폐업일 이후 거래분이 사실과 다른 세금계산서 여부

00세무서장이 2010.2.5. 청구인에게 한 2008년 제1기 부가가치세 3,396,750원, 2008년 제2기 부가가치세 9,124,500원, 2009년 제1기 부가가치세 5,232,660원의 부과처분은 이를 취소한다.

• 가. 청구인은 2003.4.9. 서울특별시 금천구 00동 327-24 00테크노타운 1차 102호에서 개업하여 ‘00미크노타운’이라는 상호로 전기전자부품을 제조하는 사업자로서 2008년 제1기~2009년 제1기 부가가치세 과세기간에 주식회사 00테크놀로지(이하 ‘00태크놀로지’라 한다)로부터 2억 900만원의 세금계산서(공급가액, 이하 ‘쟁점세금계산서’라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 매입세액을 공제하였다.
• 나. 처분청은 00테크놀로지가 2006.9.30. 직권폐업되었으므로 쟁점세금계산서는 폐업일 이후 거래로서 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보아 2010.2.5. 청구인에게 2008년 제1기 부가가치세 3,396,750원, 2008년 제2기 부가가치세 9,124,500원, 2009년 제1기 부가가치세 5,232,660원, 합계 17,753,910원을 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.4.29. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 전기전자제품을 제조하는 사업자로 개업초기 00테크놀로지의 대표이사 오00이 근무하였던 주식회사 00테크(이하 ‘00테크’라 한다)와 거래를 하다가 00테크가 부도나자 오00은 00테크의 특허권 및 채권 ․ 채무를 인수하여 00테크놀로지를 설립하게 되었고. 청구인은 00테크에 대한 채권도 00테크놀로지가 승계하는 것으로 하여 2004년부터 00테크놀로지와 거래를 하게 되었다. 00테크놀로지는 주식회사 0스(이하 ‘0tm'라 한다)로부터 특허권을 침해받았다고 판단하여 2005년 6월에 특허심판원에 특허심판을 제기하였고, 그 과정에서 00테크놀로지가 특허소송에서 승소할 것으로 판단하여 승소시 합의금과 특허사용에 대한 로열티의 일정지분을 받는 조건으로 자금을 지원하게 되었으며, 이후 청구인은 특허소송이 장기화되고 승소 가능성도 약화되는 상황에서 2008.5.22.00테크놀로지의 금형일부를 인수하기로 하고 나머지 금형, 특허권에 대해서는 필요시 사용할 수 있다는 사용 ․ 수익권에 대한 계약을 체결하고 투자금액에 상응하는 금형과 소프트웨어를 순차적으로 인수하게 되었다. 청구인은 2004년부터 00테크놀로지와 거래를 개시한 이후 당해 법인과 함께 특허소송을 진행하는 상황에서 00테크놀로지가 직권폐업되었다는 것은 상상도 못하였으며, 청구인에게 특허소송 당사자가 폐업되었는지의 여부에 대해서까지 무리라고 보이며, 00테크놀로지가 특허관련 소송을 제기한 것은 침해받은 권리를 찾아 사업을 정상화시키기 위한 일련의 행위로서, 기업의 존폐가 달린 소송으로 인하여 일시적인 휴업은 할 수 있다고는 보이나 폐업을 하고 특허소송을 진행한다는 것은 일반적인 경험칙에 의하면 이해하기 어려운 것이다. 00테크놀로지는 2009.9.4. 특허법원으로부터 일부 승소 ․ 일부 패소 판결을 받았고, 상고를 포기하고 승소부분에 대한 특허권을 2009.9.15. 이전하여 주었고, 특허소송에 대하여 상고를 포기하고 특허권을 양도하였다는 것은 사업을 재개할 의사가 없다는 것을 나타내는 것이므로 이 때를 실질적인 폐업일로 보는 것이 타당하며, 이러한 일련의 과정에서 청구인은 선의의 거래당사자로서 주의의무를 성실히 수행하였다. 쟁점세금계산서는 특허소송에서의 자금지원에 대한 대물변제의 성격으로 금형 등을 인수하면서 교부받은 것으로 일반 상거래의 결제내용 및 방법과는 차이가 나는 바, 청구인은 법률사무소에 지급한 소송관련 비용, 00테크놀로지의 대표이사 자녀명의의 통장에 입금한 금액, 소송심리나 기술자문료, 특허심판원의 방문시 비용 등 통장거래금액 9,687만원은 00테크놀로지에 지급하였으나 나머지 금액은 현금으로 지급하거나 청구인의 신용카드를 사용한 관계로 금융증빙을 제시하지 못하나, 청구인과 00테크놀로지의 특수한 거래관계 등을 감안한다면 쟁점세금계산서는 정상적으로 거래하고 교부받은 것이므로 사실과 다른 세금계산서로 보는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 00테크놀로지에게 빌려준 통장거래금액 9,987만원과 일부 현금으로 지급하고 대물변제로 받은 쟁점세금계산서는 실지거래라고 주장하나, 00테크놀로지는 2007~2008사업연도 법인세 및 2008년 제1기~2009년 제1기 부가가치세를 신고하지 아니하였으므로 금형매출이나 영업권 및 소프트웨어 등의 실체를 확인할 수 없고, 쟁점세금계산서상 공급대가인 2억 2,990만원과 청구인이 증빙으로 제시한 통장거래금액 9,687만원은 차이가 많은 것으로 보아 채권을 대여하고 대물변제로 금형 등을 매입하였다고 볼 만한 객관적인 입증자료를 제시하지 못하고 있다. 청구인은 사업자로서 선량한 주의의무를 다한 선의의 거래당사자라고 주장하나, 쟁점세금계산서를 교부받을 당시 폐업상태인 00테크놀로지가 정상사업자임을 확인하였다는 증빙으로 00테크놀로지의 특허권 권리범위 확인사건 내역과 금형 영업계약서, 자금송금에 대한 은행출금내역서 등을 제시하고 있으나, 00테크놀로지의 정상사업자 여부를 국세청 홈페이지에 조회하는 등 적극적인 방법을 통하여 확인하지 아니하였고 현금이 00테크놀로지으 법인계좌로 송금되지 아니하였으며, 위에서 제시한 증빙서류 이외에 청구주장을 뒷받침할 만한 객관적인 증빙서류를 제시하지 못하고 있으므로 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처부은 정당하다.

