일반법인으로 전환된 기업구조조정전문회사는 과세특례 규정 적용받을 수 없음(기각)

심판청구를 기각한다.

• 가. 청구법인은 2005사업년도 및 2007사업연도 법인세 신고시 주식회사 ○○○코퍼레이션(이하 “○○○코퍼레이션”이라 한다) 주식 747,884주(1주당 6,143원, 이하 “쟁점주식”이라 한다) 및 주식회사 ○○○홀딩스(이하 “○○○홀딩스”라 한다) 전환사채 220,000주(1주당 18,933원, 이하 “쟁점전환사채”라 한다), 합계 967,884주(이하 “쟁점주식 및 전환사채”라 한다)를 양도하고 발생한 양도차익 9,882,173천원 (2005사업연도 6,661,798천원, 2007사업연도 3,220,375천원) 중에서 최저한세적 용비과세배제금액 5,197,200천원을 차감한 4,684,973천원(2005사업연도 3,428,295천원, 2007사업연도 1,256,678천원, 이하 “비과세신고양도차익”이라 한다)을 비과세소득으로 신고하였다.
• 나. 감사원은 처분청에 대한 업무감사시 기업구조조정전문회사가 주식을 취득한 후 면허를 반납하여 일반법인으로 변경된 상태에서 주식을 처분하는 경우에는 조세특례제한법 제55조 제1항 의 비과세 규정이 적용되지 않는 것으로 보아 비과세신고양도차익에서 기업구조조정등록증을 반납(2005.8.23.)한 이후 일반법인이 된 상태에서 발생한 양도차익 3,860,505천원(2005사업연도 2,603,826천원, 2007사업연도 1,256,679천원, 이하 “쟁점양도차익”이라 한다)에 대하여 조세특례제한법 제55조 제1항 의 비과세 규정의 적용을 배제하여 과세하라는 감사지적을 하였고, 처분청은 위 감사지적에 따라 2010.1.12. 청구법인에게 2005사업연도 법인세 749,354,950원 및 2007사업연도 법인세 606,638,850원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.4.2. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 기업구조조정전문회사로서, 기업구조조정조합의 조합원이며, 동 조합의 주간사로서 기업구조조정 대상기업을 회생시키기 위하여 실질적인 업무를 집행하여 기업을 회생시키고, 나라의 산업기반을 견고하게 하는데 기여한 회사이다. 조세특례제한법 제55조 제1항 에는 “주식 또는 출자지분을 취득하는 경우”로 되어 있지 양도시에도 구조조정등록증을 보유하고 있어야 한다는 내용이 명시되어 있지 않는 바, 청구법인은 기업구조조정 전문회사등록증을 반납하기 전에 쟁점주식 및 전환사채를 취득하여 주조조정대상기업에 자금이 유입되는 소임을 다하였음에도 처분청이 구조조정 전문회사등록증 반납전·후를 차별하여 조세특례제한법을 적용하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법제55조 제1항에 의하면, 산업발전법에 따른 기업구조조정전문회사가 직접 또는 기업구조조정조합을 통하여 구조조정 대상기업에게 출자함으로써 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우, 당해 주식, 또는 출자지분의 양도로 발생하는 양도차익에는 법인세를 과세하지 않도록 규정되어 있으나, 기업구조조정전문회사가 아닌 경우에는 위 규정을 적용받을 수 없는 바, 청구법인이 기업구조조정전문회사의 등록증을 반납하여 일반법인으로 전환된 후에 양도한 쟁점주식 및 전환사채에 대하여 조세특례제한법 제55조 제1항 비과세 규정의 적용을 배제하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 기업구조조정전문회사가 전문회사등록증을 반납하여 일반법인으로 변경된 상태에서 주식을 처분하였다 하여 조세특례제한법 제55조 의 적용을 배제하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 등 (1) 조세특례제한법 제14조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】① 다음 각호의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호 내지 제4호 및 제6호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각호의 1의 규정에 의한 방법으로 취득하는 경우에 한한다)의 양도에 대하여는 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다.

5. 산업발전법 제15조 의 규정에 의한 기업구조조정조합(이하 "기업구조조정조합" 이라 한다)이 동법 제14조 제4항의 규정에 의한 구조조정대상기업(이하 “구조조정대상기업”이라 한다)에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 제55조 【기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례】① 산업발전법에 의한 기업구조조정전문회사(이하 이 조에서 “기업구조조정전문회사”라 한다)가 직접 또는 기업구조조정조합을 통하여 구조조정대상기업에게 출자함으로써 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우에는 당해 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 양도차익과 2006년 12월 31일 이전에 구조조정대상기업으로부터 받는 배당소득에 대하여는 법인세를 과세하지 아니한다.

