주식교환계약시 교환비율만 정하고 양도가액을 명시하지 아니하였으므로 양도가액을 주식교환 당시 양도하는 주식의 기준시가로 평가하여야 함.

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구인은 2001.4.13. 취득한 주식회사 OOOOO 주식 34,000주 (주식교환에 따라 OOOO 주식 556,920주를 배정받음, 이하 “쟁점주식 ”이라 한다)를 보유하던 중 2003.2.24. 주식회사 OOOO(코스닥 상장기업)과 OOOOOO 포괄적 주식교환계약(교환비율: OOOOO 1주당 OOOO 16.38주)을 체결함에 따라, 주식교환일인 2003.5.21. 쟁점주식을 양도하고 OOOO 주식 556,920주(34,000주×16.38주)를 배정받았으며, 2003.6.10. 쟁점주식의 양도가액을 634,888,800원으로 하여 증권거래세 3,174,440원을 신고․납부하면서 양도소득세는 무신고하였다.
• 나. 처분청은 쟁점주식의 1주당 실지거래가액을 18,673.2원(2003.5.21. OO OO 주식종가 1,140원×16.38)으로 보아 양도가액 634,888,800원(34,000주×18,673.2원), 취득가액 170,000,000원으로 하여 양도소득세를 경정․고지한다는 내용의 과세예고통지를 하였고, 2009.12.15. 청구인이 제기한 과세전적부심사청구를 “불채택” 결정 한 후, 2010.2.5. 청구인에게 2003년 귀속 양도소득세 78,204,200원을 경정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2010.4.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 OOOOOO OOOOO 주식교환계약서에는 주식교환비율에 따라 교환하는 주식의 수만 기재되어 있을 뿐, 양도가액이 표시되어 있지 않으며, OOOO은 증권거래법 시행규칙제36조의12 제1항에 의한 평가액을, OOOOOO 유가증권 발행 및 공시등에 관한 규정 시행세칙 제5조 내지 제7조에 의한 평가액에 OOOOOOOO시장에서 형성되고 있는 시세를 감안하여 할인조정한 평가금액에 의하여 주식교환비율을 정하였으며, 청구인이 배정받은 OOOO 주식은 대주주의 보호예수의무가 있어 교환일로부터 2년간 거래가 불가능함에도 주식양도가액을 주식교환일 현재 OOOOO OOO시장 거래시세만을 기준으로 평가한 것과 근거없이 착오로 잘못 계산된 증권거래세 과세표준을 양도소득세 과세기준으로 하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하므로 쟁점주식의 양도가액을 양도당시 기준시가로 평가하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 주식교환으로 양도하는 자산의 양도가액은 교환당시 실지거래가액에 의하여 계산하는 것으로, 포괄적 주식교환계약을 체결하면서 관련법에 의하여 주식을 평가하여 교환비율을 쟁점주식 1주당 16.38주로 정하였으며, 청구인이 이를 근거로 증권거래세를 신고․납부한 사실이 확인되고 여타 주주들도 교환비율을 근거로 양도소득세를 신고․납부한 사실이 확인되므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 주식교환계약시 교환비율만 정하고 양도가액을 명시하지 아니하였으므로 양도가액을 주식교환 당시 양도하는 주식의 기준시가로 평가하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련법령

(1) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각목의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함한다. 이하 이 장에서 "주식등"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

• 가. 증권거래법에 의한 주권상장법인(이하 "주권상장법인"이라 한다)의 주식등으로서 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것과 동법에 의한 유가증권시장(이하 "유가증권시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 나. 증권거래법에 의한 협회등록법인(이하 "협회등록법인"이라 한다)의 주식등으로서 당해 법인의 대주주가 양도하는 것과 동법에 의한 협회중개시장(이하 "협회중개시장"이라 한다)에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것
• 다. 주권상장법인 또는 협회등록법인이 아닌 법인의 주식등

4. 주식등의 주권 또는 출자증권을 발행한 법인의 주주의 구성, 특정자산의 보유현황 또는 사업의 종류 등을 감안하여 대통령령이 정하는 자산(이하 이 장에서 "기타자산"이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득

② 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 모두 해당되는 경우에는 제4호의 규정을 적용한다 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. (단서 생략)

② 제94조 제1항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액에 의한다. 제99조【기준시가의 산정】① 제96조 제1항 본문, 제97조 제1항 제1호 가목 본문, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

3. 제94조 제1항 제3호 가목의 규정에 의한 주식등 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 가목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 동목중 "평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월"은 각각 "양도일ㆍ취득일 이전 1월"로 본다.

