실물거래 없이 가공으로 교부한 세금계산서임이 확인됨에 따라 부가가치세 등이 감액경정된 경우 그에 따른 환급세액은 국세환급금 결정대상에서 제외하도록 한 규정이 없는 이상, 국세환급금 결정대상에 해당하는 것임
실물거래 없이 가공으로 교부한 세금계산서임이 확인됨에 따라 부가가치세 등이 감액경정된 경우 그에 따른 환급세액은 국세환급금 결정대상에서 제외하도록 한 규정이 없는 이상, 국세환급금 결정대상에 해당하는 것임
1. ○○○세무서장이 2010.1.12. 청구법인에게 한 2002년 제2기 부가가치세 97,154,640원의 환급을 하지 아니한 처분은 이를 취소하고 2002사업연도 법인 세 경정시 추가발생한 결손금에 대하여조세특례제한법제8조의3(2001.8.14. 법률 제6501호로 개정된 것)의 결손금소급공제에 의한 법인세액의 환급을 하지 아니한 처분은 청구법인이 당초 결손금소급공제를 신청한 결손금액과 달라진 법인세액 또는 과세표준을 기초로 추가로 환급할 세액을 재계산하여 경정한다.
2. 나머지 청구는 기각한다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점세금계산서는 실제거래를 하고 수취한 정당한 세금계산서임에도 처분청이 거래상대방 사업자가 자료상으로 고발되었다는 이유만으로 가공세금계산서로 보아 과세한 처분은 부당하고, 쟁점법인1과의 거래금액 중 2001.9.14. 계좌이체로 결제한 74,000,000원에 대해서는 실제거래금액으로 인정하면서 쟁점법인2와의 거래금액 중 2002.2.6. 계좌이체분 79,200,000원은 실제거래로 인정하지 않는 모순적인 처분을 하였으며, 계약서 내용과 세금계산서 발행일이 차이가 나는 것은 용역의 제공과정에서 충분히 발생할 수 있는 것이고, 현금출금내역과 거래처 원장과 차액이 발생한 것은 현금으로 출금된 금액 중 일부가 쟁점법인1과 쟁점법인2에게 지급된 것이므로 실제거래로 인정하여야 한다.
(2) 2002년 제2기 부가가치세 과세기간 중 매출세금계산서상 공급가액 2,331,618,000원을 과세표준에서 감액하여 부가가치세를 경정하면서 발생한 환급세액 97,154,640원을 환급하지 아니한 처분은 부당하다.
(3) 2002사업연도 가공매출 2,331,618,000원을 수입금액에서 감액하여 법인세를 경정하면서 발생한 결손금을 2001사업연도 소득금액에서 차감하여 발생한 환급세액을 환급하지 아니한 처분은 부당하다.
(1) 청구법인은 2001년 제2기 과세기간 중 쟁점법인1로부터 공급가액 480,000천원, 2002년 제1기 과세기간 중에는 쟁점법인2로부터 공급가액 460,000천원의 세금계산서를 각 수취하여 부가가치세 매입세액 공제 및 법인세의 손금으로 계상하여 신고하였는바, 쟁점법인1과 쟁점법인2에게 실제로 매입대금이 지급되었는지 확인이 되지 않고, 특히 쟁점법인2는 2002년 제1기 부가가치세 신고시 청구법인에 대한 매출세금계산서를 제출하지 아니하였으며, 계약서 내용과 세금계산서의 발행일이 차이가 나고, 현금출금된 금액이 거래처 원장 금액과 차이가 나며, 청구법인이 정상거래라고 주장하는 각 과세기간 중 쟁점법인1·2 모두 폐업하였고(쟁점법인1 폐업일: 2001.10.10., 쟁점법인2 폐업일: 2002.4.30.), 위장가공자료 및 자료상자료로 통보되어 청구법인에 대하여 2002년 제2기 과세기간의 자료상 조사를 실시한 결과, 실지거래가 확인되는 74,000천원을 제외한 나머지 가공세금계산서 2,331,618천원 발행분 및 가공매입분 744,790천원은 고발대상에 해당한 사실 등을 종합적으로 고려할 때, 청구법인의 주장은 받아들이기 어렵다.
