전자상거래업을 영위하는 법인의 생산성향상시설투자세액공제는 재조사여부에 따라 결정함.

○○세무서장이 2010.1.7. 청구법인에게 한 법인세 2005사업연도분 231,852,520원, 2006사업연도분 2,905,614,900원, 2007사업연도분 4,324,045,280원, 2008사업연도분 7,372,216,920원의 부과처분은 <표2>의 2005사업연도부터 2008사업연도까지의 설비 구입비 33,907,695,000원이 생산성향상시설투자세액 공제대상인 전자상거래설비 구입비인지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.

청구법인은 2000.4.10.부터 인터넷사이트에서 ○○○ 운영하면서 2005 ~ 2008사업연도분 법인세 신고시 조세특례제한법제6조의 창업중소기업에 대한 세액감면 적용대상 업종인 “부가통신업”을 영위하는 것으로 하여 법인세 14,833,729,620원(2005사업연도 231,852,520원, 2006사업연도 2,905,614,900원, 2007사업연도 4,324,045,280원, 2008사업연도 7,372,216,920원)을 감면하여 신고하였다. 감사원의 2009년 9월 국세청에 대한 감사시 청구법인이 창업중소기업에 대한 세액감면 배제 업종인 “상품중개업” 또는 “전자상거래업”을 영위하고 있다는 지적에 따라 처분청은 청구법인에 대하여 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하고 2010.1.7. 청구법인에게 2005 ~ 2008사업연도분 법인세 17,260,486,820원(2005사업연도 327,491,680원, 2006사업연도 3,784,272,840원, 2007사업연도 5,159,450,830원, 2008사업연도 7,989,271,470원)을 경정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인의 주된 사업은 온라인상에 ○○○이라는 시장공간(open market)을 제공하여 다수의 판매자와 구매자가 다양한 방식으로 상품을 거래할 수 있도록 시스템을 제공하고 수수료·광고수입, 가입비, 컨텐츠 제공 수입 등을 얻고 있다. 청구법인은 2002.9.9. 전기통신사업법제21조에 따라 부가통신사업자로 신고하여 부가통신사업신고필증을 교부받았고 그에 따라 전기통신사업 중 부가통신업을 영위하고 있으며, 사업자등록증상의 사업의 종류도 부가통신사업이다. “부가통신업”의 정의에 대하여 조세특례제한법에서 별도의 규정을 두고 있지 않으므로 그 해당 여부는 근거법령인 전기통신사업법의 기준을 적용하여야 하며, 동 법령상 부가통신사업은 기간통신사업자로부터 전기통신회선설비를 임차하여 기간통신역무 외의 전기통신역무를 제공하는 사업이고, 청구법인은 인터넷 접속서비스를 제공하는 기간통신사업자의 인터넷망과 해당 서비스를 이용하여 ○○○이라는 인터넷 웹사이트를 운영하면서 통신을 매개로 부가통신역무를 제공하고 있다. 한국표준산업분류상 부가통신업의 정의는 “컴퓨터에 의하여 데이터베이스 및 기타 정보를 검색 및 송수신할 수 있는 온라인 통신 및 검색망을 운영하는 산업활동을 말한다”고 되어 있고, 청구법인은 ○○○을 통하여 판매자의 제품정보 등을 데이터베이스화 하여 구매자들이 이를 검색할 수 있게 하고, 거래의 성립과정에서 판매자에 관한 정보는 구매자에게로, 구매자에 관한 정보는 판매자에게로 송수신되므로 청구법인의 사업은 한국표준산업분류상으로도 부가통신업에 해당하여 창업중소기업에 대한 세액감면 규정을 적용함이 타당하다.