• 가. 쟁 점 00테크놀로지로부터 교부받은 쟁점세금계산서를 폐업일 이후의 거래로서 사실과 다른 세금계산서인 것으로 보아 매입세액 불공제한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 제21조 【결정 및 경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때 (3) 부가가치세법 시행규칙 제6조 【폐업일의 기준】

① 법 제5조제4항에 규정하는 폐업하는 때는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 한다.(단서생략)

② 폐업한 때가 명백하지 아니한 경우에는 제4조제1항에 규정하는 휴업(폐업)신고서의 접수일을 폐업일로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 과세자료를 보면, 처분청은 00테크놀로지가 2007~2008사업연도 법인세 및 2008년 제1기~2009년 제1기 부가가치세를 신고하지 아니하여 2007.3.28. 직권폐업된 것으로 확인되고, 쟁점세금계산서상 공급대가가 2억 2,990만원이나 청구인이 00테크놀로지에 지원한 금액은 9,687만원으로 1억 3,303만원이 차액이 발생하는 것으로 보아 채권을 대여하고 대물변제로 금형, 특허권 등을 매입하였다고 볼 만한 객관적인 입증자료를 제시하지 못하고 있어 쟁점세금계산서를 폐업일 이후에 교부받은 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 하여 과세처분한 사실이 나타난다.