(2) 2002년 제2기 과세기간 중 매출세금계산서상 공급가액 2,331,618천원을 과세표준에서 감액하여 부가가치세를 경정하면서 발생한 환급세액 97,154,640원은 “부가가치세가 과세되는 재화나 용역을 공급함이 없이 세금계산서만을 가공으로 교부하는 자료상행위자가 가공세금계산서에 의하여 신고ㆍ납부한 부가가치세는 환급 받을 수 없는 것”으로 해석한 국세청 예규(부가46015-1825, 2000.7.26.)에 의하여 환급하지 아니한 것이다.
(3) 청구법인은 국세기본법 제45조의2 및 같은 법 시행령 제25조의2의 규정에 의한 경정 등의 청구를 할 수 있는 기한 내에 경정 등의 청구를 하지 아니하였으므로 결손금 소급공제에 의한 환급을 하지 아니한 처분청의 처분은 정당하다.
① 쟁점세금계산서가 가공세금계산서에 해당하는지 여부
② 2002년 제2기분 가공매출 감액경정에 따른 부가가치세 환급 여부
③ 2002사업연도분 법인세 결손금소급공제에 의한 환급 여부
(1) 국세기본법 제45조의2【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 법정신고기한 경과 후 3년(각 세법에 따른 결정 또는 경정이 있는 경우에는 이의신청·심사청구 또는 심판청구 기간을 말한다) 이내에 관할세무서장에게 청구할 수 있다.
1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때
2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때
(2) 법인세법 제19조【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다. 제72조【결손금 소급공제에 의한 환급】① 제25조 제1항 제1호의 규정에 의한 중소기업은 각 사업연도에 제14조 제2항의 규정에 의한 결손금이 발생한 경우 그 결손금에 대하여 직전 사업연도의 소득에 대하여 과세된 법인세액(대통령령이 정하는 법인세액을 말한다)을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. 이 경우 당해 결손금에 대하여는 제13조 제1호의 규정을 적용함에 있어서 이를 공제받은 금액으로 본다.
② 제1항의 규정에 의한 법인세액의 환급을 받고자 하는 내국법인은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 신청하여야 한다.
③ 납세지 관할세무서장이 제2항의 규정에 의한 신청을 받은 때에는 지체없이 환급세액을 결정하여 국세기본법 제51조 및 제52조의 규정에 의하여 환급하여야 한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정은 당해 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 결손금이 발생한 사업연도와 그 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준 및 세액을 각각 신고한 경우에 한하여 이를 적용한다.
⑤ 납세지 관할세무서장은 제3항의 규정에 의하여 법인세를 환급한 후 결손금이 발생한 사업연도에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정함으로써 결손금이 감소된 경우에는 환급세액 중 그 감소된 결손금에 상당하는 세액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 가산한 금액을 당해 결손금이 발생한 사업연도의 법인세로서 징수한다. (3) 법인세법 시행령 제19조【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.
1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용 제110조【결손금 소급공제에 의한 환급세액의 계산】① 법 제72조 제1항에서 "대통령령이 정하는 법인세액"이라 함은 직전 사업연도의 법인세 산출세액(법 제56조의 규정에 의한 적정유보초과소득에 대한 법인세를 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에서 직전 사업연도의 소득에 대한 법인세로서 공제 또는 감면된 법인세액(이하 이 조에서 "감면세액"이라 한다)을 차감한 금액(이하 "직전 사업연도 법인세액"이라 한다)을 말한다.
② 법 제72조 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 차감한 금액을 말한다.