4. 제94조 제1항 제3호 나목의 규정에 의한 주식등중 대통령령이 정하는 것 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 나목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 동목에서 준용하는 동호 가목의 규정중 "평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월"은 각각 "양도일ㆍ취득일 이전 1월"로 본다.

5. 제94조 제1항 제3호 나목의 규정에 의한 주식등중 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 것과 제94조 제1항 제3호 다목의 규정에 의한 주식등 상속세및증여세법 제63조 제1항 제1호 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기 및 평가액은 대통령령이 정하는 바에 의하되, 장부분실 등으로 인하여 취득 당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 한다. (2) 상속세 및 증여세법 제63조 【유가증권 등의 평가】① 유가증권 등의 평가는 다음 각호의 1에서 정하는 방법에 의한다.

• 가. 한국증권거래소에서 거래되는 주식 및 출자지분은 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월간에 공표된 매일의 한국증권거래소 최종시세가액(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액. 다만, 평균액계산에 있어서 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월의 기간 중에 증자ㆍ합병 등의 사유가 발생하여 당해 평균액에 의하는 것이 부적당한 경우에는 평가기준일 이전ㆍ이후 각 2월의 기간 중 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 기간의 평균액에 의한다.
• 나. 대통령령이 정하는 협회등록법인의 주식 및 출자지분 중 대통령령이 정하는 주식 및 출자지분에 대하여는 가목의 규정을 준용한다. 이 경우 “한국증권거래소 최종시세가액”은 “증권업협회 기준가격”으로 본다.
• 다. 나목외의 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 및 출자지분은 당해 법인의 자산 및 수익 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한다 (3) 소득세법 시행령 제165조 【토지·건물외의 자산의 기준시가 산정】③ 법 제99조 제1항 제4호에서 "대통령령이 정하는 것"이라 함은 상속세및증여세법시행령 제53조 제2항 의 규정에 해당하는 것을 말한다. 이 경우 동항 단서중 "평가기준일 전후 6월(증여세가 부과되는 주식 또는 출자지분의 경우에는 3월로 한다)"은 "양도일ㆍ취득일 이전 1월"로 한다.

④ 법 제99조 제1항 제5호 후단의 규정에 의한 평가기준시기 및 평가액은 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 1주당 가액의 평가 1주당 가액 = 1주당 순손익액 / 금융시장에서 형성되는 평균이자율을 참작하여 재정경제부령이 정하는 율

2. 제1호의 규정에 의하여 평가한 비상장주식의 가액이 다음의 산식에 의하여 평가한 가액에 미달하는 경우에는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 = 당해 법인의 순자산가액 / 발행주식 총수

3. 제1호의 산식에서 규정하는 1주당 순손익액은 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 순손익액에 의하여 평가한 가액에 의하고, 제2호의 산식에서 규정하는 순자산가액은 양도일 또는 취득일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 당해 법인의 장부가액(토지의 경우에는 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 기준시가)에 의한다.

⑤ 주식등의 양도일 현재에는 제3항의 규정에 의한 주식등에 해당되나 그 취득당시에는 제3항의 규정에 의한 주식등에 해당되지 아니하는 경우 취득당시의 기준시가는 제4항의 규정에 불구하고 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. 이 경우 취득일 현재의 제4항의 규정에 의한 평가액과 증권거래법에 의한 한국증권업협회(이하 "한국증권업협회"라 한다) 등록일 현재의 제4항의 규정에 의한 평가액이 동일한 경우에는 제9항의 규정을 준용하여 계산한 가액을 한국증권업협회 등록일 현재의 제4항의 규정에 의한 평가액으로 한다. [한국증권업협회 등록일 이후 1월간에 공표된 매일의 한국증권업협회기준가격(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액] ×(취득일 현재의 제4항의 규정에 의한 평가액 / 한국증권업협회 등록일 현재의 제4항의 규정에 의한 평가액)

⑥ 주식등의 양도일 현재에는 주권상장법인의 주식등에 해당되나 그 취득당시에는 주권상장법인의 주식등 및 제3항의 규정에 의한 주식등에 해당되지 아니하는 경우 취득당시의 기준시가는 제5항의 규정을 준용하여 계산한 가액에 의한다. 이 경 우 "한국증권업협회 등록일"은 "상장일"로, "한국증권업협회 기준가격"은 "한국증권거래소의 최종시세가액"으로 본다.

