재건축으로 취득하여 양도한 아파트의 양도차익 산정

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 1990.6.4. 취득한 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 459-1 주공2단지 아파트 151동 208호(이하 "종전주택"이라 한다)의 주택재건축사업으로 2003.12.24. 분양받아 취득한 위 같은 동 425 ○○☐☐아파트 108동 201호(이하 "쟁점주택"이라 한다)를 2006.12.28. 양도한 후, 2007.2.27. 양도소득세 신고시 실지양도가액은 6억 원으로 하고, 취득가액은 기준시가로 환산한 가액인 4억 6,238만원으로 하여 2006년 귀속 양도소득 과세표준 및 세액을 신고하였다.
• 나. 2009년 11월 처분청은 쟁점주택에 대한 양도소득세 조사결과, 쟁점주택의 실지취득가액을 2억 1,493만원(종전주택 취득가액 5,937만원, 추가 분담금 1억 5,556만원)으로 확인하고 쟁점주택의 양도차익을 소득세법 시행령 제166조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 산정하여 2010.2.11. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세 90,789,150 원을 경정 ․ 고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.5.3. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 소득세법상 양도소득세 과세대상은 1978.4.24.까지는 토지와 건물뿐이었으나, 이후 부동산을 취득할 수 있는 권리가 양도소득세 과세대상으로 추가되어 그 양도차익 산정 산식을 소득세법 시행령 제166조 제1항 에서 규정하고 있고, 쟁점주택과 같은 재개발사업으로 취득한 주택의 양도에 대한 양도차익 산정 산식은 같은 조 제5항에서 별도 규정하고 있어 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도와 재개발 사업으로 취득한 신축주택의 양도시 양도차익 산정 산식을 동 시행령 에서 각각 별도로 규정하고 있음에도 처분청이 부동산인 쟁점주택의 양도에 대하여 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도시 양도차익의 산정 산식을 적용하여 양도소득세를 과세한 처분은 부당하다. 또한, 처분청은 쟁점주택의 양도차익을 산정함에 있어 2007.2.28. 신설된 소득세법 시행령제166조 제2항에 규정된 재개발 ․ 재건축 실거래가 양도차익 산정방식을 적용하였으나국세기본법제18조 제2항에서 국세를 납부할 의무가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 이후 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세 하지 아니한다고 규정하여 조세법령의 효력발생 전에 종결된 사실에 대하여 개정법령 또는 신설된 법령에 따라 과세하는 것은 절대 금지한다는 원칙을 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 청구인은 2006.12.28. 쟁점주택을 양도하였으므로 그 시점에서 시행되고 있는 조세법령과 그 해석에 의하여 양도소득세를 결정하여야 할 것임에도 쟁점주택의 양도 이후 신설된 법령에 의하여 양도소득을 산정하여 과세한 것은 위법하므로 이 건 처분을 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령제166조 제1항은 재건축아파트 입주권을 양도하는 경우 실거래가액에 의하여 양도차익을 계산하는 방법을, 같은 조 제5항은 재건축아파트를 양도하는 경우 기준시가에 의하여 양도차익을 계산하는 방법을 각각 규정하고 있을 뿐, 주택재건축으로 취득한 아파트를 양도할 때 실거래가액에 의한 양도차익을 산정할 수 있는 방법은 규정하고 있지 아니하고 있고, 조세법령에 관련 규정이 없는 경우에는 그 법령의 취지에 비추어 객관적이고 합리적인 방법을 택하여 과세하여야 하는 바, 재개발아파트의 입주권과 재개발로 신규 취득한 아파트는 양도시점의 차이에 따라 양도가액만이 다를 뿐 양도차익의 산정시 필요한 취득가액, 청산금액, 필요경비 등이 동일하므로 재개발 및 재건축에 의하여 신규로 취득한 주택의 양도차익을 실거래가액에 의하여 산정할 때에는 실거래가액에 의한 입주권의 양도차익 산정방법을 준용하는 것이 합리적이라 할 것이고, 또한 소득세법 시행령제166조 제5항은 기준시가에 의한 양도차익 산정방법을 정하고 있는 것이므로 실지거래가액 적용대상인 쟁점주택의 양도차익 산정시에는 적용할 수 없는 것이다. 소득세법 시행령제166조 제2항은 2007.2.28. 신설되어 2007년 귀속분부터 적용되는 것으로 되어 있으나, 동 규정은 단지 재건축아파트 양도차익 계산시 단계별 구체적인 계산방식을 명문화한 것으로소득세법제96조 제2항에서 정하고 있는 실지거래가액 과세원칙은 같은 법 제100조 및 제97조에 규정되어 그 이전부터 적용되던 것이며, 재건축아파트 양도에 대하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하는 방법이 법령에 구체적으로 규정되어 있지 아니한 경우에는 그 법령의 취지에 비추어 객관적이고 합리적인 방법을 택하여 과세하게 되어 있으므로 소득세법 시행령제166조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한 것이므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 재건축으로 취득한 후 06년 중 양도한 쟁점주택의 양도가액을 실지거래가액으로 하는 경우 그 양도차익을 계산함에 있어 입주권의 양도차익 산정방식인 소득세법 시행령제166조 제1항 및 2007.2.28. 신설된 같은 조 제2항을 준용하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 별지 기재와 같다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 과세자료 등에 의하면, 청구인의 이 건 양도소득세 신고 및 처분청의 경정처분내역은 아래 <표>와 같고, 청구인이 쟁점주택의 실지취득가액을 환산가액(4억 6,238만원)으로 산정한 데 대하여 처분청은 쟁점주택의 실지취득가액을 종전주택의 실지취득가액(5,937만원) 및 재건축에 따른 추가 분담금(1억 5.556만원)을 합한 2억 1,493만 원으로, 종전주택의 평가금액을 8,944만원으로 조사 ․ 확인하고 있다.