(2) 창업중소기업에 대한 세액감면 규정을 적용할 수 없을 경우, 청구법인은 그동안조세특례제한법제127조 제4항에서 창업벤처중소기업 세액감면과 생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제의 중복적용을 배제하는 규정에 따라 후자에 대한 세액공제를 적용받지 못하였는 바, 조세특례제한법제24조 및 같은 법 시행령 제21조 제3항에 따라 생산성향상을 도모하기 위하여 일정한 시설에 투자하는 경우 투자금액의 7%(중소기업의 경우)에 상당하는 금액을 법인세에서 공제받을 수 있고, 그 대상시설에는 ‘전자상거래설비’가 포함되어 있으므로 청구법인이 서버장비 등에 투자하여 세액공제 요건이 갖추어진 2005년 4,662백만원, 2006년 10,770백만원, 2007년 5,964백만원, 2008년 12,510백만원에 대하여는 생산성향상시설 등에 대한 투자세액공제를 하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 조세특례제한법제6조에 의한 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 적용함에 있어 업종의 분류는 같은 법 제2조 제3항에 따라 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하여야 한다. 청구법인은 가상의 영업장인 인터넷 쇼핑몰 ○○○ 이용하는 구매자와 판매자간의 상품판매를 연결·성사시켜 주고 그 대가로 판매자로부터 판매수수료를 받는 사업을 영위하고 있는 바, 이러한 사업활동은 한국표준산업분류상 “상품중개업” 또는 “전자상거래업”에 해당한다. 청구법인은 인터넷사이트 ○○○에서 구매자들이 판매자의 제품에 관한 정보를 ‘검색’하고 거래의 성립과정에서 관련 정보가 구매자와 판매자간 서로 ‘송수신’되어 “부가통신업”에 해당한다고 하나, 이러한 사업활동은 청구법인의 수익을 창출하는 본질적인 사업활동인 “상품중개업”에 부수되는 일부 사업활동에 불과할 뿐이므로 청구법인의 업종을 “상품중개업” 등으로 보아 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 생산성향상 시설투자세액 공제에 대하여 2005사업연도에 50,276,893원, 2006사업연도에 88,854,968원을 각각 공제받은바 있다. 청구법인이 생산성향상설비에 투자하였다고 제출한 서류를 보면 주로 서버장치 등으로서 신규투자인지 기존설비 보수인지 불분명하고, 일반사무 겸용 PC 및 범용소프트웨어, 보안시스템, 인터넷서버 등을 구매한 경우 시설투자세액공제 적용이 배제됨에도 청구법인은 주로 서버를 구입하였기에 투자세액공제는 불가하다.

• 가. 쟁점

(1) 청구법인이 영위하는 업종이 조세특례제한법상 창업중소기업에 대한 세액감면 대상인 부가통신업에 해당하는지 여부

(2) 창업중소기업에 대한 세액감면 규정이 적용되지 않을 경우, 생산성향상시설투자세액 공제 규정이 적용되는지 여부

• 나. 관련 법령

(1) 쟁점(1) 관련

○ 조세특례제한법 제2조 【정 의】

③ 이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제17조 의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다.

○ 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

② 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 2년 이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 “창업벤처중소기업”이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외하며, 감면기간 중 벤처기업의 확인이 취소된 경우에는 취소일이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업，연구 및 개발업, 과학 및 기술서비스업, 전문디자인업, 방송법에 의한 방송사업, 방송프로그램제작업，대통령령이 정하는 엔지니어링사업, 정보처리 및 기타 컴퓨터운영관련업, 대통령령이 정하는 물류산업, 영화산업(영화 및 비디오 제작업, 영화 및 비디오 제작관련 서비스업，영화배급업에 한한다), 공연산업(자영예술가를 제외한다), 관광진흥법에 의한 관광숙박업ㆍ대통령령이 정하는 관광객이용시설업ㆍ국제회의업ㆍ유원시설업, 광고업, 노인복지법에 의한 노인복지시설을 운영하는 사업，무역거래기반조성에관한법률에 의한 무역전시산업, 학원의설립ㆍ운영및과외교습에관한법률에 의한 직업기술분야를 교습하는 학원을 영위하는 중소기업으로 한다.

(2) 쟁점(2) 관련

○ 조세특례제한법 제24조 【생산성향상시설투자 등에 대한 세액공제】

① 내국인이 생산성향상을 도모하기 위하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 시설에 2009년 12월 31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 7)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

○ 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】

④ 내국인이 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제12조의 2, 제31조 제4항ㆍ제5항, 제32조 제4항，제33조의 2, 제63조, 제63조의 2 제2항, 제64조, 제66조 내지 제68조，제121조의 8, 제121조의 9 제2항, 제121조의 17 제2항, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제4항의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 감면되는 경우와 제5조, 제11조，제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제14조 또는 법률 제5584호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 소득세 또는 법인세가 공제되는 경우를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 조세특례제한법제6조의 창업중소기업 등에 대한 세액감면 대상은 중소기업기본법제2조에 따른 중소기업의 요건을 갖춘 벤처기업으로서 창업후 2년 이내에 벤처기업으로 확인받은 기업을 말하며 그 범위는 부가통신업 등을 영위하는 기업으로 한정하고 있다. (나) 청구법인은 2000.4.7. 설립하여 2년 이내인 2001.3.17. 벤처기업으로 확인받은 중소기업에 해당하고, “부가통신업”을 영위하는 것으로 보아 2005 ~ 2008사업연도에 창업중소기업 등에 대한 세액감면신고를 하였으나, 처분청은 청구법인의 업종이 세액감면 배제업종인 상품중개업 또는 전자상거래업인 것으로 보아 청구법인에 대하여 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제하고 법인세를 부과하였다. (다) 청구법인의 주된 사업내용은 ○○○이라는 온라인상의 시장공간(open market)을 제공하여 다수의 구매자와 판매자가 그 공간에서 1:1 거래, 공동구매, 경매 등 다양한 방식으로 거래할 수 있도록 하면서, 상품의 등록, 검색, 주문, 결제, 결제대금 예치, 배송추적, 주문취소, 반품, 환불, 증빙발급 등 거래에 필요한 제반 시스템과 서비스를 제공하고 판매자로부터 일정금액의 거래수수료를 포함한 서비스이용료를 지급받고 있으며, 청구법인은 이와 같은 사업활동이 한국표준산업분류에서 부가통신업을 정의하고 있는 『컴퓨터에 의하여 데이터베이스 및 기타 정보를 검색 및 송수신할 수 있는 온라인 통신 및 검색망을 운영하는 산업활동』의 요건에 맞으므로 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. (라) 먼저, 청구법인의 업종 분류에 관한 적용법률을 살펴보면, 청구법인은 부가통신업의 정의에 대하여 조세특례제한법에서 별도의 규정을 두고 있지 않으므로 근거법령인 전기통신사업법의 기준을 적용하여야 한다고 주장하나, 조세특례제한법제2조 제3항에서 “이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다”고 되어 있고, 조세특례제한법에 부가통신업 또는 상품중개업, 전자상거래업에 대하여 특별한 규정이 없으므로 청구법인의 업종분류는 통계법에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하여야 한다고 해석된다. (마) 다음으로, 청구법인의 업종이 한국표준산업분류상의 “부가통신업”에 해당하는지, 아니면 “상품중개업” 또는 “전자상거래업” 등에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다.

