것을 과세기간별 과세소득을 조정할 목적으로 부과제척기간이 경과하여 당초 선택한 대손충당금 적립기준보다 한도액이 더 적게 계산되는 적립기준에 의한 한도액을 선택하여 한도액을 재계산할 수는 없는 것이고, 청구법인이 선택한 2001사업연도 대손충당금 한도액은 정당하였으므로 명백한 오류가 없었던 사안에 대하여 당초 선택한 한도액으로 인하여 받은 이익을 반환하거나 환원할 수 없는 상태에서 새로운 한도액의 선택에 따른 혜택을 부여하는 것은 이중혜택을 부여하는 결과가 되므로 한번 선택한 한도액은 특별한 사유없이 변경할 수 없다는 의견이다. (다) 또한, 이와 같이 한도액을 변경하는 경우,
1. 청구법인은 위 <표8>에 나타난 바와 같이 세무상 2001사업연도 대손충당금의 한도액이 당초 신고한 금액보다 OOO원 감액되어 한도초과액으로 시부인 대상이 되고, 동 한도초과액이 2002사업연도 손금으로 추인되면서 2002사업연도 결손금이 발생하고 이를 경정청구기간 이내인 2006사업연도로 이월공제하면 기납부한 2006사업연도 법인세의 환급요인이 발생하는데, 환급하여야 할 세액이 경정청구한 세액을 초과하므로 경정청구한 세액 범위내의 세액을 환급하여야 한다는 취지의 주장을 하고 있고,
2. 처분청은 한도액을 변경한다 하더라도 한도액 변경으로 인하여 감액받을 세무상 혜택에서 변경전의 한도액을 적용하여 이미 감액받은 세무상 혜택을 차감한 금액을 환급하여야 하는데, 대손충당금의 한도초과액은 대손충당금 손금산입의 귀속시기만 변경하는 효과가 있어 한도액 변경 전후의 법인세 감액효과가 같으므로 별도로 환급할 세액이 발생하지 않는다는 의견이다. (라) 이상의 사실관계와 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 쟁점충당금 적립당시의 법인세법 시행령 제61조 제2항 본문에서 청구법인과 같은 금융기관의 경우 대손충당금 한도액을 채권잔액의 2%기준과 채권잔액에 대손실적률을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액에 의하도록 하면서, 그 단서에 청구법인과 같은 금융기관의 경우 자산건전성분류기준으로 할 수 있다고 규정하였는바, 동 규정이 2007.2.28. 개정되기 전까지의 규정은 그 문리해석상 청구법인과 같은 금융기관이 각 사업연도에 대한 결산시 적립한 대손충당금에 관하여 결산 회계목적으로 사용된 적립방법에 관계없이법인세법의 고유목적을 위해서 손금산입할 수 있는 대손충당금 총액의 한도를 산정할 수 있는 방법을 선택적으로 정한 것으로 보아야 하므로 법인세 산정시에는 가장 유리한 한도액을 선택하여 그 범위 내에서는 결산시 적립한 대손충당금액을 손금산입할 수 있다고 해석함이 타당할 것이다(대법원 2012.8.17. 선고 2009두14965 판결, 같은 뜻임). 따라서, 청구법인의 2001사업연도 대손충당금 한도액의 산정기준을 당초 신고한 법인세법 시행령제61조 제2항 단서에 정하는 기준인 자산건전성분류기준에서 같은 항 본문에 정하는 기준인 채권잔액의 2%기준으로 변경하여 2001사업연도의 대손충당금 한도액을 재계산하고 그 증가하는 한도초과액에 대해서는법인세법제34조 제4항 및 같은 법 제13조 제1호의 규정을 적용하여 쟁점환급청구액(OOO원)의 범위 내에서 2006사업연도 법인세를 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 조세심판관합동회의에서 심리한 결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.