(2) 청구인은 쟁점주택의 양도 당시인 2006년 시행되던 구 소득세법 시행령에는 재건축으로 취득한 주택의 양도시 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 방법에 대하여 아무런 규정을 두고 있지 않았음에도 처분청이 실지거래가액에 의한 재건축주택 입주권의 양도 차익 산정방법을 규정하고 있는 소득세법 시행령 제166조 제1항 및 2007.2.28. 신설된 같은 조 제2항을 준용하여 이 건 양도소득세를 부과한 것은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 소득세법 제100조 의 규정에 따라 양도차익을 산정하는 경우 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 조합원 입주권을 양도하는 경우 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하는 방법은 소득세법 시행령제166조 제1항에서 규정하고 있고 동 조합원이 취득한 신축주택 ․ 그 부수토지를 양도하는 경우, 실지거래가액에 의한 양도차익을 계산하는 방법은 2007.2.28. 대통령령 제19890호로 신설된 위 같은 조 제2항에서 규정하고 있으며, 동 신설조항에 대하여는 부칙 제3조에서 이 영 시행 후 최초로 자산을 양도하는 분부터 적용하는 것으로 되어 있다. (나) 처분청의 쟁점주택에 대한 양도차익 계산방법을 보면, 종전 주택 양도차익(종전주택 취득일 ~ 관리처분계획인가일)은 종전주택 평가액(89,444,000원)에서 종전주택 취득가액(59,375,240원)과 필요경비 (938,742원)를 차감한 29,130,018원이고, 관리처분계획인가후 양도차익 (관리처분 인가일 ~ 양도일)은 쟁점주택의 양도가액(6억 원)에서 종전 주택의 평가금액(89,444,000원)과 추가 분담금(155,556,000원) 및 필요 경비(7,302,300원)를 차감한 347,697,700원이며, 이를 합산한 양도차익 총액은 376,827,718원으로 산정하였는 바, 동 양도차익 계산방식은 2007.2.28. 신설된 소득세법 시행령 제166조 제2항 에 의한 것으로 같은 조 제1항에서 정한 조합원입주권의 양도차익 산정방식(① 종전 주택 취득 ~ 관리처분인가일까지 양도차익과 ② 관리처분인가일 ~ 양도일까지 양도차익을 각각 산출한 후 이를 합산하는 방식)에 의한 양도차익 산정금액과 그 결과가 동일한 것으로 나타나고, 쟁점주택의 양도가액에서 종전주택의 실지 취득가액, 추가분담금 및 필요경비를 단순 차감한 양도차익과도 거의 동일한 것으로 나타난다.

(3) 살피건대, 구 소득세법 시행령 제166조 제1항 의 규정은 재개발아파트 입주권을 양도하는 경우 실거래가액에 의하여 양도차익을 계산하는 방법을, 제5항은 재개발아파트를 양도하는 경우 기준시가에 따라 양도차익을 계산하는 방법을 각각 규정하고 있을 뿐, 재개발 및 재건축으로 취득한 주택을 양도할 때 실거래가액에 의한 양도차익을 산정할 수 있는 방법에 대하여는 규정하고 있지 않으나 조세법령에 관련 규정이 없는 경우에는 그 법령의 취지에 비추어 객관적이고 합리적인 방법을 택하여 과세하여야 할 것인바, 이 건의 경우 양도가액을 실지거래가액에 의하는 경우 취득가액도 실지거래가액으로 산정하는 것이 타당하고 종전주택은 재건축사업에 의하여 입주권을 거쳐 쟁점주택으로 변환되었으므로 쟁점주택의 양도 차익은 종전주택의 취득일로부터 관리처분인가일까지의 양도차익 및 관리처분인가일로부터 쟁점주택의 양도일까지의 양도차익을 합한 것으로 볼 수 있고, 재건축사업에 따라 취득한 입주권과 신규 아파트는 양도시점의 차이에 따른 양도가액만이 다를 뿐, 그 양도차익 산청에 필요한 취득가액, 청산금액, 필요경비 등이 동일하여 그 양도차익의 산정결과도 동일하게 나타나며, 동 양도차익이 쟁점주택의 실지양도가액에서 종전 주택의 실지취득가액, 재건축에 따른 추가분담금과 필요경비를 단순 차감한 양도차익과도 거의 동일한 점 등을 종합하여 보면, 이 건 처분은 실지거래가액에 의한 과세원칙을 정한 법령의 취지에 비추어 객관적이고 합리적인 방법을 택하여 과세한 것으로 볼 수 있으므로 소급과세 금지의 원칙을 위반한 처분으로 볼 수 없다(조심 2008서 4148, 2009.4.15, 2006.6.26, 감심 2008-147, 2008.5.8. 같은 뜻임).

(4) 그렇다면, 처분청이 쟁점주택의 양도에 대하여 소득세법 시행령제166조 제1항 및 제2항에 의한 재건축조합원입주권 및 재건축으로 취득한 주택에 대한 양도차익의 계산방식을 준용하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의거 주문과 같이 결정한다.