1. 한국표준산업분류상 부가통신업은 “컴퓨터에 의하여 데이터베이스 및 기타 정보를 검색 및 송수신할 수 있는 온라인 통신 및 검색망을 운영하는 산업활동을 말한다”고 하면서 온라인통신망을 통하여 데이터베이스 및 기타 정보를 제공하는 경우에는 제외되는 것으로 되어 있고, 상품중개업은 “상품에 대한 소유권을 갖지 않고 수수료 또는 계약에 의하여 타인을 대신하거나 타인을 위해 상품을 중개하는 상품중개인 등”으로 되어 있으며, 전자상거래업은 “일반 대중을 대상으로 온라인 통신망을 통하여 각종 상품(유형재)을 소매하는 산업활동을 말한다”고 하면서 각종 정보 및 기타 서비스를 전자상거래 방식으로 제공하는 경우에는 서비스 유형별로 분류하도록 되어 있다.

2. 청구법인은 2002.9.9. 최초로 부가통신사업자로 신고한 이후, 2006.3.7. 서울체신청장으로부터 부가통신사업신고필증을 교부받고, 2010.1.26. 서울전파관리소장으로부터 부가통신사업 신고증명서를 교부받았으나, 그 제공서비스는 “전자상거래”임이 부가통신사업신고필증에서 확인된다.

3. 청구법인은 기업회계기준서 제4호(2002.12.31. 이후 최초로 개시하는 회계연도부터 적용)의 “제품공급자로부터 받은 제품을 인터넷 상에서 중개판매하거나 경매하고 수수료만을 수취하는 전자쇼핑몰 운영회사는 관련 수수료만을 수익으로 인식한다”는 내용에 따라, 2002사업연도까지 상품매출액에서 상품매출원가를 차감하는 총액방식으로 수수료를 인식하다가 2003사업연도부터 순액인 수수료 매출액만을 인식하는 방법으로 변경하고, 매출인식 시점을 판매자가 상품배송을 완료하는 때로 하고 있음이 처분청 제시자료에 나타난다.

4. 청구법인의 판매회원약관 등에 의하면, 전자상거래와 관련하여 청구법인이 판매회원에게 각종 서비스를 제공하고 그 이용대가로 판매회원은 판매금액의 일정요율을 수수료로 지불하도록 되어 있고, 그러한 수입이 청구법인 총 수입의 55.4% ~ 84.5%를 점유하고 있다. <표1>청구법인의 연도별 수입현황

5. 전자상거래 등에서의 소비자보호에 관한 법률제2조에서 “전자상거래”라 함은 전자거래의 방법으로 상행위를 하는 것으로 되어 있고, “통신판매중개”라 함은 사이버몰(컴퓨터 등과 정보통신설비를 이용하여 재화등을 거래할 수 있도록 설정된 가상의 영업장을 말함)의 이용을 허락하거나 거래 당사자간의 통신판매를 알선하는 행위로 규정하고 있다.