1. 직전 사업연도의 법인세 산출세액
2. 직전 사업연도의 과세표준에서 법 제14조 제2항의 규정에 의한 당해 사업연도의 결손금으로서 소급공제를 받고자 하는 금액(직전 사업연도의 과세표준을 한도로 하며, 이하 이 조에서 "소급공제 결손금액"이라 한다)을 차감한 금액에 직전사업연도의 세율을 적용하여 계산한 금액
③ 법 제72조 제2항의 규정에 의하여 환급을 받고자 하는 법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 재정경제부령이 정하는 소급공제법인세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 법 제72조 제5항의 규정에 의하여 결손금이 감소됨에 따라 징수하는 법인세액의 계산은 다음 산식에 의한다. 다만, 법 제14조 제2항의 결손금 중 그 일부 금액만을 소급공제받은 경우에는 소급공제받지 아니한 결손금이 먼저 감소된 것으로 본다. 감소된 결손금액으로서 소급공제받지 [법 제72조 제3항의 규정에 의한 아니한 결손금을 초과하는 금액 환급세액(이하 이 조에서 × ───────────────── "당초 환급세액"이라 한다)] 소급공제 결손금액
⑥ 납세지 관할세무서장은 당초 환급세액을 결정한 후 당해 환급세액의 계산의 기초가 된 직전 사업연도의 법인세액 또는 과세표준금액이 달라진 경우에는 즉시 당초환급세액을 재결정하여 추가로 환급하거나 과다하게 환급한 세액상당액을 징수하여야 한다. 이 경우 과다하게 환급한 세액상당액을 징수함에 있어서는 제5항의 규정을 준용한다.
(4) 조세특례제한법 제8조의3【중소기업의 결손금 소급공제에 의한 환급특례】 소득세법 제85조의2 및 법인세법 제72조 의 규정을 적용함에 있어서 중소기업을 영위하는 내국인이 2002년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도에 동조에 규정된 결손금이 발생한 경우에는 동조의 규정에 불구하고 직전 과세연도 및 직전전 과세연도의 소득(거주자의 경우에는 당해 중소기업의 사업소득에 한한다)에 대하여 과세된 소득세액 또는 법인세액을 한도로 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 환급신청할 수 있다. (5) 조세특례제한법 시행령 제7조의3 (중소기업의 결손금 소급공제에 의한 환급금액의 계산 등) ① 법 제8조의3에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액"이라 함은 다음 각호의 구분에 의한 금액을 말한다.
1. 중소기업을 영위하는 자가 거주자인 경우에는 가목의 금액에서 나목의 금액을 차감한 금액
2. 중소기업을 영위하는 자가 법인인 경우에는 가목의 금액에서 나목의 금액을 차감한 금액
② 법 제8조의3의 규정에 의하여 결손금을 소급공제함에 있어서 직전 과세연도와 직전전 과세연도에 당해 중소기업의 사업소득에 대한 소득세 또는 법인세의 납부세액이 있는 경우에는 직전전 과세연도의 당해 사업소득에 대한 소득세 또는 법인세의 과세표준에서 결손금을 먼저 공제한다.
③ 법 제8조의3의 규정에 의하여 결손금소급공제세액을 환급받고자 하는 자는 소득세법 제85조의2 제2항 의 규정에 의한 과세표준확정신고기간 또는 법인세법 제72조 의 규정에 의한 과세표준신고기한 내에 재정경제부령이 정하는 결손금소급공제세액환급신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
(6) 부가가치세법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액
(1) 처분청이 제출한 부가가치세 경정결의서 등에 의하면, 처분청은 쟁점법인1의 2001년 제2기 매입과세표준 480,000,000원 중 계좌이체로 대금지급이 확인된 74,000,000원을 제외한 406,000,000원의 매입세액 40,600,000원, 쟁점법인2의 2002년 제1기 매입과세표준 460,000,000원의 매입세액 46,000,000원을 각 불공제하여 부가가치세를 경정·고지하였고, 2002년 제2기에는 가공거래로 확정된 매출세액 233,161,800원과 매입세액 74,479,000원을 감액하여 부가가치세를 경정하면서 발생한 환급세액 97,154,640원은 환급하지 아니한 것으로 나타난다.