(2) 청구인은 00테크놀로지가 2007.3.28. 직권폐업된 이후에 쟁점세금계산서를 교부받았지만 00테크놀로지는 폐업이후에도 실질적으로 사업을 영위하였고, 00테크놀로지에게 지급한 대여금에 대하여 대물변제 성격으로 당해 업체가 보유한 금형, 특허권 등을 인수받았는데도 쟁점세금계산서를 폐업한 이후의 거래분으로 보는 것은 부당하다고 주장하면서 금형, 영업계약서, 특허심판 및 금형 관련자료 등을 심리자료로 제시하고 있는 바, 이에 대하여 본다. (가) 특허심판원 정보조회자료를 보면, 00테크놀로지가 00테크로부터 인수한 특허권에 대한 권리가 0스로부터 침해를 받았다고 판단하여 특허심판원에 확인대상발명으 도면 및 그 설명서에 기재된 ‘바코드 프린트의 청구범위 제1항과 제2항의 권리범위에 속한다는 취지의 심판청구[사건번호: 2005당(100)001428, 2005.6.20.]를 제기하여 2007.9.6. 패소한 것으로 나타난다. (나) 청구인의 2004년 세금계산서합계표를 보면, 청구인은 2004년부터 00테크놀로지와 거래를 시작한 것으로 나타나고, 00테크놀로지가 위 (가)의 특허심판원에 심판청구를 제기하여 결정이 난 후, 2008.5.28. 00테크놀로지와 금형 ․ 영업계약서를 체결하였는바, 00테크놀로지에서 보유한 지적재산권 ․ 금형 ․ 영업권 ․ 추가권한에 관하여 아래<표>와 같이 주요 약정내용이 기재되어 있다.

○ 제2조: 00테크놀로지가 00테크로부터 양수한 대성, 상진, 찰고무키보드에 보관 생산의뢰 했던 금형시설

○ 제3조: 00테크놀로지는 청구인이 00테크놀로지가 양도한 특허권에 관하 여 성실로써 임할시 00테크놀로지가 보유한 금형 ․ 영업권 등에 대하여 청 구인이 이를 사용하여 수익을 창출할 수 있도록 도와 준다. 또한 청구인이 이를 사용한다. (다) 특허법원 정보조회자료를 보면, 00테크놀로지는 2008.5.28. 청구인과 금형 ․ 영업계약을 체결한 뒤 특허심판에서 패소한 부분에 대하여 특허법원에 소송(사건번호: 2008허7089, 2009허1743, 2009.9.4.)을 제기하였는 바, 특허법원은 00테크놀로지가 00테크로부터 인수한 특허권에 대한 권리가 0스로부터 침해를 받았다고 부분적으로 인정하여 일부 승소, 일부 패소를 결정한 사실이 나타난다. (라)청구인은 00테크놀로지로부터 계약을 통하여 금형, 특허관련한 사용 ․ 수익권한을 부여받았으므로 위 (다)의 특허소송과 관련하여, 00테크놀로지 대표이사 오00에게 지원한 자금은 2005년부터 이루어 진 것으로 소송의 심리나 기술자문료 지급 등을 위하여 몇 십만원에서 몇 백만씩 수시로 현금으로 지급한 것이 대부분이라고 주장하고 있고, 일부 자금은 청구인의 우리은행 예금계좌(774-07-,1005-001-,429-07-)로부터 2007.2.21.~2007.5.8. 7회에 결쳐 3,260만원, 2008.3.29.~2008.10.11. 17회에 걸쳐 4,125만원, 2009.2.25.~2009.9.23. 16회에 걸쳐 2,032만원, 합계 9,687만원을 오00의 자녀인 오0윤 명의의 예금계좌나 특허소송을 수임한 특허법률사무소에 소송비용으로 이체한 사실이 나타난다. (마) 청구인은 00테크놀로지로부터 금형을 보관하고 있는 외주업체인 00공업주식회사, 00프라스틱, 주식회사 000키보드 등 7개 업체의 대표이사 또는 직원 명함, 미지급금내역서 및 00공업주식회사가 00테크놀로지에서 생산한 바코드 기재의 프레스 부품금형을 보관하고 있다는 취지의 금형보관증 및 00공업주식회사의 사업자등록증을 제시하고 있다. (바) 특허등록부를 보면, 휴대용 바코드 프린터에 대한 특허권이 2008.1.7. 00테크놀로지에 등록된 사실이 나타나고, 권리이전등록신청서를 보면, 00테크놀로지의 대표이사 오00은 위 (다)의 사실관계와 같이 특허법원으로부터 패소한 부분은 항소를 포기하고, 승소한 부분의 휴대용 바크드 프린터에 대한 특허권을 2009.9.15. 양도한 사실이 나타난다. (사) 국세통합전산망 조회자료를 보면, 00테크놀로지는 직권폐업일 이후인 2007년 제1기 및 제2기 부가가치세를 신고한 것으로 나타나고, 청구인 또한 2008년 제1기~2009년 제1기 부가가치세 신고시 아래 <표>와 같이 쟁점세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고 ․ 납부한 사실이 나타난다. 과세기간 매출과표 매입 납부세액 쟁점세금계산서 2008년 1기 72,427 61,530 1,089 25,000 2008년 2기 89,324 80,491 883 70,000 2009년 1기 188,098 268,156 -8,005 114,000 계 349,849 410,177 -6,033 200,000