6. 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합해 보면, 청구법인의 주요사업은 온라인 통신망을 통하여 상품에 대한 소유권을 갖지 않고 타인을 대신하거나 타인을 위해 상품을 중개하면서 판매자로부터 수수료를 받는 사업이라고 할 수 있어 한국표준산업분류상 “상품중개업” 또는 “전자상거래업”의 정의와 부합하는 점, 회계처리도 전자쇼핑몰 운영회사의 일반적인 형태인 수수료만을 수익으로 인식하고 있는 점, 한국표준산업분류상 온라인통신망을 통하여 데이터베이스 및 기타 정보를 제공하는 경우를 부가통신업에서 제외하고, 각종 정보 및 기타 서비스를 전자상거래 방식으로 제공하는 경우에는 서비스 유형별로 분류하도록 되어 있는 점 등에 비추어, 비록 청구법인이 한국표준산업분류 상 부가통신업에 해당하는 사업과 유사한 사업을 영위하는 부분이 일부 있다 하더라도 이는 청구법인의 주요사업인 “상품중개업” 또는 “전자상거래업”을 영위하는 수단 또는 부수적 사업활동에 불과하다고 할 수 있으므로, 청구법인의 업종을 “부가통신업”에 해당하지 아니하는 것으로 보아 창업중소기업에 대한 세액감면을 배제한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가) 청구법인은 2005사업연도부터 2008사업연도까지 조세특례제한법제127조의 창업벤처중소기업에 대한 세액감면과 생산성향상시설투자세액 공제에 대한 중복적용 배제 규정에 따라 후자에 대한 세액공제를 적용받지 못하였으나, 창업벤처중소기업에 대한 세액감면을 적용받지 못할 경우 동 기간 중 청구법인은 ‘전자상거래설비’에 <표2>와 같이 33,907백만원을 투자하였으므로조세특례제한법제24조의 생산성향상시설투자세액공제 규정을 적용할 것을 주장한다. <표2>청구법인의 연도별 전자상거래설비 구입현황 (나) 청구법인이 제시하는 구입시설은 청구법인의 전자상거래 사업 영위를 위하여 필요한 장비로서, ① 고객 정보등 데이터베이스를 보관하는 DB서버, ② 전자상거래 이용에 필요한 홈페이지 등의 프로그램을 보관하는 웹서버, ③ 거래정보를 보관하거나 전자상거래 대상이 되는 물품의 이미지, 물품상세정보 등을 보관하는 스토리지, ④ 전자상거래 사용자의 네트워크 통신(홈페이지 접속, 로그인, 물품거래, 결제 등)을 가능하게 해주는 네트워크장비(각종 백본장비, 스위치장비, 방화벽 장비 등이 해당) 등이며, 이들 장비는 청구법인이 제공하는 온라인상의 시장공간을 이용하는 판매자 및 구매자의 숫자와 거래규모, 다양한 서비스 형태 등에 비추어 최신의 개발장비가 아니면 그 수용이 불가능하고 범용성이 있는 장비에 해당한다고 보기도 어렵다. (다) 처분청은 청구법인이 2005사업연도에 50,276,893원, 2006사업연도에 88,854,968원을 이미 생산성향상시설투자세액공제를 받았다고 보았으나, 청구법인 제시 2005사업연도 및 2006사업연도 법인세 신고서에 의하면, 2005사업연도에는 전기이월(청구법인은 2004사업연도까지 소득금액이 없었음)된 생산성향상시설투자세액공제 대상으로 2003사업연도분 14,623,547원, 2004사업연도분 124,508,314원, 합계 139,131,861원이 존재하였고 그 중 최저한세 적용에 따라 2004사업연도분 88,854,968원의 미공제액을 제외하고 2005사업연도에 50,276,893원을 투자세액 공제신고하였으며, 2005사업연도에 미공제된 88,854,968원은 2006사업연도로 이월되어 공제받은 것으로 나타난다(이월된 투자세액미공제액은 당해연도 발생 세액감면대상이 있더라도세액공제 가능. 서면2팀-18, 2005.1.3. 등 참조). (라) 이상의 사실관계 및 관련법령을 종합해 보면, 청구법인의 주된 사업내용은 온라인상의 ○○○을 이용한 전자상거래라 할 수 있고, 동 거래를 위한 전자상거래시설의 설치는 필수적이라는 점에서 청구법인은 2005사업연도부터 2008사업연도까지 중복공제 배제규정에 따라 창업중소기업에 대한 세액감면보다 공제세액이 적은 생산성향상시설투자세액공제를 적용받지 아니한 것으로 보이고, 청구법인이 심판청구시 제시하는 전자상거래시설은 청구법인의 사업규모, 온라인 시설을 이용한 판매자 및 구매자의 숫자, 거래형태의 복잡·다양성 등에 비추어 최신 개발장비나 용량이 큰 장비의 설치가 필요하다고 할 수 있고 이들 장비는 범용성이 있다고 보이지 않으므로 청구법인이 이들 장비를 실제 구입하여 설치하였는지 여부 및 시설보수나 자본적지출에 해당하는 금액이 있는지 여부 등을 재조사하여 공제대상 전자상거래시설은 생산성향상시설투자세액공제를 함이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호, 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.