④ 거주자가 기업구조조정전문회사 또는 기업구조조정투자회사법에 의한 기업구조조정투자회사(이하 이 조와 제117조ㆍ제119조 및 제120조에서 “기업구조조정투자회사”라 한다)에 2006년 12월 31일 이전에 출자함으로써 최초로 취득한 주식을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정을 적용하지 아니한다.

(2) 산업발전법 제15조 (기업구조조정조합의 등록 등) ① 전문회사와 전문회사외의 자가 출자하여 구조조정대상기업에 대한 투자·인수 등을 하기 위하여 기업구조조정조합을 결성하고자 하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 금융감독위원회에 등록을 신청하여야 한다.

② 금융감독위원회는 제1항의 규정에 의하여 등록을 신청한 자가 다음 각호의 요건에 적합한 때에는 지체없이 기업구조조정조합으로 등록하고 그 사실을 당해 신청인에게 통보하여야 한다.

1. 조합원의 수가 100인 이내일 것

2. 출자금액 및 전문회사의 출자지분 등이 대통령령이 정하는 기준에 해당할 것

③ 제2항의 규정에 의하여 등록한 기업구조조정조합은 조합명 또는 소재지 등 대 통령령이 정하는 사항을 변경하고자 하는 때에는 금융감독위원회에 신고하여야 한다.

④ 기업구조조정조합은 대통령령이 정하는 바에 따라 업무집행조합원과 업무감독조합원을 두되, 업무집행조합원은 전문회사가 된다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2001.7.28. 지식경제부(구 산업자원부)에 기업구조조정 전문회사로 등록(등록번호 제○○○)하고, 2002.9.2. 130억원 규모의 ○○○기업구조조정조합 2호를 설립하여 30억원을 출자하였다가 2005.8.23. 등록증을 반납함에 따라 일반법인으로 변경되었으며, 청구법인은 2005.9.27. 보유하고 있던 쟁점전환사채를 전부 양도하고, 쟁점주식은 2005년도(2005.7.12.부터 2005.11.25.까지 14회에 결쳐 양도)와 2007년도(2007.1.19.부터 2007.8.23.까지 7회에 걸쳐 양도)에 양도하였다.

(2) 청구법인은 2005사업년도 및 2007사업연도 법인세 신고시 쟁점주식 및 전환사채를 양도하고 발생한 양도차익 4,684,973천원을 비과세소득으로 신고하였고, 감사원은 처분청에 대한 업무감사시 기업구조조정전문회사가 주식을 취득한 후 등록증을 반납하여 일반법인으로 변경된 상태에서 주식을 처분하는 경우에는 조세특례제한법 제55조 제1항 의 비과세 규정이 적용되지 않는 것으로 보아 청구법인이 신고한 비과세신고양도차익 중에서 기업구조조정등록증을 반납한 이후 일반법인이 된 상태에서 발생한 양도차익 3,860,505천원에 대하여조세특례제한법제55조 제1항의 비과세 규정의 적용을 배제하여 과세하라는 감사지적을 하였고, 처분청은 위 감사지적에 따라 이 건 과세처분한 사실이 처분청 심리자료에 의하여 확인된다. (3)조세특례제한법제55조(기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례) 제1항에는 “산업발전법에 의한 기업구조조정전문회사가 직접 또는 기업구조조정조합을 통하여 구조조정대상기업에게 출자함으로써 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우에는 당해 주식 또는 출자지분의 양도로 인하여 발생하는 양도차익과 2006년 12월 31일 이전에 구조조정대상기업으로부터 받는 배당소득에 대하여는 법인세를 과세하지 아니한다”고 규정되어 있다.

(4) 살피건대, 청구법인은 구조조정 전문회사등록증 반납전·후를 차별하여 조세특례제한법을 적용하는 것은 부당하다고 주장하나, 조세특례제한법 제55조 는 기업구조조정전문회사 등에 대한 과세특례 규정으로서 구조조정등록증을 반납하여 일반법인으로 전환된 법인은 동 규정의 요건을 상실하여 구조조정전문회사에 대한 과세특례가 적용될 수 없다 할 것인 바○○○, 청구법인이 기업구조조정등록증을 반납(2005.8.23.)한 이후에 양도하여 발생한 쟁점양도차익에 대하여 처분청이조세특례제한법제55조 비과세 규정의 적용을 배제하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.