(2) 처분청이 제출한 법인세 경정결의서, 소득금액변동통지서 등에 의하면, 청구법인의 2001사업연도 법인세에서 446,600,000원을 가공매입으로 손금불산입하고 대표자 이광세에 대한 상여로 소득처분하였으며, 2002사업연도 법인세에서는 가공매출분 2,331,618,000원에서 가공매입분 744,790,000원 및 460,000,000원을 차감한 1,126,828,000원의 공급대가인 1,239,510,800원을 손금산입하고, 가공매출에 대한 부가가치세 112,682,800원을 손금불산입하여 법인세를 경정·고지하였음이 나타난다.
(3) 청구법인은 쟁점법인1에게 2001.7.1. 매입분 200,000,000원을 2001.7.2. 현금으로 지급하였고, 2001.8.20. 매입분 164,000,000원은 2001.8.24. 현금 40,000,000원, 2001.9.3. 현금 50,000,000원, 2001.9.14. 계좌이체 74,000,000원으로 결제하였으며, 2001.9.20. 매입분 164,000,000원은 2001.11.5. 164,000,000원을 대체하였다고 주장하며, 2001.7.2. 쟁점법인1의 200,000,000원의 입금표, 2001.7.2. 현금으로 503,970,000원이 출금된 구 ○○○사본, 2001.8.24. 쟁점법인1의 40,000,000원의 입금표, 2001.8.24. 현금으로 40,000,000원이 출금된 거래계좌사본, 2001.9.3. 쟁점법인1의 50,000,000원의 입금표, 2001.9.3. 현금으로 50,000,000원이 출금된 거래계좌사본, 2001.9.14. 쟁점법인1의 74,000,000원의 입금표, 2001.9.14. 쟁점법인1로 74,000,000원이 계좌이체된 계좌번호 미상 통장사본, 2001.10.5. 쟁점법인1의 164,000,000원의 입금표, 2001.10.5. 164,000,000원이 대체된 계좌번호 미상 통장사본, 거래처 원장, 쟁점법인1과의 용역계약서(e-Biz solution 제품공급계약 480,000,000원)를 각 제출하고 있다.
(4) 청구법인은 쟁점법인2로부터 실지로 2002.1.14. 72,600,000원, 2002.1.17. 79,200,000원, 2002.2.8. 79,200,000원, 2002.2.20. 72,600,000원, 2002.3.11. 105,600,000원, 2002.3.26. 96,800,000원의 매입거래를 하였다고 주장하며, 2002.2.6. 쟁점법인2의 79,200,000원의 입금표 및 2002.2.6. 79,200,000원이 계좌이체된 ○○○ 사본, 2002.2.8. 쟁점법인2의 151,800,000원의 입금표 및 2002.2.8. 151,800,000원이 현금출금된 계좌번호 미상 통장사본, 2002.2.28. 쟁점법인2의 72,600,000원의 입금표 및 2002.2.8. 218,750,780원이 대체된 계좌번호 미상 통장사본, 2002.4.19. 쟁점법인2의 202,400,000원의 입금표 및 2002.4.19. 333,400,000원이 출금된 ○○○ 사본, 거래처원장, 쟁점법인2와의 용역계약서(빌링시스템 개발용역 240,000,000원, ○○○ 관련 프로그램 개발용역 220,000,000원)를 각 제출하고 있는바, 청구법인이 제시한 대금결제내역은 계약서상 대금지불일정과 정확히 일치하지는 않는 것으로 나타난다.