⑨ 법 제99조 제1항 제3호 내지 제5호의 규정에 의하여 산정한 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가가 동일한 경우에는 법 제99조 제1항 제3호 내지 제5호의 규정에 불구하고 당해 자산의 보유기간과 기준시가의 상승률을 참작하여 재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 계산한 가액을 양도당시의 기준시가로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 비상장법인인 주식회사 OOOOOO 2003.2.24. 코스닥 상장법인인 주식회사 OOOOO 포괄적 주식교환 계약을 체결함에 따라 청구인은 쟁점주식을 주식교환일인 2003.5.21. 양도하고 OOOO주식 556,920주를 배정받아 2003.6.10. 증권거래세를 신고하였으나, 처분청은 청구인이 주식교환에 따른 양도소득을 신고하지 아니한 사실을 확인하고 청구인의 증권거래세 신고내역 및 다른 주주들의 신고사항을 토대로 쟁점주식의 1주당 가액을 18,673.2원으로 보아 양도가액을 634,888,000원으로 하여 양도소득세를 과세하였음이 처분청 심리자료에 나타난다.

(2) 2003.2.24. OOOOO OOOOOO 체결한 포괄적 주식교환 계약 내용은 아래와 같다. (가) 주식교환 내역 (나) 계약서 주요내용

(3) 청구인은 쟁점주식 교환과 관련하여 증권거래세를 신고하면서 쟁점주식의 1주당 가액을 18,673.2원(1,140원16.38주), 양도가액을 634,882천원(34,000주18,673.2원)으로 신고하였으며, 1김진규 등 에드밸엠씨*/ 주주 13인은 쟁점주식의 1주당 가액을 18,673.2원으로 평가하여 양도소득세 신고한 내역이 확인된다.

(4) OO OO의 주식교환일전 1개월간(2003.4.21～2003.5.21)의 주식변동내역은 아래와 같다.

(5) 청구인은 OOOOOO OOOOO 주식교환계약서에는 교환주식의 평가방법과 주식교환비율, 교환하는 주식의 수만 기재되어 있을 뿐 교환주식의 구체적인 평가액과 양도가액이 불분명하므로 교환주식의 양도가액을 시가를 기준으로 하여 양도가액을 결정한 것은 부당하며, 양도당시 양도하는 쟁점주식의 기준시가에 의하여 양도가액을 산정하여야 한다고 주장한다.

(6) 아울러, 청구인이 배정받은 OOOOO 주식은 보호예수의무기간이 있어 교환일로부터 2년간 거래가 불가능함에도 주식양도가액을 주식교환일 현재 OOOOO 코스닥시장 거래시세만을 기준으로 평가하여 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다면서 2003.6.9. OOOOOO 발행한 유가증권보호예수 증명서를 제출하고 있는 바 그 내용은 아래와 같다. (가) 보호예수 수량: 2,358,720주(청구인 556,920주) (나) 보호예수 사유: 최대주주(주식교환) (다) 보호예수 종목: OOOOOOOOOOOO OOOO (라) 주식교부일: 2003.5.21 (마) 반환가능일: 2005.5.21. (바) 발급기준일: 2003.6.9.

(7) 살피건대, OOOOO OOOOOO 체결한 주식교환계약서상 주식교환비율이 기재되어 있는 것으로 보아 OOOOO 주식 1주당 OOOOOO 16.38주를 동일한 가치로 인식하여 상호합의하에 주식평가를 거쳐 교환비율을 정하였을 것으로 판단되며, 주식교환의 경우 양도가액은 교환으로 받는 신주의 가액을 기준으로 산정하여야 할 것인 바, 신주의 가액은 상속세 및 증여세법상 시가를 기준으로 평가하거나 실제거래가액이 불분명한 경우로 보아소득세법제99조의 규정에 따른 기준시가를 기준으로 평가할 수 있고, 동 가액이 처분청이 양도가액으로 본 2003.5.21. 종가보다 높게 나타나는 것으로 보이는 점, 청구인의 증권거래세 신고내역을 보면 과세표준이 2003.5.21. 종가를 기준하여 산정된 점 등으로 보아 처분청의 양도소득세 과세처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.