(3) 위 사실관계를 종합하여 보건데. 처분청은 00테크놀로지가 2007.3.28. 직권폐업되어 그 이후에 청구인에게 교부한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이고, 특허권, 금형의 실체를 확인할 수 없다는 의견이나, ⌜ 부가가치세법 시행규칙⌟제6조 제1항에 의하면 같은 법 제5조 제4항에 규정하는 폐업하는 때에는 사업장별로 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 본다고 규정하고 있고, 폐업 또는 사실상 사업을 개시하지 아니하였는지 여부는 실질적으로 사업을 영위하고 있거나 사업개시를 위한 활동이 있는지 여부를 기준으로 할 것인 바(감심2003-73, 2003.7.22. 같은 뜻), 청구인과 00테크놀로지는 2008.5.28. 청구인이 00테크놀로지가 보유한 지적재산권 ․ 금형 ․ 영업권 ․ 추가권한 등을 수익 ․ 사용하도록 금형 ․ 영업계약을 쳬결한 점,처분청은 00테크놀로지의 특허권, 금형의 존재를 확인할 수 없다고 하나, 00테크놀로지가 특허심판을 청구하여 휴대용 바코드 프린터에 대한 특허권의 일부를 승소판결을 받은 점, 특허등옥원부에 당해 특허권이 등록된 점, 7개의 외주업체들이 00테크놀로지의 금형을 보관하고 있다는 금형보관증을 작성한 점 등으로 보아 특허권, 금형의 실체가 확인되는 점, 00테크놀로지가 직권폐업일(2007.3.28.) 이후인 2007년 제1기 및 제2기 부가가치세를 신고하고, 청구인 또한 쟁점세금계산서를 교부받은 기간에 부가가치세를 정상적으로 신고 ․ 납부한 점, 청구인은 영세사업자로 00테크놀로지와 쟁점세금계산서상의 거래만 한 것이 아니라 직권폐업일 이전인 2004년부터 거래를 시작한 점, 청구인은 쟁점세금계산서를 특허소송에서의 자금지원에 대한 대물변제의 성격으로 금형 등을 인수하면서 교부받은 것으로 일반 상거래의 결제방법 등과는 상이한 것으로 보이고, 대금의 일부는 00테크놀로지의 대표이사 자녀명의 예금계좌 또는 특허법률사무소에 송금한 것으로 나타나며, 나머지는 소송심리나 기술자문료 등의 비용을 현금으로 지급한 것으로 보이는 점, 00테크놀로지는 특허소송 승소시 독자적인 영업이 가능할 뿐 아니라 특허사용료에 대한 로열티 수입까지 발생되는 상황으로 청구인으로서는 00테크놀로지가 폐업되리라는 것을 인지하기 어려웠을 것이라는 점 등에 비추어 볼 때 00테크놀로지는 특허소송을 제기하는 등 침해받은 권리를 찾아 사업을 정상화시키기 위한 일련의 행위를 한 것으로 인정되므로 00테크놀로지가 특허소송에서 상고를 포기하고 2009.9.15. 특허권을 양도하 때까지 사업을 영위한 것으로 보는 것이 타당하다고 하겠다. 따라서, 쟁점세금계산서를 폐업일 이후의 거래분으로 사실과 다른 세금계산서인 것으로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 ⌜국세기본법⌟ 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.