(5) 처분청이 제출한 조사종결복명서에 의하면, ○○○은 청구법인에 대해 2002년 제2기 과세기간에 대한 자료상혐의자 조사를 실시하여, 청구법인의 매출처에 소명안내문을 보내고, 고액 거래처에 대해서는 전화통화 및 현지확인을 한바, ○○○세무서에서 자료상 확정거래로 통보된 (주)○○○에 대한 매출 171,731천원(공급가액), 검찰조사결과 가공거래로 확인된 (주)○○○에 대한 매출 174,609천원(공급가액), 청구법인이 2003.6.26. 거래금액 중 일부만 지급받은 후 나머지 금액을 대손처리하고, 거래처들이 ○○○세무서장의 소명안내에 회신하지 아니한 것으로 조사된 (주)○○○(주)로부터의 매입 744,790천원(공급가액)에 대하여 자료상거래 확정자료로 각 거래처 관할세무서에 자료통보한 것으로 나타난다.
(6) 청구법인은 2001사업연도에 대한 법인세를 신고기한내 신고·납부하였고, 2002사업연도에는 결손금이 발생하여 신고기한 내에 법인세 신고와 함께 결손금소급공제세액환급신청을 하여 쟁점법인은 결손금 소급공제세액환급을 위한 실체적 요건과 절차적 요건을 모두 갖추었으므로 당초 환급세액을 경정하여 추가로 환급이 이루어져야 하는 것이지 국세기본법에 의한 경정청구해야 할 사항이 아니라고 주장하며, 당초 쟁점법인이 2002사업연도 법인세 신고시 325,963,481원을 환급신청한 결손금소급공제세액환급신청서(법인)를 제출하고 있다.
(7) 국세청 전산자료에 의하면, 청구법인은 2000, 2001, 2002사업연도에 대하여 2001.3.30., 2002.4.1., 2003.3.31.에 법인세신고를 하여 법인세 신고기한 내에 신고하였고, 처분청이 청구법인의 결손금소급공제환급신청액 325,963,480원을 2003.4.24. 환급한 사실이 확인되며, 처분청이 청구법인에게 과세하여 체납되어 있던 2001사업연도 법인세 296,977,670원은 2011.1.13. 청구법인의 공탁금으로 충당되어 납부된 것으로 확인된다.
(8) 쟁점①에 대하여 본다. 청구법인은 계약서 내용과 세금계산서 발행일이 차이가 나는 것은 용역의 제공이 이루어지는 과정에서 충분히 발생할 수 있는 것이고, 현금출금된 내역과 거래처 원장금액과 차액이 발생하는 것은 현금으로 출금된 금액 중 일부가 실제로 쟁점법인1 또는 쟁점법인2에게 지급된 것이라고 주장하나, 청구법인이 제시한 금융거래내역을 보면 거래상대방이 누구인지 밝혀지지 아니한 채 청구법인 명의의 예금계좌에서 현금을 출금한 사실만 나타나고, 특히 쟁점법인2에 대한 결제의 경우에는 금융거래일자가 계약서상 대금지불일정이나 세금계산서의 날짜와 맞지 않을 뿐만 아니라, 그 금액도 쟁점세금계산서의 공급가액과 일치하지 아니하며, 청구법인이 금융거래자료, 거래처원장, 용역계약서 등 이외에 쟁점세금계산서상의 거래와 관련한 구체적이고 신빙성 있는 증빙자료도 제시하지 못하고 있는 등 제시된 입증자료만으로는 쟁점세금계산서의 거래사실이 확인된다고 보기 어렵다. 또한, 청구법인은 처분청이 쟁점법인1과의 거래금액 중 2001.9.14. 계좌이체로 결제한 74,000,000원에 대해서는 실제거래금액으로 인정하면서 쟁점법인2와의 거래금액 중 2002.2.6. 계좌이체분 79,200,000원은 실제거래로 인정하지 않는 모순적인 과세처분을 하였다고 주장하나, 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점법인2와의 거래가 실제거래하였다고 인정하기 어려운 것이라면 쟁점법인2와의 거래금액 506,000,000원 중 2002.2.6. 계좌이체된 사실이 확인된다 하여 79,200,000원만 실제로 거래하였다고 단정하기도 어렵고, 쟁점법인1·2를 조사한 ○○○세무서장이 가공거래로 확정한 2002년 제2기 매출 2,331,618천원(공급가액)과 매입 744,790천원(공급가액) 중 일부 거래는 용산세무서와 검찰조사결과 이미 가공거래로 확인된 거래가 포함되어 있고, 나머지 거래도 청구법인이 2003.6.26. 동일한 날짜에 거래금액 중 일부만 대금을 지급받고 나머지 금액을 대손처리하였으며, 거래처들이 모두 ○○○세무서장의 소명안내에 회신하지 아니한 것으로 조사된 점에 비추어 정상적인 거래로 보기 어려우므로 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 본 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.
(9) 쟁점②에 대하여 본다. 납세의무자와 과세관청 사이의 조세법률관계에서 발생한 부당이득에 대하여는 민법상의 비채변제 규정이 적용되지 아니한다 할 것이고(국심 2003서3752, 2004.5.28. 참조), 국세기본법제51조 제1항에서 세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액이 있는 때에는 즉시 그 오납액ㆍ초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다고 규정하고 있으며, 당해 규정에는 실물거래 없이 가공으로 교부한 세금계산서에 따라 부가가치세를 신고·납부한 후 가공거래로 확정되어 부가가치세 등이 감액·경정된 경우에 대하여 달리 국세환급금 결정대상에서 제외하도록 하고 있지 아니한바, 처분청이 청구법인에 대한 세무조사 후 신고한 대부분의 거래를 가공거래라 하여 부가가치세를 감액경정한 다음, 이러한 내역을 세무조사결과통지서에 의하여 청구인에게 통지하고도 쟁점세액을 환급대상이 아니라고 본 것은, 오납액ㆍ초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여 환급하도록 규정하고 있는국세기본법제51조의 규정을 잘못 해석한 것이라 하겠으므로(조심 2010구1260, 2010.8.9. 외 다수, 같은 뜻), 처분청이 2002년 제2기 부가가치세 97,154,640원을 환급하지 아니한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
(10) 쟁점③에 대하여 본다. 결손금 소급공제에 의한 환급은 중소기업을 대상으로 특별히 조세정책적 목적에서 인정된 제도이므로, 위 규정에 따라 환급을 받기 위하여는 이월결손금의 발생 등 실체적 요건과 과세표준확정신고기한 내에 환급신청을 해야 하는 등 절차적 요건이 충족되어야 할 것인바(대법원 2000.10.27. 선고 2000다25590 판결 같은 뜻), 청구법인은 법인세 과세표준확정신고기한 내에 2002사업연도 법인세과세표준 신고를 하면서 결손금 소급공제에 의한 환급신청을 하였으므로 결손금 소급공제에 의한 환급대상 법인이고, 당초 결손금 소급공제에 의한 환급신청을 하여 환급결정을 받았으며, 이 건 세무조사로 인해 직전사업연도(2001사업연도)의 법인세 과세표준이 증액되면서 고지된 세액을 납부하였고 당해 사업연도(2002사업연도)의 결손금이 증액된 청구법인의 경우 추가 환급세액이 발생한다. 따라서, 처분청은 청구법인에 대한 이 건 세무조사 결과에 따라 추가적으로 발생한 환급세액을 재계산하되, 다만, 결손금 소급공제에 의한 추가환급은 납세의무자가 당초에 소급공제를 신청한 결손금액에 대하여 이루어지는 것이므로 당초 소급공제를 신청하지 아니한 결손금액은 추가로 소급공제를 신청할 수 없다고 할 것이고, 당초 소급공제를 신청한 결손금액과 달라진 법인세액 또는 과세표준금액을 기초로 추가로 환급할 세액을 재계산해야 하는 것이 타당하다고 판단된다.(대법원 2007.06.14. 선고 2005다60437 판결 같은 뜻)
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.
결정내용은 붙임과 같습니다.